Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354954.2
Sequence Length
4144 nt
GC Content
0.4455
GUGGGCAUACCAGUGUCAGCUGCACUUGUAGGGGCCCAAGUGCCUCAUGACCCACUCGGCAGCCUUCCUCUCCAGGAUCCCCAAGGCUAGGAGGCCAACCUACUAACAGGUGGGUGGGUAUGGUGUGUGGUUUCACUCAGUUCUUCUCAUGGGGUUUCUCUGAGCUCCAUUCAUACCAGAAAGGGAGCAGGAGAGAGAGGACAAGUGGAUCCAACAGCCUUCGCUCCAGGGGAAUCAGGGCAUCGCCUCCUUUUCUGGGAGGACACUCCCUUCUGAUGGUGAAUGGGAACUCCCUUCCUCCUGCAGCAGCCUGCCUGCAGCUGUCCUGGUAGAACAGUGUGGACAUUGCAGAAGCUGUCACUGCCCCAGAAAGAAAGCACCCCAGAGCCAAGGCAAAGAGGUGAUUCCAGUGCACACUCGAGCUUGAGAACCACUGGUCUCGGUACUGAGUAUAUAACAGUGAGAAGACAAAGUCCUGCUCUCCUUGUGGAAUUUGUAUUCCAGUGUAUGUGGUAGGGGAGACAGAACAAUCUUGAAAGCGCCACAAGCAGCAGCUGCUGAGCCAUGGCUGAAGGGGAAAUCACCACCUUCACAGCCCUGACCGAGAAGUUUAAUCUGCCUCCAGGGAAUUACAAGAAGCCCAAACUCCUCUACUGUAGCAACGGGGGCCACUUCCUGAGGAUCCUUCCGGAUGGCACAGUGGAUGGGACAAGGGACAGGAGCGACCAGCACAUUCAGCUGCAGCUCAGUGCGGAAAGCGUGGGGGAGGUGUAUAUAAAGAGUACCGAGACUGGCCAGUACUUGGCCAUGGACACCGACGGGCUUUUAUACGGCUCACAGACACCAAAUGAGGAAUGUUUGUUCCUGGAAAGGCUGGAGGAGAACCAUUACAACACCUAUAUAUCCAAGAAGCAUGCAGAGAAGAAUUGGUUUGUUGGCCUCAAGAAGAAUGGGAGCUGCAAACGCGGUCCUCGGACUCACUAUGGCCAGAAAGCAAUCUUGUUUCUCCCCCUGCCAGUCUCUUCUGAUUAAAGAGAUCUGUUCUGGGUGUUGACCACUCCAGAGAAGUUUCGAGGGGUCCUCACCUGGUUGACCCAAAAAUGUUCCCUUGACCAUUGGCUGCGCUAACCCCCAGCCCACAGAGCCUGAAUUUGUAAGCAACUUGCUUCUAAAUGCCCAGUUCACUUCUUUGCAGAGCCUUUUACCCCUGCACAGUUUAGAACAGAGGGACCAAAUUGCUUCUAGGAGUCAACUGGCUGGCCAGUCUGGGUCUGGGUUUGGAUCUCCAAUUGCCUCUUGCAGGCUGAGUCCCUCCAUGCAAAAGUGGGGCUAAAUGAAGUGUGUUAAGGGGUCGGCUAAGUGGGACAUUAGUAACUGCACACUAUUUCCCUCUACUGAGUAAACCCUAUCUGUGAUUCCCCCAAACAUCUGGCAUGGCUCCCUUUUGUCCUUCCUGUGCCCUGCAAAUAUUAGCAAAGAAGCUUCAUGCCAGGUUAGGAAGGCAGCAUUCCAUGACCAGAAACAGGGACAAAGAAAUCCCCCCUUCAGAACAGAGGCAUUUAAAAUGGAAAAGAGAGAUUGGAUUUUGGUGGGUAACUUAGAAGGAUGGCAUCUCCAUGUAGAAUAAAUGAAGAAAGGGAGGCCCAGCCGCAGGAAGGCAGAAUAAAUCCUUGGGAGUCAUUACCACGCCUUGACCUUCCCAAGGUUACUCAGCAGCAGAGAGCCCUGGGUGACUUCAGGUGGAGAGCACUAGAAGUGGUUUCCUGAUAACAAGCAAGGAUAUCAGAGCUGGGAAAUUCAUGUGGAUCUGGGGACUGAGUGUGGGAGUGCAGAGAAAGAAAGGGAAACUGGCUGAGGGGAUACCAUAAAAAGAGGAUGAUUUCAGAAGGAGAAGGAAAAAGAAAGUAAUGCCACACAUUGUGCUUGGCCCCUGGUAAGCAGAGGCUUUGGGGUCCUAGCCCAGUGCUUCUCCAACACUGAAGUGCUUGCAGAUCAUCUGGGGACCUGGUUUGAAUGGAGAUUCUGAUUCAGUGGGUUGGGGGCAGAGUUUCUGCAGUUCCAUCAGGUCCCCCCCAGGUGCAGGUGCUGACAAUACUGCUGCCUUACCCGCCAUACAUUAAGGAGCAGGGUCCUGGUCCUAAAGAGUUAUUCAAAUGAAGGUGGUUCGACGCCCCGAACCUCACCUGACCUCAACUAACCCUUAAAAAUGCACACCUCAUGAGUCUACCUGAGCAUUCAGGCAGCACUGACAAUAGUUAUGCCUGUACUAAGGAGCAUGAUUUUAAGAGGCUUUGGCCCAAUGCCUAUAAAAUGCCCAUUUCGAAGAUAUACAAAAACAUACUUCAAAAAUGUUAAACCCUUACCAACAGCUUUUCCCAGGAGACCAUUUGUAUUACCAUUACUUGUAUAAAUACACUUCCUGCUUAAACUUGACCCAGGUGGCUAGCAAAUUAGAAACACCAUUCAUCUCUAACAUAUGAUACUGAUGCCAUGUAAAGGCCUUUAAUAAGUCAUUGAAAUUUACUGUGAGACUGUAUGUUUUAAUUGCAUUUAAAAAUAUAUAGCUUGAAAGCAGUUAAACUGAUUAGUAUUCAGGCACUGAGAAUGAUAGUAAUAGGAUACAAUGUAUAAGCUACUCACUUAUCUGAUACUUAUUUACCUAUAAAAUGAGAUUUUUGUUUUCCACUGUGCUAUUACAAAUUUUCUUUUGAAAGUAGGAACUCUUAAGCAAUGGUAAUUGUGAAUAAAAAUUGAUGAGAGUGUUAGCUCCUGUUUCAUAUGAAAUUGAAGUAAUUGUUAACUAAAAACAAUUCCUUAGUAACUGAACUGUCAUAUUUAGAAUGGAAGGAAAAUGACAGUUUGUGAAAGUUCAAAGCAAUAGUGCAAUUGAAGAAUUGACCUAAGUAAGCUGACAUUAUGGUUAAUAAUAGUAUUUUAGAUUUGUGCAGCAAAAUAAUUUCAUAACUUUUUUGUUUUUGUUACUUGGAUAAGAUCAAUCUGUUUUAUUUUAGUAAAUCUUUGCAGGCAAGUUAGAGAAAAUGCAGUGUGGCUUAACGUCUCUUUAGUAUGAAGAUUUGGCCAGAAAAAGAUACCCAGAGAGGAAAUCUAAGAUAAUUAUAAUGGUCCAUACUUUUUAUUGUAUGAAUCAAACUCAAGCAUAACAUUGGCCAAGGAAAAUUAAAUACCAUUGCUAACUUGUGAAAUGGAAGUCUGUGAUUUCGGAGAUGCAAAGCAUUGUAGUAAAAACACCAAUGUGACCUCGACCAUCUCAGCCCAGAUAUCAUUCAUAUAUCUGUUCAAUGACUAUUAAGGUGCCUACUGUGUGCUAGGCACUGUACUGGAUACUGGGGACCUUGUCUGUCUGGUUUGCUGCUGUAUCUUCUCCCAGGGCAUUAUAUUUAUGAUGAAAGAUGCUGUGGAUUCAAUUCUUUCAGUCAAGAAUAAACACAGACUUUGUAGGUUCCUGCUGAAUAAAGCAAAUCCCAGAAACCCAGAUUUUGGAAGAAUCAGCAACCCCAGCAUAAAAUAAACCCCUAUCAAAAUGUCAGAGGACAUGGCAAGGUAAACUUAGCAUUUUCAACUUUAGAACCGGGUCAGCUUCAGGGGGACUGCUUUCAAAUCAGCCAAAGAGCCUGUCAGAUCUUCUUAGAAGGAAGAGGUUGGUAGUUCCCUGCUCUGUUUUGAACAUGCUCUAGUUUAUUAACCUGGGGACAUUCCCAUUGCUGUCUUAAGUAAGUCUCAUAGCCAGCUCCUGUCACGUGACUCUCAUAUGGAUUCAUUUUCGGGCCAGCUCUGAACAAAGCAUCAUGAACAUAUGUGCUUUUGGUCGUUUGCAAUGUGAUGGUGGUGGAGGUAGGUAUUGGUUUCCUUGGAAGGCAUGAUAAGAAAGAUUCACAAUGGCCAACAGUGUGUAUGAACAAAAAACUGAUUGGAGCAUCAGCUAGUACUGAAGGUCCUUGCUUUGUGUCAGAGGCAAAGGAACCCAAGGCGCCAAGUCCUCAGCCUUGAGUGUACUGCUGACAACUAAACUCACAGGCUGCAAAGCAGACCUCUGAUGAAGAUGCCUGUUAUUUCACAUCACUGUCUUUUUGUGUAUCAUAGUCUGCACCUUACAAAUAUUAAUAAAUGUUCCAAUAAUAGGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1258.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1334.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 936.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((...((((((((((((((((((..((((.((..((((((((..(((((((...(((..((((((.(((((.((((((.((((((((..((((((((((....)))))))((((((((((((((((...((((((((((((((.((.(((((((....(((((.(((......)))..))))).(((.....(((...(((((.(((..(((((((...((((((((((...((((...))))....))))(((((....)))))(((((..((.(((.(((....))))))..)).((((((((....((((((.(((((..............)))))))))))..))))...))))..))))).............((((((((((.....((((.((((((((....((((....))))...)))))(((((((((((...((((((...((...((((....((.((((((((((..((((((....))))))...........))))))).))).))..))))....))((((....((((....)))).....))))............((((.(((((((..(((((...(((.((......))..))))))))............(((....(((((((((((.((..