Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354601.3
Sequence Length
1702 nt
GC Content
0.5752
AGUUUCAGCGCUGGCUCUUCGUGCAUGGCAGAGAUGGCGACUGCGACUCGGCUGCUGGGGUGGCGUGUGGCGAGCUGGAGGCUGCGGCCGCCGCUUGCCGGCUUCGUUUCCCAGCGGGCCCACUCGCUUUUGCCCGUGGACGAUGCAAUCAAUGGGCUAAGCGAGGAGCAGAGGCAGCUUCGUCAGACCAUGGCUAAGUUCCUUCAGGAGCACCUGGCCCCCAAGGCCCAGGAGAUCGAUCGCAGCAAUGAGUUCAAGAACCUGCGAGAAUUUUGGAAGCAGCUGGGGAACCUGGGCGUAUUGGGCAUCACAGCCCCUGUUCAGUAUGGCGGCUCCGGCCUGGGCUACCUGGAGCAUGUGCUGGUGAUGGAGGAGAUAUCCCGAGCUUCCGGAGCAGUGGGGCUCAGUUACGGUGCCCACUCCAACCUCUGCAUCAACCAGCUUGUACGCAAUGGGAAUGAGGCCCAGAAAGAGAAGUAUCUCCCGAAGCUGAUCAGUGGUGAGUACAUCGGAGCCCUGGCCAUGAGUGAGCCCAAUGCAGGCUCUGAUGUUGUCUCUAUGAAGCUCAAAGCGGAAAAGAAAGGAAAUCACUACAUCCUGAAUGGCAACAAGUUCUGGAUCACUAAUGGCCCUGAUGCUGACGUCCUGAUUGUCUAUGCCAAGACAGAUCUGGCUGCUGUGCCAGCUUCUCGGGGCAUCACAGCCUUCAUUGUGGAGAAGGGUAUGCCUGGCUUUAGCACCUCUAAGAAGCUGGACAAGCUGGGGAUGAGGGGCUCUAACACCUGUGAGCUAAUCUUUGAAGACUGCAAGAUUCCUGCUGCCAACAUCCUGGGCCAUGAGAAUAAGGGUGUCUACGUGCUGAUGAGUGGGCUGGACCUGGAGCGGCUGGUGCUGGCCGGGGGGCCUCUUGGGCUCAUGCAAGCGGUCCUGGACCACACCAUUCCCUACCUGCACGUGAGGGAAGCCUUUGGCCAGAAGAUCGGCCACUUCCAGUUGAUGCAGGGGAAGAUGGCUGACAUGUACACCCGCCUCAUGGCGUGUCGGCAGUAUGUCUACAAUGUCGCCAAGGCCUGCGAUGAGGGCCAUUGCACUGCUAAGGACUGUGCAGGUGUGAUUCUUUACUCAGCUGAGUGUGCCACACAGGUAGCCCUGGACGGCAUUCAGUGUUUUGGGCAGACCUUUUCCGCCCAACACCCACCUGGGAGGGAGGGCGAGACCCGAGGUCAGACGUCCCUGGAGCAGGUGAGCACUGCGAGGGAACUGAGAUGCAAGAUCCUCCUGCCUGAACUCACACCCCGCGUGCUGCUCCCCCAACUCGCCUCUUGGAUCUCAGACCAGAAGCUUCCUUUCCUCAAAAUCCUUCUAUGUUCUCCAACGUCUUUGGGACAGAGCUCCUUGGCAGGGUUUACAAAGCUUAGGUGGCCCUACCCACUUCUCCAGCCUCAUCUGCUGCCUCACCCCUAUACCACAGCUCUGCACCUUUGCUGAAACUGGUACUCGGCGCUUGGGGUGUCCUCAUCUUUCCCCUACCUAUGGCAGCCUGCCCGAAGAGUGCCUGCUCCUUCAGGCUCCGCUCUCGGCUUAGCCCCUUCUUGGAACGUCCCCGCACCUCACCCCAGCCCCUUGCCAGGGGCAGACCCUGGCAGCCUUCCCUCGUCCUCAGCAGCCAUUACGUGUUGCUGUCAUAAAGUUAUCACUCUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-656.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -688.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 626.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.........)))).))((((((((((((((.(((((.((...(((((((.((((..((((((((.((.(((....))).))))))))))....)))))))))))(((((..(((((((..((((((.((........)).)))))).)))))))(((((((((((((...((((((((..(((((.(((((....)))))...)))))......(((((((...((...(.((((..((..(((((((..((...))..)))))))..)))))).))).)))))))(((((((((.((((((((((..........)).))))..((((.(((((.......(((...((((((((((..((((.....(((......))).(.((((((..((......))..)))))).)...)))).)))).)))))).)))......((((.......))))....((((....))))((((.(((.(((...))).)))...))))))))).))))....))))))))))))).)).))))))))))))))).....))))...........................((((.((((........)))).)))).......))))).((((....))))..((((((((......))))).)))(((((..(((.((((((((((.((((((...(.(((((........))))).))))))).)