Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001355037.2
Sequence Length
5014 nt
GC Content
0.3516
AGUUCCUGGAGAAAGAUGGCGACAGCCGAGAAGCAGAAACACGACGGGCGGGUGAAGAUCGGCCACUACAUUCUGGGUGACACGCUGGGGGUCGGCACCUUCGGCAAAGUGAAGGUUGGCAAACAUGAAUUGACUGGGCAUAAAGUAGCUGUGAAGAUACUCAAUCGACAGAAGAUUCGGAGCCUUGAUGUGGUAGGAAAAAUCCGCAGAGAAAUUCAGAACCUCAAGCUUUUCAGGCAUCCUCAUAUAAUUAAACUGUACCAGGUCAUCAGUACACCAUCUGAUAUUUUCAUGGUGAUGGAAUAUGUCUCAGGAGGAGAGCUAUUUGAUUAUAUCUGUAAGAAUGGAAGGAAAUCUGAUGUACCUGGAGUAGUAAAAACAGGCUCCACGAAGGAGCUGGAUGAAAAAGAAAGUCGGCGUCUGUUCCAACAGAUCCUUUCUGGUGUGGAUUAUUGUCACAGGCAUAUGGUGGUCCAUAGAGAUUUGAAACCUGAAAAUGUCCUGCUUGAUGCACACAUGAAUGCAAAGAUAGCUGAUUUUGAUUGUAUGCAGGCCCAGAGGUAGAUAUAUGGAGCAGUGGGGUUAUUCUCUAUGCUUUAUUAUGUGGAACCCUUCCAUUUGAUGAUGACCAUGUGCCAACUCUUUUUAAGAAGAUAUGUGAUGGGAUCUUCUAUACCCCUCAAUAUUUAAAUCCUUCUGUGAUUAGCCUUUUGAAACAUAUGCUGCAGGUGGAUCCCAUGAAGAGGGCCACAAUCAAAGAUAUCAGGGAACAUGAAUGGUUUAAACAGGACCUUCCAAAAUAUCUCUUUCCUGAGGAUCCAUCAUAUAGUUCAACCAUGAUUGAUGAUGAAGCCUUAAAAGAAGUAUGUGAAAAGUUUGAGUGCUCAGAAGAGGAAGUUCUCAGCUGUCUUUACAACAGAAAUCACCAGGAUCCUUUGGCAGUUGCCUACCAUCUCAUAAUAGAUAACAGGAGAAUAAUGAAUGAAGCCAAAGAUUUCUAUUUGGCGACAAGCCCACCUGAUUCUUUUCUUGAUGAUCAUCACCUGACUCGGCCCCAUCCUGAAAGAGUACCAUUCUUGGUUGCUGAAACACCAAGGGCACGCCAUACCCUUGAUGAAUUAAAUCCACAGAAAUCCAAACACCAAGGUGUAAGGAAAGCAAAAUGGCAUUUAGGAAUUAGAAGUCAAAGUCGACCAAAUGAUAUUAUGGCAGAAGUAUGUAGAGCAAUCAAACAAUUGGAUUAUGAAUGGAAGGUUGUAAACCCAUAUUAUUUGCGUGUACGAAGGAAGAAUCCUGUGACAAGCACUUACUCCAAAAUGAGUCUACAGUUAUACCAAGUGGAUAGUAGAACUUAUCUACUGGAUUUCCGUAGUAUUGAUGAUGAAAUUACAGAAGCCAAAUCAGGGACUGCUACUCCACAGAGAUCGGGAUCAGUUAGCAACUAUCGAUCUUGCCAAAGGAGUGAUUCAGAUGCUGAGGCUCAAGGAAAAUCCUCAGAAGUUUCUCUUACCUCAUCUGUGACCUCACUUGACUCUUCUCCUGUUGACCUAACUCCAAGACCUGGAAGUCACACAAUAGAAUUUUUUGAGAUGUGUGCAAAUCUAAUUAAAAUUCUUGCACAAUAAACAGAAAACUUUGCUUAUUUCUUUUGCAGCAAUAAGCAUGCAUAAUAAGUCACAGCCAAAUGCUUCCAUUUGUAAUCAAGUUAUACAUAAUUAUAACCGAGGGCUGGCGUUUUGGAAUGCAAUUUGCACAGGGAUUGGAACAUGAUUUAUAGUUAAAAGCCUAAUAUGCAGAAAUGAAUUAAGAUCAUUUUGUUGUUCAUUGUGCAGUAUGUAUAUAGCAUAAUAUACACAGUGAAUUAUAGGUCUCAGGCUUACUUGAUUUUUGGCUAUUUUAUAUUUAGUGUACACAGGGCUUUGAAAUAUUAAUUUACAUAAAGGCCUUCAUAUAUUAUUACGUGUUAUAUAUUACGUGUUAUAAAUUUAUUCAAUAAAUAUUUGCCUAGAAUUCCCAAGACCUUUAUAGGUGAUUUUGUUUUCUGGGCUCCUUAACUUCAUAAAUAGCUAGUAUCUUCCAGCAGUAGUAACAGUCUGGAUAACUUCUUCCAUAUCCCUCCCUCUUUGUUUUUUUGAGACAGUGUCACUUUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGUGGUCUCGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCCGCCUCAGCUUCCUGAGUAGCUGGAACUACAGGCGUGUGCCACCACACCCGGCUAAUUUUUCGUAUUUUUAGUGUAGACGGGGUUUCACUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCGCGUGAUCCACCACCUCAGCUUCCCAAAGUGGUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCACCCGGCCUCCAUAUCCCCCUUUUAAAAUUCUGUAGUGUAUGGUAAGUCAUAUCAGAUAUCAGACCUAAUUUAAAUUUCAUUUUAGCUUUACAAGUCCAAAAACACAGAAUUUAUAUAUUCAGAUACUCUAGCACUAAUUUUAGUCUUAAAAUAUUCCCACGAUAUUCUGUACACAAAAUGUUCUUUUUGUUACAAGAGCUGAGUUGCAUAUACUGUAGAUAAAUCAUAUUAUUUUUGCCAAUUUCACAAAUUCCUCUGGCCCAUCAUGUCAGUCAUUAUUGAGUAUAUGCACACAUUGCUACUUAUUUGAUUAUGUAUCUUUUAAAUUGAUUCAGUGCAUAGAAAACUAUCUCUUACAAACUUUAAGUGCUCUGAUAUGACUUCCCCCCCAAAUUUUAUUAUGAACAUUUUUAAAAACAGAAAAAUUGAAAAACUGUUUGGUAAGCACAUGUAUAUCUACCAUUUAGAUUCAGCAGUUGUUAAUGUUUUGUCAUUUGUUUUCUCUAUACCUAUAUAUGUAUAGAUACAGCUAGUUAUGCAUAUAUAUGCAUAUAUGUGUUUGUUUGUGUAUGUAUAUAUGCUUUUUUCCCCCUGAACCAUUUGGAUGUUACAGACAUACUUAUCACCGUGAAAAUACUUCAAGUAUCUCCUACAGAUAAUGACAUUCUCCUAAAAAUCCGUAAUACCAUUGUAAAAGUAAUAAUUCCCCAAUAUCAUCUAAUCAAGCCAUAUUUAAAUUUCUGAAGUUAACUCCAAAUUUCUUUAUAGCUGAUUAUUUCAAACUAGGAUCCAAUUAAAGUUUACAUAUGACACUUGGUUAUAACUCUUUAGUUGGAUAUAACAUUAUUAUUAUUUUGAUAAAAUAUGGAACAAAUCAAUUCUAUUAAUAAGUGGUCACAUUUGUUUUGGGCUUAAAUUACUUUUUAAAGAUACUGGAUUUUCCUAAGAUUUCUGAUUUACACUGAUAUUUUUUUUUGUCAUUCUUAAUUGCAUCACACAAUAGAUGUAAAUGAAGAUGUAGUCACCUCAGAUAAAAUUGGUAUCGUGUAUGAUAAUAUUGUAUCAUUUAUAUUUGCCUUAUGUUAACUUUAAGAAAUUGAUUUUUUUGUAUUAAUCAUUUUCCCAUUGCAACAGAGCUAUAUUUUUUCUAUUUUAAGAAUCAUAUUUUAGGAUUAUUUUUGGCAAAUACAGUGAGCACUUAUGUAACCAGAUGAUAAUGAACUCAAAUGUCAUGAUAGCUUGCAUAAAUGGUGACUCUAGUAGAUUUGACUCAAGCACUUCUAGAAUCAUGCACUGAAUUCAAAAGAAAAAUCUUGCUGCUUUUUGUCCAGGGCUUGUUCUAUUCAACUUCUAAUUUGAAAGCUGUACAAAGUAAUAGAAGUUCCAUUUAAAUAUGAGUUCAAAACUGUAUUUACUUUUUAUGUGGCCCUCUCUUUAGGGGAUUCUAAUUUUACUUAGGGUCUCUAAGUGCAGCAUAAUGUUCCUGAUGUUAACAGAAGACUGUAUUUUUAAAGUUACAAAUUUGUAUAUGGAAUUAAGUAAUGGCGCUAUAUACGCUGUUGUGGGGAGGGGGGAAGAAAAGGAGGAACCAAUUAAAUAGGACCUUUUAAAAAUUGUUAAUUUUGUAAACUUUGCUUCUCUUAUAAGUUAUUGUGAUUCAUUUUAGUUACUGUGUUUUAUUUUGAAAAUAUUUAAAUAUUGCACUUCUAUAAAUAGUAUGAUAAAUGCACAGACAAUUGCAGUAAAUUCUUUUUUAAGCUAGGAUAUUUGAAAUGACAACCUUUGGUUAAGUGUGUCAAGGUUGCAACAGAAUUUUCACAAUUUUUUUGUUGUUUGCAAAUUGUUACUAAUAUUGAAGAGGUAAGGGAGGCAAUGCAAAUGAUUUUUAAUCUUUUUUUAUUAUCUUUUCAGCAGUUUAUAUUUUUUGUGACUUUAUGCAACCAUAUUUUUACUUUGUCUUGACAACUGAAAGAUGUAUAAGGUUUUUUGCCAGAAAUGUACUGUAUACAUAGUUUUAAGUAUAACAGAUUUUACUGAUAUGUAAAAAUUUUGCCAUUAAAAUAAAUGAUUUCUCACUGAGAGGAACUUUUCUACCAGGUUGGGGCAUAUGGGAGCUUAAUAUAUCAUAUCUAAUUUAAAAUAAUUUCACUGAAAUAAACUCCAUUGCUUUUACCUAAUUUUUUUCUUGAGAUGCUUUUGUAGUUUUUCAGAGUUUUAGAUGAUUUUAUACAAAAUCCUCUGCCUAGCACUGCUCUUUUUGAUGUUGUAGUGACACCAUUUACAUUGAAUUAAUGCUUGGUAGCCUGGGGCUAGAUGUGGAACUCCAUGGAUCUGUGUUCUGACUGGCACCUUUGGAAUGAAAGAAAAGUGUGUGCUGUCCAAAUUUUUUCCCCUUAAUUCUUUCCCUCAUCUUCUCACCCAUAAUAGAAAUUUUAUUUCCAUUGUGAGUUCUGACAAGAAUGAAAUUCCACAUACAACAUAACUGUAAAUUGUUGGUAGGUAGAAGUUAAUAUUUGUGGUUCAUGUAUAUUUUGACCAGAGUAUAUUUAAGUAUAUAAUUUCAGCUUCCUUGAUUUAGAAAUAUGAUAUAAUAAAGAAAAACUCCAUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1193.