Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354626.2
Sequence Length
2241 nt
GC Content
0.4507
AGACGUUUCCUUGGCUCUUCUGGCGCCAAAAUGUCGUUCGUGGCAGGGGUUAUUCGGCGGCUGGACGAGACAGUGGUGAACCGCAUCGCGGCGGGGGAAGUUAUCCAGCGGCCAGCUAAUGCUAUCAAAGAGAUGAUUGAGAACUGAUGCAAAAUCCACAAGUAUUCAAGUGAUUGUUAAAGAGGGAGGCCUGAAGUUGAUUCAGAUCCAAGACAAUGGCACCGGGAUCAGGAAAGAAGAUCUGGAUAUUGUAUGUGAAAGGUUCACUACUAGUAAACUGCAGUCCUUUGAGGAUUUAGCCAGUAUUUCUACCUAUGGCUUUCGAGGUGAGGCUUUGGCCAGCAUAAGCCAUGUGGCUCAUGUUACUAUUACAACGAAAACAGCUGAUGGAAAGUGUGCAUACAGAGCAAGUUACUCAGAUGGAAAACUGAAAGCCCCUCCUAAACCAUGUGCUGGCAAUCAAGGGACCCAGAUCACGGUGGAGGACCUUUUUUACAACAUAGCCACGAGGAGAAAAGCUUUAAAAAAUCCAAGUGAAGAAUAUGGGAAAAUUUUGGAAGUUGUUGGCAGGUAUUCAGUACACAAUGCAGGCAUUAGUUUCUCAGUUAAAAAACAAGGAGAGACAGUAGCUGAUGUUAGGACACUACCCAAUGCCUCAACCGUGGACAAUAUUCGCUCCAUCUUUGGAAAUGCUGUUAGUCGAGAACUGAUAGAAAUUGGAUGUGAGGAUAAAACCCUAGCCUUCAAAAUGAAUGGUUACAUAUCCAAUGCAAACUACUCAGUGAAGAAGUGCAUCUUCUUACUCUUCAUCAACCACUUUGCUACCAGGACUUGCUGGCCCCUCUGGGGAGAUGGUUAAAUCCACAACAAGUCUGACCUCGUCUUCUACUUCUGGAAGUAGUGAUAAGGUCUAUGCCCACCAGAUGGUUCGUACAGAUUCCCGGGAACAGAAGCUUGAUGCAUUUCUGCAGCCUCUGAGCAAACCCCUGUCCAGUCAGCCCCAGGCCAUUGUCACAGAGGAUAAGACAGAUAUUUCUAGUGGCAGGGCUAGGCAGCAAGAUGAGGAGAUGCUUGAACUCCCAGCCCCUGCUGAAGUGGCUGCCAAAAAUCAGAGCUUGGAGGGGGAUACAACAAAGGGGACUUCAGAAAUGUCAGAGAAGAGAGGACCUACUUCCAGCAACCCCAGAAAGAGACAUCGGGAAGAUUCUGAUGUGGAAAUGGUGGAAGAUGAUUCCCGAAAGGAAAUGACUGCAGCUUGUACCCCCCGGAGAAGGAUCAUUAACCUCACUAGUGUUUUGAGUCUCCAGGAAGAAAUUAAUGAGCAGGGACAUGAGGUUCUCCGGGAGAUGUUGCAUAACCACUCCUUCGUGGGCUGUGUGAAUCCUCAGUGGGCCUUGGCACAGCAUCAAACCAAGUUAUACCUUCUCAACACCACCAAGCUUAGUGAAGAACUGUUCUACCAGAUACUCAUUUAUGAUUUUGCCAAUUUUGGUGUUCUCAGGUUAUCGGAGCCAGCACCGCUCUUUGACCUUGCCAUGCUUGCCUUAGAUAGUCCAGAGAGUGGCUGGACAGAGGAAGAUGGUCCCAAAGAAGGACUUGCUGAAUACAUUGUUGAGUUUCUGAAGAAGAAGGCUGAGAUGCUUGCAGACUAUUUCUCUUUGGAAAUUGAUGAGGAAGGGAACCUGAUUGGAUUACCCCUUCUGAUUGACAACUAUGUGCCCCCUUUGGAGGGACUGCCUAUCUUCAUUCUUCGACUAGCCACUGAGGUGAAUUGGGACGAAGAAAAGGAAUGUUUUGAAAGCCUCAGUAAAGAAUGCGCUAUGUUCUAUUCCAUCCGGAAGCAGUACAUAUCUGAGGAGUCGACCCUCUCAGGCCAGCAGAGUGAAGUGCCUGGCUCCAUUCCAAACUCCUGGAAGUGGACUGUGGAACACAUUGUCUAUAAAGCCUUGCGCUCACACAUUCUGCCUCCUAAACAUUUCACAGAAGAUGGAAAUAUCCUGCAGCUUGCUAACCUGCCUGAUCUAUACAAAGUCUUUGAGAGGUGUUAAAUAUGGUUAUUUAUGCACUGUGGGAUGUGUUCUUCUUUCUCUGUAUUCCGAUACAAAGUGUUGUAUCAAAGUGUGAUAUACAAAGUGUACCAACAUAAGUGUUGGUAGCACUUAAGACUUAUACUUGCCUUCUGAUAGUAUUCCUUUAUACACAGUGGAUUGAUUAUAAAUAAAUAGAUGUGUCUUAACAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-670.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -717.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 474.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((...((((((....)).))))))))))).......(((..((((.((((((.((((((.((..(.((.((((......)))).))..).....)).)))))).)))(((....)))((((......)))).)))))))..)))..(((((((..((((..(((.((.(((((....((((((((((((.....)))))..(((......)))....(((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((.(((((.((...(((..(((((((((.......((((((((..........((((((((((.....((((((....(((((..((((..((((..((((........)))).....)))).))))....)))))...))))))......)))............))))))).............))))))))..))))))))).)))...))))))).))))))..))))))......(((((.((((.....))))......((((((..................)))))).((((..((((((((........(((...(((..(((.(((((((.(((....)))...))))))))))..))).)))........))))...)))).))))))))))))))))))).((((((((((((((((..((((((((((((..(((((..(((((((((((((.......)))((((((((...)))).)))).))))))))))(((((.......(((((((.(((........)))))))))).......)))))..((((......)))).((((((((((...(((......)))((.((((((((((((.(((..((((((....)))))).))).)))))......((((((((((((((((..((.((...((((((((((((((..(((((((((.