Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363526.1
Sequence Length
2256 nt
GC Content
0.4007
AGGGAGGGAUCCGCCCCAGCCGGGAAGCCCCGCCCCGCUUCUCCGAGGUCGCCCUAGCCCGGGACCCCUGCGUCGGGCCCUGAGCGGGCGACGGGGACGCGAGGUGGGGUCGCGAGACUGGGGCUCCGUGGUUUGAACUCGUCGGUUGCCUUUCUCCUGCCUCUUCCCUGGUUGCCGCCACAACAAAUCACGCCGCUUGUUUUUCCGACUCUUUGGCCAUAAUAUAAUUGUGAUAAUGUAAUAAAAUCAGGAAACAUUACCUGAAGCAGAUGCUUUUGAAGUCACCAGAAAAUAGUCUUCUCCAAUUCCAAUUUAAAUAUGGAGUGCCUACACCAACUAAUGUUACAAUUGAAUCCUAUAACAUGAACCCUAUCGUAUAUUGGGAGUACCAGAUCAUGCCACAGGUCCCUGUUUUUACCGUAGAGGUAAAGAACUAUGGUGUUAAGAAUUCAGAAUGGAUUGAUGCCUGCAUCAAUAUUUCUCAUCAUUAUUGUAAUAUUUCUGAUCAUGUUGGUGAUCCAUCAAAUUCUCUUUGGGUCAGAGUUAAAGCCAGGGUUGGACAAAAAGAAUCUGCCUAUGCAAAGUCAGAAGAAUUUGCUGUAUGCCGAGAUGGAAAAAUUGGACCACCUAAACUGGAUAUCAGAAAGGAGGAGAAGCAAAUCAUGAUUGACAUAUUUCACCCUUCAGUUUUUGUAAAUGGAGACGAGCAGGAAGUCGAUUAUGAUCCCGAAACUACCUGUUACAUUAGGGUGUACAAUGUGUAUGUGAGAAUGAACGGAAGUGAGAUCCAGUAUAAAAUACUCACGCAGAAGGAAGAUGAUUGUGACGAGAUUCAGUGCCAGUUAGCGAUUCCAGUAUCCUCACUGAAUUCUCAGUACUGUGUUUCAGCAGAAGGAGUCUUACAUGUGUGGGGUGUUACAACUGAAAAGUCAAAAGAAGUUUGUAUUACCAUUUUCAAUAGCAGUAUAAAAGGUUCUCUUUGGAUUCCAGUUGUUGCUGCUUUACUACUCUUUCUAGUGCUUAGCCUGGUAUUCAUCUGUUUUUAUAUUAAGAAAAUUAAUCCAUUGAAGGAAAAAAGCAUAAUAUUACCCAAGUCCUUGAUCUCUGUGGUAAGAAGUGCUACUUUAGAGACAAAACCUGAAUCAAAAUAUGUAUCACUCAUCACGUCAUACCAGCCAUUUUCCUUAGAAAAGGAGGUGGUCUGUGAAGAGCCGUUGUCUCCAGCAACAGUUCCAGGCAUGCAUACCGAAGACAAUCCAGGAAAAGUGGAACAUACAGAAGAACUUUCUAGUAUAACAGAAGUGGUGACUACUGAAGAAAAUAUUCCUGACGUGGUCCCGGGCAGCCAUCUGACUCCAAUAGAGAGAGAGAGUUCUUCACCUUUAAGUAGUAACCAGUCUGAACCUGGCAGCAUCGCUUUAAACUCGUAUCACUCCAGAAAUUGUUCUGAGAGUGAUCACUCCAGAAAUGGUUUUGAUACUGAUUCCAGCUGUCUGGAAUCACAUAGCUCCUUAUCUGACUCAGAAUUUCCCCCAAAUAAUAAAGGUGAAAUAAAAACAGAAGGACAAGAGCUCAUAACCGUAAUAAAAGCCCCCACCUCCUUUGGUUAUGAUAAACCACAUGUGCUAGUGGAUCUACUUGUGGAUGAUAGCGGUAAAGAGUCCUUGAUUGGUUAUAGACCAACAGAAGAUUCCAAAGAAUUUUCAUGAGAUCAGCUAAGUUGCACCAACUUUGAAGUCUGAUUUUCCUGGACAGUUUUCUGCUUUAAUUUCAUGAAAAGAUUAUGAUCUCAGAAAUUGUAUCUUAGUUGGUAUCAACCAAAUGGAGUGACUUAGUGUACAUGAAAGCGUAAAGAGGAUGUGUGGCAUUUUCACUUUUGGCUUGUAAAGUACAGACUUUUUUUUUUUUUUAAACAAAAAAAGCAUUGUAACUUAUGAACCUUUACAUCCAGAUAGGUUACCAGUAACGGAACAGUAUCCAGUACUCCUGGUUCCUAGGUGAGCAGGUGAUGCCCCAGGGACCUUUGUAGCCACUUCACUUUUUUUCUUUUCUCUGCCUUGGUAUAGCAUAUGUUUUUGUAAGUUUAUGCAUACAGUAAUUUUAAGUAAUUUCAGAAGAAAUUCUGCAAGCUUUUCAAAAUUGGACUUAAAAUCUAAUUCAAACUAAUAGAAUUAAUGGAAUAUGUAAAUAGAAACGUGUAUAUUUUUUAUGAAACAUUACAGUUAGAGAUUUUUAAAUAAAGAAUUUUAAAACUCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-601.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -647.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 691.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((...((((((((((.(..((((((((.(((.(((((...(((((((..((.((((.(((.......))).)))).)))))))))))))).))).))))))))).)).).))))))))))((((((((.....(.((((.(((...................))).))))).....))))))))((((...(((.....)))....)))).......((((((((((......(((((((((((........))))).(((((..((((((((((.((..((((....((((((((.((((((.........))))))..............((((((((((.((((.((.((((((.(((((((........)))).))....((((........))))....((((((((.....))))))))....).)))))))).))))((((...(((((((....)))))))..)))).......))))))))))((((((((..(((((((.((((.....(((((((((((.((((.......(((....)))..........)))))))).(((((.((....)).)))))........)))).))).....)))).))))..)))..))..)))))).)))))))).....((((((((((((....(((....(((.((((((......)))))))))...)))))))))))))))...(((((....(((((.(((((((((((((...)))))..(((((.(((.(((((((((...............((((((((.....(((((..((.((..(((((.((((((((((.((.(((......))))).))))........)))))).)))))..)).))...)))))...))))))))(((((((((.(((((((..((((((((((((((((............((((((((((..((.(((....)))..))