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1300.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 1331.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((......(((....)))(((((((((..(((.((.((((.((.(((..(((.(((........))).)))...(((((((((....)))))))))...((((((.((((((((.((((..((((((((.(((((((.(((((.......(((((..((..(((((...((((....(((((((.(((((..(((((.(((((((((..((.(((((((((((((((((.((.((((.(((((((((((((((((((((((((....((.((((...((((((..(((((.(((((..((((.....))))..))))).)))))...)).)))).)))).))....)))))).)))))).((((((..((.(((((.(((((((((..((((((....(((((...((.((((((....)))))))))))))((((((((..(((((((((((((((((((.(((((((((((.....(((((.(.......((((((.(((((.(((.(((..((........))..)))...))).)))..(((....)))......)).))))))).)))))..))))))))....((((.((((((...)))))).))))))).))))))))))...(((((....)))))..))))))..)))..))))))))......))))))..)))))).)))...))))).))........)))))).(((((((((((.((.(((............((((((...((((.......(((((.....)))))))))...))))))))))).)).))))))))).)))))))......)))))))))).)).)))..............))))))))))))).).))....((((((((.((((((.((((........(((.((((.....(((((((((((((((..((.(((((......(((..(.((((.........((..((((((........))))))..))(((...(((((((..(((((((((..(((((((...((((((....((((......(((((((....))).))))....((.((((((.........)))))).))......((((((.....(((..((((....))))..)))........((((.((((.....)))).))))..((..((((((((((((....(((......)))...((((((...((.(((.....))).))...))))))......)))))))))).))..))..((((....))))(((((.((.(((((........)))))))...))))).....))))))((((((.....))))))))))..))).)))...).)))))).)))).)))))...)))))))....))).))))...)..))))))))..))..))))).........)))))))))))))))))))))))))))))).........)))))...)))))))))..........(((....)))..((((.((((.((((((...........(((((((....((((.....((((((((...((((........))))....))))))))((((((((.(((((.......((((((((.((.....)).))))))))((((((((((((((....((((((....)))))).......((((((......))))))(((...((((((..(((.....)))..))).)))...))).....))))))))..............))))))(((((((.......))))))).))))).))))))))...(((((((......)))))))..))))....)))))))((((....))))....((((((((((......(((((((...((((((((..................))))))))..))))))).((((((........))))))......((((((...))))))....((((((((..(.....((((....))))......)..)))))))).............)))))))))).......)))))).)).)).)))))))))...)))))))))))).)))).)))))..))..))))))))))...)))))))..)))))..(((((.((...((((((((...(((((((.((..............((((.(((((((..(.((((.(((((....)))))(((((((.......(((....))).......))))))).......................)))))..))))).))..))))..((.