Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363193.1
Sequence Length
1341 nt
GC Content
0.3766
ACUCGGCGGUGGCGUCCGUGUUGUUAUUGUGGUGGUAGCGGCGUCUGGCUGCUGCGGACCCCGCCGAGUCCUAGCGCCUGGCCUGCGCGCCGCUGCCCGCGCCACAGGAUUAAUUUAUUUUUGGAAAUCAAGUGCAAUAUUGGAAGCCAUUUCUACUAAUUUUAUUUCACUUUUAAAUUUAUGAUUUGAUUUGAAUACUAUCAUGGGAGGAGCUGUGAGUGCUGGGGAAGAUAAUGAUGACUUAAUUGAUAAUUUAAAAGAAGCUCAGUAUAUUCGUACUGAAAGAGUGGAGCAAGCCUUCAGAGCGAUUGAUCGUGGAGAUUACUAUUUGGAAGGCUACAGAGACAAUGCUUACAAAGACUUAGCCUGGAAGCAUGGAAACAUCCACUUGUCAGCACCUUGCAUUUAUUCUGAAGUUAUGGAAGCAUUGAAACUUCAACCAGGAUUGUCUUUUCUUAACCUGGGAAGUGGAACCGGAUAUUUAAGUACAAUGGUGGGCUUAAUUUUAGGUCCUUUUGGAAUAAAUCAUGGGAUUGAGCUUCAUUCAGAUGUGGUGGAAUAUGCCAAGGAAAAACUGGAGAGCUUCAUCAAAAAUAGUGAUAGCUUUGAUAAAUUUGAGUUCUGUGAACCUGCAUUUGUUGUUGGUAAUUGCCUCCAGAUAGCUUCUGACAGUCAUCAGUAUGAUCGAAUUUAUUGUGGAGCUGGAGUGCAGAAAGACCAUGAAAACUACAUGAAAAUAUUACUAAAAGUUGGAGGCAUAUUAGUCAUGCCUAUAGAGGAUCAGUUAACACAGAUUAUGCGAACUGGACAGAACACUUGGGAAAGUAAAAAUAUCCUUGCUGUUUCAUUUGCUCCACUUGUGCAACCAAGUAAGAAUGAUAAUGGCAAACCAGAUUCUGUGGGACUCCACCUUGGUUGACCAUAGAAAGCGGAAACCGUGGAAAGUGAAACUGUGCAUAAAGGGAGACUACUGUACUUGAAAUUCUACAAUAAGGAGAAAAGUCAUCAGUAACCAACAGUAACUUAUAAAAAUAAGUCAGGAAUUAUGUGAAUUUCUAAAAAAUAAAAGCUUCAUAUAGUAAUAUUCAGAGCAUGAAAAUAGUUUUGAAAAUUGAUAUUUGCCAAAAUUUAAUAGGAUGUAUGGAGAAUAAGUUUUUGUGGGUGUGUAGAAGUAAGUUAAAAUAGCUUUCUGUUGAGAGGACAUUAUUCCUUAAUUGCAGGAAAUUAAAAUAUGAAAGAACGCGACUCCAAAAAUCCCAAAAAUAAUAUAUAUAUAAAUUAUUUGCCAAAUGUAUCUUGUAGUAAUCAAGUUGCUCAUAUUAAACAACUUACUAAAGUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-337.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -367.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 298.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((.((((((.((((((((((..(((((((((((((((((((.((((((((.((((........))))))))....)))).).)))))))))))...)))))))((((..((((....))))))))....)))))).)))).)))))).))...........((((((((......(((((..((((((((.(((((((((((......)))))).(((((.((.......(((((((((.((((((.(((....(((((((((((((....)))))))..(((((((((.(((((((.(((....(((((.....)))))...))).))))))).........(((((..((...........))..)))))(((....))).....((((..((.((.(((((((((((((..(((....)))....(((((..(((((.(((........)))))))))))))...((((..(((....)))...))))(((((((....)))))))))))))))))))))).))..)))))))))))))..((.(((.((....((((((.((.(((.((.((((((((((........)))).)))).............((((...)))))).))))).)).))))))....)).))).)).))))))...))).))))))....((...((((((((((((.(.((((((((......((((.......)))).........((((...))))((((((.......)))))).........(((((..((.......))..)))))........((((....)))).......(((((((.(((((((((..((((((((((((((((((.......((...(((....)))...)).((((....))))))))))))..))))).....((...))))))))))))))))...)))....)))).....)))))))).)..))))))))))))..)).)))))))))....))..)))))((((((....))))))(((((((((((((((..................))))))))))(((.((((((((((....)).)))))))).))).(((((((.(((((((((.((..((((((.........(((((((.((((((((.......(((((...)))))((((((...(((((......)))))....)))))).................)))).)))))))))))..........)))))).)))))))..)))).))))))).)))))))))).)))))))).)))))..............))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((.((((((.((((((((((..{((((((((((((((((({.((((((((.((((......,.)))))))),...)))).}.)))))))))))...))))))}{{{,..,,,{....||},,})).,..)))))),}))).)))))).)}...........{(((((((,,,...(((((..,(((((((.(((((((((((......)))))|.(((((.,(....,..(((((((((.((((((.(({....(((((((((((((....))))))}..(((((((((.(((((((,{(,....(((((.....)))))...})}.))))))).......,,(((((,.({..{,,,,,,..||,|}||||(({..,.}}}...,,|{{{..||.||,{||||{{||{{{|||,||..,,))),,..(((((..(((((.(((........))))))))))))){{.{((,.,.{,{{{{{{.({.,,,}|,|||||}...},))))),}}})))}}}})))}.)),.)))))))))))))..((.(((.((,{,.((((((.{,..,,,|{.((((((((((........)))).)))))},,,......,.{{{{...))})},,}}})}.)).)))))),,,.)).))).)),))))))...})).))))))....((...((((((((((((.{.((((((((......((((.......)))).........{{,....,|},((((((.......))))))........{(((((..({,,.....))..)))))}.,.,..,({{({{{,,|||.......||||{{{|{|||{{{{{.,((({(((({{{{,,|||||..,,,,,,..|{((....||,..{{{{((((....|||,..))),,..))))))}}.,{|{...)))),,,}}})},,})},}))),,,.})}},.,,.)))))))).}..))))))))))))..)).))))))))).,..})..))))){(((({....}))))),{{{{((((((((((|||,|..........}).)))))))))}{{{.(((((((({{....}}.)))))))).}}}.(((((((.(((((((({,{{..((((((,,.......(((((((.((((((((.......,((({...|}}}|((((((...(((((......)))))....)))))),.,,......,......)))),})))))))))),.........}))))).},)))))}.}))).))))))).}}}})))))).)))))))}.)))))..............)))))))}
Back