(((((((........((((.((((...(((....((((.(((((((((((.(((.......))))))).))))))))))).((((((.(..(.((.((..(((.(.....).)))..)).)).)..).))))))..........))))))).)))).........))))).)).)))))))))..((((((....(((...((((((.((...((........(((((((((...)))))))))))...)).))))))....((((.....)))).....((((((.(.(....((((((((..........((((((....((((((..(.(((.(..((....))..))))).))))))))))))))))))))).).))))))...((((......))))(((((((.(((((.....)))..)).)))))))..........)))....))))))........))))))).........)))))))....))...))...)))))....))))..))))))).....((((((..(((((.......))))).)))))).(((((.(((.((((.....((((((.......)))))).)))))))))))).........))))))).))..(((((.((((((((((((((((.((((((((.........))).))..)))))))))))))))(((.((((.(((((((.....)).)).))).)))).)))..)))).))))).))))...)))))).....)))))....))).))))))))).((((((((...(((((((.............)))))))..))))))))...........(((((.((.((((....))))..)).)))))((((((.((......))))))))...((((((((.(((((..((((...(((((......)))))((((((.(((.....))).))))))..))))..)))))....))))))))........)))))).))).))))))).(((((((((((..((((((...(((..((..((((....((...))...))))...))..)))...))).))))))))))))))).))))))))).))).)))))(((((((....))))))).((((((((......(((((((((((((....))))))).)))))).....)))))))))))))))..))))).))))).))))...)))))))................((((......))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((,..{((((,(,...)).))))))))))).,,.{(((((..((((....(((.((((((.,,..(.((.(({,.,,,,.}})).)).,.....,)}.)))))).)))})))..))))}|,,.....,||,|{|||}}},.,||,..(((((((..((((..(((.((.(((({....((((((((((((.....)))))..(((......)))....(((((((((((((((((.{{(((((((((.((((((((((((.(((((.((...(((..(((((((((....,,.((((((((........((((.((,.((((.,.(((((({{,.,((((.,{((,,..||||.}||||.,,,,,,...,......,}|||}}}}...,|}|||...},},)),..,,.,||{|.,,.....)))))))))})})..}}.)))))))))))),,))))))))).)))...))))))).)))))))}},}))}......(((((.{,.{...{(((((.{((,.((((.((.....}}.}})}....)))),)))))}{,,(({(((((,{..{{,,,,,.,,{(({{(((.(((((((.(((....)))...)))))))})).}))}.))),.,},...)))).,,))))})},)))))))))))))))}.((((((((((((((((..((((((((((((.,(((((..((((((((((,((.......)}|((((((({...}))).)))),))))))))))(((((.......(((((({{(((........)))))))))).......)))))..((((......)))).((((((((((,,,(((,.....}},{{.{{{(({{(((((.(((..((((((....)))))).))).)))))...,..((((((((((((((((.{({.({..,((((((((((((((.,(((((((((.(((((((........((((.((((,..(((,,..((((.((((((({{(({{{,.......},})))).))))))))))).((((((....{.((.((..(({.(.....,})))..)).)).}....))))))........,.))))))).)))).........))))).)).))))))))}..((((((.,..{{,...((((((.((...((,.......(((((((({...)))))))))))...)).))))))..,.,|{({,...|||..,...((((((.,.,....((((((((,.........{(((({...,((((((..,,((,.,..{|....))..,)))}.)))}}))))))))))))))).,}.))))))...{{{{,,,,,,)}))(((((((.(({((.....)))..)).)))))))..........))}....))))))........))))))).........)))))))....))..,)}...)))))....))))..)))))))..,..{(((((..(((((.......))))).)))))}.{((((.(({.((({...,.({((({.....,,)))))),)))))))))))|,,,...,,.}))))}}.}}..{((({.((((((((((((((({{((((((((.,....,,.))).)}..))))))))))))))){((.{((({((({{((.....)).)}.,))})))).)))..)))).))))}}}))}...)))))).....))))),,,.)))}})))))))).((((((((...(((((((,...........,)))))))..))))))))...........(((((.((.((((....))))..)).))))),{{((((,{.....,))))}}||...((((((((.(((((..((((,,,(((((......)))))||||{{,(((,....}},.)))))),.))))..))))),,,.}}})))))..,,....)))))).))))))))))).(((((((((((..((((((...(((..{{.,,,((,...{{,..,},},)))}.,.}}..)))...}}}.))))))))))))))}.))))))))).))).)))))(((((({....))))))).((((((((......(((((((((((((....))))))),,))))).....)))))))))))))))..))))}.))))).))))...)))))))...,,,..........,|||,}},,.})}}..
Back