Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363678.2
Sequence Length
2665 nt
GC Content
0.5576
GGAUUGCGAGCCAGGAGGAGGAAGCCGGCGGUGGCCCCGUCAGCAGCCGGCUGCUGAGAGGCCGGUAGGCGGCGGCGGUCCCGAGGGGCGGCGGCCGCGCUGCUCCCUGAGAACGGGUCCCGCAGCUGGGCAGGCGGGCGGCCUGAGGGCGCGGAGCCAUGAAGCUGUACAGCCUCAGCGUCCUCUACAAAGGCGAGGCCAAGGUGGUGCUGCUCAAAGCCGCAUACGAUGUGUCUUCCUUCAGCUUUUUCCAGAGAUCCAGCGUUCAGGAAUUCAUGACCUUCACGAGUCAACUGAUUGUGGAGCGCUCAUCGAAAGGCACUAGAGCUUCUGUCAAAGAACAAGACUAUCUGUGCCACGUCUACGUCCGGAAUGAUAGUCUUGCAGGUGUGGUCAUUGCUGACAAUGAAUACCCAUCCCGGGUGGCCUUUACCUUGCUGGAGAAGGUACUAGAUGAAUUCUCCAAGCAAGUCGACAGGAUAGACUGGCCAGUAGGAUCCCCUGCUACAAUCCAUUACCCAGCCCUGGAUGGUCACCUCAGUAGAUACCAGAACCCACGAGAAGCUGAUCCCAUGACUAAAGUGCAGGCCGAACUAGAUGAGACCAAAAUCAUUCUGGCCCGGAAACAAAACUCAUGCUGUGCCAUCAUGUGAUGCAGCCUGCCAGAGGCCCAAUGCUGGAAUGGCACCAUCAUUCACAUCAGAACUGCAGCCCCUGGAAAAGAAGAGACAGCCAUAGACGAGGAGCCAGAGUGGGGGCAGACUGGCCAUUUUUAUUUUGAAGUUCCUGCGAGAAAUGGAUGGUGGAAGGGUGGCGAAUGUUCAAAUUCAUAUGUGUGGUAGUGAUUCUUGGAAAGAAUUUGAGGUCCCCAAAGGUGUAUUUUUGGGCAAAUGAAACCAUAAACUCCGACUGGCUUCUGUAGAUGCCAAAGGGCUCUUUUUCAGCUAACCCUGGGAAGGCUCUGUGGGAGGGAGGUCGGAGCCAGCUGUUUCUCGAUCUUUGGUAUAUCUUUGGAUCUUAUUUGUACAUUAAUGAUAUUAACACUCCAGUGGGGGGUGGGGAGUCCCUGAUGCUAGGGCUGGGGUGGGUGGAGUUUGAAGACUCUUGGGAAAGCCUCUCCUGGGGCCACUGUUGGGGGUGGGAGUGAGCCCACCACAGAGGCCACAGGCAGGCCCCCACUUCAGGCCCAAGGCCUGGGGCGGGGGGAACAGUCACUGGGUCUCAGAUUCUGAGACUGUUGUUUAGCUUACCUUUCUGCUAGGAUUGGCUUCCCGCAGAGGGCAGGGCCCAUCCUAAGCAGCUUCCAAGUCCCACAAAGGUGGCUUGUGGGAGGAUUUGGAAGGAGCUGCAUUGUGGGCGGGGAGUGUGUGGGUUGGGUUCGUACCAGCAAGUAGACUAGGAACUGAGCCCAGGAAAGGGGGAUGUUUUCCUGGUGUUUGGAUGGUCAGCUGGGAGUGUCCAUCAUCAGGGGAAGAUCAAACACAGGUGCACUCAGCUGCCCAGGGCCUCUGGGACACUUGCCUUGACUUGCAACUUGCCUUGAACAUCACGAUCAAAGCAGCAGGUGCUGUGGUCUCUCAAAAUUGAUUUUUAUUUGACUCUGUGGCUCUAAGACUGCCUUGAACCGCCUGAGGCCUAUGCAUCUGAACAAGUGGGUCUCUCCCUUGAGCACCAGGAGUGGGUGCCAGCCGGCCCCGAGGAUUCCCAGCACCCCACCUAUGGUCUUGCCAGCAUAGGCUUGCUAGUUCCUUCUUGGUCAGAGGUAGCUGCAGAGGGGGGAGGCCAAGGGUUUGGUCUAAGCUGUGCCCUGCCACCUGGCAGGAGGCCCACUCACUGCCCAAGUCAUGGCAACAGGCUGGAGCAGCCCAGGAGAUGGGCCUAAAAUGUUCUGGAUCCCUUGGGUCCUAGUGUUAUGUUCCAGUCUGCCCACCUGUGCUCAGGAUGCAGCCCUGGGAUCCAGCACCCAUGGAAGCUUCUGCUGGGAUGGUGUCACCUAUGGGUUUUGAACCAGUGUGGUAUGGUCCUUGGGAGCUCUGCUCUGAGCUUGCCACACUGCUGAGAGCACCCACUGUCCUGACCAGAGUCUCAGUGGUCCUGACCCCCAAUGUGGGCAGGGGCUGGGCAGGAGGGUGGGGUCUGCUGUGGGUUCAGAGGACUCCACCUCCUGGCUGGUUUACCUGCUGCUGCCCAUUUUCUCUGGGUACUGCUGGCCAGAGGACUUUAGCCUACCCCUGAAGAGCCUGUCCAUGUCAUUUUCCUACUGCCAUAGAUACCCUAAGCCCAGGGCCCCUUGAGGCCCAGACUCAGCCUGCCCACUGGUGCCGGAGACGGAGUGGAGUGGGCCUGGAUCCGAGGGAUGCUACCUCUCCCUUUCCCACUUGAGGACCCUGGGGAGAGAUGGGGGCGGGGAAAAUGGAGGUAUGAAUUUGGGGUAAGAGGAAGUGAGAUCUCCGCUUGCAGGUCAGCCCCUGCCUUGCAGGGCGGGCUGGCUUGACUCAGGCCCUGUGAGAUAGAGGGCCCAGCCCAGCCCCACCCACAGAUCCCCUGCUCCUGUUGUGUUCUGUUGUAAAUCAUUUGGCGAGACUGUAUUUUAGUAACUGCUGCCUAACUUCCCUGUGUUCUAUUUGAGAGGCGCCUGUCUGGAUAAAGUUGUCUUGAAAUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1088.