Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001362813.2
Sequence Length
4160 nt
GC Content
0.5219
GCAAAAGUUCCGGGCGCCCGAGCCGGCUGCUCGUGCCAUGGAGCGGAGUCCCGACGUGUCCCCCGGGCCUUCCCGCUCCUUCAAGGAGGAGUUGCUCUGCGCCGUCUGCUACGACCCCUUCCGCGACGCAGUCACUCUGCGCUGCGGCCACAACUUCUGCCGCGGGUGCGUGAGCCGCUGCUGGGAGGUGCAGGUGUCGCCCACCUGCCCAGUGUGCAAAGACCGCGCGUCACCCGCCGACCUGCGCACCAACCACACCCUCAACAACCUGGUGGAGAAGCUGCUGCGCGAGGAGGCCGAGGGCGCGCGCUGGACCAGCUACCGCUUCUCGCGUGUCUGCCGCCUGCACCGCGGACAGCUCAGCCUCUUCUGCCUCGAGGACAAGGAGCUGCUGUGCUGCUCCUGCCAGGCCGACCCCCGACACCAGGGGCACCGCGUGCAGCCGGUGAAGGACACUGCCCACGACUUUCGGGCCAAGUGCAGGAACAUGGAGCAUGCACUGCGGGAGAAGGCCAAGGCCUUCUGGGCCAUGCGGCGCUCCUAUGAGGCCAUCGCCAAGCACAAUCAGGUGGAGGCUGCAUGGCUGGAAGGCCGGAUCCGGCAGGAGUUUGAUAAGCUUCGCGAGUUCUUGAGAGUGGAGGAGCAGGCCAUUCUGGAUGCCAUGGCCGAGGAGACAAGGCAGAAGCAACUUCUGGCCGACGAGAAGAUGAAGCAGCUCACAGAGGAGACGGAGGUGCUGGCACAUGAGAUCGAGCGGCUGCAGAUGGAGAUGAAGGAGGACGACGUUUCUUUUCUCAUGACUCUUCUGCACCAUGGAGCCAGAGCCAGUCCAGCCCGGCAUGCUUAUCGAUGUCUGCAAGUACCUGGGCUCCCUGCAGUACCGCGUCUGGAAGAAGAUGCUUGCAUCUGUGGAAUCUGUACCCUUCAGCUUUGACCCCAACACCGCAGCUGGCUGGCUCUCCGUGUCUGACGACCUCACCAGCGUCACCAACCAUGGCUACCGCGUGCAGGUGGAGAACCCGGAACGCUUCUCCUCGGCGCCCUGCCUGCUGGGCUCCCGUGUCUUCUCACAGGGCUCGCACGCCUGGGAGGUGGCCCUUGGGGGGCUGCAGAGCUGGAGGGUGGGCGUGGUACGUGUGCGCCAGGACUCGGGCGCUGAGGGCCACUCACACAGCUGCUACCACGACACACGCUCGGGCUUCUGGUAUGUCUGCCGCACGCAGGGCGUGGAGGGGGACCACUGCGUGACCUCGGACCCAGCCACGUCGCCCCUGGUCCUGGCCAUCCCACGCCGCCUGCGUGUGGAGCUGGAGUGUGAGGAGGGCGAGCUGUCUUUCUAUGACGCGGAGCGCCACUGCCACCUGUACACCUUCCACGCCCGCUUUGGGGAGGUUCGCCCCUACUUCUACCUGGGGGGUGCACGGGGCGCCGGGCCUCCAGAGCCUUUGCGCAUCUGCCCCUUGCACAUCAGUGUCAAGGAAGAACUGGAUGGCUGAGCUGGCCCGGGGCUGCCCCGGUCUUGUGCCACAGCACUGUUUUCUUUCUGCCCUCUUCCUAAUGCCCACACUGCUUGGGCACUAUUGCGCCCCUGCCUCCUUGCCAGGCUCUUCCUCCUGUCCUGCCUGGUCCUUUUCCAUGACUCCAGGCUGUGCCUCUCUCCAUGUUUGGUCCCUUCUGUGCCCAUGGUCAGGAGCUAUUCGGGUGGCACCUCGCUGGCCAGGCUCUCCCGAGUCGUGGCACCUCCACAAUGUGAAUUUUCUGAAUCCCUAUUCCAGGAUUUCUGGGAAUAAUGUUUACUUCUAGAAUGGGCCUGUUGUAAACCAUCUCAUCGAGGUGUGGUAAAGCCAUUGGAUGAGGAGGGGACUGCCAUGGAAAGGAGAGUUUGUUACUUACGGUUCUGAGAGGAGGGGCCACAUAGGAAAGCCCCACGGUGGGUCAGAAGGCGGAAGGAGGGAGGGGAACGUGUGGGCAAGAGACUUCCUCUGGUUUCCUCAGGAGGAAAUGGGCAAGGCAGAGUAAGCAGGGGAGACAGGUUUAAGGGUAGCUGGCUUGAGUAAUUUCAGUGGCUCUCAGGAUAGGGGCUGCCCUUUUUGUCUGAUACCUGGCCCCGGGAUAGUCAGGACAGGUGAAUGUUGGCCUGGGGUGUGACAGCCCUGGGAGAGCCAUGUGAAGGAGGCAGCUGGCGCCAUCGCUCCGGAUUAGUUGGUUUCCAUAGGAAAGGCAUGCUUUCAGCCAGAUGCUUGCCAUCUCUAGGGAUUGGGGGAUUGGCUAGCCUGGGAGGAUCAGUCUGUCCAGGUCAGCGAGGCCCCAGAUACCAGAGCAUCAAGAGUACAGGAAAUACAGUUAAUGCAGGGCCUCUGUGUGGCUGGAUCCUCCGUCUCCAUCAGAUCAGCUCUGAUUGAUCUAUUCUUGCACGAUUUCCUCUGAACACAGGGUUCCAGAGUACUUAAACACAACAUUUUUUAAAUCGUGAUUUCGGCCUAUUUCCUUGCCAGGCCUGUUUCCCCACCAGGAAAUGAGAUAGGAGGACUGGAUGAGGAUGUCCUGUUAUAGUUGCUGUGGAGGAAGUUCCUCUGGUUAAUUCUCAUCAGCGUCUGCAGAAAAGAAGGAAAGAGGGCACCCUUUUCAGUUGGGAAGAAAGGAGAGGGGUGGCGCCAUGGACGUGGCCCUAAACGCUGUGGGAGAGGGAAGAGGAGGCUGGGCCUCGCUGCCCUCUUGUCUCUGCUGACUUCAGCCUGGUCAUGCUUGCUCUGCCACUUGCGAUUUCAUCCCUAAUUUCUUCCUCCACCAUGCCUGCAGACUUUUCCCUGGGCUUGUUUUUUCUCGCACAUCUCUGAAGAGUUUUUAAUCUUCAGCUCAUCAUGUCCCAGGAAGUGGCAUCAUAAAAGGAAAUAUUUUUUUUUCCUAGGAGCAGUGUUAAAAUCUGGGUCACAUUCCUGACCAAGGACAGCAUCCUGCCUUCUGCCCAUCCCCUUCAGUUCACAAAAGCUGACAUUUUAAACAAAUCAUGACUCACACGUAUUAAUUGGUUAUAAAUAUGUUGUGUACACUGGUUAGAUAAAACUUAAGGCCACAAGGAGGGCCCAGGUAGGCGAUGUCAGUGUGUGAAGGGGCUGGAUUGGGCGUGGUGAGGAUGUUGGCAAACCAGUGCAUGCACCUGGUUGGAAGAUGCUCAGCCUCACAAAAGCUCCAAGCCCUUUGGGAGCCAAAGUGUCUGAGAGUGUGACCCUCUCCUGUAAAGUAUUUAUCCCACCCAUUAAUAUAAUUUCUGUAUAAUAAACUUGACCUGAAAUUAUUUCAUUCUUUAUAUUAAACUUUUAAAAAUGUUUUUUAUUUUCACCUUAGAUAUGGGAAGAGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAACAGGAUAACUUGAGCAGGCUAGGCCUCUUAAAAAAAAAUUUGAGCUAAAACUCAUUUUUCUUUUGGCAUUUUCUUUUCAAUGUUCUUAUAAGCAAAGUUCAUCCAUGUUGUAGCAUGUGUUCAACUUUAUUUUUUCAUCGGGUAAUAUUCCAUUGUAUGGAAUGGUAGUACUACAUUUUAUUUAUCAUGCAUCGAUUGGUGGACAUUUGGAUCGUUUCUACUUCUUGACUAUUAUACAUAAUGCUGCUAGGAACUUUUGUGUAUGAGUUUUUGUGUGGACAUAUGUUUUCAUUUCUCUUUGGUAUAUGCCUGGGAGCAGAUUUGCUGGAUCAUAUGAAACUCUAUUUAACCCUUGAGGGACUCCCAAACUGUUUUCCAAUGUGGUGACACAAUUUUAUAUCCCAUCAACAGGGCAUGAGGGUUCUGAUGACUCCACAUCCCUCAGUGCUUUUUAUUAUCUAUCUUUUAACUUAGCCAUCCUAGUAGGGGUAAUGUGGCAUCUCAUUGUGAUUUUGGUUUGCAUUUCCCUGAUGGCGAAUGAUAUUGAGCAUCUUUUCAUGAGCUUAUUGGCCAUUUGCAUAUCUUCUUAGGACAGCUAUCUUUAGAUCACUUGCUCAUUUUUUAAUUGGGUUAUUUGUCUUUUUAUUAUUGAGUUGUAAGAGUCCUUUUAUAGCCUGGCACAAGUCCCUUUAACUGGUAUAUGAUUAUAAAAUUUUUCUCCGUGAGCUGUUUCAUUUCCUUGAUGAUGUCCUUUGAAAUACUAAAGCUUUUAAUUUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1546.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1626.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 1077.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((...(((((..((((.....)))))))))..(((((((((.((((..........)))).))..)))))))(((((((((((((((((((((...((((.((......(((((((....(((((..((((((((((((((..........))))).)))))).)))..)))))))))))).(((((((.....)))))))...(((((((..(..((.(((.....)))))..))))))))...(..((((...........))))..).((((((((((.(.(.((((.(.(((((((((..(((..(((....))))))))))))))).).)))).).)))))).)))))..((.(((((((((((((((((..((((((..(((...(((((((((.((((...((((.......))))..((((((((((((.(((...(.((((((((.........))))..))))).....))).).)).))))).)))).....))))..(((((((..(((((((((((.((((..((((((....)))........)))...))))))))))))))).)))))))......)))))))))...)))))))))....))))))))).)))))))))).