Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363869.2
Sequence Length
3460 nt
GC Content
0.5714
AGAGCGCUCCUGGCUGUGAGCUGCUCCUGCCGCUUCGCUCCGCGCUCUCCUGCCGCUCCGCUCCGGGUCUCCCGCGCUCCUCUCCCCGGCUCGGCCGAGCGCGCUGCCCCGACGCCGCCACCCAGAGCCGGGCCGCGCCGGGCGCCGAGAUGAAGGUGCUGGGACACCGGCUGGAGCUGCUCACAGGCCUCCUGCUCCACGACGUGACCAUGGCCGGGCUGCAGGAGCUGCGAUUCCCUGAGGAGAAGCCGCUGCUCCGGGGCCAGGACGCCACCGAGCUGGAGAGCUCCGAUGCCUUCCUCUUGGCUGCAGACACAGACUGGAAGGCCUAACAGGUACCAGGCUGCGUCACCUCAUUCCCCAGAGGAGCCAAGAGCGGAGGCUGCCCAGAGUGUCCAGCACGGUCUCUCCCCUUCAGGAACAUGACAUCGAGACACCCUACGGCCUUCUGCAUGUAGUGAUCCGGGGCUCCCCCAAGGGGAACCGCCCAGCCAUCCUCACCUACCAUGAUGUGGGCCUCAACCACAAACUAUGCUUCAACACCUUCUUCAACUUCGAGGACAUGCAGGAGAUCACCAAGCACUUUGUGGUGUGUCACGUGGAUGCCCCUGGACAACAGGUGGGGGCGUCGCAGUUUCCUCAGGGGUACCAGUUCCCCUCCAUGGAGCAGCUGGCUGCCAUGCUCCCCAGCGUGGUGCAGCAUUUCGGGUUCAAGUAUGUGAUUGGCAUCGGAGUGGGCGCCGGAGCCUAUGUGCUGGCCAAGUUUGCACUCAUCUUCCCCGACCUGGUGGAGGGGCUGGUGCUGGUGAACAUCGACCCCAAUGGCAAAGGCUGGAUAGACUGGGCUGCCACCAAGCUCUCCGGCCUAACUAGCACUUUACCCGACACGGUGCUCUCCCACCUCUUCAGCCAGGAGGAGCUGGUGAACAACACAGAGUUGGUGCAGAGCUACCGGCAGCAGAUUGGGAACGUGGUGAACCAGGCCAACCUGCAGCUCUUCUGGAACAUGUACAACAGCCGCAGAGACCUGGACAUUAACCGGCCUGGAACGGUGCCCAAUGCCAAGACGCUCCGCUGCCCCGUGAUGCUGGUGGUUGGGGAUAAUGCACCCGCUGAGGACGGGGUGGUGGAGUGCAACUCCAAACUGGACCCGACCACUACGACCUUCCUGAAGAUGGCAGACUCUGGAGGGCUGCCCCAGGUCACACAGCCAGGGAAGCUGACUGAAGCCUUCAAAUACUUCCUGCAAGGCAUGGGCUACAUGCCCUCAGCCAGCAUGACCCGCCUGGCACGCUCCCGCACUGCAUCCCUCACCAGUGCCAGCUCGGUGGAUGGCAGCCGCCCACAGGCCUGCACCCACUCAGAGAGCAGCGAGGGGCUGGGCCAGGUCAACCACACCAUGGAGGUGUCCUGUUGAAGCCCUUGAUCCCGCUGACGACGCCCACGUCGAGGCCCCACCGCCAUCCUUGCGCCGGCUCAUGUUCCCUUUAGUUUAUUUUUGUGAGGGCAAAGGGGAGGAAAUGGGGUUCUGUUUGAAAAAAAUGAGGGGAUCUUAGAUGCUGCAGCAGAACAGUCUCCAGGUGUUUUAAGGGGCUCAGUCCUCCUCAUCCCAUCUCACUCUCCGUGGUAACUUAGCCAACUUGACCCCUCUCAUCCCACUCCCGGCGGCCCAGGCACAGAAGGGCAGGGCCAUAGGGAGGGAGAUUCGCUACGGAUCCAGGCCAUUCCUGGGUGAGCCCUUGGGCAGGCAUGUUUGGAGAUGAGAGAGGCUUCGAGAGGGUGGGUGCUGGGCCACAGGGGUGCGGGGCCAGCUCAGGCACUGGCGUGGGAGCCCUGGGAGACCCCUUCCCCCACCCUCCACCAAGCACACCUGUUUCUGUCUCAUAGCACAUGUGACAAUCAUCUGGACAACAGCCACAAGGGGGCGCUCGGACCAGGCAGCCACUUUCCUGGUGCUCUCUGGGCCCAGCUGGUGCUGUAGGGCCACGCAGGCAGGGGCGUCAAGGGGUUUCUCUGCCCAAGGAAGACAGAACAUGGAGAACCGUCAGGGCAGGAACCCCACAGACUGUCCCUUCCAGCCCACACUCUGCCACCUCCUGGCCCUGUCCCAAUUCUGAGCCAAGGCCUCCCCGAGGCAGAAGUUGCCUGGUCCUCUGUCCCCACAGUGACCUGACUGGGGGUGAGGGAGAAGGAGGAGAGAGCCCAUGUGUGGUGUGUGUGCCCCUGAGAACUUCGUGGUGACUGCCUUUGGGAGCCCGCAGGUGGCCAGAGGCAGGGGUAGCUGAGUUCCUGGAGACCCCUUUUUUGCCCCCAGGUUCCCCAGAGGGCAACGCCAUCAGUAGCAGUGUGGUGUUUCAGGCAGAGCUCUGGCCAGGCUGUGCCAGUGUGUCCCGGACGCAUCACUAAGGAAGAGAGAGUUUAUUUAGUCAACUGGCCCAAGGCAGCGAGGCUUCUACAGUCCCACACCCCAUAGCCGCCUGGGCUGGGGCUUACUGGGGGCUGAAGGUUCUGGACAUGAACAAGGGUCAGGUAGAAGAGAAAGGCUUCCCCUACACCCCAGCCUCCUGCUGUCCCCUGAAGCCCAGGACUGCGUUGUAUGCUUUCCAUCCACUCACCUUACCCCAUAGCAUCUUGCGGCCCAGAAACCAGAGCCAUUUGUCUCAGACCCUAAAUCAAUAAUCACAAACCCCAAAACGGGAGAGAGCAGUGAAAACAUGCAGGGCUGUGGACGGGGGAAGGGUUGUGGCGGGUGUUCUGAGGCUGAGAGGACACCUAUAUGCGUAUUUCCUCUACACACAUCACCCCCCUUCUAUAAUCUUAAGCCAUGACUAGCCUGGUGGCGUGUUAGUUUCUGCCCAGUUCUACCCCCUCAUGUGCUUCUUCUGAAUACUGAAUGUGACUGUUUGAAAGCUGGUAGAAUUCAUCCCUCUUACUGUAGAUAACACUGCAAAUCUUGGAAUUUUGUUUUUUGCUGUUUCCAGAUGUAUCUAUAAAUAUCUAUACAUUAUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUACAUCGGGUCCUCCCAUGUGUGGUGUUCUUCUGGAGGUUGUCUCUUUGGUCAAGGUGAACUUUUAAUGUUUAUUAUUUUCUUCUCCGCACAAAGUAAAGAGCCUAAUUUUGUGUAUUCUGGUGGCUGCUGUCAUGAGAUGAUAAAAUGUAAAACAAAACUCUAGUCAACGUAGAAAGAGUUAACUGUGCUGAAAAACUAAUAAAGAACCUAAGAAGAAUUCCAGUGUGGUGAUGCCAUGCCCAUCAUGGGAGGCUUUUGGAGAAACAGAAUGUUUGGGCAGGGGCUGCUGGUGCUGCUUGGGUUUUGGGUUGAGGGUGCUAGGAGAGGAUGGUCUCCACCCAUCUUUCUAUUUCCAGUACACGUCACAUUAUUUUACCGGUGAGAUGAGAAUGUCACAAACAUUAAAAGCCUUAUGUGCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1389.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1449.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 707.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((....((((((((((.(((((.((((((((((((.((((((...(((.((((.((((.((((.....((((((........(((...)))))))))((.((......)).)).)))).)))).)))).)))..)))))).))).)))))(((......))))))).))))).)))))).((.((((((((((.(((.((((..(((((.((((....(((((.(((.(((((...)).)))..))).)))))..(((......)))((((.((((((..((((.(..(((((((((((((((...(((.(((.((((...((((...)))).)))).))).))).((((........))))))))))))).))))))....).)))).)))))).))))...(((((((..(((.(((.((((..(((..((....))...)))..)))).))).)))((((...)))))))))))...)))).)))))..))))....((((.(((((.......)))))...))))....................))).)))...))))))).))............((((((((((.((.((((((((((((..(((...((((((((((((((((..((((((((((((((((((.......))))).((((.(.((((((((....)))))))))))))...(((((((((.((.((.(((((((((.....(((((((((..(((........)))........(((.(((.(((((.((.((((((..(((...(((((((((...(((........)))....((((((((.((..(((.......)))..)).)))))))).)))))))))...)))..)))((((((((((((.(((((((.((((......))))))).......)))).))).).))))).))).....))).))))))).))))))..(((((((((..(.(((.(((.(((.....(((...)))....)))))).))).)..))....)))))))..))))))))))))))))..((((((((((((((((...((.((((((((....)))).)))).)).....))))))))))))))))....)))).))))))))))).(((((((...((((((....((...(((.((((.((....)))))))))...))..)))))).((((.((((.(((((((.........)).)))))..((((.....)))))))).)))).(((((.(((((((.(.(((..((((((..........))))))