Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363532.2
Sequence Length
1987 nt
GC Content
0.4283
AGUAUUGUGUGCAAAAUCAGAGAGGGGUGCAAGAUCCUGAUUUUUCAGGAGUUCAAGCGACAAUGGCAGCCCAAUACGGCAGUAUGAGCUUCAACCCCAGCACACCAGGGGCCAGUUAUGGUGAGAGGGCAUUCAGUGCUCCCCAGACCAGGCUGCAGGGAGGGCCUGGAAGGCAAGAGCCCAGAAAUUCCCAAUUGAGAAUUGUGUUAGUGGGUAAAACCGGAGCAGGAAAAAGUGCAACAGGAAACAGCAUCCUUGGCCGGAAAGUGUUUCAUUCUGGCACUGCAGCAAAAUCCAUUACCAAGAAGUGUGAGAAACGCAGCAGCUCAUGGAAGGAAACAGAACUUGUCGUAGUUGACACACCAGGCAUUUUCGACACAGAGGUGCCCAAUGCUGAAACGUCCAAGGAGAUUAUUCGCUGCAUUCUUCUGACCUCCCCAGGGCCUCAUGCUCUGCUUCUGGUGGUUCCACUGGGCCGUUACACUGAGGAAGAGCACAAAGCCACAGAGAAGAUCCUGAAAAUGUUUGGAGAGAGGGCUAGAAGUUUCAUGAUUCUCAUAUUCACCCGGAAAGAUGACUUAGGUGACACCAAUUUGCAUGACUACUUAAGGGAAGCUCCAGAAGACAUUCAAGACUUGAUGGACAUUUUCGGUGACCGCUACUGUGCGUUAAACAACAAGGCAACAGGCGCUGAGCAGGAGGCCCAGAGGGCACAGUUGCUGGGCCUGAUCCAGCGCGUGGUGAGGGAGAACAAGGAAGGCUGCUACACUAAUAGGAUGUACCAAAGGGCGGAGGAGGAGAUCCAGAAGCAAACACAAGCAAUGCAAGAACUCCACAGAGUGGAGCUGGAGAGAGAGAAAGCGCGGAUAAGAGAGGAGUAUGAAGAGAAAAUCAGAAAGCUGGAAGAUAAAGUGGAGCAGGAAAAGAGAAAGAAGCAAAUGGAGAAGAAACUAGCAGAACAGGAGGCUCACUAUGCUGUAAGGCAGCAAAGGGCAAGAACGGAAGUGGAGAGUAAGGAUGGGAUACUUGAAUUAAUCAUGACAGCGUUACAGAUUGCUUCCUUUAUUUUGUUACGUCUGUUCGCGGAAGAUUAAACUUAAUGAAAAUCUGUUUGUAUUUUCUGCAUAUUCUCUGGCAACCUUGCCCCAUACUUACUUAUUUAGCAUAGUCGAGUGCUCUAGUUUCUGUCUCUCAGGCACUCGUAACUAAGGACCACCAUUGGCCAUUGGUAGAUGUUUGAUUGACUUAACAAGAGAGGGACAAAUUUUCAAUUUGUGAAACUCCAAAGCAGAAAGUAUUGGUGCUUGCUACCUUGUGAAUUCUUCCUUAGACAUGCAGAGAAAAUGUAUGCAAGAGACCAAAAAGAUGGCUCCAAGCUAUGUCAUGUUACCUGUAAUAAAAUCUUUUCUUCUAGAUUCUUUCUAUGUUGGCAGAUAAUCUCCCCUUGUAGCUUCCACUCACUUAUUCUUGCAUUCAGAGUCACAAUGAUCAUCUUACCCAUGUGGUUUUUGAGAAAGAAAGAUCAAUUCUUUGUUUGCAGUAGGUAAUCUUAGAGAUGGAGAUGAUUGUAGAAUUAUUCCUAGAUGAGUGUCAAUUUAUUUAAUUCCAUUGUCAUAUAAGGAGUCAAAUUGUUUCUUAUCAUUUGUUCAUUGAAGAACAGAGACCUGUCUGGAAAAUCGAUCUCUACAAAUUCAAUUAAAUAAUGAUCCCCAAAUGCUGAAAAAGUGAAAUACAGCAAUUCAACAGAUAAUAGAGCAAUGUUUAGUAUAUUCAGCUGUAUCUGUAGAAACUCUUUGACGAACCUCAAUUUAACCAAUUUGAUGAAUACCCAGUUCUCUUCUUUUCUAGAGAAAGAUAGUUGCAACCUCACCUCCCUCACUCAACACUUUGAAUACUUAUUGUUUGGCAGGUCAUCCACACACUUCUGCCCCCACUGCAUUGAAUUUUUUGCUUAUGUUGUUUAUAAUAAAACUUUUCAAUUAUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-545.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -589.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 415.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((......((((.(((.(((.((...((((((....))))))(((.((((..((...((.(((......))).)).)).)))).)))...(((.((((((((((.(((..((((..(.((((((...)))).)).)..)))).)))(((..((((.(((((..(((....)))........((((.((((........)))))))).......(((((((((...((((((....(((......(((((((.((...((((((((.(((((...((((.((....((((((.......)))).)).....)).))))....))))).)))))......(((((....))))).....((((((((.......))))))))....)))....)).))))))).....)))..)))))).)))))..))))))))).)))).)))...)))))))))))))....)).))).)).).))))......)))))).(((((((((..(.((((((((((((((((((......((..((((.(((((..........(((((.((........))..)))))..........)))))..))))..))....))))).....((((........))))))))))))))).)))..)).))))).))(((((((((((((((...((((((.(....((((((((..(((...))).))))))))...)))))))((((((.(((((((...(((.((((((((.((.((((((.(((..(((((.(..(((((((((........((((........((((((((((.......(((((((((((.