Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363050.1
Sequence Length
4001 nt
GC Content
0.4634
GAGCUACACCCUGCCGUGCCCAGCACUGCCCGCGUCCGUGCCCCUGCGGGGAGCGCGCCGGGGCUGCCCCCCGAAUGACGGGCGGAAGGUUCGACUUCGACGAUGGCGGCACCUACUGCGGCGGCUGGGAGGAGGGCAAGGCGCACGGGCAUGGCAUCUGCACGGGGCCCAAGGGCCAGGGCGAGUACUCGGGCUCCUGGUCGCACGGCUUCGAGGUGGUCGGAGGCUACACCUGGCCCAGCGGCAACACCUACCAGGGCUACUGGGCGCAGGGCAAGCGGCACGGGCUGGGGGUGGAGACGAAGGGCAAGUGGAUGUACCGGGGGGAGUGGUCACAUGGUUUCAAGGGGCGCUACGGGGUCCGGCAGAGCCUGUGCACCCCCGCUCGCUACGAGGGUACCUGGAGUAACGGGCUGCAAGACGGGUACGGCGUGGAGACCUACGGGGACGGAGGUACCUACCAGGGCCAGUGGGCCGGAGGCAUGCGGCAUGGCUACGGCGUGCGCCAGAGCGUGCCCUACGGCAUGGCCACGGUGAUCCGCUCACCGCUGCGUACCUCGCUGGCCUCGCUGCGCAGCGAGCAGAGCAAUGGCAGCGUGCUCCACGACGCCGCAGCCGCCGCCGACAGCCCGGCCGGCACCCGCGGCGGUUUCGUGCUCAACUUCCACGCAGACGCUGAGCUAGCGGGCAAGAAGAAGGGCGGCCUCUUCCGGAGGGGCUCCCUUCUUGGAAGCAUGAAACUUCGCAAGUCCGAAUCCAAGUCUUCCAUCUCGAGCAAGCGCAGCUCUGUCCGCAGCGACGCGGCCAUGAGCAGAAUUAGUUCCAGCGAUGCCAACUCCACGAUCAGCUUUGGCGAUGUAGAUUGUGAUUUUUGCCCGGUGGAAGACCACGUGGACGCCACCACCACGGAAACCUACAUGGGCGAGUGGAAGAACGACAAGCGCAACGGCUUCGGCGUUAGCGAGCGCUCCAAUGGCAUGAAGUAUGAAGGGGAGUGGGCAAAUAACAAGAGGCAUGGAUAUGGCUGUACCGUGUUUCCUGACGGCUCCAAAGAAGAGGGAAAAUACAAAAAUAAUAUUCUGGUCCGUGGGAUAAGGAAGCAGCUUAUACCAAUAAGACAUACAAAAACUAGGGAGAAGGUGGACAGAGCAAUUGAAGGCGCCCAAAGGGCAGCUGCCAUGGCCAGAACCAAAGUGGAAAUAGCAAAUUCAAGGACUGCACAUGCCAGAGCGAAGGCCGAUGCCGCCGACCAGGCCGCGCUGGCCGCUCGCCAGGAGUGCGACAUCGCGAGAGCUGUGGCCAGGGAGCUGUCACCUGAUUUCUACCAACCAGGCCCUGAUUACGUCAAACAGAGAUUUCAGGAAGGUGUAGAUGCUAAAGAAAAUCCAGAAGAAAAGGUACCAGAAAAGCCACCUACACCAAAGGAGUCUCCUCAUUUUUAUCGCAAAGGCACGACACCCCCAAGAUCUCCUGAGGCAAGUCCCAAACACAGCCACUCUCCUGCUUCCUCCCCAAAGCCCCUGAAGAAGCAAAACCCCAGCUCAGGGGCGAGACUCAACCAAGACAAAAGGAGUGUGGCUGAUGAGCAGGUGACGGCCAUUGUCAAUAAGCCCUUGAUGUCAAAGGCUCCCACGAAGGAGGCAGGAGCGGUUGUGCCCCAGUCCAAGUACUCUGGCCGCCACCACAUCCCCAACCCCAGUAACGGGGAGCUGCAUUCUCAGUAUCACGGCUACUACGUGAAGCUGAACGCCCCCCAGCACCCUCCAGUAGACGUGGAGGACGGCGAUGGAUCCAGCCAGUCUUCCUCAGCACUGGUGCACAAGCCAUCCGCUAACAAGUGGAGUCCCUCCAAAUCUGUGACAAAACCAGUUGCCAAAGAAAGCAAAGCUGAGCCAAAAGCUAAGAAGUCUGAACUUGCUAUACCAAAGAAUCCAGCAAGCAACGAUUCAUGCCCUGCUUUGGAAAAAGAAGCCAAUUCAGGCCCUAAUUCAAUCAUGAUUGUCCUUGUCAUGCUGUUGAAUAUCGGGUUGGCCAUUCUUUUUGUUCACUUUCUAACUUGAUUGGAAUUAGGAAAGUAGGGAGCUGGGGAAACGACUGCCCGAGGAAUGCGGUCGGAGGAUUGUGUUGCUGUGGACGUGGUUCCAACAUUCACUCCUAUCUCAUUAGAAGAAAUAGGUAGCAGCAUCACUCACCAGUCUUAUGCCAUGACCUGCUGCUUUAACAUCUCCUGGAAUGUUCUGGGAGAGAACGUUUCGUUUGCUUGUGCACGACUCUGUUCAUUUUUGCUGUUUAUUUAAAUCUGACGUAUAGUCAUCUACCACCUGCGGUCCUGGCCGGACGAAACACACGUGUUGCAUCUCAAGGAAAAGAAACAACAAAAUGCUAGUGAAAAUGUGCUUAUUUUGAUAGCAAUAUACCAUCUUUUAUGUCAUUUAUUCUUCCUAUACUUGUAAAAGGUUAUUUAUCUUUAAAAUUUAGCAAUUUGAAGACACUAUGCCUUCCUAAGAACUAAUUUAAUUCUAAAUAUUUUUAACAUUACUGAGGUGAAUUAUUUAUGCACUUAGGAAGUGCUAAAUUUUAAAAGCUGAAACACAACAGAAUUCUAAGAAAUAUAGUCCAAACGUUGCAUGGAUUGCAGUAAUCAGUGUUUAAAGGAUUCAGUUUCUUUGCUGACGUACUUUACAACCAAAUAAAAUCUUGUCGGUGGCUGUGUUAAUUCCCAUGAAAGUUAAGCAAGAUGCUAUUAAUAAACUGCUCUGCUCUUUCUUGUUUUCUUUUUCCAACUUAAAUUUCUGUUGAAUACAUUCAGGUAGAACAUAAAGCCUUGUUCAAUCACUGCCUCUCAGUUUUCUGCCUUUCCUGUUUUUCAAAGUCCUUUUGUAAUUUCAUUUCACAUUUUAAAGGCUUAGACAUUUUUAUUUUAAAUAUGUGUCUUUUACAGUCUUUUGUCAUUCUGACAUUUCUGGAUUUUUGCUGUUUUAUAAUUUACCCUUUGUUAUUCAGAAGCAUGCUUACUUAUAGAAACUAAAUGGUCUUUAUAAAAGUAAUUACUUAAAAAGAAAUCAGGGGAAGAAAGAUAUCUAUCUAAUCUAUUAAAUCUUUAUAAAACAUUACAUUGCAGAGGGGGAGCUACUCCUAAAUAUUUUCAUGAUUUGCAUGGUUUAAUCAGAUUUUUUUUUUUUUUUACACCAUAUUAGCUACCUUUUCAAUGGAGAAGAGACAGUUCACACAAUUCCCUGGUUAGCACAGAUGUGGACUGAGUGCUUUGUCACCUGCAGGGUAGUAACCCAGUGAUGUUUCUUACAGAAGCACAAUAUGUUGAAAAUCCUGGGUGUGACCAAUAUGGAAUAAAGAAGAAGGCAGAAAGAGAGCAAAUGAAAAAUUUCAACUUGUAUAUUCAUUUUUUACAUUUUGCUUUGACUUUUAAAUUUAGGAAGUCCGUUUUUACCUGAGAACAAAUGUUUAAAGUUCCUGCGUCACUCUCAGUACUCUCACUGCCCCUCCCAAACCCUAUAGCUCCUUACGCUGGGAAAGCUGGUUUUUUAAAAAAAUAAUAAUAAAAUAUUUAAUCUUAUUAAGUGUUCAUUUAAAAUGCGUAAUGCUUUGGAAAUAAUGGGUAACAGAUAGCGAGAGGAUAUGUUUAUAAAGUGAGCAUGUUGGUCCCAUUUAUAAAUAUAUGUAUGAUUUAUAAGCUUUUUUAAAACAAAGCUCAAAUUGUUGGUAUUUUUCUAAAAUGUGCACAGCUGUAUUUUACAUGAAGGCUCUUUCUAAUGGGUUGUUAUACUGUACUCAACAUUUUGGACAGCACAUGAAGUCUGCCAAUGUACUUAAUAAAACAUGACUUUGUUUAUUUAAAGUUUCUUGCUGUGAAAAAGAACUCCCUACCUGUGAGUUCCUUUAUUUAUAAUUCUUGAAACCAAAAUGUAUAAUGUACAGUUUUCACAACUGUAUCUGCUCUAAUAAAAAAAAGUUGGUUAUUAAUGAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1249.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1322.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 1011.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.....((((((((((.((..(((((.(.(((..(((.((((((((.((.(((((((....)))((((.....))))..((((......))))......)))))).))..)))))).)))..))).).)))))..))....))))))))))(((((.((.((((....(((((((((..(....)..)).))))))).....((.(((..((((.((((((((...((((((((((.(((....(((...)))))).)))))).))))...))).((.(..(((.(((((((((((...((((..(((((.(((((((.((((((((((((.(((((.....(((.((.(((((.((.....)).))))))).)))(((((.(((....((((((((...((..((((((.((...((....))...)).)).)))...)..))..)))))))).....))).)))))((((..(((((((....(((((((...))).))))..)))))))...))))..)))))..)))).)))))).)).))).))))(((((((((......)).)))))))..(((((.((....))))))).....((((((.(..(((((((......))).))))