Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354735.1
Sequence Length
3494 nt
GC Content
0.5049
ACAGCACCGGAAGAGUCGCUAGGUGGCUGAAGAGGAGGGGGCUGGGGCAGGAGGUCAAAGAACAGAGUUAAGGACCAGUGGGGCGCCUGCGCGGUGUGGCGAGGCCCGAGAAGCGAAGGGAGCAUUUAAGACUAGUCGAGGCAGCCAUGCAUAAAGACGAGUUUCAUCUGAAAUUUUUCAUGUGUGUGAUUCAGUCUCGCCAGUUAGUCAGGACUCCUCAGAGAACAGCUGGGGAAGCUUCUACUUCCAGCAUGCUCAUACCAAAGCCACCACCAAAGACAGACAUCUUGAAGAGUCUAGAUACUAUGGAUGAUCCAGACACCGUGGGAAGCAUACCUGUUUUCAAAACUGAAUGUGCAGAGGUAGAGAUACAAGUAAGCAAGAGGAAGAGGGCAGUGGUAAAAGCAAGAGGAGACCCGACUGUGGAGACAAUGAAGCAAAGGGAAGAGUGGAUCAUGACCCAUGAAGAGCACCAUGCAGCCAAAACCCUGGGGAUUGGCAAAGCCAUUGCUGUCUUAACCUCUGGUGGAGAUGCCCAAGGUAUGAAUGCUGCUGUCAGGGCUGUGGUUCGAGUUGGUAUCUUCACCGGUGCCCGUGUCUUCUUUGUCCAUGAGGGUUAUCAAGGCCUGGUGGAUGGUGGAGAUCACAUCAAGGAAGCCACCUGGGAGAGCGUUUCGAUGAUGCUUCAGCUGGGAGGCACGGUGAUUGGAAGUGCCCGGUGCAAGGACUUUCGGGAACGAGAAGGACGACUCCGAGCUGCCUACAACCUGGUGAAGCGUGGGAUCACCAAUCUCUGUGUCAUUGGGGGUGAUGGCAGCCUCACUGGGGCUGACACCUUCCGUUCUGAGUGGAGUGACUUGUUGAGUGACCUCCAGAAAGCAGGUAAGAUCACAGAUGAGGAGGCUACGAAGUCCAGCUACCUGAACAUUGUGGGCCUGGUUGGGUCAAUUGACAAUGACUUCUGUGGCACCGAUAUGACCAUUGGCACUGACUCUGCCCUGCAUCGGAUCAUGGAAAUUGUAGAUGCCAUCACUACCACUGCCCAGAGCCACCAGAGGACAUUUGUGUUAGAAGUAAUGGGCCGCCACUGUGGAUACCUGGCCCUUGUCACCUCUCUGUCCUGUGGGGCCGACUGGGUUUUUAUUCCUGAAUGUCCACCAGAUGACGACUGGGAGGAACACCUUUGUCGCCGACUCAGCGAGACAAGGACCCGUGGUUCUCGUCUCAACAUCAUCAUUGUGGCUGAGGGUGCAAUUGACAAGAAUGGAAAACCAAUCACCUCAGAAGACAUCAAGAAUCUGGUGGUUAAGCGUCUGGGAUAUGACACCCGGGUUACUGUCUUGGGGCAUGUGCAGAGGGGUGGGACGCCAUCAGCCUUUGACAGAAUUCUGGGCAGCAGGAUGGGUGUGGAAGCAGUGAUGGCACUUUUGGAGGGGACCCCAGAUACCCCAGCCUGUGUAGUGAGCCUCUCUGGUAACCAGGCUGUGCGCCUGCCCCUCAUGGAAUGUGUCCAGGUGACCAAAGAUGUGACCAAGGCCAUGGAUGAGAAGAAAUUUGACGAAGCCCUGAAGCUGAGAGGCCGGAGCUUCAUGAACAACUGGGAGGUGUACAAGCUUCUAGCUCAUGUCAGACCCCCGGUAUCUAAGAGUGGUUCGCACACAGUGGCUGUGAUGAACGUGGGGGCUCCGGCUGCAGGCAUGAAUGCUGCUGUUCGCUCCACUGUGAGGAUUGGCCUUAUCCAGGGCAACCGAGUGCUCGUUGUCCAUGAUGGUUUCGAGGGCCUGGCCAAGGGGCAGAUAGAGGAAGCUGGCUGGAGCUAUGUUGGGGGCUGGACUGGCCAAGGUGGCUCUAAACUUGGGACUAAAAGGACUCUACCCAAGAAGAGCUUUGAACAGAUCAGUGCCAAUAUAACUAAGUUUAACAUUCAGGGCCUUGUCAUCAUUGGGGGCUUUGAGGCUUACACAGGGGGCCUGGAACUGAUGGAGGGCAGGAAGCAGUUUGAUGAGCUCUGCAUCCCAUUUGUGGUCAUUCCUGCUACAGUCUCCAACAAUGUCCCUGGCUCAGACUUCAGCGUUGGGGCUGACACAGCACUCAAUACUAUCUGCACAACCUGUGACCGCAUCAAGCAGUCAGCAGCUGGCACCAAGCGUCGGGUGUUUAUCAUUGAGACUAUGGGUGGCUACUGUGGCUACCUGGCUACCAUGGCUGGACUGGCAGCUGGGGCCGAUGCUGCCUACAUUUUUGAGGAGCCCUUCACCAUUCGAGACCUGCAGGCAAAUGUUGAACAUCUGGUGCAAAAGAUGAAAACAACUGUGAAAAGGGGCUUGGUGUUAAGGAAUGAAAAGUGCAAUGAGAACUAUACCACUGACUUCAUUUUCAACCUGUACUCUGAGGAGGGGAAGGGCAUCUUCGACAGCAGGAAGAAUGUGCUUGGUCACAUGCAGCAGGGUGGGAGCCCAACCCCAUUUGAUAGGAAUUUUGCCACUAAGAUGGGCGCCAAGGCUAUGAACUGGAUGUCUGGGAAAAUCAAAGAGAGUUACCGUAAUGGGCGGAUCUUUGCCAAUACUCCAGAUUCGGGCUGUGUUCUGGGGAUGCGUAAGAGGGCUCUGGUCUUCCAACCAGUGGCUGAGCUGAAGGACCAGACAGAUUUUGAGCAUCGAAUCCCCAAGGAACAGUGGUGGCUGAAACUGAGGCCCAUCCUCAAAAUCCUAGCCAAGUACGAGAUUGACUUGGACACUUCAGACCAUGCCCACCUGGAGCACAUCACCCGGAAGCGGUCCGGGGAAGCUGCCGUCUAAACCUCUCUGGAGUGAGGGGAAUAGAUUACCUGAUCAUGGUCAGCUCACACCCUAAUAAGUCCACAUCUUCUCAGUGUUUUAGCUGUUUUUUUCAUUAGGUUUCCUUUUAUUCUGUACCUUGCAGCCAUGACCAGUUCUGGCCAGGAGCUGGAGGAGCAGGCAGUGGGUGGGAGCUCCUUUUAGGUAGAAUUUAACAUGACUUCUGCCCCAGCUUUAUCUGUCACACAAGGCUGGGCACCUCUAGUGCUACUGCUAGAUAUCACUUACUCAGUUAGAAUUUUCCUAAAAAUAAGCUUUAUUUAUUUCUUUGUGAUAACAAAGAGUCUUGGUUCCUCUACUACUUUUACUACAGUGACAAAUUGUAACUACACUAAUAAAUGCCAACUGGUCACUGUGCUUUUGCUUCUCCUGUUAUCAUCUUCCUAAGUGGAAUGUAAUACUGUCAGCCCCAUGUAUCAGACACUUGUCUGAUGAAGCAGUAAAGACGUUAAGGGUAUCACAGGGGGUGGAGGAAGGGAUUAUCUCUAGUACACUACUUGCUGGCUGUCUGAAAAAUUGUCACUGCCAAACUCUAAAAACAGUUCUAAAUAGUGACUGAGAAGGUUUGUUGCUGGAGUCAGGGAAUAAGGCAGCCAAAUACUCUUUGCACAGUUCUUUAGUGGGAAGAGAAAUUAACAAUAAAUAUCAAGCACUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1229.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1293.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 876.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.....((((((((..((((((....(((((((((((((((((((((...((((.((.(((....(((((((..(((((((((.((((...((((((....((((..(((((((((......((((.(.((((((.(.((((((((..((.(((((((....))))))).)).))))))))...).))))))).))))((((.((.((((((........(((((((..........))))))).((((..(((((..(((..(.((......((((.(((...))))))).....((((((.((.......))))))))...((.(((.(((((((....(((......))).....)))).))).))).))....))..)..)))..)))))..)))).)))))).)).))))..(((((((.(((((((..(((((((((((((((((...))))..(((((((((((((((......((((((((((((((((....(((((((((..((((((..((((((((((.((((.((((...((..(((((((.((((((((..((.((((((......)))))).((((((((.((((((((.(((.((....)).))).)))))))).))))).))).........(((.(((((..(((((((.....))))).))..))))).)))((((....((..(((.(((((((.......(((((....))))).(((....)))..(((((((((..((((((((.(((.(((((.....)))))))).)))))))).)))..))))))..))))))))))..))....))))(((((((.(.(.(((((((((.(.(((........((((((...(((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((.......))))..)))))))(((....)))....))))).))))).(((((......))))).......((((((((.((((((.((..((.......((.((((((((((.((((.(((((..(((.(((.((((((...(((...........(((((((((...))).....))))))....))).....)))))).))))))...((((((((.((((((.((.((((((((((((..((((..(((((....)))))))))....(((((((((((.((((((...)))))).))))).(((.......))).))))))(((((..((((...((.(((....))).))...))))..).))))....)))))))))....))))).)))))).)).))))))....((((((.(((...(((.(((((((((((....)))))..)))))))))...))).)))))).....)))))))))....))))))))))))......((((..........))))..(((.(((.(((((((((...((....(((((.....)))))..))...((((.....))))(((.((.......)).)))((((((.(.(((((.........((((((.(((((((((((....((((((((((((.......((((((.