Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363696.2
Sequence Length
1927 nt
GC Content
0.5034
AAUCACAGCAGUGCCGACGUCGUGGGUGUUUGGUGUGAGGCUGCGAGCCGCCGCGAGUUCUCACGGUCCCGCCGGCGCCACCACCGCGGUCACUCACCGCCGCCGCCGCCACCACUGCCACCACGGUCGCCUGCCACAGGGUCUUACUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGUGUCUGCAAUUGAACUCCAAGGUGCAGAAUGGUUUGGAAAGUAGCUGUAUUCCUCAGUGUGGCCCUGGGCAUUGGUGCCGUUCCUAUAGAUGAUCCUGAAGAUGGAGGCAAGCACUGGGUGGUGAUCGUGGCAGGUUCAAAUGGCUGGUAUAAUUAUAGGCACCAGGCAGACGCGUGCCAUGCCUACCAGAUCAUUCACCGCAAUGGGAUUCCUGACGAACAGAUCGUUGUGAUGAUGUACGAUGACAUUGCUUACUCUGAAGACAAUCCCACUCCAGGAAUUGUGAUCAACAGGCCCAAUGGCACAGAUGUCUAUCAGGGAGUCCCGAAGGACUACACUGGAGAGGAUGUUACCCCACAAAAUUUCCUUGCUGUGUUGAGAGGCGAUGCAGAAGCAGUGAAGGGCAUAGGAUCCGGCAAAGUCCUGAAGAGUGGCCCCCAGGAUCACGUGUUCAUUUACUUCACUGACCAUGGAUCUACUGGAAUACUGGUUUUUCCCAAUGAAGAUCUUCAUGUAAAGGACCUGAAUGAGACCAUCCAUUACAUGUACAAACACAAAAUGUACCGAAAGAUGGUGUUCUACAUUGAAGCCUGUGAGUCUGGGUCCAUGAUGAACCACCUGCCGGAUAACAUCAAUGUUUAUGCAACUACUGCUGCCAACCCCAGAGAGUCGUCCUACGCCUGUUACUAUGAUGAGAAGAGGUCCACGUACCUGGGGGACUGGUACAGCGUCAACUGGAUGGAAGAUUCGGACGUGGAAGAUCUGACUAAAGAGACCCUGCACAAGCAGUACCACCUGGUAAAAUCGCACACCAACACCAGCCACGUCAUGCAGUAUGGAAACAAAACAAUCUCCACCAUGAAAGUGAUGCAGUUUCAGGGUAUGAAACGCAAAGCCAGUUCUCCCGUCCCCCUACCUCCAGUCACACACCUUGACCUCACCCCCAGCCCUGAUGUGCCUCUCACCAUCAUGAAAAGGAAACUGAUGAACACCAAUGAUCUGGAGGAGUCCAGGCAGCUCACGGAGGAGAUCCAGCGGCAUCUGGAUUACGAGUAUGCGUUGAGACAUUUGUACGUGCUGGUCAACCUUUGUGAGAAGCCGUAUCCGCUUCACAGGAUAAAAUUGUCCAUGGACCACGUGUGCCUUGGUCACUACUGAAGAGCUGCCUCCUGGAAGCUUUUCCAAGUGUGAGCGCCCCACCGACUGUGUGCUGAUCAGAGACUGGAGAGGUGGAGUGAGAAGUCUCCGCUGCUCGGGCCCUCCUGGGGAGCCCCCGCUCCAGGGCUCGCUCCAGGACCUUCUUCACAAGAUGACUUGCUCGCUGUUACCUGCUUCCCCAGUCUUUUCUGAAAAACUACAAAUUAGGGUGGGAAAAGCUCUGUAUUGAGAAGGGUCAUAUUUGCUUUCUAGGAGGUUUGUUGUUUUGCCUGUUAGUUUUGAGGAGCAGGAAGCUCAUGGGGGCUUCUGUAGCCCCUCUCAAAAGGAGUCUUUAUUCUGAGAAUUUGAAGCUGAAACCUCUUUAAAUCUUCAGAAUGAUUUUAUUGAAGAGGGCCGCAAGCCCCAAAUGGAAAACUGUUUUUAGAAAAUAUGAUGAUUUUUGAUUGCUUUUGUAUUUAAUUCUGCAGGUGUUCAAGUCUUAAAAAAUAAAGAUUUAUAACAGAACCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-652.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -685.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 532.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((((.(((((((((...((.(((.(.((((...)))).)))).))..)))))))...)).)))))).....((((((((((.((((...((.(((.(((...........((((.((((((((.(((((((.(((((.((((((((((((((..(((((((((.((....)))).))))))).))(((((..((.(((((((((((...(.((((.((((((..(....)..))))))....)))).)..)))..))))))))...)).)))))..)))))))...))))).)........)))).)))))))))))..))))))))..((.(((......))).)).))).)))..))....))))))))))))))..(((...((((((((((........(((((...((((......)))).)))))))))).))))).)))((((((......(((.....))).((((((((......))))))))))))))...(((((((((((.((.....(((((..((((.....))))..))..)))....))))))).))))))(((((....))))).....(((((...(((......)))...))))).))))))).((((((..((((((((((((((.(((((((((((((........)))))).(((((((((...(((..(((((((((((...(((((.((.....(((...(((((....)))))...))))).)))))......((((((.(((..((........))))).))))))(((((.........)))))....((.((((((...(((((((....(((..