Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363695.2
Sequence Length
3463 nt
GC Content
0.4412
GUGACACAGCGAAGAUGGCGUCGCCCGGCUGCCUGUGGCUCUUGGCUGUGGCUCUCCUGCCAUGGACCUGCGCUUCUCGGGCGCUGCAGCAUCUGGACCCGCCGGCGCCGCUGCCGUUGGUGAUCUGGCAUGGGAUGGGAGACAGCUGUUGCAAUCCCUUAAGCAUGGGUGCUAUUAAAAAAAUGGUGGAGAAGAAAAUACCUGGAAUUUACGUCUUAUCUUUAGAGAUUGGGAAGACCCUGAUGGAGGACGUGGAGAACAGCUUCUUCUUGAAUGUCAAUUCCCAAGUAACAACAGUGUGUCAGGCACUUGCUAAGGAUCCUAAAUUGCAGCAAGGCUACAAUGCUAUGGGAUUCUCCCAGGGAGGCCAAUUUCUGAGGGCAGUGGCUCAGAGAUGCCCUUCACCUCCCAUGAUCAAUCUGAUCUCGGUUGGGGGACAACAUCAAGGUGUUUUUGGACUCCCUCGAUGCCCAGGAGAGAGCUCUCACAUCUGUGACUUCAUCCGAAAAACACUGAAUGCUGGGGCGUACUCCAAAGUUGUUCAGGAACGCCUCGUGCAAGCCGAAUACUGGCAUGACCCCAUAAAGGAGGAUGUGUAUCGCAACCACAGCAUCUUCUUGGCAGAUAUAAAUCAGGAGCGGGGUAUCAAUGAGUCCUACAAGAAAAACCUGAUGGCCCUGAAGAAGUUUGUGAUGGUGAAAUUCCUCAAUGAUUCCAUUGUGGACCCUGUAGAUUCGGAGGACCGCCUGGGGCUAAAGGAAAUGGACAAUGCAGGACAGCUAGUGUUUCUGGCUACAGAAGGGGACCAUCUUCAGUUGUCUGAAGAAUGGUUUUAUGCCCACAUCAUACCAUUCCUUGGAUGAAACCCGUAUAGUUCACAAUAGAGCUCAGGGAGCCCCUAACUCUUCCAAACCACAUGGGAGACAGUUUCCUUCAUGCCCAAGCCUGAGCUCAGAUCCAGCUUGCAACUAAUCCUUCUAUCAUCUAACAUGCCCUACUUGGAAAGAUCUAAGAUCUGAAUCUUAUCCUUUGCCAUCUUCUGUUACCAUAUGGUGUUGAAUGCAAGUUUAAUUACCAUGGAGAUUGUUUUACAAACUUUUGAUGUGGUCAAGUUCAGUUUUAGAAAAGGGAGUCUGUUCCAGAUCAGUGCCAGAACUGUGCCCAGGCCCAAAGGAGACAACUAACUAAAGUAGUGAGAUAGAUUCUAAGGGCAAACAUUUUUCCAAGUCUUGCCAUAUUUCAAGCAAAGAGGUGCCCAGGCCUGAGGUACUCACAUAAAUGCUUUGUUUUGCUGGUGAUUUAACCAGUGCUUGGAAAAAUCUUGCUUGGCUAUUUCUGCAUCAUUUCUUAAGGCUGCCUUCCUCUCUCAGUACGUUGCCCUCUGUGCUAUCAUCUUAUCAUCAAUUAUUAGACAAAUCCCACUGGCCUACAGUCUUGCUUCUGCAGCACCCACUUUGUCUCCUCAGGUAGUGAUGAAUUAGUUGCUGUCACAAAAGGAGGGAAGUAGCACCCAAAUUAAGUUGCUUAAGAGAGGAAAUGUACAUCUUGUAUAACUUAGGGAGCGAAGAAAAUGUAGGCGCGAAAGUGAAAAGUGAGGCAGCUAGUUCUUCCUAUUCCAUUCUCGACCAACCUGCCCUUUCUUAAUAUGACUAGUGGUCUUGAUGCUAGAGUCAACUUACUCUGUUGCUGGCUUUAGCAGAGAAUAGGAGGAACCAUAUGAAAAAGAUCAGGCUUUCUGACUUCCAUCCCCAAAACACAUUUACCAGCAUACUCCAAACUGUUUCUGAUGUGUUCCAUGAGAAAAGGAUUGUUUGCUCAAAAAGCUUGGAAAAUACUACACACUCCCUUUCUCCUUCUGGAGAUCAACCCACAUUAGAGUGUCUAAGGACUCCUGAGAAUUCCUGUUACAGUAAACAAAACUAACGUAAUCUACCAUUUCCUACACUAUUUGAGCAUGGAAAUCAUAGUCCCCACUCUGUGAAAACUUAACGCUUUUUGGAAGACAUUUCUGUAGCAUGUCAGUUUGGAGAAAUGAUGAGCUACGCCUUGAUGAAAGAACCGUGUUGGUGCUGCUAAGUUUAGCCAUUAUGGUUUUUCCUUUCUCUCUCUUAAGCCUUAUUCUUCAACUAAAAGAUGAGGAUUAAGAGCAAGAAGUUGGGGGGGAUGUGAAAAUAAUUUUAUGAGGUUGUCUAAAAUAAAGAGUAGUUUCUUAUCCUUGGUGUUUUCAGUAUUUUUUGCAUUUCUGUACAGCCAAUAUCACAGGUAAACAACUAAGCAAGUUUGGUAUUAACUUUAUUCUAUUUUCUGUAUAACUUUAAGUACAUAAAGGUUUAUUUCCACAGGCCUCAGGAAAUGGGUAGAAAUCACAGGACAAUCUCUCUUCCCACCAAAAAAAAGUUGCAUAUUUUGGUAAGUGUUUGUCCUAGAGGGAAAAACAACUGAAAUUUACAUUAGCAGUGCUGUGCAAGAUUCUUACAUAAUUCAAGACCUAAAACCAGCCUGCAGUGGAGGUUUCAGUCCUCUGUUCAGGUGCUUAGACAGAAGCCAUAAGCUGAUGAGCAUGACAGGGAAAAGGAGGCAGUGAAGACAGGUGACAGGCACCUGGCAGGGAAGAAGGAUUCAGGAAUGCCAGACUCCUUGAAAUCAUGUGGGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCCUUUUAAAGUCAUCUCUAUAGGAAGGUGCUGGGCAGGGAUCCCAGAGAAAGAAAGGGUCCAAGACUCCAUUAACUGCCCUGGAUGAAGGGCACUGCUACAGCAGCUAGUACCAGAGACUCUCCUAUCUCACGGUUGAGGCAGACCCAGGAUAGAAUAGAGAAUAAAAGGAAUGCUUAUAGGAAACAAUUUUGUAUGGAAUGCUAGAUGGCCAAGCCUCAGCCUUUGGUCCAGUGCAACCCUUGCCUCGCUUGUCAACAGUGAAAAAUUAGUUUGGUUAGAAGAACCAUCUGGAAACACACCAGCUUCUGCUACCUUCAUGCUCAUUGUUAAAAAAAGAUUAACCAGUGUGAACAUUCUGAUCUGUUAAUUCCAGGGACUGUUUUCUUUCCAAUGGACUGUUUGUUGGUAGAAUAACCCCCAAAAGCUCAAAGCUAAAAUGCAUCAUCAGUCCUAGUCGGCAGUUCCUUAAGAAUGGACUGGCGGCGUGGUUGAGCUGAUAUGGAAAAGCUGCACCUUCCUGCAGAAGAUCAACUGACCUGCUAUCCCACCCCAAAUUUCAGCCUGAGGUAUAUUUCAGUGAAGGCAGGUAGCUGUGCUUCUCAGAGCAGAGAAGCAGUUUUAAGAGCAAAAAGGUAGAGGAAAUCUAGAAAAGAACCGUCUUGAUACAGAUUUAUCCCAUGGUGUGAAGGGAGGGCAAAGAACCCAGUGGCACUUCGCUUAUCCAGCAAUUUCUGUCACUGUGGUGACCAACUUCUGCCCGUUCCAUAGGGUCUUGAACUGCUCAGGAACU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1026.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1095.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 1003.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((((....((((......((.((((((.((((...(((((.((((((((((((.(((....((((...((.(((((((....(((((((...((.((((((((((((.((((.(((.((((......((((((((((((((((....(((........))).((((((.....)))))).((((((((.....(((...((((((((((.((.((((.....((.....)))))).))))))))))))...))).))))))))((((....))))........))))))).)))).(((....)))..((((((((.((((.(((...))).))))....))))))))))))).....))))))).)))).)))))))))(((..((((((((.(.(((.((..(((((...)))))..)).(((((...........(((((((((((((((.(((.........))).)))...((((....)))).....))).)))))))))...(((((((((((..(((...........))))))))))).))).((((.....))))....)))))...((((((((((((.........))).)))))))))....(((....)))))).).))))))))..))).((((......(((((.(((((((((...(((((((((((((((((((..(((.(((((....))))).)))......(((((((((((....))((((((..(((((..(((.(((.((.((((((((((.((((..(((....((((((((((((((((((....)))))).)))))).(((((.....((((.(((.....))))))).....)))))((((......))))..((((...))))...(((((((.......))))))).....))))))..))).)))))).))))..).))).)))))...))).)))))..............))))))((((((....)))))).))))))))).....)))))))))........(((..(((((((((((....)))))).))))))))..........))))))))))...).)))))...))))))))......))))))).)))))))))))))))).))...))))))))))....)))))((.(((......))).)).(((.....)))...(((((..((((((((((((.............((((((((.((((((((....)).))))))..........)))))))).((((((......)))))))))))))))))).)))))(((((((((((((((..((((((...(((.(((((((((((..........(((((((((.((.((.((..((((((.((((((((((((....((((.....)))).((((....)))).......))))))).....)))))))))))...)).)).)).)))....))))))(((((((...........))))))).))))))))..((((((...))))))....))).))).)))))))))))).