(((((...(((...)))))))).)).))))...)))).))))))))))(((((.((((.(((((((((((((((((((((((((((.(.((.(((((((..((((((.(((((((((((.(((((((((((((((......))))))).))))..))))))))))((.(((.((((((((((.((((((((((..(((((............))))).)))))(((((((.(((...((((..(((((.(((((....)))))((.(((.(((.......))).))).)).........((((.((((((((.(((((((((.((.((((((.((..(.((((...(((..(((.((((((((((((((.......(((..(((...((((.(((((((((.(((.((((.((.(((......))).))))))((.(((((...)))))))....((.((((..(((((((.(((.(((.((((((((.((..(((((........)))))((((.....)))).......))))))))).).))).))).))).))))....)))).))))).))))))))).))))(((((((..(.(((((...((......))..))))))..))))))))))..)))....))))))))))))))))))))...)))).)..)).)))..)))..))...))))))))).))))..)))).))))....)))))))))..))).)))))))((.(((((((.(........)))))))).))(((((.....)))))((((((......)).))))..((((((((....))).))))).....))))))))))...)))))))))))))))..))))))))))))))).).))))))))))).....(((((((((.((((((.......)))))).....(((((.((((((((((..(((((((((((..(((((((((((.((((.(((((......(((.((.((.((((((.((.(.(((.(..(((((((.((((((.((..((.(((.(((..(((((.((((.((...((((((((((....((((((((..(((................((((....))))((((..((((((((.(((...))).))))))))....)))).......((.(((((((.(...(((((...)))))).))))))).))))).))))))))...))))))))))...((((......)))))))))).)))))...))).))))).)).)))))))))))))).))).).)))))))).)))).)))((.((((.....)))).)).(((...)))))))).)))).))))))......((((..(((((((...((((((((((..((((((..............)))))).....)))))))))))))))))....))))((((((((........((((......))))..))))))))..)))))....))))))))).))..))))))))))..)))))((.((((((((((...((((((((((.(((...(((((.(((((((((((.(((.((((..((((.((..((.((((..(.(((.(((((((.(((....))).))))))).))).)..)))).))..))))))((((.(((((.(((((((.((((((....(((((..((((((.((((((..((((((((((....(((((((......))))))).......((((((((.((((((((.....))).))))).....................)))))))).....(((((...........))))).((((((......))))))))))).)))))((((((.((((.((((((.((......(((..((((((...)))))))))...((((..((.((....)).))..))))...)).)))))).)))))))))).(((((((((....((((((((.(((((....)))))......(((.((((.((((.((((((((((..((((......)))).))).)))))(((((((.......))))).)))).)))).))))..)))...))))))))..)))))))))...))).))))))))).....)))))))).))).)))))).).)).)))(((((((........)))))))(((((((((((((((((((((((........((((((........)))))).....(((.........))).))))).))))))...((((.(((....)))))))....(((.((((((((...(((....(((((((((........(((.(((((((((((((((.((.....)).)))))).))))......))))))))...((((..((((........)))).))))....)))))))))))))))))))).)))...)))))))))))))))).(((....)))).))).))).)))))))))))))))).............(((...)))))).))))))))))