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1136.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 645.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((...((((.(((((((((((((((((((.((((...)))).).)))))))(((...(((((((((((((((.((.((((....)))).)).))))).))))..((((....)))).(((((.((...))..)))))))))))...)))((((.....(((.((.((((.((((..((.((.(((....))).)).))..)))).)))).)))))...))))..........))))))))).(((((.((((((.(((((.((.((((..((((.(((...))).))))...)))).))))))(((((..((((((((((.((((((((((.........((((((((((....(((((....)))..))...))))))))))..(((.((((..(((((((...(((....((((((.((((((((.......((((((((((.............)))))).))))((((.........))))))))((((((....))))))...............)))).)))))))))..)))))))..))))..)))....))))))).........((((((((((((.(((..((((((((........))).)))))..))).........((.((((((((((((..(((.((..((((.....)))).)).)))..).)))))))........(((.((((((.(((((..((........))...((.((((...((((((((((((((((((((......)))...)))))))))..)))))).))....)))).))..(((.(((((((((((......)))).(((.((((((((((((((((...)))))).((((((((..(((((((((((...((......(((((......((((((((..((((........(((.((((((..(((((((......))))))))))))).)))))))..))))))))......)))))....))...)))))))))))))))))))..........((((((((..((((((...(.(((((((((.((.(((((....)))))))(((((.((.((...((((.((((((((((((.(((..((((((((((.((((....((((((......)))))))))).)))).((((.((((((((.(((((((((...))))))))).)))))((((((.((....(((((((...)))))))))))))))......))).))))))))))..)))))))))...((((((((((((((((((.((((((((((..((((((((.(....)))))))))((((((...(((.((((((((.((((((.((.((((.((((((.(((((.((.............)).))))).)))))).).......(((.(((((((((((..((((((.((......)).)))))).))))))))))).))).....(((.((....)).)))(((((.....)))))....(((((.(((((((....((((.((((.(.....).)))).))))(((((((...(((((((((((...........)))))....((((.((.(((.....))))).))))..))))))...)))))))........(((((((((((((((.((((((.((((((((.......((....)).......))).))))))).)))))))(((......)))((((.((((.(((((.....))))).)))))))))))))))))))).(((((.((((....)))).))))).......((((((((.....))).)))))))))))).)))))(((((((((((((((((.....)))))............((((((...))))))........))))))))))))..))))).)))))).))))))))))).))))))........)))))))...))))))))))).))).....((((((((..(.((((((((((.(.((....(((((...))))))).).)))))))))).)..))).))))))))))))....))))))))))...)))).)))))....((((((((.(((.((.(((((((.((((((((.(((......))).))))))))))))))).))((....)).))).)))))))).((((((((.((....)).))))))))......))))))))).).)))..)))..))))))))....)))))))))).)))((((......)))).((((((.((.((((.....(((((((((((....(((....)))))))).)))))))))).))))))))..))))))).)))(((((((.(...........))))))))..((((((((((....((..(((........(((((..(.(((((((.......))))).(((((((((((..((((....))))))))))))))).....((((((.((...)).))))))...))).))))))))..))....))))))))))))))))))))).))).........)))).))))))))))))))