..).))))))((((((((((...(((((.(((((.(.....))).))))).)))((((((((.((((((((...))))))))))))))))...)))))))))))))))..))))........))).)))))))).)))..).))..))))).))))..))).)))))).)).)))))..))))))((..((((((((((.(((((((.((.........)).)))))))......(((((((((.......(((((.........))))).....)))).)))))(((((((....(((..(((......)))))).((((((.(((.(((...(((...(((((((((((.(((((.(((((...(((.(((((((((((((.((((.....(((((((((((((((.......(((..((((((....(((((((...........((((((.......((((((...(((.((((((..(((((....(((((((((....((((.......((..(((((((...)))).)))..)).((((((.(((...((((((((((((((.....(((..((.(((((((.(((((.(((((.(((.(((.....))).))).)))))((((.....))))(((....))).......((((((((((.(((((((((((.......((.....)).(((((.....((.....))....)))))..(((((((..(((.........((.........)).........)))...)))))))...(((.(..(((((.....(((.....((.......)).....)))....)))))..).)))....(((((((((.(((((((((..........((((((((....((.........))))))))))...........))).)...))))).))))))).))..)))))))))))..((((.....((((.(((....))).))))...)))).((.((((.((....)).))))))..........))))))))))...(((((((((..((((......)))).((((((((((((((.(((((.......))))).))))).....(((((((.(((((((((.(..(.((((((((((..........))).))))))).)..)))))).((....))..((((((....))))))(((.(.........).))).....(((((((........)))..))))(((.....))).((((((....)))).))...((((((....(((...(((........))).)))))))))((((((((((((......((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))...))))))))..))))))))....(((((((...((......))...))))))))))).)))))))...((......))..))))))))).)).))).))))))))).))).)))))))))..........(((((.((.......)).))))).(((((((....(((.((......))...)))..)))))))......(((((((((....)))))))))(((((..((((..((....))))))..).))))...)))))))))).........((((.....))))....))))....))).))))))..(((.......)))((((..(((........)))..))))....(((((.(.((((((....)))))).))))))...............)))).....)))))))))...)))))((((((.....))))))....((((((..(((((((.......(((((((((((........((((((.........................))))))........))))))))).))....))))))).))))))..((..(((......(((((((..(((((.......((((.(((((...))))).)))).....)))))..)))))))..)))..))...................)))))).)))))))))......))))))(((((...((((.((.((............))))))))))))))))))))..))))))..)))........)))).......)))))..))))))..)))).)))))).....)))))))..)))...)))))))))).)))....(((.((((((((((......)).)))....))))))))((((((...............))))))....(((.....(((((...)))))...)))...(((((((((((......((((((.(((((.((((((.(((((((((((((((((.(((....))).))))))..))))).........(((((((((((((((((.((....)).)))