..(((((((((...((((..(((....)))))))..)))))....))))...))).))))))))..)))))...(((((.(((((((((.((((((.(((.((.((((((.((..(((((....))))).(((((((...((.(((((..(((..((((((..................)))))))))..))))).))...)))))))..((((.....)))).))))))))..))..))).)))))).))).)))))))))))......((((((..(((((((..((((...((((((((.((((((((((.(((....(((......))).........(((.((((..(((.((((((((((((((((..(((.((.(((((((...)))).(((((.....)))))(((.(((((..(((..((((((((((((((((((.((((((...(((((((((.(..(((((.(((((.(.(.(.(((((........))))).).).).)))))))....)))..).)))))))))....))))....)).)))).))))).))).))))))....((((.((((......(((.((.(((((((((.(((..((.......)).))).)))))))))))))))))).)))))))..))))))))((.((.(((((((((..((((((.(.((((((..((....((.....)).....))....)))))))))))))...))).)))))).)).))......))).)).)))..)))))))))))...))))).)))..))))...))).)))..)))))))).((((..((((....)))).))))..)).))))))))))))..)))))))..))))))...))))))))).))))))))))))))).....))))).((((((((..(((....)))..))))))))((((((..((........))..)))))).....))))))).)))..)))).))))(((((((.((.......)))))))))...((((.((((.......)))).)))).....))))))))))))))))...(((.(.((((((.(((.(((((....(((.((.((((((((((((.((.(((((((.(((((((..(((.....)))))))).....))))))))).))((((.......))))..((((.(((..((((.......)))).)))..)))).))))))..))))))...))..)))...)))))....))).))))))).))).....(((((.((((.(((.((..(((((......(((((((((.((((((.(((((......((((((.(((((..........(((((((.(((.......(((((.((((..((((((((((((((((..((((.(.((((..........((((((.(((.....).))...)))))))))).).))))..)))))))........((((..((((..(((....)))..))))))))...))).).))))).))))))))))))))))))).........))))).)).))))((((.(((((((..(((((.......(((((......)))))......)))....))..)))))))))))((.(((((((.((((.((((.(((((((.((((....))))))))))).)))).)))).)))))))))(.((((((((((((((.((((((((..(((((.(....(((((...(((((((.......))))))).........((.(((((..............(((((((....(((.(((((....))))).)))..))))))).........((((((..((......)).))))))...))))).))...)))))...).))))).)))))))).)))(((((((...))))))).)).))))))))))(((((......))))).))))))))))))))).))))))))))..))))).)))).)))))(((((.(((((((((((.......)))))).....)))))))))).((((.((((........)))).))))..(((((.....)))))...))))....)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((....((((((((((.(((((.((({{(((((((.((((((...{((.((((.((((.((((....,((((((.......{(((..,)}}))))))((.((......)).)).}))).)))).)))).)))..)))))).))).)))))||{,.,,..}}))))).))))).)))))).((((...{(.{{,,,...}})}.}}.))))((((.((((((((((....,((....))|((((((((((({,..((((((((((...{(((.((((((..((((.{..(((((((((((((((...(((.(((.((((...((((...)))).)))).))).))).((((........))))))))))))).))))))