Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001359231.2
Sequence Length
2058 nt
GC Content
0.6842
GCAGAGGACAGGCAGGAGUUGGAGGAAGAGGAUGUAUUUGAACUUGGAUGUGCCGCAGGUGGCUGCGAUGGGACGGAAGCCAUGAAUGGUGCCGGCCCUGGCCCCGCCGCAGCCGCCCCGGUCCCAGUCCCGGUCCCGGUCCCGGACUGGCGGCAGUUCUGCGAGCUGCAUGCGCAGGCGGCCGCCGUGGACUUUGCGCACAAGUUCUGCCGUUUCCUGCGGGACAACCCAGCUUACGACACGCCCGACGCCGGCGCCUCCUUCUCCCGCCACUUCGCCGCCAACUUCCUGGACGUCUUCGGCGAGGAGGUGCGCCGCGUGCUGGUGGCUGGGCCGACGACUCGGGGCGCGGCCGUGAGCGCAGAGGCCAUGGAGCCGGAGCUCGCGGACACCUCUGCACUCAAGGCGGCGCCCUACGGCCACUCGCGGAGCUCGGAGGACGUGUCCACGCACGCGGCCACCAAGGCCCGCGUUCGCAAGGGCUUCUCGCUGCGCAACAUGAGCCUGUGCGUGGUGGACGGCGUGCGCGACAUGUGGCACCGGCGCGCCUCGCCCGAGCCCGACGCGGCAGCUGCCCCGCGCACCGCCGAGCCCCGCGACAAGUGGACGCGGCGCCUGAGGCUGUCGCGGACGCUGGCUGCCAAGGUGGAGCUGGUGGACAUUCAACGCGAGGGGGCGCUGCGCUUCAUGGUGGCCGACGACGCGGCCGCGGGCUCCGGGGGCUCGGCUCAGUGGCAGAAGUGCCGCCUGCUCCUGCGCAGGGCUGUGGCCGAGGAACGCUUCCGCCUGGAGUUCUUCGUGCCGCCCAAAGCCUCCAGGCCCAAGGUCAGCAUCCCACUGUCAGCCAUCAUUGAGGUCCGCACCACCAUGCCCCUGGAAAUGCCAGAGAAGGAUAACACAUUCGUCCUCAAGGUAGAGAAUGGAGCCGAAUACAUCUUGGAGACCAUCGACUCUCUGCAGAAGCACUCGUGGGUAGCUGACAUCCAGGGCUGCGUGGACCCCGGUGACAGUGAGGAAGACACCGAGCUCUCCUGUACCCGAGGAGGCUGUCUGGCCAGCCGCGUGGCCUCCUGCAGCUGUGAGCUCCUGACUGAUGUCGACCUGCCCCGCCCCCCAGAGACGACAGCCGUGGGUGCAGUGGUGACAGCCCCCCACAGCCGAGGUCGAGAUGCCGUCAGAGAAUCCCUGAUCCACGUCCCGCUAGAGACCUUUCUGCAGACCCUGGAAUCCCCGGGCGGCAGCGGCAGUGACAGCAAUAACACAGGGGAACAGGGUGCAGAGACGGAUCCCGAGGCUGAACCCGAGCUGGAGCUAUCCGACUACCCAUGGUUCCACGGGACACUGUCCCGGGUCAAGGCUGCUCAACUGGUUCUGGCAGGGGGGCCCCGGAACCACGGCCUCUUCGUGAUCCGCCAAAGUGAGACUCGGCCUGGGGAGUACGUGCUGACCUUCAACUUCCAGGGCAAGGCCAAGCACCUGCGCCUGUCCCUGAACGGCCACGGCCAGUGUCACGUACAGCAUCUGUGGUUCCAGUCUGUGCUUGACAUGCUCCGCCACUUCCACACACACCCCAUCCCACUGGAGUCAGGGGGCUCGGCCGACAUCACCCUUCGCAGCUAUGUGCGGGCCCAGGACCCCCCACCAGAGCCGGGCCCCACGCCCCCUGCCGCGCCCGCGUCCCCGGCCUGCUGGAGCGACUCGCCCGGCCAGCACUACUUCUCCAGCCUCGCCGCGGCCGCCUGCCCGCCUGCCUCGCCCUCCGACGCCGCCGGCGCCUCCUCGUCUUCCGCCUCGUCGUCCUCUGCCGCGUCGGGGCCCGCCCCCCCGCGCCCCGUCGAGGGCCAGCUCAGCGCGCGGAGCCGCAGCAACAGCGCCGAGCGCCUGCUGGAGGCCGUGGCCGCCACCGCCGCCGAGGAGCCCCCGGAGGCCGCGCCCGGCCGCGCGCGCGCCGUGGAGAACCAGUACUCCUUCUACUAGCCCGCGGCGCCGCCCGGGUGGGACACGCCAAGCUCUUCAGUGAAGACACGAUGUUAUUAAAAGCCUGUUUUAGGGACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-966.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1000.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 388.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.(((..(((.(((((((.(((((.((......(((.((((..((((..((((((((((.((((.(((..((((....)))).)))((....)))))).)))))))))).))))....)))).))).(((....))).((((((((.(((..(((((..(((.((((((((((((((.((((.............(((((((........)))))))....(((((..((.(((((........(((((..((((((((((......((...(((......))).))....))).))))))).)))))))))).))..)))))(((((.......(((((((.(((.((((.(((((((...((((((....)))).))....))))))).)))).))).))))))).)))))..((((((.((((((.(((((((((..(((((((.(((((((((((.((.(((((((.(((...)))..)))).))).)).)))).....)))))).).))))))).)))))))(((..(((.(((...)))))).)))...(((((........)))))..)).)))))).))))))..((((..(((((((((...))).))))))..))))(((((...((((((.((((((.....(((.....))).(((((...(((((((.(..(((((..(((((((.(((((....((((((((((((((.((((((....))))))((((......))))(((((((((((.((((...))))((((((((..(((.(.......).))).))))))))..(((((((((.(((((((((((.((......(.(((((((.((((..(((..((((.....))))...