Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354630.2
Sequence Length
2329 nt
GC Content
0.4534
AGACGUUUCCUUGGCUCUUCUGGCGCCAAAAUGUCGUUCGUGGCAGGGGUUAUUCGGCGGCUGGACGAGACAGUGGUGAACCGCAUCGCGGCGGGGGAAGUUAUCCAGCGGCCAGCUAAUGCUAUCAAAGAGAUGAUUGAGAACUGUUUAGAUGCAAAAUCCACAAGUAUUCAAGUGAUUGUUAAAGAGGGAGGCCUGAAGUUGAUUCAGAUCCAAGACAAUGGCACCGGGAUCAGGAAAGAAGAUCUGGAUAUUGUAUGUGAAAGGUUCACUACUAGUAAACUGCAGUCCUUUGAGGAUUUAGCCAGUAUUUCUACCUAUGGCUUUCGAGGUGAGGCUUUGGCCAGCAUAAGCCAUGUGGCUCAUGUUACUAUUACAACGAAAACAGCUGAUGGAAAGUGUGCAUACAGAGCAAGUUACUCAGAUGGAAAACUGAAAGCCCCUCCUAAACCAUGUGCUGGCAAUCAAGGGACCCAGAUCACGGUGGAGGACCUUUUUUACAACAUAGCCACGAGGAGAAAAGCUUUAAAAAAUCCAAGUGAAGAAUAUGGGAAAAUUUUGGAAGUUGUUGGCAGGUAUUCAGUACACAAUGCAGGCAUUAGUUUCUCAGUUAAAAAACAAGGAGAGACAGUAGCUGAUGUUAGGACACUACCCAAUGCCUCAACCGUGGACAAUAUUCGCUCCAUCUUUGGAAAUGCUGUUAGUCGAGAACUGAUAGAAAUUGGAUGUGAGGAUAAAACCCUAGCCUUCAAAAUGAAUGGUUACAUAUCCAAUGCAAACUACUCAGUGAAGAAGUGCAUCUUCUUACUCUUCAUCAACCAUCGUCUGGUAGAAUCAACUUCCUUGAGAAAAGCCAUAGAAACAGUGUAUGCAGCCUAUUUGCCCAAAAACACACACCCAUUCCUGUACCUCAGUUUAGAAAUCAGUCCCCAGAAUGUGGAUGUUAAUGUGCACCCCACAAAGCAUGAAGUUCACUUCCUGCACGAGGAGAGCAUCCUGGAGCGGGUGCAGCAGCACAUCGAGAGCAAGCUCCUGGGCUCCAAUUCCUCCAGGAUGUACUUCACCCAGACUUUGCUACCAGGACUUGCUGGCCCCUCUGGGGAGAUGGUUAAAUCCACAACAAGUCUGACCUCGUCUUCUACUUCUGGAAGUAGUGAUAAGGUCUAUGCCCACCAGAUGGUUCGUACAGAUUCCCGGGAACAGAAGCUUGAUGCAUUUCUGCAGCCUCUGAGCAAACCCCUGUCCAGUCAGCCCCAGGCCAUUGUCACAGAGGAUAAGACAGAUAUUUCUAGUGGCAGGGCUAGGCAGCAAGAUGAGGAGAUGCUUGAACUCCCAGCCCCUGCUGAAGUGGCUGCCAAAAAUCAGAGCUUGGAGGGGGAUACAACAAAGGGGACUUCAGAAAUGUCAGAGAAGAGAGGACCUACUUCCAGCAACCCCAGAAAGAGACAUCGGGAAGAUUCUGAUGUGGAAAUGGUGGAAGAUGAUUCCCGAAAGGAAAUGACUGCAGCUUGUACCCCCCGGAGAAGGAUCAUUAACCUCACUAGUGUUUUGAGUCUCCAGGAAGAAAUUAAUGAGCAGGGACAUGAGGUUCUCCGGGAGAUGUUGCAUAACCACUCCUUCGUGGGCUGUGUGAAUCCUCAGUGGGCCUUGGCACAGCAUCAAACCAAGUUAUACCUUCUCAACACCACCAAGCUUAGUGAAGAACUGUUCUACCAGAUACUCAUUUAUGAUUUUGCCAAUUUUGGUGUUCUCAGGUUAUCGGAAGGGAACCUGAUUGGAUUACCCCUUCUGAUUGACAACUAUGUGCCCCCUUUGGAGGGACUGCCUAUCUUCAUUCUUCGACUAGCCACUGAGGUGAAUUGGGACGAAGAAAAGGAAUGUUUUGAAAGCCUCAGUAAAGAAUGCGCUAUGUUCUAUUCCAUCCGGAAGCAGUACAUAUCUGAGGAGUCGACCCUCUCAGGCCAGCAGAGUGAAGUGCCUGGCUCCAUUCCAAACUCCUGGAAGUGGACUGUGGAACACAUUGUCUAUAAAGCCUUGCGCUCACACAUUCUGCCUCCUAAACAUUUCACAGAAGAUGGAAAUAUCCUGCAGCUUGCUAACCUGCCUGAUCUAUACAAAGUCUUUGAGAGGUGUUAAAUAUGGUUAUUUAUGCACUGUGGGAUGUGUUCUUCUUUCUCUGUAUUCCGAUACAAAGUGUUGUAUCAAAGUGUGAUAUACAAAGUGUACCAACAUAAGUGUUGGUAGCACUUAAGACUUAUACUUGCCUUCUGAUAGUAUUCCUUUAUACACAGUGGAUUGAUUAUAAAUAAAUAGAUGUGUCUUAACAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-695.