Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354428.2
Sequence Length
2058 nt
GC Content
0.5087
GGAAGUGGAGUGCGCUGCGGUGCGAGCUGGGCCGGCGGGGUGGUUCGAGAGCGCGCAGAGUCCAGACUGGCGGCAGGGCCCGAGGGGCCGACCCGCAGCGUCCCUGGUCUCUCCAGCCCUCACUCGGAACCGCACUGACAAUACCCUCCCCUCCCUUGGGCUGGACCCCUCUCUACAGCUAGGAGCCAAUGGCAGAAGACAAAACCAAACCGAGUGAGUUGGACCAAGGGAAGUAUGAUGCUGAUGACAACGUGAAGAUCAUCUGCCUGGGAGACAGCGCAGUGGGCAAAUCCAAACUCAUGGAGAGAUUUCUCAUGGAUGGCUUUCAGCCACAGCAGCUGUCCACGUACGCCCUGACCCUGUACAAGCACACAGCCACGGUAGAUGGCAAGACCAUCCUUGUGGGUGUUUGAUAUACAGAGGAAAGUCACCUAUAGGAACCUGAGCACCUGGUAUACAGAGCUUCGGGAGUUCAGGCCAGAGAUCCCAUGCAUCGUGGUGGCCAAUAAAAUUGAUGACAUAAACGUGACCCAAAAAAGCUUCAAUUUUGCCAAGAAGUUCUCCCUGCCCCUGUAUUUCGUCUCGGCUGCUGAUGGUACCAAUGUUGUGAAGCUCUUCAAUGAUGCAAUUCGAUUAGCUGUGUCUUACAAACAGAACUCCCAGGACUUCAUGGAUGAGAUUUUUCAGGAGCUCGAGAACUUCAGCUUGGAGCAGGAAGAGGAGGACGUGCCAGACCAGGAACAGAGCAGCAGCAUCGAGACCCCAUCAGAGGAGGUGGCCUCUCCCCACAGCUGAGGGGCUGGGGCUAGGGGUGGGUGGAGCCCUUUUAAAAUACCCUUCCCUUCAACAACUCUCCAGCUCUGAAUGGAGAAACUCUCUAGGCCAUCCCCUCUUCUACCUCCUGCAACCCACCCAUCCUAUUAGCCUCCCACAUUCAAGGCCCGUGAUACAGGGAUGAGGUCAGCACCAGCAAACUCUGGACUGGUGGAAGAAUUCCCCACCAGAUCUCCUUGAAGCAGAAUUAGGGAUCAGCAUCAUUAACACCUUCCCCACCCCCUCCCCCCAGGCAGACAGUGAAGAGAAUCAGAAAACAUGAUUAUGUGUCACUUUAAUACAGGAAAUUUAGGUGUUUUUUGGUGUUUUUGUUUUUGUUUUCUUUCCAAAGCUCACCUCGGGGACAAUUCCUUGGGCUUCUCCUGAGGUAAUGAUUACCCCCCCACCCACAGCUGAGUCUGUGAGGCCCCAUCCUUUCCCUACGUUUUCUCCCAUCUUUUUUCCUCUUCAAUCUCCCAGUCAUCUGGUUUGUUUGUUUCUUUGUUCGUCCUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAGUCUCGGCUCGCUGCAACCUCUGACUCCCUGGUUCAAACGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUGGCUGGCAUCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUCACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGCCCGGCCCCAAUCAUCUGUUUUUAAACAAUCGUUUUUGAGCAGAUAGCUAUUCAUUCCAGAUUUCCGUGUACCCACUCUGUUUCAGGAGCUCUUCUAGGUAAAGCUGAGAUCACAGGAACAGCAGGUGACAGGCCUAGCUAUAGUUAGGAAUACACAAGCGGUAAAAUCGAGUCCUUACAGCCAUACCACAAGGUACGUCCAUUUGGACUACAAGAAGAGCUUCCUUUAAAGUUCCUAUUUCAGCAUAAAGAGGCUGUCCUUUUUUUUUAGGAAUAGUUUGGACCUUGUGCCUCCUGUGGGAGGCUGAGGACUGCAAGAGGAGAGCUAGCAGAUAUGCCUGUUCACCCCUCUCUGGUACUUGUGGCUUGCUAGUAUGUUUUUAUGAUAAUCUCGGGCAUUGUUUGCAUUGUGUUUAUUAAUAGGGUUUUGUUUUUAUUGUUUCCUUUUUUACAGUAAAGGCUGAAUGACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-685.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -720.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 400.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((....))))((...(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((.......)))...))))))))..)))))...((((.......))))......((..(((......)))..))((((((((((((.(((.((((.(...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((.......((((((((((.(..((.(..(((((....((((......))))(((....))).(((((((((....((....)))))))))))........((..(((((((....((.(((.((((((..(((((.....))))).)))))).))).))...))))).))..))...((....))..(((((((.(((((...........))))).)))))))((((((...(((((...)))))((((....((((((((..........................)))))))))))).(((((((((...((.((((.(((((((((.((.((((...))))))..((((((((((((..(((((......))).))..)))).....)))).))))(((.((....)).)))..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((((((.........((((....)).))((((..(((((......)))))..))))(((.(((((....))))))))..(((((.(((((..............))))).)))))........