((((..........))))))((((((((((((..............))))).)))))))..)))))))))))))))))..))))))).................(((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((.(((.(((((......)))))..)))...)))..........((((......)))).)))).)))((.((((....))))))...((((((.....)))))).((((.((((((......)))))))))).))..))).))))))))))))))))....)))..)))).))))))))))))))...)))..)).)))).)).))).(((((....((((((...(((.....)))))))))..)))))..............(((((((((((((((((........)))......((..(((((((.(((.............................((((.((((.((((((.............))))))..))))...))))..((((((....((((.(((.((..(((...((((.((.((((((..((((((((((........)))))))...(((.(..((((((((((((.(((..........))).))))))))))))..))))....................((((((((.........(((((...(((...(((((...)))))....))).))))))))))))).....((((((((((......((..(((((((((.....(((((.......((((((.((.(((...((((((..((.......)).))))))...))).))))))))............((((((((((((......((((((.....))))))...))))))))))))......((((((......))))))...((((((........)))))).((((((((....))))))))))))).....)))))))))..))..))).)))))))((((((((...((((((....(((((........))))).......(((((((........)))))))..(((((((((((.....((((((.((.((((((.((((......)))).)))))).)).)))))).....((((........((((.(((((..(....)..))))).)))).......))))..)))))))))))..........)))))).))))))))(((((((((((...(((.(((....))))))....))))).)))))))))..)))))).)).))))....)))....)).))).)))))))))).....))))))))))..))....)))))))))).))))((((....)))).)))))))))....((((((..........((((((((((((............))))..)))))))).....(((((((.((((...)))))))))))..........)))))).(((((((((((((((((......)))))))))))((((((((..(..((((.........))))..)..))))))))..............((((((.(((((((....(((((((.......)))))))((((((((((((((((((((((.((((..((((..((((.((...((((((((((((.....((((....(((((((((((((....((((((((((((((((((.....((((((((.((((((((........(((((((............((((.....)))).........)))))))......)))))))).)))))))))))))))))(((((((.((.........)))))))))((((((((............))))))))..........))))).))))........))))))))))))))))))))))))))))).............(((((((((.....(((((((((.(((((((((((((......(((((...((((....))))...))))))))))))))))....)).)))))))))((((((((..........)))).)))).((((((......)))))).......((((......))))........)))))))))((((((((...((((.((((((....((((.((..(((.(((.....((((......))))....))).)))))))))..)))))).)))).......((((.((((.(((.....))).))))))))...((((.((((((....)))))).)))).....((((((.............))))))..((((....(((((...)))))..))))..((.((((((((...((((((..((......)).)))))).))))).)))..))......))))))))..)).))))...))))..))))))))..))))))))))...)))))))).((((((.(((((...))))).)))))).(((((....)))))..))))))).))))))((((..(.(((((((..