(((((((((((((....((((.(((..........(((((......)))))..........))).))))...)))))))).)))))....((((((((((..(((((((.(.(((((((((......)))))).(((((((((....((..((.....))..)))))))))))(.((((((((.....)))))))).).((((((.(((.((((..(((...........))).)))))))))))))))).).)))))))..))))))))))(((((..((((((((((((((((((................))))))))...))))))..(((((((.......))))))).........((((((....((((...........))))...))))))..))))..)))))..))))...(((...(((.......))))))....))))))))))................((((((((((...))))))))))............)).))))))))))))))).)))))).)))))))))))(.(((((((((((((..((.((...)).))...))))))))))))).)..(((((...((((((........)))))).)))))((((((((...........)))).)))).)))))))))))...))).))).))))))((((((...(((((((...(((((((((((((((...((((.((..........((((..(((((......)))))..)))))))))).))))))..(((.((((((.(.....).)))))).))).................))))))))).....)))))))....))))))...)))))))...........)))))).))))..))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.....((((((((((.((.((((((.(.(((..(((.((((((((.((.((((((((...}))|{((,....||||,,|,,|}}}},.}))),.....)))))).))..)))))).)))..))).).))))}.}},}}..)))))))))){((((.((,((((...,((((((({{.,{,.,,|.,||,|||}|}},{...||.{|{|||{{|||{||||||...||||((((((.(((....{{,...|}}))}.)))))).}}||,,.|||,((.(,,(((,{{((((({({(...((((..(((({.(((((((,((({((((((((,{((({,...,(((,{(.{{{|{,||,....)),))))))),))))|{(({(,{.},,|{(((((({..{{..||||{|,|,...|{|}|,)|,{,||{||{|||.{{....)}.)))),})).}..,|||{|||||((((..(((((((,,{.{{(({,{,}}||},})}}..}}}||||...}))),,})))},,||||.}}}})),)),))),)))),||||||||},,{{{||,}}|||,|..{{((,.{{,,..)))))))..}..||||||}|},{|||||{.},}}}))))))}}.,}.||||}|((((((((((,..{((((.((({{.(,,,..,}),)))}),}}}((((((((.((((((((...)))))))))))))))),}})))))))))))))))..)))),...,...)))}}))))))).)))..).)).|)}|}}.}}||.,),..)))))),,),))}}}..|||}}}{(,,((((((((((,(({((((,({..,,,,,,.}},|||||||....,{(((((((((....,{.{((((......,,.)}}})}....)))).)))))||{({({,,.,{{,.,(((,,....}}}},},{|||,|,|||||||,,..{{|,,(((({{{{(((,(((({.(((((.,.(((.(((((((((((((.((((.....(((((((((((..,.......((((((((((({.,..,.,..............{((((((....,,.((((((...(((.((((((..(((((....(((((((((.,..((((.,,....{(..(((((((...)))).)))..)},((((((.(((..,((((((((((((((.....(((.,((,(({(({{,(((((.(((((.(((.(((.....))).))).))))){{,,{({{{{((((((((((({.{{(.(((,(((({({,(.(((((((((((.......((.....)).(((((.....((.....))....)))))..(((((((.{(((.........((.........)).........))).}.)))))))...(((.(..(((((.....(((.....((.......}),....)))....)))))..).)))....{{(((((((.((((({{{{..........((((((({....