((((((.....(((...)))..))))))....)))))))))).)))....)))((..((((...((((.......))))..)))).))((.....))))))))).))))))))))...)))))))))))((((((.....)))))).))))))).....))))).....)))))(((((((((......))..))))))).)))))))))))))..)))...)))))......))).....))).)))))).).)))))))))))))((((.((((((......((..((((.(((((....))))).))))..))......)))))).))))....((.(((((((..(((..((((((((((..(((..((((.((.(((((((((.....))).)))))).))))))((((...))))...((((...(((.......(((((((.........(((((((..((((((((((.((((.(((((((((..(((((...))))).......((((((((...(((((((.((((..(((.((((((..(......)..))).)))...)))..))))((.(((((((.((((..(((...((((...((((((((((....)))).((((((((((.(((((.(..(((((.(((...(((((((..((((..(((((((.....(((..(((((........))))).))))))))))))))..)))))))..)))...(((.((((.....((((((((..((((((((((.......(((.((((((((.(((..(((......(((......)))...)))..))))))))))))))....))))).)))))....((((........))))..((((......))))((((...)))).................))))).))).....)))))))((((.....))))...................))))).))))))))))).)))))........((((((((((((...........))))..))))))))..))))))...))))..))))))).)))))))))..(((((.((((...)))).))))).........))))))).....)))))))))))))))...)).))))))).))).).).)).))))))).......))))))).........)))...)))))))..)))))).)))).)))..))))))).))......)))...))))))))))))))))((((.(((.....))).)))).)))..)))))))).((((((((.........))))))))...........)))))))))))...))..))))...)))....))))))))))))(((((...))))).....)))..)).))))..))))))))...))))))...)))).)))).))).((((........((((.(((....))).)))).(((.((((.........((((((((((......))))))..)))).........)))).)))....((((((((....(((((((.(((.((....((((((..((((....))))..))))))..)).))).((((...((((..((((.(((...))).)))).)))))))).(((((.((((.(((........)))))))..))))).......((((.((...(((((.((.((((((((((((.((((((((((((((((..............((((...(((((...)))))....))))......((((((((..........(((((((....((((((..(((..((...((((((.....)))))).....(((((((((((((((((((((......)).))))))))).(((((((.(((((((...))))).)).)))))))........((((((((...(((.((((...(((((.......)))))......(((((((.......)))))))....))))..)))....))))))))...((((.((((....((((((((((....((((((((((.((((.(((....))).)))).((((((((((.(.(((((....))))).)(((.(((((((.......))))))).))).......((((((((((.(((..........))).))))))))))((.((..(((((.(((....)))..)))))...)).)).......)))))))))).((((((((.((((((((((((((((.((((.........((((.((((((.(((((.....(((((.(((((((((......))))))))).)))))......))))).))))))))))...)))).(.(((((....(((((........).))))..))))).).........((.....))))))))))))).)))))..((((.(((((........))))).))))..............))))))))............)))))))))).............((((((((((.....