(((((.........)))))....(((((((((((..((((.......))))...))))....)))))))....)))...))))((((((.........))))))))))))).))))))))))).)))(((((....((.(((((.......))))))))))))(((((......)))))..(((((.((.((..((((((..((.(((((..(((((((((((.((((.(((..(.((.(((((.((.((....)).))..))))).)).)..)))(.((((..(((((.......)))))...)))).)((.((((....)))))).....)))).......))))))....)))))))))).))......))))))..)).)))))))..(((..((((.(((((((.((((...(((((((((..........))))))))))))).((((....(((((((((((((......(((((((((..((....))))))))))))))))).....)))))))....))))....))))))).))))...)))))))))))).......(((((..((((((......)).))))..)))))..))))))))))).((((((.((((((...(((......))).)))))).))))))((((((..........................))))))..(((((((.((((............((((......))))))))..)).))))).....)))))))))))).)).......))))).)))))))..)))))..))))))))...))))).)))))).))))))...))))))))).))))))))))))..)).)))))))).....))))))))))).)).))))).))))))).))))))))))))))).(((.(((((.......))))))))(((.....((((..((((.((((..(..((....))..).)))).))))((((.((((.((((.((((.((....)).))).).).))).)))))))).(((((((.(((.(((.(((((((((.(....((((.......))))..))))))))))))).))).))))...))).....(((((...)))))................))))......)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((,(((.,(,(,((((((,.(((({.{{......{{,.(({{,.((((..((((((((((.((((.(((..((({....}))).))){|.,.,}})))).)))))))))).)))).,{{||||.||,.,,,...,}))}|||(((((,(((,.{{|||,,||{.({((((((((((((.((((.,.,,{....}}}|{{{{((,{,..,|.}}})))}..(((((({..,..,,((({.,,((,{(((((..(((((((,{({{....,(,{{(({......))).))....,))}))))))).)))))))))}},)))))))))){((,....,}|((((((.(((.((((.(((((((,{.{{((((....)))).,)}...))))))).)))).))).)))))),.}))},..((((((.((((((.(((((((((..(((((((.(((((((((((.((.(((((((.{{{....,)..)))).))).)).)))).....)))))).).))))))).)))))))(((..(((.(({...)))))).))).{.(((((........))))),.)).)))))).))))))..((((..(((((((((...))).))))))..))))(((((...((((((.((((((......{{.....}},,(((((...(((((((.{,.(((((..(((((((.((((({,..((((((((((((((.((((((....))))))((((......))))(((((((((((.((({...})))((((((((..{({.{.......,.})).))))))))..(((((((((.(((((((((((.({......(.(((((((.((((..(((..((((.....)))).{.(((((.......,.)))))}...(((((((((((..((((.......))))...))))....)))))))....))}.,.))))((((((.........))))))))))))).})))))))))).)))((((,...,((.(((((.......))))))))))))(((((......))))).{(((((.((.((..((((((..((.(((({..(((((({((({,({,,.(((..(.((.(((((.((.((,...}).))..))))).)).}..))),.{{{{..(((((.,....,))))),,.}|||..((.((({....}))))).},,.,}||.....,.))),))}.}.)))))))))).)}......))))))..)).))))))).}{((..((((.(((((((.((((...(((((((((..{.......))))))))))))).((((....(((((((((((((......(((((((((..((....))))))))))))))))).....)))))))....))))....))))))).))))...)))))))))))).......(((((,.((((({......)).)))),.)))))..))))))))))).((((((.((((((...(((......))).)))))).))))))((((({..........................})))))..((((({(.((((,...........{{({.....,))))))))..}).})))),....)))))))))))).))......,))))).)))))))..)))))..})))))))...))))).)))))).))))))...))))),))).))))))))))))..)).}}))))}},,,,,)))}))}||||.|,,|||||,,}}}}}|{}}||}}||}|||}||,{((.((((({.,{...,,,})}))}}}).}}.|)}|,{{(.,.((({,{(|.((,,,,{{..,.||||,}.)))).}))))|.|||.(((({.,,..,.))})))}}||}},}.)))).|||,{,(((((.(((.(((.(((((((((.(....((((.......))))..))))))))))))).))).)))).,.)))}..|,{{{{{..,}}}}}},,...,,........}|||}}}}}.,,,.)))).
Back