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -744.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 538.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((...((((((....)).)))))))))))....((((((..((((....(((.((((((.((..(.((.((((......)))).))..).....)).)))))).)))))))..)))))).......(((.((((((.(((((((.......(((((((..((((..(((.((.(((((....((((((((((((.....)))))..(((......)))....(((((((((((((((((.(.(..(((((((.(((((...)))))))).))))..).((((((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((.((((..(((((.((((....)))).))))).((((((.............))))))..(((((.(..(((.....((((((((((........)))((((..(((((...(((.((..((((...((....)).))))..)).))))))))..))))....(((((...(((.(((........)))........(((.((.....)).)))........)))....)))))((..(((((........)))))..))....(((((((.(((....)))...))))))))))))))..)))..).)))))..)))).))))))...(((((.....)))))((((....))))....((((((((.....))))))))..(((((((((((((.......)))((((((((...)))).)))).))))))))))............(((((((.(((........))))))))))..((((.....))))...........))))))...))))))))).....((((..((((.....))))......))))..........(((.....)))..))))))))..((((((((.(((((.(((......)))..)))))..(((.((((....)))).)))....((((.(((((((((((.((((.(((.(((.............))).))).))))......))))))))))).))))...............((((......))))....))))))))..)))))))))))...........(((((.(((..((((((....)))))).))).)))))...((((((..((.(((((((((((.((((((((((((....(((...(((((((((.(((((((........((((.((((...(((....((((.(((((((((((.(((.......))))))).))))))))))).((((((.(..(.((.((..(((.(.....).)))..)).)).)..).))))))..........))))))).)))).........))))).)).)))))))))..))).............((((((.((...((........(((((((((...)))))))))))...)).)))))).)).))))))...)))).....((((((.(.(....((((((((..........((((((....((((((..(.(((.(..((....))..))))).))))))))))))))))))))).).))))))...((((......)))).))))))))))).)).))))))...((((((...(((...........((((....(((((((....((..(((((..(.(((......))).)..))))).........))......)))))))...)))).((((((((((..((.....)).....)))))))))))))......)))))).....).))))))))))((((((((.(((((((.((((.(((....)))..))))..)))))))..(((((((((.((..((.((......))..))..(((((.((.((((....))))..)).)))))((((((.((......))))))))...((((((((.(((((..((((...(((((......)))))((((((.(((.....))).))))))..))))..)))))....)))))))).))..)))))))))...))))))))..(((((((((((..((((((...(((..((..((((....((...))...))))...))..)))...))).))))))))))))))).))))))))).))).)))))(((((((....))))))).((((((((......(((((((((((((....))))))).)))))).....)))))))))))))))