(((.((((((((...))))..))).).)))))))))...........(((((..(((((...))))).)))))...))))))))))))...)))......(((.(.(((.(((((.((((..((.(((.(((.....))).)))))..((.((((....(((...)))...)))).))(((.((...)).))))))).)).))).))).).)))((((((((..(((((.(((..(((...((((((...((((((...............)))))).)))))))))..))).))))).)))))))).............)))))))).))))))))))).).)))))))))))))))))).))).))..)).)))))).))))))))..((((...........)))).))))))))))))))...))))))...))).))))))).)))).).)))))))....((.((((((((((...)))).)))))).))...(((((...(((((((.((.....)).)))).))).((((((((((((((.((((.....))))..)))...(((((((((...)))))))))((((.(((..((((......)))))))))))...(((.(((.((....)))))))).(((........))).(((....(((..((((...(((((........)))))..))))..)))....))).)))))))))))...........)))))))..)))))))))).)))))..))..))))))))...((((....))))...))))))))))..))).)))))).(((((......)))))))))))((((....))))....(((.((.((((......((((.(......)))))......)))).)).))).(.(((..((...))..))).)....((((.....))))..)))))))))).)))))).....)))))((((((((((((((.(((((....(((((((((.((.((((...))).).)).)))))))))....))))).))).....)))))..))))))((((((((((((..(((((.....))))).........((((((.((....))))))))....))))).)))...))))..(((((...((.((((((.....)))))))).))).))(((((..((((((......))))))..)))))........))))))..))))............)))))).)))))))..)))))))..)))))))........)))))))))..))))...)))))).)))....((((((((.....))))))))..).))))))(((((..(((((((..(((((((.(((.((((((.(((....(((((.((((((...........)))))))))))..((((((......))))))..........))))))))).))).)))))))...............((((((((....))))))))....)))))))...))))).....((((((.....))))))...............))).)))))))))).)).))))...)))))))))......((((.....))))..........))))))))...((((((((....))))))))..(((((...((((.....((.....(((.((((((.(..(((((...)))))....).)))))).))).....)).......)))))))))....)))).....)))..)))..)))))))).....)))..((((((....((...))....))))))......((((((.(((.........))).)))))).......................)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.{((.....(((((({{.,|{((({....{{{{((((((({(((((((((.,,((({.((.(((....(((((((..((({,((((((((((((((..((...(((,,(({{{((((({......((((((.((((((.(.((((((((..((.(((((((....))))))).)).))))))))...,.))))))...,}))))).,,..(((((((.......))))))).}}))},.)))),.)).}.)))...))...)))),})))......((((.(((...})))))).....((((((.((.......)))))))){{((({....})))|||,....,}...)))))).|((({...,|,{((({,{..(((((((.(((((...((((..{{.(((((((((((.{{.{{.(((((((.(((((((..(((((((((((((((((...)))),.(((((((((((((((..,,..(((((((((((((((((({{(((,({,,,,,(((((({(((((((((((,({,{.((((,,,,({{,,,,,||},||{||||,.,|||}|}|}||||||{{{((((((((((((.{(((((((.(((.((....}).))).)))))))}.))))).))).....,,..(((.(((((..(((((((.....)))))}}}..))))).))){{{{|||,{{{,{{{,{{{{{,|...|,,|||||{,{,{||,||{({.|{.{{||({((((((,,(..((((((((.(((.