(((((((((.......(((((((....((((..(((........))).......(((((((.......)))))))......(((...((((((.((((..((((.((((........)))))))))))).))))))...)))))))))))))))))))))))..(((.((((((.((((...))))...)))))).))).....((((((......))))))...))))))))))...))))))))))....)))).)))).((((((.......))))))((((..((((((((((((......................(((((....))))).....((((((((.(((((.((((......((((.((((........((((((((((........(((((...((.....))...(((((((...)))))))))))))))))))))))))).)))))))).)))))..))))))))...)))))).........)))))))))).....))))))))))..((((((((....((((.(((.....))).))))...))))..))))))..)))..))))))....))))))).....)))).)))))))).)))))))))))).))).......))))))))).))))))).)).))))..)))))))...((.....)))))))))).............((((((((((((((.(((((....((((((((((((......))))).)))).)))((((((............))))))...)))))))))..........(((.(((((((...)))).))).)))(((((.(((((((.((..((((............)))).)).))))...))).))).))...........))))))))))....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((...((((((((((((((((((..((((.((..{((((((,.{(((((((.{{(((.,((({{{.(((((.((((((.{((((((.((((((((((((....))))))),(((((((((((((((...((((((((((((((.((.(((((((....(((((.(((......)))..))))).(((.....(((...(((((.(((..(((((((...(((((((,.,..,(((,...||||,{{,{{{,(((|{|...,}}))|,{,|..((.{{{.(((....)))}}}..}}.((((((({,{..((((((.(((((,,......},....))))))))))).,)))),..}))).,)))}},}...,,..,...((((((((((.....((((.{{((((((....((({....})))...)))))(((((((((((...(((((({((,({.,,,.||,,,.((({({{{.{{{,|||||{|,,,,}))))).}},.,,(((,.{{{{(((..{,,,..||||,.....||||,,,{(((,..}}))),.},{{.(((((((((((......)).))))),.,))).))..}}}},.},,,..|||.||||||{({..{{....,,..|||...,(((((((((((.((..((((((.,.{,{...,,)}..,))))))....)))))))))).))),,,,)))||,,{{((...((((.......))))..)))}.,}{{,....})}))}}))})}),))))))...))))))))))){(((((,...,)))))}.))})))).....))))).....)))))(((((((((......))..)))))))})))))))))))))..)))...)))))......))).....))).)))))).).)))))))))))))((((.{(((((....,.,{..((((.(((((....))))).))))..}}......)))))}.))))..,,((.(((((((..(((..((((((((((..,,,.,|{|{.,,.,||{(((((..{{{|,|{|,|||,..,))),}}},}}})..)}}}|(((...{{(......,(((((((.....{{..(((((((..((((((((((.((((.((((((((({.(((({...))))).......((((((((...(((((((.((((..(({.((((((..(......}..))).)))...)))..)))}{{.(((((({.((((..(({,,,((((.,.({(((({(((....)))},((((((((((.(((((.({{(({{(.{,,...,||||||,,{{{{..{((((((...,,({{..(((((,.,.....))))).}))))))))))}}),,)|}}}||{{||,...(((.((((.,...((((((({..((((((((((.......{((.((((((((.{{(,,(((......(((......)))...))).,))})))))))))))....))))).)))))....((((........)))).{((((......)))){(({...,}}}.................))))).)))...,.)))))))