Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363778.1
Sequence Length
1864 nt
GC Content
0.6084
GGGUGGAGUCGGGCGGGGCGCCGGGCAGGUUCCUCUGCGUUCCGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCGACGGCGACAUGGAGAGCGGGGCCUACGGCGCGGCCAAGGCGGGCGGCUCCUUCGACCUGCGGCGCUUCCUGACGCAGCCGCAGGUGGUGGCGCGCGCCGUGUGCUUGGUCUUCGCCUUGAUCGUGUUCUCCUGCAUCUAUGGUGAGGGCUACAGCAAUGCCCACGAGUCUAAGCAGAUGUACUGCGUGUUCAACCGCAACGAGGAUGCCUGCCGCUAUGGCAGUGCCAUCGGGGUGCUGGCCUUCCUGGCCUCGGCCUUCUUCUUGGUGGUCGACGCGUAUUUCCCCCAGAUCAGCAACGCCACUGACCGCAAGUACCUGGUCAUUGGUGACCUGCUCUUCUCAGCUCUCUGGACCUUCCUGUGGUUUGUUGGUUUCUGCUUCCUCACCAACCAGUGGGCAGUCACCAACCCGAAGGACGUGCUGGUGGGGGCCGACUCUGUGAGGGCAGCCAUCACCUUCAGCUUCUUUUCCAUCUUCUCCUGGGUAGGAUGGCCAGGGGCCGGUUCUUGGGUCAAGGGUGGUGGAGGGUGGGGUCCCCCACCCACCUGUACCCUGCUGUGCUCCCCCUGCAGGGUGUGCUGGCCUCCCUGGCCUACCAGCGCUACAAGGCUGGCGUGGACGACUUCAUCCAGAAUUACGUUGACCCCACUCCGGACCCCAACACUGCCUACGCCUCCUACCCAGGUGCAUCUGUGGACAACUACCAACAGCCACCCUUCACCCAGAACGCGGAGACCACCGAGGGCUACCAGCCGCCCCCUGUGUACUGAGCGGCGGUUAGCGUGGGAAGGGGGACAGAGAGGGCCCUCCCCUCUGCCCUGGACUUUCCCAUGAGCCUCCUGGAACUGCCAGCCCCUCUCUUUCACCUGUUCCAUCCUGUGCAGCUGACACACAGCUAAGGAGCCUCAUAGCCUGGCGGGGGCUGGCAGAGCCACACCCCAAGUGCCUGUGCCCAGAGGGCUUCAGUCAGCCGCUCACUCCUCCAGGGCACUUUUAGGAAAGGGUUUUUAGCUAGUGUUUUUCCUCGCUUUUAAUGACCUCAGCCCCGCCUGCAGUGGCUAGAAGCCAGCAGGUGCCCAUGUGCUACUGACAAGUGCCUCAGCUUCCCCCCGGCCCGGGUCAGGCCGUGGGAGCCGCUAUUAUCUGCGUUCUCUGCCAAAGACUCGUGGGGGCCAUCACACCUGCCCUGUGCAGCGGAGCCGGACCAGGCUCUUGUGUCCUCACUCAGGUUUGCUUCCCCUGUGCCCACUGCUGUAUGAUCUGGGGGCCACCACCCUGUGCCGGUGGCCUCUGGGCUGCCUCCCGUGGUGUGAGGGCGGGGCUGGUGCUCAUGGCACUUCCUCCUUGCUCCCACCCCUGGCAGCAGGGAAGGGCUUUGCCUGACAACACCCAGCUUUAUGUAAAUAUUCUGCAGUUGUUACUUAGGAAGCCUGGGGAGGGCAGGGGUGCCCCAUGGCUCCCAGACUCUGUCUGUGCCGAGUGUAUUAUAAAAUCGUGGGGGAGAUGCCCGGCCUGGGAUGCUGUUUGGAGACGGAAUAAAUGUUUUCUCAUUCAGUCUCCAGUCAUUGGUUGAGCCACAGCCUAGGGGUUGGAGGAAGACUCCACUCUGGGUACACCCUUAGGGGCUGGCUUUAUGGAACUUGUAGUUUGAACAAGGCAGUGGCAAUCCGCCCCCUCCAGCCUGCCUGGCUGGCCCCCUUCCCUCUGUCUGGGGUCGCAUUCCGCACAAGCCUUUCAUCAACAUCUUAAAAUAGUAACUGUGCUCAGCUUGUAAACAAGAUGAUUUUUCUGGCCUGCA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-819.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -850.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 469.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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