((.((((.((((((((((((((((((.((.........)))))).........))))))).))))))).)))))).))))))).)..))))......))))))....)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((......(((....)))|.(((((.((({{{,{.{(((.(((.({{{{,,,,,(((((((.{((((((((({,(((((((({.,..|||||||}}.,,{|||||||,|,,...........(((((.,,.{,...,.((((.(((((((({...{((({((,(((.{{((((.,..((((.(((((((....)))..((((((((({.{,.{((((((((((((((((.((.((((.(((((((((((((((((((((((((....((.(((,...(({,{{.,(((((.(((((..((((.....))))..))))).)))))...}}.,)}},)))).))....)))))).)))))).((((({..{,.(((((.(((((((((..((((({....((((({..{{.((((((....))))))}))))))((((((((..{((((((((((((((((((.(((((({{{,(.,,...((((......,,{(((({{.(((((..((.{{{,{(,......,},,.}}})}..))))))))}}|,...,)))..,,.,||||||||.,{|||,,..))))}}))}}}}|(((.((((({...}))))).))))))).))))))))))...(((((....)))))..)))))),,}}}..))))))))......})))))..)))))).)))...))))).}}........)))))).(((((((((((.(((((({,..........,{((((...((({.......(((((.....)))))))))...}}})))))))).)).))))))))).)))))))......)))))))))).)).)))}.............,)))))))))))).}{||....|||({((,{((((((.((((........({{(((((.....((((((((({{{{,{({,..{(({......))})..,,||{{.........{(..((((((........))))))..)}(((...(((((((..(((((((((.,((((((..,{((({{{,....((((({,..(((((((....)))}})))....{{.((((((.........)))))).}}.......,{,.......(((..((((....))))..)))..{{....,,)}.})))))}....}..}}},..|||}.|,...,|||,{|,||{{{{{{{{{((,.,.((((((...{,,{(,.....,,}})}...)))))}.....}})}}}.,,||{.(((.{,.((((....)))).}}))}.))},..{{({......))))||||.{..{{.((,,((((((((,.....}))))))))))}}..)}))))},,}},))))}).)))).)))))...)))))))....))).}}}}...|{(((({{,,,.,{{,...}))}.}))))))))))))))))))))))))))))))))))))..,{{,...))))}.},}}))))))))))).)))).{{|..,,)}}.,)}})))))).}}))))}......{{{{{,,((((....{{,,.....{{{,(((({{{,,,,.{{{{{{{,,,,....,,,,,,,)||||||,,.,,|||}}}}.,.{(((((((.{,..{{{||,,,,,,)),||||,}}||||,,,,||((((((({{.{|.||{{.......((((((......)))))),}}})),,)}}},}}})}..||||...}}),}}||,.}}}}|,..,{{{{|||,|||....,|,|....,|||{{{{(((.......))))))),},|||{||||||,,.{{(((,,,,.}}}}},},,,))}}))))}}..))))))|((({....))))}....{((((((((.,,...(((((((...((((((((....{,......},....)))))))}..))))))}.((((((........))))))......{(((({...})))))....((((((((..{..,..((((....))))......)..))))))))............,)))))))))))))))))))))..},,,..))))){(((........))))...})}.,}}||.,{{{{{,...))))))},}}}},,,))))))))))}.(((((.((...((((((((...(((((((.((...........,{.((((.(((((((..(.((((.(((((,,..}}}}}{|||||{.......((,{{{{|,,..}}}}}))}||||,............,,}}},.,).)))))..))))).))..)))).)|,.((((..,....,..))))},((((((((((((..............)))))))))))))..)))))))))))))))))..)))))))...................)))))))