...))))).))))))).........(((((((....................((((((((...................))))))))......)))))))...........((((((.....))))))...........)))))))))....................((((.(((...(((((.((((((((((.((((((((((.(((..((((......))))..))).))))((((((........))))))........(((((((((.(((.((((..((((((((...((((((((((..((..(((......)))..))...))))))).)))...)))..........)))))..)))))))))))).)))).......(((((.....((((..((((((.....((....))......))))))..)))).....)))))((((((..((((((((((((.(((....))).))))).))).....)))).)))))).(((((((..((((((...(((((....(((((((...(((((((.((((.((((......((((((......((((((((((((...((.((....)))).)))))).)))))).................(((.((.....))))).)))))).)))).)))).))))).))...)))))))....)))))(((((((((((.((.(((((.((.......))))))).))..))))))).)))).(((.((((......)))).))).....................))))))..)).............))))).)))))).))).....))))).)).))))).)))))))..((.....((((....)))).....)))))))))))))))))).)))).))..)))))))))).......)))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((({..,(((((.,((((.....)))))}))}..(((((((((.((((..........)))).))..)))))))(((((((((((((((((((((...((((.((......(((((((....(((((..((((((((((((((..........)))))))})))).)))..)))))))))))).(((((((.....)))))))...(((((({..{..((.(((.....)))))..})))))))...,,.({{{...........))))}.|.((((((((((.(.(.((((.{.(((((((((..(((..(((....))))))))))))))).}.)))).).)))))).))))),.(,{(((((((((((((((((..((((((..{((...(((((((((.((((..(((({.......)))),.((((((((((((.(((...{.((((((((.........))))..))))}.....))).).)).))))).)))).....))))..((((((((,(((((((((((.((((..((((((....)))........)))...)))))))))))))))))))))))......)))))))))...))}))))))....))))))))).)))))))))).(((((,..{((...)))))))),)).))))...))))}}))))))))){{{{,.((((.((((((((((((((((.(((((((((((((.,((((((((,{(({{{{.{{(({((((((.((((((((,((((((......,)))))).))))..))))))))))||.{((,(({{{{||{,,|{{(({(((({,{((,,...,..,,..||||}},.}}}||||({{{(({({...((((((,,....}||}|},|||..{{(({{,,,((({{{.{{{,||{{{{{.,.{{,,,...((((((((,(((({(((,((((({((.(,(((,.{{.{({((((..{((({({(({(({((((({(({(({(,,...{,,..|{|}}}||{|.||||((,(({(((.(({({(({(,({{.,{{|,|.||||,,,,.,}))}},)))),)))...,}})))|}}})||{||{}|{{}|||}.||||||,.|||,||||,,}}.,,}}))))),|||,}}},}}},..}}}}})}},}}}}}.|.|||{|||.||||||,|{{{.,,,)}))|||{|||||||||{||||(((((((..(.(((((.,.((......)),.))))))..))))))),,)}.}})}})})),)))))))))))))))})}}})))},},,})|)))|.)))..}}...)))))))}|.|||,..||},{{|||.{((((((({,|,,.....,|||(||||.,.||||,,,.......})))))))).}})))||||,|||||}}|.,{||||,,||}}.|||},,((((((((....))).))))).,},.,})))}))))..,}})))))}}|}}})),,)))))}}}|}}},,}))}|,,,....{{,{{(,,{{{{{{,{,.((((((.,.....}}}))}..,..(((((.