..{{,.,{{|{||..........,,......,)))))}})))))))))),,)))),.......((((((((((((...........))))..)))))))),}))))))...))))..)))}))),}))))))}},.(((((.((((...)))).))))).,.......))))))).....)))))))))))))))...)).))))))).))).).).)),)))))))..,,...))))))),),,.....)))...})).,,,..)))))).)))).)))..))))))).)}...,,.)))...))))))))))))))))))))))))}}..,,{{{{||.{{{|{.|,,,,,))}||,|||||}.,....,.||,))),},,.,......,)))))))))))...)}..))))...))).,,.))))))))))))(((({...})))).....}}}..)).))))..))))))))...)))))),..}))).))))},}}.((((........((((.(((....))).)))).(((.((((.........((((((((((......))))))..)))).........)))).)))....((((((((.,,,(((((((.(((.{{....((((((..((({....,)))..))))))..,,.}||.((({..{((((..((((.(((...))).)))).)))))))),|{{({.((((.(((........)))))))..}}}}}.......((((.((...((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((({.............((((...(((((...)))))....))))....,,{{{(((((..........(((((((.,..((((((..(((..(((({((((((,,{{{{{{{{{..,.{(((((((,(((((((((((((......))}))))))))))||||,,,.|||||,|..{|||,,.,,.,))))}}.((((({.{({{{((({{,(({,{{{,,({{{{{(.,,,...,,}}},,||{.(((((({.......)}))))),,..,|||,,|,|,.|,||}}|||}|,.((((((,{,.},}|||{((,{{,,,,.((((((((((.{{,.........((((((.{.{(((((((((.{.(((((....))))).}(((.(((((((.......))))))).)))....,,.((((((((((.(((..........))).))))))))))}|,,...,|||..{{..{{{,||{{{|....}}))}.,}}}.,..)))))))))).}.)))))).{(((((((((((((((.,{{,{{{......((((.((((((.(((((.....(((((.(((((((((......))))))))).)))))......))))).))))))}})),..)))..|.{((({.,,.{((((,,......)}}))},,))))}.,.........({.....))))))))))))),,)))}..((((.(((((........))))).))))...,,,,........})))},,.........,,.))))))))))...,,.......,{((((({{{|,},,}|{{{{{|{|.,{{{,,(,,({....}},,}},})),......,,}}}}}}}}..(((((((.......))))))),}}}}}|||}}}|||||,}|||,..((((.((((........))))}))),|||{||||}}...||||||||||||||||}}|||||..(((.((((((.,.{{...,,}),,.)))))).))).....{(((((......}))))).,,)})))))}}}..,)))))}||||.....,))}},,,.{{{{{{.....,.})))))||||..|||||,{{||||..,........,,||,..,...{((((....)))))||,..{(((((((.(((((.((((......((((.((((........((((((((((,.......(((((...,,,.,,.,,...((((((,...}))))))))))))))))))))))))).)))))))).)))))..)))))))}...)}||||....,}},,}||||}}},,.}}},}}}}|||,||{.{(({(({(....((((.(({.....))).))))...)))),.,))),),,)))..))))))....))))))),....)))).))}))))).)))))))))))).))),......})))))))).))))))).)).))))..)))))))...|}}......)))))))).............((((((((((((((.(((((....((((((((((((......)))))}}}))}}))((((((............))))))...))))))))),.........(((.(((((((...)))).))).))),{(((.(({{(((.,,..{(({............)))).|,.}}))...))).}}}.,,...........,)))))))))....)))).
Back