(((((.....)))))))).)))))))).})}..)))))}}))..,)))),)}.,,}}}})))}|||{{{(,({(,{(((({{{{,|,{|{.,,,....((((((...(((((((((((.(((.(((((((((((((((({{{{|..,..,,}))},.})))))}(((....)))...,))))).))))).(((({......))))).,,,,..((((((((.((((((.((..((.......{{.((((((((((.((((.((((((.(((.(((.((((((...,.(..{{,.,,.,.(((((((({...})).....)))))),}.,}}).,...)))))).))))))...||||||.,.((((((.(,{(((((((((((({.((((.,(((((....)))}|)))|,,..(((((((((((.((((((...)))))).))))).,((.,,....)))})))))){{{{|..,(({...((.(((....))).))...))))..}.))))....)))))))))....))))).)))))).,|.|||||}....((((((.(((...(((.(((((((((((....)))))..)))))))))...))).)))))).....)))))))))....))))))))))}}{((((.((...)}))))}..{(({..(((((((.,,(((((((..,((...}|((((.....))))|{{(({,{({{,.,{.{||}}(((.{{.......}).))},{||||,|,{(({{.........((((((.(((((((((((..,.(((((((((((({,,....((((((.(((.((((((((...))))..))).).)))))))))..,........(((((,.(((((...})))).))))),},)))))))))))),|{|}|,....,|||,|,|{{.(((((,{{{{,|{{.,,{{||||||{,,(((((({{((....)))))))))..},}}||||}.}}}))|{{||{...}),),},},,.}},,})}}}}}),)))((((((((,.(((((.(((..(((...((((((...((((((...............)))))).)))))))))..))).))))).))))))))..,..,,,,..,.)))))))).))))))})))}})}))),..)))))))))))))))))))..)).)))))).)))))))}..{|||,,,...,.,..}})).))))))))))))))...))))))..,}}}.}}}}}}}.}}}}|},}}}}})}...,{{.((((((((((...)))).)))))).}}..{((({,...,((((((,((.....)).||}|{|||{{{(({{{.{{{|{{||||||,...}}}},}}}}...{((((((({...}))))))))((({.{{,.|((((......)))))))))))}..|||}|{{.{,...,||||||||(((((.((.{{{,{{.,,({,{{(((..((((...(((((........)))))..))))..))|,,,,|||{||}||||||.,,|,..,.....,,,},}}..,,})))))))}}})})}}),}})))),))),,,{|||..,,})))}}})))),)))))},}}},|}}.,,.,|{||},.}}})))))))))}}{{((|,..}}))..,|{({{({.,,,({.....,,}}.,..}}}})))}}||.,{||,,,...,}}}..}}}}}}|....,,..}))},})}}}|))}}}))}},,..)))))))))).)))))).,,..)))))((((((((((((((.(((((....(((((((((.((.((((...))).).)).)))))))))....))))).))).....))))),.})))))((((((((((((..(((((.....)))))........,((((((.(,....}))))))).,..))))).)))...))))..(((((...((.((((((.....)))))))).))).))(((((..((((((......))))))..)))))........))))))..))))............}))))).)))))))..)))))))..)))))))..}}}}.)))))))))))...}}.)))),},|(,((((..((,(((((..{{{{,.,)))).))})).)),.}})).)){(((((..(((((((.((((((((((.(((....((((((((((((...,,....,.)))))))))))..((((((......))))))..........)))))))))})))})))))))...)))))}.......(((((((....))))))))))))..))))))).})}))).,.,{(((((.....)))))}.,,,,.........,))).)))))))))).)).)))),..))))))))}...,,.((((.....)))).},.......})))))))...((((((((....))))))))..(((((...((((,,..{({{,.,.(((,{(((({.{..(((((...)))))....),))}))),}}||,|||||.......}}}}}}}}}...,||||.....|||}|||...}})})))).....))}|||{{{{{,.|,|{.,.}}...,))))))}}....((((((.(((.........))).)))))).......................)))).
Back