..))).)))))(((........)))...)))))..))))).).)))))).))))))).))))....))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(({..((((,({(((((((({{((((((({(((({.{||||{{,||||}))|||},,.||||{{{{{(((((.((.((((....)))).)).))))),)))),||||,....}}}}.{((((.(({..}|,{||}}},,))))|,,|||||||,|,,.((.,((.{{{{.|{||,.||,||}||{....}}}.}},)),.})}}.))}).)))}}..))}))||,,..})}}))))))))|{(((((.((((((.{((({,((.((((..((((.(((...|)).))))...)))).)))))){{(((,.{(({{(((((.{(((((((((,,.......((((((((((..,.(((((....)))..))...))))))))))..(((.((((..(((((((...(((....((((((.((((((((.....((((((((((((..,.......,..)))))),,))))).....||,...,.,})}}}((((((....))))))............,,.}))).)))))))))..)))))))..))))..})).,,.))))))).........((((((((((((.(((..((((((((........))),}))))..))).........{{.{({{((((((((..(({.((..((((.....)))).}}.}))..),}))))))....|{{.(((.((((((.(((((,,((,.......,,...{{.((((...((((((((((((((((((((......)))...}))))))))..)))))).))....)))).}},.(((.(((((((((((......)))).(((.(((((((((({(((({...}))))}.((((((({.,(((((((((((...(({.....(((((......((((((((..((((,...,,.,(({.(((((.{{(((((((......))))))))))))),)))))))..))))))))......)))))....})}..)))))))))))))))))))..........{(((((((..((((((...(.((((((((({(({(((((..{{|||}|,|(((({,{,.(((.{(((,,((((((,((({{{(((..((((((((((.((((.{{{((({{,.....,)))})))))).)))).((((.((((((((.(((((((((...))))))))).))))){(((((.{.,.,((((((((...)))))))))))}}}}......))).))))))))))..))))))))}...(((((((((((((((((,{((((((((((..(((((((({(....)))))))))(({(((.,.(((.((((((((.((((((.((.(((.{(((((({(((((,(,{{{{{...,.|.||,|},}||,}}}})},,...{,,.(((.(((((((((((..((((((.((......)).)))))).))))))))))).)))...,.(((,((....||,}}|(((((|,,.,))))).}},|{({{.{{(((((....{(((.((((.(.....).)))).)))}(((((((...(((((((((({...........})))}....((((.((.(((.....))))).))))..))))))...)))))))..,.,|||(((((({{{{{{||{.{{{{|{.{(((({((,....,,||,,..))....},.)))}}}}}}||.||}|}}}{((..,...))){(((.((((,((({{.....})))).)))))))})))))))))))),{||||,||||},..)))}.))|||{{{....||||||{|}}}}})}),))})})}}}}}}.))}}.(((((((((((((((((.....)))))..........{,((((((...)))))).,}.,,,.)))))))))))),}))))).)))))).))))))))))).}}))))......,.))))))),..})))))))))).))).....((((((((..{.((((((((((.(.({....(((((...))))))),).)))))))))).}..))).))))))))))))....)))))))))}.}.))),.}))))},..{{{((((({((((((.((((((((((((((((.(((......))).))))))))))))))).))}}}...))}))).)||||||,..,,,,|||}||...}))})))),)))}}}...))))))))).).)))..)))..))))))))....}))))))))).)))((((......)))).((((((.((.((((.....(((((((((((....(((....)))))))).)))))))))).))))))))..))))))).)))(((((((.{..,.,......))))))))..((((((((((,...((..(({.......{(((((,,(.((({({,....,})),))),(((((((((((..((((....))))))))))))))).,...((((((.({...}).))))))...}},.))))))))..))..},)))}))))))))))))))))).))).,,,...,,)))}.}.))))))))))))..))).))})).,|....,,}.)}},..}}))).,})))).}.)))))).})))))).)))).,}}},,.
Back