Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354427.2
Sequence Length
2061 nt
GC Content
0.5090
GGAAGUGGAGUGCGCUGCGGUGCGAGCUGGGCCGGCGGGGUGGUUCGAGAGCGCGCAGAGUCCAGACUGGCGGCAGGGCCCGAGGGGCCGACCCGCAGCGUCCCUGGUCUCUCCAGCCCUCACUCGGAACCGCACUGACAAUACCCUCCCCUCCCUUGGGCUGGACCCCUCUCUACAGCUAGGAGCCAAUGGCAGAAGACAAAACCAAACCGAGUGAGUUGGACCAAGGGAAGUAUGAUGCUGAUGACAACGUGAAGAUCAUCUGCCUGGGAGACAGCGCAGUGGGCAAAUCCAAACUCAUGGAGAGAUUUCUCAUGGAUGGCUUUCAGCCACAGCAGCUGUCCACGUACGCCCUGACCCUGUACAAGCACACAGCCACGGUAGAUGGCAAGACCAUCCUUGUGGGUGUUUGAUAUACAGAGGAAAGUCACCUAUAGGAACCUGAGCACCUGGUAUACAGAGCUUCGGGAGUUCAGGCCAGAGAUCCCAUGCAUCGUGGUGGCCAAUAAAAUUGAUGCAGACAUAAACGUGACCCAAAAAAGCUUCAAUUUUGCCAAGAAGUUCUCCCUGCCCCUGUAUUUCGUCUCGGCUGCUGAUGGUACCAAUGUUGUGAAGCUCUUCAAUGAUGCAAUUCGAUUAGCUGUGUCUUACAAACAGAACUCCCAGGACUUCAUGGAUGAGAUUUUUCAGGAGCUCGAGAACUUCAGCUUGGAGCAGGAAGAGGAGGACGUGCCAGACCAGGAACAGAGCAGCAGCAUCGAGACCCCAUCAGAGGAGGUGGCCUCUCCCCACAGCUGAGGGGCUGGGGCUAGGGGUGGGUGGAGCCCUUUUAAAAUACCCUUCCCUUCAACAACUCUCCAGCUCUGAAUGGAGAAACUCUCUAGGCCAUCCCCUCUUCUACCUCCUGCAACCCACCCAUCCUAUUAGCCUCCCACAUUCAAGGCCCGUGAUACAGGGAUGAGGUCAGCACCAGCAAACUCUGGACUGGUGGAAGAAUUCCCCACCAGAUCUCCUUGAAGCAGAAUUAGGGAUCAGCAUCAUUAACACCUUCCCCACCCCCUCCCCCCAGGCAGACAGUGAAGAGAAUCAGAAAACAUGAUUAUGUGUCACUUUAAUACAGGAAAUUUAGGUGUUUUUUGGUGUUUUUGUUUUUGUUUUCUUUCCAAAGCUCACCUCGGGGACAAUUCCUUGGGCUUCUCCUGAGGUAAUGAUUACCCCCCCACCCACAGCUGAGUCUGUGAGGCCCCAUCCUUUCCCUACGUUUUCUCCCAUCUUUUUUCCUCUUCAAUCUCCCAGUCAUCUGGUUUGUUUGUUUCUUUGUUCGUCCUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAGUCUCGGCUCGCUGCAACCUCUGACUCCCUGGUUCAAACGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUGGCUGGCAUCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUCACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGCCCGGCCCCAAUCAUCUGUUUUUAAACAAUCGUUUUUGAGCAGAUAGCUAUUCAUUCCAGAUUUCCGUGUACCCACUCUGUUUCAGGAGCUCUUCUAGGUAAAGCUGAGAUCACAGGAACAGCAGGUGACAGGCCUAGCUAUAGUUAGGAAUACACAAGCGGUAAAAUCGAGUCCUUACAGCCAUACCACAAGGUACGUCCAUUUGGACUACAAGAAGAGCUUCCUUUAAAGUUCCUAUUUCAGCAUAAAGAGGCUGUCCUUUUUUUUUAGGAAUAGUUUGGACCUUGUGCCUCCUGUGGGAGGCUGAGGACUGCAAGAGGAGAGCUAGCAGAUAUGCCUGUUCACCCCUCUCUGGUACUUGUGGCUUGCUAGUAUGUUUUUAUGAUAAUCUCGGGCAUUGUUUGCAUUGUGUUUAUUAAUAGGGUUUUGUUUUUAUUGUUUCCUUUUUUACAGUAAAGGCUGAAUGACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-688.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -722.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 398.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((....))))((...(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((.......)))...))))))))..)))))...((((.......))))......((..(((......)))..))((((((((((((.(((.((((.(...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((.......((((((((((.(..((.(..(((((....((((......))))(((....))).(((((((((....((....)))))))))))........((..(((((((....((.(((.((((((..(((((.....))))).)))))).))).))...))))).))..))...((....))..(((((((.(((((...........))))).)))))))((((((...(((((...)))))((((....((((((((.((.......................)).)))))))))))).(((((((((...((.((((.(((((((((.((.((((...))))))..((((((((((((..(((((......))).))..)))).....)))).))))(((.((....)).)))..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((((((.........((((....)).))((((..(((((......)))))..))))(((.(((((....))))))))..(((((.(((((..............))))).)))))........