(((....)))..((((.(((.((((.((((((((((((((..((..(((((..(((..(...........)..))))))))..))(((((((((((.(..........).)))))))))))).)))))))))))))....(((......))))))).))).))))......................(((((..((((.(((((((((...(((((((.((((.(((......))).))))...((((((((..............((((((((..((((((.(((((((((((((..((...((.(((((.((.((.(.((((((((((((((.......)))...))))(((((((((((((...(((...((((..((...((((((........))))))...))....))))..)))...(((((((((((((.(((((.(((....)))))))).)))))..........((((((((((.(((((((....)))...)))).))))))))))(((((((..(((((((.((((((.(((.......))))))))).)))))))..))))...)))))))))))(((((((.....(((((((((.(((((.....(..(((((..(((((..(((((((..(.((((.............)))).)..)))))))..)))))..)))))..)...)))))...)))))))))..)))))))(((((........)))))...((((((........)))))).))))))).))))))...........(((((.((((((((((((((............)))))))...(((((.((((...)))).)))))(((((((((..((((.((((.((((........((((.........))))........))))))))))))..))))))))).(((((((...(((((((..(((..........))).))))))))))))))..................((((((.....))))))...))))))).)))))))))))).))))).)))))))..))))))))))).................(((.....((.(((((((...)).)))))))....)))))))))))))..)))))))))))))).))........((((((......))))))((((....)))).............((((.((((((...((((......))))..))))))...)))).......))))))).....))))))).....)).)))))))))))))))))))))).)))))...))))))).))).))..))))))))))))))............(((..(((((.....))))).)))....(((((((.......(((((((..(((((............((((((...((((....)))).))))))..........(((...(((((((..((((((((...)))))))).)))).))).)))...((((...))))....(.(((.((((((((..((((.((((.((........)))))).))))..))....))))))))).)((((((((...((((((((((((..((.(((.((((((..............((((..(((((......)))))))))))))))))).))..)))))....)))).)))))))))))..)))))..))))))).((((((((....((((....)))).....)))))..)))..)))))))..((((((((((((.(((((((((((....(((.....)))......)))))))).)))......))).))))).))))...((.((((((.....)))))).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((({.((({(.,..{{{|,|||,{(({.(((((.(((.{..(((((((((......))))))).)).|,|||...}))))))}|,,(((.(((((((.,,{(((,,.{{,|,.,{((((.(((((((((((((((((((..(((((((((,.,(((,,...{,,||||{(((({.....||||||{(((((({,....,((((((({,((,((((.{({((({{{{{(((,....{{{{{,.((((({||||||{{,,,,.})))))}},,||}})..,||{{{{{{,,,...,{|||{,..(((,((({{{.,{{{,.....,||{,|||}}|))}.,,.}}}}.})))},,))}}))}||,{{}}}|||||||||||.,{.((((((..((((((((.{.{((,({..(((({...}))))..}}.{{(((,.,..,,{{..((({(((((((((((,{{,{,,,,,,,|||},|||...((((....)))).,,..)))}}}}}})))},,.(((((((((((..(((...........))))))))))).))).((((.....)))).,,.}}})}...(((((((((({{.........}},}))))))))).,,.{{{....}))})).}.})))))))..))))))),....,,|{{|||||||{{{{{...(((((((((((((((((({..(((.(((((....))))).)))...,{,{((((((((((....||{(((((,.,{(((,,((({{,{{((,(({.