..............)))))))))))).((((((((((((((((((..........)))).((((((..(....)..))))))...(((((((......((((...((((.....(((.(...((((.((((.(((.(((((((.((.(((((((.(((((.(((((..((((((.((((........)))).)))))))).)))))))).......((((((((....(((((....(((((........))))))))))...)).))))))(((.((.(((((...((((.((((((((..((((((((.((((...)))).)))....))))))))).(((((((.....))))))).(((((((((((.(((((((((((........)))(((((..(((((...((((....))))...))))))))))((.((((((.((.....)).)))))).)).)))))).(((((((((.(((...(..((((.((.((((...(((.((((((((((.(((.(((...((((..(((.((...)).))).....))))..))))))))))............))))))))))))).)).)))).)...))))))))))))....((((...(((((....)))))....)))))).)).))))))))))))).))))......((((((......))))))...))))))).)))((((((.((((((..(((((((((...........))))....)))))..........))))))......................))))))..(((.(((((((....))).)))).))).))))))).)).)))))))))).)))).))))))))....)))).))))((((((....))))))......)))))))...)))))))))))))))))))...)).))))).))).....))))))..)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,.((((((,,.,,,,,|}}}}.,}|{||||.{||||{|||,|||,.((({((((((({((,({(((((((((.((.(((....))).)))))))))|{|.,||||,,},}))||||}..{,,((,,..|||{||{(({{.,.{,,,,.|,||||{|||||||(((({((((((((...(((({{{{.,|||{{.(((((....))))).,,|||||.....,|{{{|||...{{..,(,((((..((..(((((({..||...)}..)))))))..}}||||,|||.}}|||||(((((((((.{{{{{{{{,{,||,,,,,}})}.|||}..{|||.(((((,{{{{,.((,,,.((((((((((.((({{.....(((......))).{.(((((({{{{......)).,)))))).,..,)))).)))),,))))).||}...}..{(((.......))))|...({((,,,.|||}{{({.{((.(((,,.|||,|||,,,||||||||}.|}|}....}))})))))}})).)),))))))))}}))})}.....||||..{{{,,....,..((({..{{{,..,((((.((((,.......}))).)))}...,,,{|||||{,||||||,.{||||((((((((......)))))}}}){((({{{{{{,(((((((((|,((((((.,.,.(((((........))))),}}))))},|,....,,.......))))))))),},,|||{{{{{{{((((((((..........))))},{{(({,{..,....,}||}},..,((((((,{({(,,{{{(({,((((.....(((((...{(({{(,((,(({.{((((((.((,(({{((({{{(({,{(({(||{(((((.((((.{,.....)))).)))))}}).))}}}))}{(((({,(,,,,,.},.,}||||{....|||||,,....||||||||||||..,,|.,})}}})))}}.||||}||||||||,||||{{||,,|))))|||.||||,,,,)))}})}.,}})}}))}}}}.{||{||,|||||)})}}|,(((((((((({{.{|{((({(|||....,,.,||.{((((|,{((((...((((....))))...))))))))))||,|{((((.((.....|}.)))))}|}|||})}}),(((((((((,{{(,....,((||.({.{{{{..(((((,({,{(((({,(((.(((...((((..(((.(,...}}.))).....))))..))))))))),))))),....})),)))})).)))).)).)})}.}..,))))))))))))....((((...({(((,.,.|}}}}....)))})),)).))))))))))}))}},},.,)))}}})|)))))..,))},)),))))))}})})),))})}},},|||...(((((((((...........))))....))))),,,||.||}}||||}|,,,.,,.....}}}}.......)))}})},({{.(({((((....))),,)}),))),)}))))),}))))))))).}}.))),,.))))),}}}}),)))))))))).,,,,(((((((.....)))))))))),...,,},},,,,||||{|||,....}.))))))),,....,}}}.,,,}}})}}
Back