Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001355221.1
Sequence Length
1389 nt
GC Content
0.5594
GUCUCUGCCCAUCCGCGCACCCGGGCUUCGGCUGGAGAGGGCCAGCUCGCUUCAGGAGGCCGAACCCCGUUCCCACCAACCCUCUCAGCUCAGACGCGGGGUGCUGAGUCACGGGGGGGGGGUGGUUCUGUGGAUAGUUGGAAUGCAUACACAGAGGAAAGGGGGAUGCGGCACCAGCAGACAGAGAGACAAGACCCCAGCCAGCCCCUGUCCAGGCAGCAUGGCACAUACCGCCAGAUCUUCCAUCCAGAGCAGCUCAUCACAGGCAAGGAAGAUGCUGCCAAUAACUAUGCCUGGGGCCACUACACCAUUGGGAAGGAGUUCAUCGACCUGCUACUGGACCGGAUUCGGAAGCUGGCUGACCAGUGCACAGGACUUCAGGGCUUCCUGGUGUUCCACAGCCUUGGUCGGGGCACUGGCUCUGACGUCACCUCAUUCCUGAUGGAGUGGCUUUCUGUUAACUAUGGCAAGAAAUCCAAGCUGGGAUUCUCCAUCUACCCAGCCCCCCAGGUGUCUACAGCCAUGGUCCAGCCCUACAACUCUAUCCUGACCACCCACACCACCCUGGAGCACUCAGACUGUGCCUUCAUGGUGGACAACAAAGCAAUCUAUGACAUCUGCCACUGCAACCUAGACAUCGAGCGCCCAACCUACACCAACCUCAAUCGCCUCAUUAGCCAAAUUGUCUCCUCCAUCACAGCUUCUCUGCGCUUUGACGGGGCCCUCAAUGUGGACCUGACAGAGUUCCAGACCAACCUGGUGUCCUACCUCACAUCCACUUCCCCCUGGCCACCUAUGCACCAGUCAUCUCUGCAGAAAAGGUAUACCACGAGCAGCUGUUGGUGGCAGAGAUUACCAAUGCCUGCUUUGAGCCUGCCAACCAGAUGGUGAAGUGUGAUCCCCGGCACGGCAAGUACAUGGCCUGCUGCCUGCUAUACCAUGGAGAUGUGGUGCCCAAGGAUGUCAACGCUGCCAUUGCUGCCAUCAAGACCAAGUGCAGCAUUCAGUUUGUGGACUGGUGCCCCACAGGCUUUAAGGUUGAUAUCAAUCACCAGCCUCCCACUGUGGUGCCUGGGAGUGACCUGGUAAAGUGCAACGUGCCAUGUGCAUGCUGAGCAACAUGACAGCCAUCACUAUGGCCUGGGCCCGCCUGGACCACAAGUUUGACCUGAUGUAUGCCAAGAGGGCGUUUGGGCACUGAUAUGUGGGUGAGGGCAUGGAGGAGGGUGAGUUCUCCAAGGCCCAUGAGGAUAUGACUGCCCUGGAGAAGGAUUACAAGGAGGUGGGCAUGGAUAGUGUGGAGUGGGGGGAAGAAAAGAUAGGGGGGAUGAAUACUAGGGGAAUACUGUGUGUCUGUCCUACAUAAAGUGCUGUGGCCUUAUUGUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-503.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -530.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 374.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((.(...((((((.(((((((((((.(((....))).))))....))))))).))))...(((((..((((((..((((((.(((...)))))))))...))))))..))))).((((((..(.((......)))..))))))))....).))))).)))...)).))))...(((((((...(((((((..((((((((..((((((.((((.......)))).(((((((.(((.((........))...)).).))))))))))))).......(((((((((((((((...((((((((((.(((........((((.((((((.((((.........))))....))))))..))))....(((((((...(((....))).)))))))((((((((....)))))))).....))).))))))))))))))))(((((((((....)))).))))).....((((((............))))))..)))))))))...((....)).(((..((((((.((.((((((((.(((((..(.(((((.((((((((.......))).))))).)))))........((..((.(((.....(((....))).......))).))..)).....((.((((..((((.((..((((((.......((((....((((.(((.(((........))).))).))))....))))(((((..(((...((..((((......))))....))...)))..)))))....(((.(((((.....(((((((((......((.(((..((((..(((.((((((.(((((((((......))))))))).)))))))).)..)))).....((((((..((((((((..(((((((.(((....(((((...((.....))....)))))....))).)))))...))..))).)))))))))))((((((...........).))))).))).)).....))))))))).((((((......((((((...........))))))....))))))((((.((......)).)))).((((.....((.(((((((.......)).))))).)).....)))).))))).))).((....)).(((((.(((((.(((((...(((((.....))))))))))))..))).)))))))))))..)).))))..))))))(((((((.(((.((((....))))...))).))))))).........)..))))).)).)))))).))...)))))))))......))))))))(((((.((((..((......))..)))).)))))........).)))).)).....))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((.(...{(((((.(((((((((((.(((....))).)))),...})))))).))))...(((((..((((((,.((((((.(((...)))))))))...))))))..))))).((((((..{.((......))}..)))))))}....),))))).))),..,).))))...(((((((,.{(,((((,..((((((((..((((((.((((.......)))).(((((((.{((.((........))...)).,.))))))))))))).......,{(((((((((((((...((((((((((.(((......,.(({(,({((((,,{{{.,|||}.,,)})),,}.}}||||,.}}}|,|..(((((((...(((....))).)))))))|{{{{{{|.,,,)))))))).....))).)))))))))))))))){((((((({....}))),})))}.....((((((............)))))).,)))))))}|,,,,.....{{(({{,{{{{,,,..,{({,((((,,{(((({,{.(((((.((((((((.......)))},)))).)))))........,,...,..,,.....({(,.,,}|}.,{{{.||{({.,,.(((({{{({.,,{...(({,..{,{({{({{,,{.,..,,,,{(((((((({,,.{({....,,|,((({({.((((,(((.....|,||,}}||,}}}}}}.{|||,.....)))),{{{||.,{|||{,|||||..,{(,,.((({,.,...(((((((((...,{{(,.,,..,((({..{{{.((((((.{((((((({......})))))))).))))))}).),,)}}}...,.|(((((..((((((((,{{.(((((.(((..,.(((((...((.....))....))))).,..))).)))))...)),.}))}}))))))))}{(((((,...........).)))))}..|,},,,|||))))))))).{{{((({{,...,(((((,,..,.,,},,))))))....}}}})),|||.}}}}},}.}}}}}},.||{||,.,,,(|(((((({.|{,,,.}},.}}}}.))}|,|}))),,))))},)})}||,},|)},|{|||,|||||.,||||}}.|{|||..}.}))))}}))))},,,)}}.)))))))})))))))))))))))))}|,{((((((.(((.((({....})))...))).))))))),},),....)))))))))),}))}).)))))).))))}))},,},...))))))))(((({.((((..((......))..)))).,))))........}.)))).)).,,..))))))).
Back