((.((((......((.((((((((((((....((((((((............((((((......((((((((....((.......((...(((((.(((((((((.......((..(((((((((((((((((..((....(((((((...(....(((((((((..(((..(((......))).)))..((((((((.(((((.............))))).))).))))).((((((((((((((.............))))).))))))))).)))))))))....))))))))....))..)))))..)))))))).)))).)))))))))))(((..(((((((.((...(((((((.(((....))))).))))).)))))))))..)))..............(((((((...)))))))....)))))..))........))....)))))).))........)))))).......(((((..((.((((((((..(((.(((......))))))...)).))).))).))..)))))........))))))))....)))))))).)))).))......))))...)).)))).))))))).....))))))))))..............(((((.........(((((.((((((((.(((((.....))))).))).(..((((....))))..)..((((.(((((....)))))))))(((((((((....)))))))))..(((.((((...)))))))((((((..((((((.((((((..((.((((((....(((((((.....))........))))).....)))))).))..)))))).......(((((.............))))).....(((((((.(((...(((((.....)))))...))))))))))))))))..))))))....)))))...)))))....)))))........((((((........))))))......))))........)).)))).)))..).))))).))))))))))).))))).))).)))......)))).))).))))))..........)))))).)))))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,.{(((((,,....(({(.{{(((((,{..,.((((((....)))))),,|,,,{{.....,.||,(({,..,,,}}}.))})}.)))}.,}}|||,{,.{{(({({((({{{{..((({,.(,(((({,...})}),)}|},.}}}||}}}{((,,((((.(((((..(((....)))......,.({({,(({{.|,,,.,.))}})))).....,.(((((((((...((((((...,(({......(((((((.((...((((((((.(((({{..((((.((....((((((.,.....,))),)},....)).))))..}.})))}.))))),.....(((((....))))).....(((((((((......))))))))....}))....)).))))))).....)))..)))))).)))))..))))))))).)))).}}},|})}})))))})|,,,..}}))))).}}.,.)))).,..,.))))},.({(((((((..(.((((((((((((((((((......((..((((.(((((..........(((((.,{........}),.)))))..........)))))..))))..)}....))))),,...{{|{{{....,)))})))))))))))).)),,.)).))))).)}{((((((((((((((...((((((.(....((((((((..({{...,)).))))))))..,)))))))((((((.(((((((...(((.((((((((.((.((((((.(((..(((((.(..(((((((((....,,..((,,,{....|.{(((((((((.......(((((((((((,((.(,(({{...,((.((((((((((((....(((((({,..,(((....)))|,{((,....{{..(((((.,,.,.((....(((...(((((.(((((((({.......{{{{(((((((((((((((((..((....(((((((...{,..,(((((((((.,{{,,.,,,.,,,,......}},.((((((((.(((((.,........,,.))))).))).))))).((((((((((((((.............))))).))))))))).))))))))}....,)))))))....))..))))}..)))))))).)))).)))))))))))(((..(((((((.((...(((((((.(((....))))).))))).)))))))))..)))...{{{{(.(((,.(((((((,,,,}}}}|}....}})||||{{,,.,|||.,,.,}}))),))..)))))....,,,|||{{.{.((((((.......))))))}}}},},(((......)))))))).))).,.)).,.}}.)))))..},..,}}))))))))....)))))))).)))).)).,....)))).,})).))))}})))))).....)))))))))}{{(({{({{,,{||,,.,,.....,,})))}}}}})),,{{{.(((((.....))))),))|||,{{,{{{..((({{{{{{,((((({(((({...}}}|}}}},(((((((((....)))))))))..{((.{{{{...}}}})))((((((..((((((.((((((..((.((((((....((((({{.....}}......,.))))).....)))))).})..)))))).......(((((.............))))).....((((((,,(((...(((((.....)))))...))))))))))))))))..))))))....,|{{{.,.....,..}))).}}.,...,,}||{|||}}.}},,,))))),.,.,,.)))),...,...))))))).)))..).))))).))))))))))).)))))}})).)))......)))).))).))))))..........)))))).)))))))))........................
Back