((((((((((..(((((((((((,,(((((((((((.((((.(((((.,,..,(((.((.,{.(((((((((...(((.{..(((((((.((((((.((..((.(((.(((..(((((.((((.((,,.((((((((((....(((((((({((((,,...},|.,{{{{{.{(({,{.,.,..,|||,,|||{||||}|,..{{{||{,,|,||,,....,}})..))}}}}|.{((((((.{...(((((...)))))}.))))))).))))..))))))))...))))))))))...{{{,.,....,}})}})))).)))))...))).)))}),)).)))))))))))))),)))))))))))),}.,,)).)))},..((({{{..||,.}}}}}},..,}}}))))).)))).)))))).,...}||||,.(((((((...((((((((((..((((((...,......,...)))))).....)))))))))))))))))....||||(({{{{{{...||||,|.(({{{.,.,,,}.}))))||||..}}},),}}.))))))))).))..))))))))))..))))).,,.}}}}}}),...}}})).,{{{.||||},.((((.((..({.....)).)).)))).,||||,||}|{(,((({.{(.(((.(((((({.(((....))).})))))).))).)}.)))),},..}))))))...)))}),})))),,.,}|||{,..|||||}}.,})}))))}))))}..))))))))))).||((((((,......))))))).......((((((((.((((((((.....))),,)))).....................)))))))).....((,.......,.(((((((({(((((((......)))))),}}(((((((((((,(((((((,(((((((((({((.{((((..(((((....((...)}....}))))..))))}.))).{(((((((((((((((((({.,.{{{{{{,,.{((((.{({(((((((((((.(((((.((((((((((((((((.(((.((((((((((.((..(((((...))))).)).))))))},|,...(((((((((((((.(((((((((((.,.(((((...,.(({.....,...,,...,.((((,,((((((((((({{({,{...(((((({.{(.........,.,.....(((((((........))))))).....,}.).))))))})}}{||........((((((........)))))){((((({({(({....{((.(((((......))))).}))},}}},,,)))))}))))}(((.((((((((...(((,...(((((((((.......{((({{{,,.((((((((((.{{.....}).))))))}}))).....})))).,.....{(({..((((.,......)))).})))....)))))))))))))))))))).)))...)))))))))))))).}.)))))...))).))))).))).)))))))})....)))))...,,......,))})))..)))))).))))...)))))).).)))).))))))))))........})}.))))}.......,.((((((((.{{.,{,.....,,.,,..))))))))........,,|||..|{{{.....,,||.}}}}..)}|{{{{.,,.......,)))))),))})))))))))))))))))..))))))))))..{((((.((((...))))))))|{{{.(((..((((......))))..))).})}}{(((((........)))))}.........{{{{{|,|,||{{((....}|}}}.),,,)))}}}...}}}}}}}}{{({..{(((((({...}}}})|||{{{{,..,||,,..,,,..,{|||{{{{{{{{{(({{({,{,.{{{{..|,.|||||...,,||,,..,,,{{{{|||||||||||{,,,,{,,}}}}},))))),,,}.)))),||||||,,|||||||{{{{,,||{....))),))))).)))}..}}}})),}}}}}},,,.......,,||||...(((((....(((((({...(((((((.((((.((((......{(((((......{(((((((((((...((.,,....)),}.)))))),)))))}.................{,,{{{.....}}))}.))))))})))).)))).))))).))...}))))))....)))))(((((((((((.({.(((((.((.......))))))).)}..))))))).}))).{(({{,(({.,...,....|||{.....(((((.......,.})))).....)}}}....,.....,,))},}}}}))))))))))).)))))))}.,,||,|{.......)),,|,.||,},,,........,}).)))))))))))))))).)))).,,..}})))))))).......})))))}........
Back