...((.(((((((((((((.....{{,.{{{.{((({......})))|.,|,,..,))}......,,,.((({,((((((.(((((((...(((((,,,..,{|||,..,,,||{{,{.....}}}}||{((((.((((((......)))))))))},)}|,,,.({((((((((((,,{(((({......}}}},},,||,,.......,,......(((((.......)))))......,)})))))))))).,}..,)))}..))))))).))))))..,,,,....,)}}}}.}}|,{{{(,...,,,},,,,.........,.,)}}.))))))))))))),)}................{{{{{..,...{{{(((,,,.,((((,..{{((({{(((((.,.....,.....,)))))..}}}.,..,}))))).}},,)})))),,....))}}}..(((((((........)))))))...{{{....{{{((((((((({((({{{{{{.,..}}}.))))))))))))}}}))}}}}}.}}}}}}),.{{....||(((((...}}}}}.,,,,,...}}}|,..((((({.{{|||{{{{{{(((((((.((((.((((((({,((((((({,.,....((..(((((((((.....(((((.......(((((,,((.(((...((((({..(,{{....}),.))))))...))).))))))))............((((((((((((......((((((.....))))))...))))))))))))......{(((((......))))))...((((((........)))))).((((((((....))))))))))))).....)))))))))..)},.))},))))))|((((((((...((((((....(((((........)))))...,,..(((((((........)))))))..{((((((((((,....{{{{({.{{.{(((({.((((,{,,,,}}}}.}))))).,}.)))})),,...{{{{........((((.(((((..{....}..))))).)))).....,.}}}}},)))))))))}}..........)))))).))))))))}....{{{(({.{((((((({(((((,(((((({{....((((((.({....,,..))))))....|.}}||||},.,||||{|||{(({{{,,{{({,,{{||,.||,,|{(({,{{.{{,,{(,.{,{,,{{||,...,,.}|,,||,}}},}..,))|)),})}}},,.,,{({{(({,.,{,},..{{{,,.,..}}},.}))))}},{{{{.{{{{..||||{.||.,,})),))))),,.}}}},))))}||},,..,,,|||{(((((({......}))))))))))},)}))}))}}}}}}}}}||}.}}}}.,))},},}}|}}|}}},}},}},||,,...{(((((.(((((((....(((((((.......))))))}((((((((((((((((((((((.((((..((((..((((.((,..(((((((((((,....(((((....(((((((((((((...,...,((({({,,,.,,||}}}}.((((..(({(({((,....}}})))))..)))).........,,{{{{.....)))),..(((((((((({,{,{{{{{,,,,,,{,.,}}|||||}|},..{{{(({(({{.{,,.,,,.,}})))})})}|((((((((............))))))))},))))}}))))),}}.....,},}},,))))))))))))))))))))))))))))).............(((((((((,{{,.{((((((((.(((((((((((((......(((((...((((....))))..,))))))))))))))))....)).)))))))))|||(((((.,,....,}.))))}.}||.((((((......)))))),,||||.{{{|,,,,..,}}|.....,,.)))))))))((((((((...((((.((((((.,,,((((.({..{{{.(((.....((((......))))....))).)))},)))),,)))))}.)))).......,{({{((((.(((.....))).)))))))}...{(((.((((((....)))))).)))|,{.,{(({{({....,,,{{{{,.}}||||..,,||},.,|||||,,.,}}))},,))),|((.((((((((.,.((({{{.,||.....,}).)))))}.))))).))}..))...,..)))))))),.)).))))...))))..))))))))..)))))))))),..)))))))).((((((.(((((...})))).)))))).{((((....)))))..))))))).)))))},.|{||,.,,...,)})},)))).)))))))).)))))))||,{{{.,.....,,}}},.,))),))))})))))))....}))).)))))|,,..,|,|,...,.,......,,.........)))))....
Back