((((((........)))))).....))).)))).)))))))))))..)))).)).....(((((((((((((((((..........))))...))))...)))))).)))..((....))...)))))).(((((((.........)))))))...(((((((.......)))))))....................)))))..)))..))))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((((...(((((..((((((......................))))))..))))).((((...((((((((((.....))))))).))).....))))....(((((((......))))).))........))))).)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).))))))))))))))......((((..(((((((((((...))))))))((((((...((((.(((.((.(((((........)))))..)).)))))))))))))))).)))).....)))))...).))))..)))(((((((........).))))))................))))))).)))))........)))).))))..))).)))((((.(........).)))).)).)))))).((((((((......))))).....)))..)))))))).)).)))))))...))((((((((..((((....))))..))))))))........))))))..)))))...((((..((((......))))........))))...(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((((...))))((((((..(((((...((((((((((((((((.(((.....)))...((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).(((((((.((((..(((....)))..))))...))))).))...))))).)))))).....))))))).)))...))))))(((.....))).(((((((..........((((.(((((((((((..........))))))))))).))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((....}}))|({{,(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((,.((((((((({{,....}.))).,,))))))}),,)}}},...{{((.......}}}}......{{..{{{......))),,))((((((((((((.,{{.((((,,...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((..,....((((((((((.((((((((.((((,.,{{.(((...(((({{(((....)))))))).))).}},..,)))).)).)))))),........,{(,.(((((((,,,,((,{{{.((((((..(((((.....))))).)))))),))),))...))))).))..,}...,{....||..(((((((.(((((...........))))).)))))))((((((...{{{((...}}}|}((((,...((((((((.{.,.......,,..........,|.)))))))))}},.(((((((((...((.((((.(((((((((.{(.{,(({..((,.....((((((((((((..(((((......))).))..)))).....))))}}}))..,.,,,))}.}.,,}..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((({{{.......,,((((....||.||,(({{{((,((,,.,|.||}{{,,||.|{((.|..||,.))))}})))))}(((((.(((((..............))))).}))))........,{{{{,,,}}}}..)))|||...}}))).)))).)))))))))))..)))).)).....{((((((((((((((((..........))))...)))),..)))))).)))..{|.,.,))...}})))).(((((((.........)))))))...|||||||,},....}}}}}}|...,..............,,}}...........)))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((,....(((((..((((((......................))))))..))))).((((..,((((((((((.....))))))).}}},,,,.,))),...(((((((......))))).))......,,)})},.)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).)))))))))))))}......{{({..{({((((((((...))))))))((((({..(((((,(((,((.(({{{....,,.,)))))..}),)))})}}))))))}},.}}))..,,.)))))...}.))))..}}|(((((((........)})))))),...............))))))).))))).......}))))}}}))..))).)))((((.{........}.)))).)).)))))).((((((((......))))}....,)))..)))))))).))}}})))))...,,((((((((..((((....))))..)))))))),}},...,)))))}..))))){{{{,,,||{((({{{...||||{,{.....||{,,.,(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((({...})))((((((..(((((...((((((((((((((((.{((.....))},..((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).{,(((((.((((..(((....)))..))))...))))).}}...))))).))))))}....,)))))).)))...))))))(({.....)))..,},}}}}...}}}))))}{{.(((((((((((..........))))))))))).}},..}}},...
Back