Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363567.2
Sequence Length
1386 nt
GC Content
0.5938
AUAUAGUAACAUAGUGUGGUACUUUGUCUUGAGGAGAUGUCCUGGACUCACACGGAAACUUAGGGCUACGGAAUGAAGACGCCAAGGAUGGUGGUCAUGGCGCCCCGAACCCUCUUCCUGCUGCUCUCGGGGGCCCUGACCCUGACCGAGACCUGGGCGGGCUCCCACUCCAUGAGGUAUUUCAGCGCCGCCGUGUCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCUUCAUCGCCAUGGGCUACGUGGACGACACGCAGUUCGUGCGGUUCGACAGCGACUCGGCGUGUCCGAGGAUGGAGCCGCGGGCGCCGUGGGUGGAGCAGGAGGGGCCGGAGUAUUGGGAAGAGGAGACACGGAACACCAAGGCCCACGCACAGACUGACAGAAUGAACCUGCAGACCCUGCGCGGCUACUACAACCAGAGCGAGGCCAGUUCUCACACCCUCCAGUGGAUGAUUGGCUGCGACCUGGGGUCCGACGGACGCCUCCUCCGCGGGUAUGAACAGUAUGCCUACGAUGGCAAGGAUUACCUCGCCCUGAACGAGGACCUGCGCUCCUGGACCGCAGCGGACACUGCGGCUCAGAUCUCCAAGCGCAAGUGUGAGGCGGCCAAUGUGGCUGAACAAAGGAGAGCCUACCUGGAGGGCACGUGCGUGGAGUGGCUCCACAGAUACCUGGAGAACGGGAAGGAGAUGCUGCAGCGCGCGGACCCCCCCAAGACACACGUGACCCACCACCCUGUCUUUGACUAUGAGGCCACCCUGAGGUGCUGGGCCCUGGGCUUCUACCCUGCGGAGAUCAUACUGACCUGGCAGCGGGAUGGGGAGGACCAGACCCAGGACGUGGAGCUCGUGGAGACCAGGCCUGCAGGGGAUGGAACCUUCCAGAAGUGGGCAGCUGUGGUGGUGCCUUCUGGAGAGGAGCAGAGAUACACGUGCCAUGUGCAGCAUGAGGGGCUGCCGGAGCCCCUCAUGCUGAGAUGGAAGCAGUCUUCCCUGCCCACCAUCCCCAUCAUGGGUAUCGUUGCUGGCCUGGUUGUCCUUGCAGCUGUAGUCACUGGAGCUGCGGUCGCUGCUGUGCUGUGGAGAAAGAAGAGCUCAGAUUGAAAAGGAGGGAGCUACUCUCAGGCUGCAAUGUGAAACAGCUGCCCUGUGUGGGACUGAGUGGCAAGUCCCUUUGUGACUUCAAGAACCCUGACUCCUCUUUGUGCAGAGACCAGCCCACCCCUGUGCCCACCAUGACCCUCUUCCUCAUGCUGAACUGCAUUCCUUCCCCAAUCACCUUUCCUGUUCCAGAAAAGGGGCUGGGAUGUCUCCGUCUCUGUCUCAAAUUUGUGGUCCACUGAGCUAUAACUUACUUCUGUAUUAAAAUUAGAAUCUGAGUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-569.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -591.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 402.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((......((((((......((((..((((....)))))))))))))).........((((((((((.(((.(((((((....))))(((((.(((.((((((..................))))))))).)))))..(((.(((((...((((((((......((....))......))).)))))..((((((((((..((((((...(((((((((((((((.(((((((.((((.....)))).)))))))))...(((....)))(((((.....)))))))))))).)).)))).)))))).((((((((((((((..(((((...(((((((((.(.((.((..(((..(((....(((.(((.(((.(((.......))))))...))).)))(((.((......)))))..((((((((.((.(((......))))).))))))))((((((.((.((((...)))).)).((..((.(((((((.....))))))).))..)).((((((..(((((((((.....)))((.((((((..((((((((((......))))))........)))))))))).))))))))((((((...)))))).....(((....)))....((.(((..((((((((.(((..((((.......((((.....))))..))))..))).)).))))))..)))))(.((((((...(((......)))..)))))).).(((((((.((((((((.(((.((((..(((...((((..((((((..((.(((...))).)).)))).))...))))))).)))))))))))..))))..))))))).(((((((((.(((((((((((....(((((((...(((((.(......).)))))))))))).((.((((.((.....((.((((.(.((((((((((((((.....))))))))))))))).))))..)).....)).)))))).))))))))..............))).)))))))))))))))((((((.(((...))).)))))))))))).((((..((.((.(.(((((.(((.((((.(((((..((((((((((((((...(((((..........))))).(((.....)))...)))))))...))))))).....))))).....))))))).))))).).)).))..)))).....))))))....)).)).))))))))))...((......)))))))..)))).........))))))))))......))))))))))))))).)))...))))))..)))))))))).....))))))(((((.(((((.........)))))..))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((({......((((((......((((..((((....)))))))))))))).....,,,,((((((((((.((,{(((((({....|||}(((((.(((.((((((..............,...))))))))).)))))..(((.(((((...((((((((,,,...({..,,)}......)}|,|}|||,.(({{{{||{{},{{||{|},,||||(((((((((({{(((((((.((((.....)))).)))))))))},,,,||,||}}.{{{{|}.,,,)})}}|}}}}}}}|}.)))).)))))},{(((((((((((((..(({,{.,,(((((((((,(.{{.((....,,..((((,.((({,,(.(((.(((.......)))))).,.,))}),))}}.......((((..((.((((((((.((.(((......))))).)))))))).))..)))){((((,..||||{(,(((((((.(((((((.....}}}|||}.}}..(({.(((....|||,|||,,....})))},.,|||,|}||||}||((((,...,,}|||||{|,,,.,{||||||||||.|||||,||(((((,...}|}}}}.....,{{..||}},.,.,((.(((..((((((((.(((..((((.....,.((((.....))))..))))..))).)},))))))..))),)}{((((((...(((......)))..)))))).}.,{(((((.(((((({{.(((.((((,.{((.,.{{{{|.{(((((.|{(.(({...})).}).}}}).))|.,}}}}})).))))})))))},,))))..)))))||{(((((((((.(((((((((((...,(((((((...{((((.(......).)))))))))))).|(.((((.((.,,.,{(.((((.(.((((((((((((((.....))))))))))))))).))))..}}.}}..)).))))}}.))))))))...,{{,....},}))).))))))))).))).,|{{|||.|||,..))),))))))))))})}||||}}||.||,|,|{(((.(((,(({{.(({{{..{{((((|||{{{|{,..||{|{,,..,,....)})))}|{{.,,.,}}}.,,}}}}}}}...))))))).....})))).....)))}))),))))).).)).)}.})}))))}},)}}))}})},)),}}.,))))))))},||||......))}}}}}..}}}},.,,.||||)))))))))).....,)))})))))}))))).)))...)))))}..))))))))))..}},))))))(((((.(((((.........)))))..))))).....
Back