Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001362783.2
Sequence Length
2135 nt
GC Content
0.6431
GCAGAGUCUGCGGACCCGGCGCCGAGGCGGCCACCCGAGACGCGGCGCGCACGCUCCGGCCUGCGCAGCCCGGCCCGGCCAUGGCGGCCCCCCGCCCGUCUCCCGCGAUCUCCGUUUCGGUCUCGGCUCCGGCUUUUUACGCCCCGCAGAAGAAGUUCGGCCCUGUGGUGGCCCCAAAGCCCAAAGUGAAUCCCUUCCGGCCCGGGGACAGCGAGCCUCCCCCGGCACCCGGGGCCCAGCGCGCACAGAUGGGCCGGGUGGGCGAGAUUCCCCCGCCGCCCCCGGAAGACUUUCCCCUGCCUCCACCUCCCCUUGCUGGGGAUGGCGACGAUGCAGAGGGUGCUCUGGGAGGUGCCUUCCCGCCGCCCCCUCCCCCGAUCGAGGAAUCAUUUCCCCCUGCGCCUCUGGAGGAGGAGAUCUUCCCUUCCCCGCCGCCUCCUCCGGAGGAGGAGGGAGGGCCUGAGGCCCCCAUACCGCCCCCACCACAGGUGUCAUCUGGAUAUGUGCCCCCACCAGUGGCCACUCCAUUCAGUUCCAAGUCCAGUACCAAGCCUGCAGCCGGGGGCACAGCACCCCUGCCUCCUUGGAAGUCCCCUUCCAGCUCCCAGCCUCUGCCCCAGGUUCCGGCUCCGGCUCAGAGCCAGACACAGUUCCAUGUUCAGCCCCAGCCCCAGCCCAAGCCUCAGGUCCAACUCCAUGUCCAGUCCCAGACCCAGCCUGUGUCUUUGGCUAACACCCAGCCCCGAGGGCCCCCAGCCUCAUCUCCGGCUCCAGCCCCUAAGUUUUCUCCAGUGACUCCUAAGUUUACUCCUGUGGCUUCCAAGUUCAGUCCUGGAGCCCCAGGUGGAUCUGGGUCACAACCAAAUCAAAAAUUGGGGCACCCCGAAGCUCUUUCUGCUGGCACAGGCUCCCCUCAACCUCCCAGCUUCACCUAUGCCCAGCAGAGGGAGAAGCCCCGAGUGCAGGAGAAGCAGCACCCCGUGCCCCCACCGGCUCAGAACCAAAACCAGGUGCGCUCCCCUGGGGCCCCAGGGCCCCUGACUCUGAAGGAGGUGGAGGAGCUGGAGCAGCUGACCCAGCAGCUAAUGCAGGACAUGGAGCAUCCUCAGAGGCAGAAUGUGGCUGUCAACGAACUCUGCGGCCGAUGCCAUCAACCCCUGGCCCGGGCGCAGCCAGCCGUCCGCGCUCUAGGGCAGCUGUUCCACAUCGCCUGCUUCACCUGCCACCAGUGUGCGCAGCAGCUCCAGGGCCAGCAGUUCUACAGUCUGGAGGGGGCGCCGUACUGCGAGGGCUGUUACACUGACACCCUGGAGAAGUGUAACACCUGCGGGGAGCCCAUCACUGACCGCAUGCUGAGGGCCACGGGCAAGGCCUAUCACCCGCACUGCUUCACCUGUGUGGUCUGCGCCCGCCCCCUGGAGGGCACCUCCUUCAUCGUGGACCAGGCCAACCGGCCCCACUGUGUCCCCGACUACCACAAGCAGUACGCCCCGAGGUGCUCCGUCUGCUCUGAGCCCAUCAUGCCUGAGCCUGGCCGAGAUGAGACUGUGCGAGUGGUCGCCCUGGACAAGAACUUCCACAUGAAGUGUUACAAGUGUGAGGACUGCGGGAAGCCCCUGUCGAUUGAGGCAGAUGACAAUGGCUGCUUCCCCCUGGACGGUCACGUGCUCUGUCGGAAGUGCCACACUGCUAGAGCCCAGACCUGAGUGAGGACAGGCCCUCUUCAGACCGCAGUCCAUGCCCCAUUGUGGACCACCCACACUGAGACCACCUGCCCCCACCUCAGUUAUUGUUUUGAUGUCUAGCCCCUCCCAUUUCCAACCCCUCCCUAGCAUCCCAGGUGCCCUGACCCAGGACCCAACAUGGUCUAGGGAUGCAGGAUCCCCGCCCUGGGGUCUGGUCCUCGCCCAUCCUGCAGGGAUUGCCCACCGUCUUCCAGACACCCCACCUGAGGGGGGCACCAGGUUUAGUGCUGCUGCUUUCACUGCUGCACCCGCGCCCUCGGCCGGCCCCCCGAGCAGCCUUUGUACUCUGCUUGCGGAGGGCUGGGAGACCCUCCAGGACAUUCCCACCCUCCCCCAUGCUGCCAAGUUGUAGCUAUAGCUACAAAUAAAAAAAAACCUUGUUUUCCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-874.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -909.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 642.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((((((.((((.((((((((((......((((((.((((((((.((....)).))))).))).(((...)))..(((((....))))))))))).........)))))))))).)))).)))((((((....(((((((((.............)))))).)))...))))))....((((((((((.((((.((((((............))))))...))))((((((.(.......).))))))(((((((((((.......(((((.(((((((((.......................))).)))))).)))))..((.((((.(((((((..(((.((((......)))).)))((((........))))..........((((.(.(((((((((((((.(................).))))))))))))).).)))).(((((...))))).......((((((.(..(((((.....((((((.((.(........(((((.....))))).....))).))))))......)))))..)..))))))..))))))))))).))..((((((....))))))(((...)))(((.(((..((((((.(((...((((((((((.((((..(((.((..((((.....(((((.((..(...((((((((.....((((((((((.(.((((((.(((.((((.......((((.......))))....((((....((((........))))...)))).........((((((.((((.(((((((.((....)))))))...))...))))))))))...))))))).)))))).)................(((((....))))).((.....(((((((..((((((((((((.((((((..(((((.