..))).)))))))........((((...((((...((((((.......(((((...................(((......)))....(((((....(((((((((........)).)).)))))...)))))......(((((((....(((..((.....))..)))(((.(((((...((((..((.(((((....))))))).))))...))))).)))...)))))))....)))))..))))))..))))...))))((((.(((...(((((((((((((((((((((((((((.......((((...((.(((((((.(.(((....))).).).))))))))((....)).)))).((((....).))))))))))))))).(((((.....((..((((.......))))..))..((((((........((((((((((((....))))).)))))))(((((((....((((..(((((((((((((((....)))))))).....(((((((.((((.......(((((((............)).))))).....)))))))....))))(((((((((......................)))))))))....((((........))))(((((....)))))...(((((.(((..((((.((.((((((...))))))))((((((((....))))))))..((((((((((((((((...))))))...)).))))))))...))))..))).))))).(((((((.(((...(((....)))))))))))))..........)))))))))))..)))))))((.....)).....))))))...))))).))))))....)))))))))))).))))..)))))))))))))))).)))))))...............(((((((((................))))))))).((((..(((......)))..))))...(((((((.((.(.(((.....))))))))))))).)))))).)))))))))))).)))..))))).)))))))).)))))...)))))((((.((....)).))))....))))..)).))))))))))....)))))......((((....)))).........((((((.........)))))).....((((((........)))))).....)))))).....))))))))))(((((((((.....)))))))))....))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((((((((.((((((((((.(,.{(((((((.(((.(((((,..{((((((..((.((((.(((.......))).)))).)))))))))))))).))).))))))))).)).).)))))))..,.((((((((((((((((((({.((((((.((((((((((((((((..{{{,.............,{,{...(((((((({..((,,{(((((((({...})))))..............(((((........))))).((((({.((((({{,(,{,,,.,......,.||}|{{{{({({{,.,.......|||}}|{.,.,{{{{{{{.{(((((((((({((((.((.((((((.{.,({{,..{{,,.,|||}.,,.}},|,|,}}}}...|))},.,.{((((((((.....)))))))),}..},))))))}).})))|(({.,.(((((((....)))))))..}}}}..,,...))))))))))}..,,,,..,}}|}}||,||||,.....,....,}}}}}}}}}.,.....,,.,))}}})},.))))).}))))).,,.(((((.((....)).))))).,,,.)))))))}))))))))}}}....,,.....}))..)))))...)))))))......{(((((((((((...,({(.,,(({{.((((((......))))))}}}.,|}}})))))))))))}..,,...,..,{{{|{.{{{{,}}|||{{{|...))))}||{{,}||}}||||,.{{{{{.,,,.,,.....,}.))))))))).)))))).}))),.})))))).))))}.)))}....|.))))))....)))).{((({....})))){((((((((({{{(({{((((|......,,,((((((((({(((((({...,,{{{((((((,((((((((.{..,.......,|{|||||||,.|{}|||.,,,))},,,)},)))},))})))}|||,|||||||,,.({((...((((((.,,....{(((({{{,..,,,,,,.......(((......)))....{((((....(((({(({(,....|.,||,||.|||}}...})))),,,.,,|||||||....{{{..,,.....}}..},,({{.{{{{{...,{,{,(((({{{(((((....))))))))))},))))).})}..{||||},,.,)}))),)}.))))))|,||||,,,||}|,.,..{(({{{{{{{||||,.{{(({((((,{{{||||.}},,..,,({,{{((,{(((((,.,,({,....})}.}...}}||||||(({{{..|{||||.(((,....|,|,|||}}}}}))))}.,|,,,.,||,||,,((((..,,...}||}..||,,{{(({{........{(((((((((((....))))).))))))|(((((((....((((..(((((((((((((((....))))))))....,(((({({.((({..,....(((((,({...........)).))))).....}))},))}.,,))))|((((((((......................)))))))),....((((........)))),{{{,.{{|||||,...(((((.{((..((((.,(.((((((...))))))}}((((((((....))))))))..{(((((((((((((((...))))))...)).)))))))),..))))..))}.))))).,,,,|||}|||..||||,,.|||,,}||},}}}}.,,}.,,,..)))))))))))..)))))))}......||,,...,||||}.,,||{{|{|{|.,,}))))))).,,|||||,}|||,,|||||||,|||||||{,(({,..,,,.})))))))..,,|||{{{{{{....,,,,,,,.,,,,)}})))}}},{({{..(((......))).,)))).|||||{|||}||.|}|||}}}}.)))))}}))))))..}))))}))))))}}.,}},}.},}))}})))}.}}}||||.||||{.,{{,.,{{|,|,.}}}))}))),...{{(((((((.,{{{(((((....))))).,,........,,}}}},}))}}}}}}.{(((((.........)))))),||,,{{((((,.,,....)))))),,}},}}}},))))))}..}))))..(((,,(((({{{...,,,,,)))}})}))).
Back