((.........))))))))))...........,}).}...))))).))))))).})..)))))))))))}.,})}),...})),)}))}))))...|,||{{......)}}|,},{({{.{,,|.}}}}}}.,}},..}}}))))))),}}...(((((((((..((((......)))).((((((((((((((.(((((.......))))).))))).....(((((((.(((({((,{,{,..|((((((((((..{{......|||{|||||||.,|||)))))|,,.,,.})}.((((((....))))))||,.}}}}}..,,})}},|.....|{|{{((........))}.{|||,..,....}))}..{,{(({,...((((((..............}))))),...}})},.,}|,|||}}||}}((((((({((((......((((..(((((((((((((.......))))))..)))))))...))))))))..)))))))).,,,{{{(((({{.{,....,}),}}}))))))))))).)))))))...,|.,,...,,.}))))))))).)).))),,)))})))).))),)})))}}})..,...,.,.(((((.((.......)).})))).(((((((,,,.,,,.{{......})...}))..)))))))......(((((((((....)))))))))(((({..{|||,|||.,,,)))})}..,,))))...)))))))))).........((((.....))))....)))).}..))).))))))}.,{{.......}}|((((..(((........)))..)))),...(((({,(.((((((....)))))).)))))).........,,,,..)))).....)))))))))...))))).,,(((.....|,||(((((((((((((.................(((((((((..,..,..((((((....................,,...))))))..,..}..))))))))))))))))))))))}.,{||,,...,..|||......{((((((..(((((,......((({.{{{||.,,}}}}}.}))),,...)))))..))))))}.}))),.}}..}}}}.,,,.........)))))).))))))))).,}...))))))|{(((...((({,((.((..,.........)))))))))))))})))))))))))))|{{{..........)))).......)))))..))))))..)))).)))))).....)))))))..))).,.)))))})))).)}},,},{{{.{{{{||||,{,,,,,,.,,}||....|||||||}((((((.,,{,.....}}.,.))))))..,,|||}}}.,|||||..,))))}...}})},,(((((((((((......((((((.(((((.((({((((((((({((((((((((.(((....))).)))))),,})))}...,,,...((((((((((((((,(,.(({,..,,,)))(((((((((((((....((((.(((..........(((((......)))))..........))).))))...)))))))).)))))....((((((((((..(((((((.(,{{(((((((....,,))))},.(((((((((....,,.,((.....,,}}),))))))))),.{{||{{((|,,.,}||||}}}.|.(({(((,({({((((,.,,|}}}}}},,...,)),),,.))))))))}))),).)))))))..))))))))))(((((..(((((((((((((((((.................,.})))).)),))))))..(((((((.......))))))).......,,((((((....((((...........))))...))))))..))))..)))))..))))...{({...(((.......}}})))....)))))))))}................((((((((({...))))))))))...,......}.)}.})))))))))))))).)))))).)))))))))))|.((((((((((((({.((.({...}).)).,.))))))))))))).,..{{{{{...((((((........)))))).}}}}}||||||||,{{,...,}}.|}||.}}}}|}|}},,}}}}.},}}))}},,.}}}}}}((((((...(((((((...(((((((((((((((...{{{{,{,.....,|,,,{{,{..,{{{{.,,,,,|}}}}..,}}})))}}}.))))))..,{(,((((((.(.....).)))))).))}.,||,.......,,,,.))))))))).....)))))))....)))))),,.}}}))))...........,}))}}}})))..,,..................
Back