..))))).))))).))))...))))))).........))))))).....)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((,..{((((,(,...)).))))))))))),{{,((((((..((((....(((.((((((.,,..(.((.(({,.,,,,.}})).)).,.....,)}.)))))).)))))))..)))))),,.....{{{.{{{{||,{((((((.{{{,..(((((((..((((..(((.((.(((({....((((((((((((.....)))))..(((......)))....(((((((((((((((((.{,(((((((((.((((((((((((.(((((.((...(((..(((((((((....,,.((((((((.......,((((.((,.((((.,.(((((({{,.,((((.,{((,,.,||||.}||||.,,,,,,...,......,}|||}}}}...,|||||...},},}},..,,.}||{|.,,.....))))}))))})})..}}.)))))))))))),,))))))))).)))...))))))).)))))))}},}))}......(((((.{,.,...{(((((.{((,.((((.((.....}}.)})}....)))),)))))}{,,(({{((((,{..,{,,,,{,{,{{({{(((.(((((((.(((....)))...)))))))))).}))}.))),.,,,...)))).,,))))})},)))))))))))))))}.((((((((((((((((..((((((((((((.,(((((..((((((((((,((.......)}|((((((({...}))).)))),))))))))))...........,(((((({{({(........))))))))}}........((((((((((({...(((({((({(,..,,.,{{,{.....{(({,{((,({,....,||.,,...,|||,,,,,,.,..(((,,,..,.}..,,}.,{{{,.((((((((.(((((.(((......)))..)))))..(((.((((....)))).)))..,.((((.(((((((((((,(((({(,,.,||}}..,,.,,{,..}}}.}}}.))))......))))))))))).))))....,,.....,,,.((((......))))....)))))))),.}||}}....,,.......,,..(((((.(((..((((((....)))))).))).)))))...{{{,((,.,,.|||,,||||||.,{{,{{{{{{{,..,,(((,.,(((((((((.(((((((........((((.((((,..{((,,..((((.((((((({{(({{{,.......},})))).))))))))))).((((((....{.((.((..(({.(.....,})))..)).)).}....))))))........,.))))))).)))).........))))).)).))))))))},,||||{{.,.....,,.((((((.((...((,.......(((((((({...)))))))))))...)).)))))).,}.}}}|}}..,|||,.....((((((.,.,....((((((((,.........{(((({...,((((((..,,((,.,..{|....))..,)))}.)))}}))))))))))))))).,}.))))))...{{{{,,,,,.))))|||||||}||,|,,...})))}.|}|)),,,)),,........}}},,..})))))}.......,,,,,,,,),))))...,)))))))))))).........|||...,((((....))))}...}}}.(((((((((((((,,((.....)).},..)))))))))},))}......{{.(((({...)).))}}).,,)))))....)))}})))))))).((((((((...((((((({...........})))))))..))))))))...........(((((.((.((((....))))..)).))))),{{((((,{.....,))))}}||...((((((((.(((((..((((,,,(((((......)))))||||{{,(((,....}},.)))))),.))))..))))),.,.}}})))))..,,....)))))).)}))))))))).(((((((((((..((((((...(((..{{.,,,((,...{{,..,},},)))}.,.}}..)))...}}}.))))))))))))))}.))))))))).))).)))))(((((({....))))))).((((((((......(((((((((((((....))))))),,))))).....)))))))))))))))..))))}.))))).))))...)))))))...,,,...))})))}.,,},)))}))))}..
Back