Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354933.2
Sequence Length
4206 nt
GC Content
0.4903
AGUCCACGCCCUCCAGCCGGGCGCGCUCGACGCGGACGGCGGGCCAGCUGCCGGAGCGCGGCGACUCCAGGGGACCCACAGCUGGGGCGCCAGAGCGCGGCCAUCCGGGCGGGGCCGACGGAGCGCGGCAGGACUUGGCUGGACGGCGCGGCCACGGAGAAGGGCGCGGGUACAGCUCUGCCGGGGGGGGAAAAAGUGGUACCAUUUUGGGCGUUCUUGAGCUUCAGAAUGCAACCAGACAUGUCCUUGAAUGUCAUUAAGAUGAAAUCCAGUGACUUCCUGGAGAGUGCAGAACUGGACAGCGGAGGCUUUGGGAAGGUGUCUCUGUGUUUCCACAGAACCCAGGGACUCAUGAUCAUGAAAACAGUGUACAAGGGGCCCAACUGCAUUGAGCACAACGAGGCCCUCUUGGAGGAGGCGAAGAUGAUGAACAGACUGAGACACAGCCGGGUGGUGAAGCUCCUGGGCGUCAUCAUAGAGGAAGGGAAGUACUCCCUGGUGAUGGAGUACAUGGAGAAGGGCAACCUGAUGCACGUGCUGAAAGCCGAGAUGAGUACUCCGCUUUCUGUAAAAGGAAGGAUAAUUUUGGAAAUCAUUGAAGGAAUGUGCUACUUACAUGGAAAAGGCGUGAUACACAAGGACCUGAAGCCUGAAAAUAUCCUUGUUGAUAAUGACUUCCACAUUAAGGUUCAGGCUACAGCUCAAAACAAGCAACACUGCAGUCCUUAUCCUCAGUGUGUCUUUGGGAUCCUUGGACACUUGCAUCCAUGGGCCUCUGGACGCCAUUUGGGGAAAUAGAAGAUCGCAGACCUCGGCCUUGCCUCCUUUAAGAUGUGGAGCAAACUGAAUAAUGAAGAGCACAAUGAGCUGAGGGAAGUGGACGGCACCGCUAAGAAGAAUGGCGGCACCCUCUACUACAUGGCGCCCGAGCACCUGAAUGACGUCAACGCAAAGCCCACAGAGAAGUCGGAUGUGUACAGCUUUGCUGUAGUACUCUGGGCGAUAUUUGCAAAUAAGGAGCCAUAUGAAAAUGCUAUCUGUGAGCAGCAGUUGAUAAUGUGCAUAAAAUCUGGGAACAGGCCAGAUGUGGAUGACAUCACUGAGUACUGCCCAAGAGAAAUUAUCAGUCUCAUGAAGCUCUGCUGGGAAGCGAAUCCGGAAGCUCGGCCGACAUUUCCUGGCAUUGAAGAAAAAUUUAGGCCUUUUUAUUUAAGUCAAUUAGAAGAAAGUGUAGAAGAGGACGUGAAGAGUUUAAAGAAAGAGUAUUCAAACGAAAAUGCAGUUGUGAAGAGAAUGCAGUCUCUUCAACUUGAUUGUGUGGCAGUACCUUCAAGCCGGUCAAAUUCAGCCACAGAACAGCCUGGUUCACUGCACAGUUCCCAGGGACUUGGGAUGGGUCCUGUGGAGGAGUCCUGGUUUGCUCCUUCCCUGGAGCACCCACAAGAAGAGAAUGAGCCCAGCCUGCAGAGUAAACUCCAAGACGAAGCCAACUACCAUCUUUAUGGCAGCCGCAUGGACAGGCAGACGAAACAGCAGCCCAGACAGAAUGUGGCUUACAACAGAGAGGAGGAAAGGAGACGCAGGGUCUCCCAUGACCCUUUUGCACAGCAAAGACCUUACGAGAAUUUUCAGAAUACAGAGGGAAAAGGCACUGCUUAUUCCAGUGCAGCCAGUCAUGGUAAUGCAGUGCACCAGCCCUCAGGGCUCACCAGCCAACCUCAAGUACUGUAUCAGAACAAUGGAUUAUAUAGCUCACAUGGCUUUGGAACAAGACCACUGGAUCCAGGAACAGCAGGUCCCAGAGUUUGGUACAGGCCAAUUCCAAGUCAUAUGCCUAGUCUGCAUAAUAUCCCAGUGCCUGAGACCAACUAUCUAGGAAAUACACCCACCAUGCCAUUCAGCUCCUUGCCACCAACAGAUGAAUCUAUAAAAUAUACCAUAUACAAUAGUACUGGCAUUCAGAUUGGAGCCUACAAUUAUAUGGAGAUUGGUGGGACGAGUUCAUCACUACUAGACAGCACAAAUACGAACUUCAAAGAAGAGCCAGCUGCUAAGUACCAAGCUAUCUUUGAUAAUACCACUAGUCUGACGGAUAAACACCUGGACCCAAUCAGGGAAAAUCUGGGAAAGCACUGGAAAAACUGUGCCCGUAAACUGGGCUUCACACAGUCUCAGAUUGAUGAAAUUGACCAUGACUAUGAGCGAGAUGGACUGAAAGAAAAGGUUUACCAGAUGCUCCAAAAGUGGGUGAUGAGGGAAGGCAUAAAGGGAGCCACGGUGGGGAAGCUGGCCCAGGCGCUCCACCAGUGUUCCAGGAUCGACCUUCUGAGCAGCUUGAUUUACGUCAGCCAGAACUAACCCUGGAUGGGCUACGGCAGCUGAAGUGGACGCCUCACUUAGUGGAUAACCCCAGAAAGUUGGCUGCCUCAGAGCAUUCAGAAUUCUGUCCUCACUGAUAGGGGUUCUGUGUCUGCAGAAAUUUUGUUUCCUGUACUUCAUAGCUGGAGAAUGGGGAAAGAAAUCUGCAGCAAAGGGGUCUCACUCUGUUGCCAGGCUGGUCUCAAACUUCUGGACUCAAGUGAUCCUCCCGCCUCGGCCUUCCAAAGUGCUGGGAUAUCAGGCACUGAGCCACUGCGCCCAGCCAACAAUCCGCUCUGAGGAAAGCGUAAGCAGGAAGACCUCUUAAUGGCAUAGCACCAAUAAAAAAAUGACUCCUAGUUGUGUUUGGAAAGGGAGAGAAGAGAUGUCUGAGGAAGGUCAUGUUCUUUCAGCUUAUGGCAUUUCCUAGAGUUUUGUUGAAGCAAGAAGAAAAACUCAGAGAAUAUAAAAUCAACUUUUAAAAUUGUGUGCUCUCUUCUUCACGUAGGCUCCUGUUAAAAACAAAGUGCAGUCAGAUUCUAAGCCCUGUUCAGAGACUUCGUGGAUCACAGCUGCAGCUCACCGCCACAUCACAGGAUCCGUUAACGUUAAUACCCAAUACUCUGUCAGCCACUGUAGGCUCUAAGAACCACGUGCAGUCUUCAGCCCAUUAAAUUAUCGAUUAUUUUUUAAUGAAUUGAAUUUAUAUUGAGUCUUCAAAUUAACUGAAUGGAUUUAAAGGGGUACCAAGGAGGGGGGAAACAUCAGAAUUUCCCAGGCAGUUGUUGCAAGGAAUUGGUACUAACCGUGACUACAACAAAAAUUCUUGAUUGACUUUUAAAGUUAUUUCCUGGCAUUCUGGUACCUUCACCCAGCCUGAGUGCCCUGGAGAGGGAACAGGAAAUGCUGAUCUCUACCCCUGGGUGAGACCAGAACCUCAGGGCUGAUACUGUUGAGUGGCUUCCUCGGUUUACUCUGUGUACUGUGAAAGUAUUUUCAUAUUUUUUCUGUGUGCCAGAGUGAAAAAGGACAGCUUCUGAGUGUGGUAAUUGUGCCUCUAGCACCCAGCCUUUCAAAGCCCACCUGAAACCUGGGGGUGGAUGAAAGAACUAGAAUAGAAGACUGAAGCUGGGUAGGCCGCUCAGUGUCCACUGGCAUUUUGCUAAACCGACAAGGAAGGCUGUGUGCUUAGCUCUCCCCAGAGGGAGGGCGAGAAGGGUGUGGUGAUGGUCAAUCUGGCUGUCGGAACAGAUUCUGGUGUCUUGGGCUGAUAACAGUGUUGUUGAUUCUGAUUGUGAAUCCCCUCAACUCUAGCAGACACAUACACACCCCUGAAAUGGGGCUGCAGAGCAGGCUGUCUCAGCCUUGCCACUGUCGGCAUCUCGGCCUGGGUAAUUCUGUUGUGGGGACUGUCCUGUUCCUUGUAGGAUGUUUAGUAGCAUCCCUGCCCCCACCUACUAGAUGCCAGGGGCACUGUUCUCCCCAGCCCCCCGCCCCAGUUGUGACAAUAGUCUCUAAACAUUGUCAAAUGGUCCAAGGAAAGGGGAAAAUUGCCCCGGUUGAGAAGAGCACUGCUGUAAAGUAAUGAGCCUCGGCUCUCCUGUCUGCACCUGUCCGGUUACUACUUGGCCACCACGCAGCCUUGGCUCCUACAGCCCAAAAGGGAGAAUGGAGGGAGGCUCCAGGCUUUGCUGGAGGGGCCUGGGUGAGUUCUGUUUGCUCCUUGUACCACCAUCCAAAUGGUGUUAUCAAAUCUCUUAGAUUCCAAAGAGGUUGAAUAAUUAAUGUUCAAAGGCAAGAGGGCAAGGCAUUUUUUAACACUUUUUAAAAUAAAAAUUUAUACCACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1403.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1481.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 1017.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...((((((..(((((.(((((((..(((...((((((.....))))))..))).((((.((((((.(......)..)))))))))).))))))).))........(((((.((((((((.((((((.....(((((.((..((((.((........)).)))).)).)))))))))))(.(((((...((((((((.(((((((((((((((.((...)))))))))..))))).))).....(((.((((((..(((...))).)))))))))(((((.((((((((.(.(((.(((.(((((((((((..((.((.((((((....)))))))))).((((.(((((((((.(((((((.(((......(((((((..((((((((((((.((..(((((((((((((((((((.(((((((..(((...(((.....(((....)))....))))))..))))))).((.(((((((((.((((((.(((((.....(((((.((.(..(((....)))..).)).)))))....))).))..))))))))).)))))).))..(((.((.(((.((((............)))).))).)).)))....((...(((((((((....(((((((((.((((((((.....(((((.