((((((.,,,,|||||}.,,{{{(((((((((((((((....))))))},))))).,,,,|,,...((((.(((.....)))))))..,,,}},,{((((......))))|.{|||..,}}}},{{(((((((.......))))))}..}}}|}}}}}..|},.,,})}}|}||||.,.||},})}}},,.,,,.}}}}}...,..,.......}}}}},((((((....}))))).}}}}})))},....}))))))}}..,.,,,.((,,{(((((((((((....)))))),,))))))),|},.,....)))))))))}...).)))))...))))}))}.....|||||||,,|}}})}},.{{((......)))).,},,,,((((..((((.....({.((({...)))).}}.....))))..))))....{(((((((((((.,{{,........{{||||{(,((((((((....)).)))))),.........,}}))},..((((((......))))))))))))))))))|||||||.}||,|||(((({{..((((({...(((.(((((((((((..........(((((((((.{{.((.((.,(((((,,((((((((((({....((((.....)))).,(((....)))).......))))))).....))))))))))}...)).)).)).))),...})))))(((((((...........))))))).))))))))..((((({...})))))....})).))).)))))})))))}}(((....)))...}}),})))))}}.(((((((((((((,..((..(((((..,,{..............}..,,))))))..)}(((((((((((,(.......}}.}.)))))))))))}.)))))))))))))...........,.{(((|...}))))))))))))))...,(((((((...,(({{..........}))}..,)))))))|(({({,....||{{{(((((.({....{(((.,({{.............}}}...(((((....)))))..{((((((({..{{,,,{{,{((((.{,{((,{.,{((((((({{,{{.......,,}...}}},(((((((((((({........,{{{{.{{{{{,{{{{{{{{{{{.,,|}|||,...,.....}||,,,,|||||.,,||,}{(((((.(((((.{((....))}))))).)))))}....,,,|.((((((((((.(((((((....)))...)))).))))))))))|,{((((..(((((({.((((({{(((.......))))))))).}))))))..)))))..)))))}}}}|||{(({{{.....(((((((((,(((((.....{..(((((..((({(,,(((((((..{.((((.............)))).}..))))))).,)))))..)))))..}...)))))...}))))))))..}}}}}}}{{{{{..,,,...}}}}},,}}}}|}}})))))}..,))))))))))))}}}))))...,,,,,},.{{{({.((((((((((((((............)))))))...(((((.((((...)))).)))))(((((((((..((((.((((.((((.....,..((((.........))))........))))))))))))..)))))))))|({(((((,,.{((((((..{{,.,,,.....}))|.)))))))}})))))....,,,,,,........((((((.....)))))).|.))))))).)))}}))))}},.))})).)))))}}..}}}))))))))...............(((((((((......(((((...,,.((.((((((((((((({((,...........))))))..............((((((......))))))))))}.))))).))....,,))))}{(((.((((((...((((......))))..))))))...))))..))))))))).)))}..)).)))))))))}.}))))}})))))))).)))}}}}....))}...)))))))))),..,,,}))}}|))))))),.},,|,.....,{{{..(((((.....))))).}}},...{{{{|{{}.||{|.(((((((..(((((.,,.........{(((((,..(({{....}}}},))}}))}),}}}},|,(((...{{|{(((..((((((({...}))))))).)))}.})).))}...((((...}}}}....,.|{{.((((((((..((((.((({{((........)))))).))))..))....))))))})).}((((((((..,((((((((((((..((.((,{((((((.............,((((..{(((||.....}))))}))}))))))))).))..)))))....)))).)))))))))))..)))))..))))))).}}|{((((....((((....)))).....))))},..,}},))))}}}..||||{{|||,,{.(((((((((((....(((.....)))......)))))))).)))......,})})}))),})))...}|}|{{{{{...,,)))))}.}.
Back