(((.(((...))).)))..)))))...((((..(((.(.(((.(((((..(((((......)))...........))..)))))))).))))((((((....))))))..))))....)))))).))))....)))))..)))..))))))).....)).))))))))))...)))..))))).)..)).))))).....)))).(((((.(((..((((........)))).))).)))))....((.((((.(((.((((((.((((.(((.....((.((((.((((((....))).)))...))))))....))).)))).)))))).))).))))))(((.((.(((((((.((((.(((((...)))))))))((((..((((....(((.(((((.((((.((((((....)).).)))))))..(((((.(((((........((((..........)))))))))..)))))..))))).)))))))))))....(((.((((((((((....))))....)).)))).))).........))))))))))))..)).)))..))))))))))))))......))).))))))))).)))..(((....((.((((((.....((((((((((((....((.(((.(((.....((.(((.((((((((((((((.(((((((.(((...))).)))))..))..))))))).(((((((....)))((((((.(((..........))).))))))))))..(((((.((((......)))))))))...)))))))......((.(((((.....))))).))....))))).....))).)))))....)))))..)))))))......)))))).))....))).((((.((((((((.((((((.(((.(((((......))))).)))...))))......))))))))))))))..)))))))))))...)))))))...))).((((...))))...........(((((((.(((((....(((((((.((.......)).)))...))))))).))...)))))))..)))).)))))).....((.((.((((((.((((((.((.....))...))))))))))))..)).))...(((((((((((....)))))))............))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,,..({(((((,.{{((.((((((((,(..,,,.((((((((({(((((.((....)).))))).|||.{{{..|)}|..(((((....))))).||,,,}}}}}.}}}).}}..),))}))))}.))||{,,.....||,}}))}}}........(((((((((((((|,,,...|||..{((.(,...|}}}.,|||..||||...(((.(({{{((,,(({{{||}}||{{{{,|.,,,...}.}|||}}((({(((((.{.....,,))))}}}),,((({....}))).((((.(((.(((((((.....))))).)).)..)).)))).)))}|}}.,|||}||}|,.,,,,)}},))}}|||{..,,....},||{,....}}}}((((.(.(((((((((((((.(................}.))))))))))))).).)))).(((((...))))).......||,,}})))))))).))).{(((((...((((((((..((((((.{(((.{{{..{((({...{{|{{{.,,,,.,|,}|,,{,.(((({{,..|,.,,,,))),}},.((((((....))))))|{{..,|}}{((.{,,{(((((((.(((...((((((((({,((((..(((.((..((((.....(((((.((..{...((((((((.....((((((((((.({{..(({{.,{,,{||.|||}..(({{.......}|}},.{{(({{....{{||,,......}|||{{,||,|{,..,.,,,((((.((((({{,..{({{{{{.((((.((({{(((.(......).))))))).)))),))},}})))))}}..,,..........{{((({{..,,,,..,({{{{{((((((({{,(((,,..,{{,.,,,,,,..|,,,,.|||.|||,,})))})))}}),,)),}}||{|.,,||}|}|||.((((,..|}||,.{{{{{,,|{{{{{..,....,..||}},,,,,.))}((((((....)))))),},,))})..),,)))})))).}}}))))}.{{{|...}}})}||,...)).))))))))))...)))..))))).)..)).))))).....)))).(((((.(((..((((........)))).))).)))))....((.((((.(((.((((((.((((.{((.....(,(((((.((((((....))).))).,.)))))}....))).)))).)))))).))).)))),|(((,(.,(((((((.,(((.(((((((((..{.....,....)))))))))}}|.(((((,((((.((({{(....||.}.})}))))..{((((.,(({,......||((({..........)))))))}},.))),)}})},,(((((,..)))))..||({(,(({{{{((((....)))),,,}}),)))),)),.........))))))))))))..)).)))..))))))))))))))......))).)))))))),.))),,),),))),),),}}))),}}.})))}}..}}|||,,...,}).)))}......{(((({((((.(.(((.,{.((((((.(.,((.((({((.{{{..{(((,({{({{....||{{{|,,.,)).|||||,,|||||||,,.....((((((...{(((((((((((.((.((((...(({|(((...{||{{{{,||,.....{||||,,...}}}},))))))...)))).)).))}})))).....)}}},}...))))))......},,,,,,.........{(((.((((((((.({((((.(((.(((((......))))).))).,.))))......)})}))))))}}})|,.},)})}),,}.)))))).,..))).).)))})}.},))}}.}}}.})).,)))))))}{((({|,.((((.((,(,,......|}.}}}}{{|.|||..,)),}))}....||||||}}....}}}}}}}))))}.((((((.((((((.{(,....))...)))))))))))).....{{{....}}|((((((....))))))}........,|}}}}.}...)))))}.
Back