((.............)).))))))))))))).)))..........(((....))).)))))).(((((((.((((((..(((.(((.((((........)))).))))))..))))))...)))))))........))))).).)))...)))))))))))))))))...)).))..............((((((((.((.(((((.(((((((((.((..((((((.......))))))..)).))))))...(((((((((((..((((...(((((((((((...((.((((((..(((((((.(((((((((...)))))).)))))))(((..................)))..........))).)))))).)).)).))))))..((((((....((((((.......))))))((((.((((.....(((((((((((...((((.........)))).((((((((((((((((((.(...((((....))))....).)))))))))......(((...((((.((((((((.......((........)).......))))))).).))))...)))......))))).)))).......(((((((((((((((((......))))))))...)))))))))))))))))..))).....)))).......)))).((((......))))..)))))))))..))))..))))))(((((((((((((.((((((((((..((((((......)))))).)))..(((((....((((.((((((((..(((....))).........((((.............))))((((((((.....(((.(.(......)).)))........))))))))..((((((((..((.....((((((.....))))))...(((((((((((((((......(((((..((......((((((...(((((.....(((((((.....(((..((.....))..)))....))))))).....)))))..((((....))))...((((.(((((((((((((.....((..(((((.(((....(((..((((......((((((((..((.(......).))..))))....)))).....))))..)))))).)))))))...)))).)))......)))))).)))).....(((((((((.......((((((.((.......((((((((((.((..((.....((((((........(((((((..((.(((..(((.((((...)))))))))).)))))))))((((((((((....(((((........................)))))(((((((..(((..(((....))).....))).))))))).....))))))))))..(((((.....((((........))))....)))))(((..(((((((..(((((..(((((.....)))))(((...(((((.((..(((.......................)))..)))))))...)))..))))).)))).))))))....))))))..))..))..))))....)))))))).))))))....(((((...((((.......(((((((.((((......))))))))).)).......)))).))))).......)))))))))((....))..(((((((((..(((..((((..(((......)))..)))).)))..)).....)).))))).))))))......))..)))))...))))).(((((((..((((.((((((((.(((((....))))).)))))))).))))))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).))))..)))))))))))..(((((((....((....))..........((((((......(((.....)))......))))))((((((...(((((.(((((((((((((((((((((((((((...(((((..(................(((((..((.......))..)))))....)..)))))..))).)))))...)))))...)))))).)).))))))))))).))))))......((((((......((((.((((((...............)))))).)))).))))))(((.((((((.((.....((((..((..((.......))..))..))))))))).)))))))))))))(((....)))........).)))))))))))))...)))))...........))).))))))).)))..))))).....((((..(((((..(((((((..(((((..(((((((((....)))).))))))))))..(((((((((((.......)))..)))))))).(((((((..(((..((((((...((((((((...(((((...((((((..((..((.(((....)))))..)).))))))...........((((((...))))))...))))).))))))))...))).)))..)))..)))))))((..