((((((........)))))).....))).)))).)))))))))))..)))).)).....(((((((((((((((((..........))))...))))...)))))).)))..((....))...)))))).(((((((.........)))))))...(((((((.......)))))))....................)))))..)))..))))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((((...(((((..((((((......................))))))..))))).((((...((((((((((.....))))))).))).....))))....(((((((......))))).))........))))).)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).))))))))))))))......((((..(((((((((((...))))))))((((((...((((.(((.((.(((((........)))))..)).)))))))))))))))).)))).....)))))...).))))..)))(((((((........).))))))................))))))).)))))........)))).))))..))).)))((((.(........).)))).)).)))))).((((((((......))))).....)))..)))))))).)).)))))))...))((((((((..((((....))))..))))))))........))))))..)))))...((((..((((......))))........))))...(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((((...))))((((((..(((((...((((((((((((((((.(((.....)))...((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).(((((((.((((..(((....)))..))))...))))).))...))))).)))))).....))))))).)))...))))))(((.....))).(((((((..........((((.(((((((((((..........))))))))))).))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((....}}))|({{,(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((,.((((((((({{,....}.))).,,))))))}),,)}}},...{{((.......}}}}......{{..{{{......))),,))((((((((((((.,{{.((((,,...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((..,....((((((((((.((((((((.((((,.,{{.(((...(((({{(((....)))))))).))).}},..,)))).)).)))))).........,{(,.(((((((,,,,((,{{{.((((((..(((((.....))))).)))))),))),))...))))).))..,}...,|....||..(((((((.(((((...........))))).)))))))((((((...{{{((...}|||}((((....((((((((.((...........,...........)).)))))))))}},.(((((((((...((.((((.(((((((((.{(.{,(({..((,.....((((((((((((..(((((......))).))..)))).....))))}}}))..,.,,,))}.}.,,}..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((({{{.......,,((((....||.||,(({{{((,((,,.,|.||}{{,,||.|{((.|..||,.))))}})))))}(((((.(((((..............))))).}))))........,{{{{,,,}}}}..)))|||...}}))).)))).)))))))))))..)))).)).....{((((((((((((((((..........))))...)))),..)))))).)))..{|.,.,}}...}})))).(((((((.........)))))))...|||||||,},....}}})))|,,.,,.,,..........,,}}...........)))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((,....(((((..((((((......................))))))..))))).((((..,((((((((((.....))))))).}}},.,,.,))),...(((((((......))))).))......,,)})},.)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).)))))))))))))}......{{({..{({((((((((...))))))))((((({..(((((,(((,((.(({{{....,,.,)))))..}),)))})}}))))))}},.}}))..,,.)))))...}.))))..}}|(((((((........)})))))),...............))))))).))))).......}))))}}}))..))).)))((((.{........}.)))).)).)))))).((((((((......))))}....,)))..)))))))).))}}})))))...,,((((((((..((((....))))..)))))))),}},...,)))))}..))))){{{{,,,||{((({{{...||||{,{.....||{,,.,(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((({...})))((((((..(((((...((((((((((((((((.{((.....))},..((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).{,(((((.((((..(((....)))..))))...))))).}}...))))).))))))}....,)))))).)))...))))))(({.....)))..,},}}}}...}}}))))}{{.(((((((((((..........))))))))))).}},..}}},...
Back