((((((.....((......))....)))))).))))))))))....)).))))))((((((..(((((((...(((((.....(((.....(((((((...((((((.((((...(((((((...(((.(((.((..((((((.((.((....(((((.(((.((.(((.((.........((((....))))......(((((................))))).(((.(((((.....((((............)))).)))))..))).(((.((((((.....))))))))).)).))).))))))))))..)).)))))))).....)).))))))...)))))))...)).)).))))))...)))))))...))).....)))))..........))))).))......))))))(((((((((.((.(((((((((..((..(((((......)).)))..))..)))...))))))))..)))))))))(((((.......)))))...(((((....)))))))))).))))))..))).))))))).))(((.(((.(((((((((((((((((((((....((((..((((((.....((((....(((((((((((.((((((((((((((((((((...((...(((...(((((((((((((........)))))).).)))))))))....))...)).))))).)))))).....))))))).))))))...))))).....))))......))))))....))))....))).)))))))..........)))))))))))..))).))))))))(((((((((.((((((((....(.(((.((((((..(((.((((.((((((..((((((...((((((((.((((((((..(....).)))))))).)))))))))))))).))).))))))).)))))))))..))))....))))))))..))))).)))).....)).))))))))))))))...)))).))((.(((((((((((........)))))))......))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((((.{,,({(.,(((((,.((.(((((.(.(((.(((.(,{(((({(.{..{,,.,)},,.))}})))),,......(((((.....)))))))).))).}))})}..}},.)}}|||}}((({({,(((((((...})))))},||,|||||.{{,,(((((((((.((....)))).))))))},{|(((((,,{{.((((((({(((...{.((((,((((((..(....)..))))))....)))).}..)))..})))))}),..)).)))))..})},{{{...{{{{{....{{{,{{{{{({||{({||((({{,.{{|{{{{{{({.,.{.{{{{(||,..,.{||{|||,.,,..{{{{((({({{{||{{({{((....,((,(((((........,,{,|}}}|,||...,..}))).))))}}}},)})))}}}}}},||.(((({{{,{{(.,...|||.{(({{(((..,,,,|}}}}}})}}}}}||,.|,,||{,|,||||}}},,,}}}}}..||}|}}))}.}))}.,.}})))))).))))))}.,})))){((((....)))))}}}))}}.|||,|,||}}}.,,,,....,,)))}))))))),{{((((..((((((((((((((.(((((((((((((,,{{,,..||}||,.{{(((((((...(((..(((((((((({.....{{,.,,..({((((({({{,((,.,,{.((((({{..{,{(({{,...}}}}}|..|}||}},{,{{{{{{(.((|({,{{.,..(((((.........))))).....))))))}.))).))))}},,)},))},,}}))))))}})}.,,......{{{||||||,{{{....}}}}...||{.....,|||||...(((((((..{(((((.....(((.,,..(((((((.,.((((({.(((({..(((((((...(((.(((.((..((((((.((.((....(((((.(({,((.(((.((.........((((....)))),,,,..{{|||,...............}}}}).(((.(((((..,..((((............)))),)))))..))).(((.((((((.....))))))))).}).))).))))))))))..)).))))))))...,,,}.))))))...)))))))...,,}))}))))))...)))))))...))).....))))).......,..))))).)).}}}}.)))))|(((((((((.{{.(((((((((..((..(((((......))},))..))..)))...))))))}}..)))))))))|((({,,....,)))))...(((({....)))))}))))}})))))..))).))))))).)){{|,(((.(((((((((((((((((((((....((((..((((((.....((((.,..(((((((((((.((((((((((((((((((,{,,.{,...{|{...(((((((((((((........)))))).).)))))),,,,,,.,....)}.))))).))))))....,))))))).)))))),..})))).....))))......))))))....))))....))).)))))))..........)))))))))))..))).})}})))|{{{{,{(((.((((((((....{,(((.((((((..(((.(((((((((((..((((((...((((((((.((((((((..{....}.)))))))).)))))))))))))).))),})))))).)))))))))..))))....)))))))).}))}},.,,}},.,,})).))))))))))))))...)))).)}((.(((((((((((........)))))))......))))))...
Back