(((((.(((......))).)))))..))((((......)))).......))))))).)))))...))))((((((((((((((((((.((((.(.((((((((....)))))))).)...))))))))))))....(((((....(((((((..........((((.....(((((((((((((..((((.((........))))))...))))))..(((...))).........)))))))))))))))))))))))..(((((...))))).)))))...)))))..))))))))))((((((((....)))))))).((((...(((..(((((((((...)))))))))..)))..)))).)))).)))))))....))).)))).....)))))))))))).)))))))))((((.((((...........((((......)))))))))))).((((((...))))))((((......))))((((((((.((((((((.......((((((......))))))....(((((((....))))))).((((((...(........)...))))))......(((((...((......(((....(((((((.((......)))))))))..))).....))...))))).)))))))).))))))))....((.((((....)))).)))))))).))).))).))))))).)).))))).))))))))..)).)).).)((((((..((((.....(((....))).....)))).))))))(((((((((......)))))))))....)))))))).)))))(((((.((((((....)))))).)).)))(((((((........)))))))((((((.....))))))..)))..))))))..))).......................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({({..((((((..(((((.(((((((..{((,..((((((.....))))))..})))((((.((((((.{......)..)))))))))).))))))).))...,,{..{{{{|,|{{(((((,{((((({,,,,(((((.{(..((((.((........)).)))).)}.)))))}|||}|,{(((({...(((((((({(,.{(((((((((({,({...}))))))))..)))}|.,|,{{,..(((.((((({..{{{...})}.))))))})),,|||.{(((((({,(.(((.(((.((((((({(((..((.((.((((((....)))))))))).((((.(((((((((.(((((((.(((.....,((((({,.,(({,{{{|||{..,,.|||||(((((((((((((((.(((((((..(((...(((.,...(((....)))...,))))))..))))))).((.((((((((,{((((((.{((((.....(((((.((.(..(((....)))..).)).)))))....))),,)..))))))))).)))))).))..{({.((.(({.((((..,.....,}..})}}.))).)).)))....({...((({(((({....{((((((((.((((((((.....(((((,,(,........},.})).})))))))))))).)))..........(({....})).)))))}.(((((((,((((((..(((.(((.((((........)))).))))))..)))))).,.))))))).......,))))).).)))...))))))))))))))))).,,||.||...,,.........{(((({({.((.(((((.(({((((((.((..((((((.......))))))..)).)))))).,.,{{|(((((((|.(({{..,{{{((((((((...((,((((((..,,{((((.(((((((((...)))))).)))))))|((....|||},....,.{,,|||..........}}}.}}}|||.||.||,||||}}..{(({({,...,(((((,..,,{,|}}}}|{{{{.{{{|,,,,{(({(((((((({,.((({.........)}}}.||((((((((((((((((.(...((({....}))).,,.,.))))))))),.,,,,......{(((.(((((((({(,,...((.....,,.)).,,.},,))))))).).))))||,}}}......,||||.|||........{((((((((((((((((......)))))))).,.,}))))))})))))))},.,},....})),,...,,.}))))),|,,,|},|{||||{.|||}},,,{{{|||}.,|||}||(,((((({,(((({((((((((((..((((((......)))))).))}..(((((....((((.((((((((,,(((....}}}.........((({.............}))}((((((((,....(((.(.(......)).)))....,...})))))))..{{{{{{{{.,|||....((((((.....))))))...(((((((((((,{,{....,.