Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354644.1
Sequence Length
1343 nt
GC Content
0.4825
AGGAGAGCGAGCUGAGGGAGAAAGGUCCAAAGGGCGCGAGCGCCCAGGGCGCUGGGAGCCCGUGGGACGGGCACGGGGAGGGCAGAGCCAGCCGAGGGGAGCGGCUGCCGGGAGGUGCGCUGAGCAGGGUCCGCAGCUAAGGUCCAGCGCGAUCCGAGCGCCCAGGACCCUGCGGCCGUGGAGGAGGCGUGCCCUGGGAAGGAGCCGCUACUGGGACCUGAAGAGUGAGGGGAGGGAGAGGGGCCCAGAGGGUGACCUGGAGGAGGGCUCUGGAAGUCACGUCAGGUUGGCUCUUCAGGUUCAUUUCCAUAGUUCCCUGCGGCCUCUGCCUUGGGGAGUUAUGUUUUGUUACCGAGAUCCGCGCUACCAGAUUGCACCGGGGCUGAUUUGGGGGCUGGGAAUUUGCCAUUCUGCUGUACAGACACUGAUUUUUUUUUCUUCUUUUUAAAAAGCAAGAUUUUAGGUGAUGGGCAAGUCAGAAAGUCAGAUGGAUAUAACUGAUAUCAACACUCCAAAGCCAAAGAAGAAACAGCGAUGGACUCCACUGGAGAUCAGCCUCUCGGUCCUUGUCCUGCUCCUCACCAUCAUAGCUGUGACAAUGAUCGCACUCUAUGCAACCUACGAUGAUGGUAUUUGCAAGUCAUCAGACUGCAUAAAAUCAGGCAUGGUAGCACGCGCCUAUAAUCCCAGAGGGAGGAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGAAGCGAGCCAAGAUUGCACGACUGCACUCCAGCCUGGAAGACAGCGCAAGACUCUAUCUCCAAAAAAAAGAAAAAGACAACAGAGAAUUGAGGGGUCUGCAGAAGCAUAUGUUAGAAGUGUGGUCCUAAAUUAUCCAGAGGCCAGAGAAGCCAAGCUAAGACGUGAUCAAUACAGUUUACAAGAGAAAGUGGGACCACCUCCACCUGUAUAGUCAUGCAGGUUGUACACUGCAUAUUUGUCGAUGGCAGCCUUGACAGACAGGCUUGUGGAACAUCAAGACCUGGAUGAAACACCUCUCAGAACUGUCCACUCCUUUUAUUUUAAUUCUGCACAUACCAAGAAAACUUUUGAUGAUUACUUAAUUAUUAAUACAAGGAGAGGUGGCAUUCUGUUACUUGAAAGAUAUUUUCAUCAUGGUGAGAUAAUGCACAGCGGUCCCCUUCUUAUCCUCUGAGGAUCCCCCAAGACCUCAGUGGAUGUCUGACACUGGACUGAACCCUAUAUAUGCUAUAUUUUUUCUGUAUACAUACCUAUGAUAAAGUUUAAUUUAUAAAUUAGACAAAGAUUAAUAACAAUAAUUAAUAAAAAAUAAAACGAUUAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-436.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -459.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 329.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((.....((((.....((((((..((((.(.((((((...)))))).)..((((((...))))))....((..(((...)))..))(((((((.((((((((....((((((((...((.((.((((((....(((((.((((.......))))...))))))))))))).)).....))))))))(((((((((.((.((((((..(.(((((...((((((((.((((.(((((((.(((((.((((((((.((((((((.((((.((((((.((((.((((((((..(((.((....((((((((((((.(((....))).))))))))))))...))..)))))))(((..(((.(((((((((......)).))))))).)))..)))....)))).)))).)))...))).(((((((((...((((((((....)))).)))).......((((......)))))))))))))...(((((.....))))).....)))).))))..........((....))..)))).)))).).))).))))).))))))).)))).))))))))...(((((.(((((......)))))..)))))..(((.........)))...((((.(((....))))))).....))))))..))))))..)).)))....))))))..(((((((..(((((((...(((((((((((..((....((((.......))))))..)))).))))....)))....))).))))..)))...)))).........................(((((.((((.(((((..(((.......(.((.(((((((((.....((....(((.......)))..........((((.(......).))))..)).....))))))))))).)((((((((....)))))))))))...))))).)))).))))))))))))....((..((((((((........)))).))))..))...((((((((..........................((((..........))))..((((((((((((....)))))))))...)))))))))))(((((.(.((((((((((.....)))))....))))).).))))).....).)))))))...((((.((((((.((......)))))))).)))))))).....))))))...)))).....)))).((((((((...............((((...((((((((....))))))))....))))...............)))))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,(({{,,...((((.....((((((..((((.(.((((((...)))))).)..||||((.,,||||||....((..(((...)))..))(((((((.((((((((.,{,((((((((...((.((.((((((....(((((.((((.......))))...))))))))))))).}}.....})))})))(((((((((.((.((((((,.(.(((((.{.((((((((.((((.(((((((.(((((.((({(((({((,((((.(((((((((((.....},})))).))))))}}}.,|||({(((((((({{,(((,,,.||}.|}}}}}||}}}|{{{{{....||||}|{{..{{|.||{{{{{||...,,,)),)}}}})),))),,))),,,,}(((({,,(((((.(({...}}}........(((((((((...,{{|......}}}}.(((..((({..,((..{,..(((((.{{....}}.))))).},...,}))))..)))})))))))))))))))))).||||.,,))}).))).))))).))))))).)))).))))))))}..{{{((.(((((......)))))..}}}}|,,,{(,...,,,,,}}}...{((,,(((....))))))).,...)))))).,))))))..)).)))....)))))).|{{{{(((..((((((,,,{((,({,,{{,|.||||.,,||||.......}}))})}.))}).)))).,}}}},....))),)))}..)))}.||||,.....................|,,.{((((.((((.(((((..{(....,,,.{.((.(((((((((.....((....(((.......))).......,,,(((,.,......),))}}..)).....))))))))))).,((((((((....)))))))),},...))))).)))).)))})))))))).,..((..((((((((........)))).))))..))...(((((({{.,...,,,,..,,,,,,.,,,..,,,(({{.........,||},...|||{(((((({....))))))))),,.}}}))))))))(((((.(.(((((((({{{,...}}))},,..))))).).))))).,..,).)))))))...((((.((((((.((......)))))))).)))))))).,}..))))))...)))).....}))).,,{{||||,,.,,,.,,,....,}},,...((((((((....))))))))....{{({{{.......}))}}}.,,,,,,........................
Back