{{{,,..((.....,|,{{{,...(((((.....(((((((.....(((..((.....))..))).,,.))))))).....)))))..((((....))))...((((.((((((,.,{{,,.....(({{{{{,{,(({,,.,(((({(((({,...,{{,.((((..((.(......}.))..)))).,,||{{{....}))},,})))))),}},}}|,.,}}}}),)))..,,,,)))))).)))).....(({((({((.......{{{...(((((.(((.{(((,{(,(((((,,,{{,....}}|..........(((((((..{(.(((..(((.((({...}))))))))).)}))))))){{{|||||||...||||((,,,,,,,,,...,,,.........}},},(((((((..(((..(,({{..,)),.,..))).))))))).....}}}}}}))))..(((((.....((((,......,)))),...)))))((,.,(((((((..{{{((..(((((.....})))),{{...(((((,((..{{{.{,........|||.....},..})}..)))))))...},,..))))).)))).))))))...,))}))))}))),}))}))))}...}||{{||{{(((((((..(((,.....)}}.))))))).)))))}}{({,....}}}||||,||.{{,{(({....))))))}}}}......)))))))))((,..,||,{(({{,{{((..,{{,}||||..(((......)))..}})),)))}}))...}}}),,.{{|{||||||{{....,,}})))))})))))}),{((((((..((((.((((((((.(((((....))))).)))))))).)))))))))))))))))))))}}.))))))}}.)))))))).))))..)))))))))}}..,,,,|||}}},||,..|}}||}}}.,))},)))))}.....,||}.}}}))),,|||,,,,,||((((((...(((((,{(((((((((((((,((((({{(((((...((({{,,{.,,,.........,,.{{{{{.}||}},}}..},..}))}).,..,,.|||}||.,}}.,))}),}.})))))).)))))),,).))))))))))).))))))..,,..(({({......,{(((,{({(({...............})}))),})))))))))),})},|}}}}|{{{,...,}},..|||||||,.|||||,.,||,||}}}}}}}),))}}}})))}},},}}}}}.}}},,,.}},.}.}}}}}))}}})}},..,}},,...,.......|||.}}||||}.}},.,)))}}..,..((((..(((((..(((((((..{((({..(((((((((....)))}))))))})))}..(((((((((((.......)))..)))))))).(((((((..(((..(((,((,..((((((((...(((((...((((((..((..{.{(((....))))}..)).)))))}........,,.((((({...}))))).}.))))).))))))))...))).)))..)))..)))))))((..(((((.(((......))).)))))..))((((......)))).......))))))).)))))...))))((((((((((((((((((.((((.,.((((({((....})))}))),)...))))))))))))....(((((....(((((((.{{{,....,|||{...,,(((((((((((((..((((.((........))))))...))))))..,{,...,||....,,,..)))))))}}))))))))))))))..(((({...})))).})))}...)))))|}}}})))))},((((((((....)))))))).,,,{||||||,.{((((((({...})))))))}..,)}.}))))})))},)))))))....))).)))).....)))))))))))).))))}}}}.((((.((((...........((((......)))))))))))).((((((...))))))((((......))))((((((((.{(((({{(,,{,.{{((((((......)),,,,.((((((((((....))))))),)))|||}}},.,,.}}}})}}.{{||||..{{,.(((((...{({..,..(((....(((((((.((......)))))))))..))).....))...))))).))))))))}))))))))...,{,.{{({....)))}.,))))))).))).))).)))))))),).))))),))))))))..)).)).},}|{(((.((((((,.(((({{....}|{((..(((((.....)))))..)))})))).,)))))).)))}},)))))))),))))),{({(.((((((....)))))).}}.}}|(((((((.,....,.))))))){(((((.....)))))}..)))..))))))..)))...,{{,{,......|}}},,.,................
Back