....,.)))).)))))).)))|(((((.((((.{({,...,....,.((((((((.((({(((({{{{((((({((((....(((((((((...)))))...)))).....,..)}},.,,.||||.{{{||,,,...,|||||,,...||,,,......,,(((((......))))),,))})))))..,.,.,,|||,|}}}})))||||,.,{{((,(((((((({..{{{...{{|((((||{({((({..(((((((((((({(((((.......))))).((({,(.((((((((....)))))))))))))...{(((((((,,((.((.(((((((((.....(((((((((,.(((........))),.......(((.(((.(({(((((.(((,((..(((...(((((((((...,,,.,.,{...,,)}...((((((((.((..(((.......)))..)).)))))))).)))))))))...)))..},|((((((((((((.(((((({,((((......))))))).......)))).))).).))))).)))}.}}.))).))))))).))))))..(((((((,...(.(((.((,,(((.....(({...))),...)))))).))).,..,,....)))))))..)))))))))))))))),.((((((((((((((((...((.((((({((....}}}).)))).)).....)))))))))))))))),...)))).))))))))))},((((((,...((((({....((...(((.((((.((....)))))))))...}}.,)))))).((((.((((.(((((((.........)).)))))..((((.....)))))))).)))).(((((.(((((((.(.(((.,((((((..........))))))..(((((((((.,.(((({{,,,....)))}))),.)))))....)))).}.))).))))))))..)))))...(((((.(((((((((.((((((.(((.((.((((((.((..(((((....))))).{((((((...((.(((((..(((..((((({..................}))))))))..))))).))...))))))}|,,{{{.....}},}.))))))))..))..))).)))))).))).)))))))))))......((((((..(((((((..((((...((((((((.((((((((((.(((....{((......})}.......,.,((.((((..(((.((((((((((((((((..((({((.,((((((...})))}|((((,....}|}||(((.{((((,,(((..(({((((({(((((((((.((((((.{.(((((((((.(..(((((.(((((.(.(.(.(((((........))))).).).).)))))))....)))..).)))))))))....)))}...,)).)))).})))).|}}.)})))},,..|||{.||||......|||.||||||{({({{,(((..{({......||.})).))))))})))))))))}},}}}}))),.})))))}}((.((.(((((((((..(((((({(.((((((..((....((.....)).....))....)))))))))))))...))).)))))).)).))......,}}.)).)))}})))))))))))...))))).)))..)))).}},,),)))..)))))))).((((..((((....)))).))))..}}.))))))))))))..)))))))..))))))..,)))))))}).)))))))))))})))..,,,|||}}{((((((((..(((....)))..)))))))){(((((..((,......}))..)))))}...,.))))))},)))..)))).))))).}}))))..},.)).))).)))))))).((((.(((,{,....,)))).)))).(((((((...)))))))..},})))..)))))}.........)))..)))))))..)))))),.))))))).(((((((.{{((((,.,(((.....)))))))).....}})))))))...((((.......))))..((((.{((..((((.......)))).}))..)))))))}})))))).))))|{{{.,,,,))))...||{{,,.,}||.,||{{{{{{((,,(({,{.((((,(((,((..(((((,,....{((((((((.(((((({({(((,,....{((({{.(((((...,......(((((((,{(({......{((((.((((..((((({{(((({(((({{((((.(((((,..({.,..{{((((((.{{{.....}.))...)))))).)}}.).})))}}))),,))}}}}}}},.{{{..((((..(((....)))..))))}}}},}.))).}}})})).))))))))))))))))))).........))))).)},}})}{{{{.(((((((..((,,{.......(((((......)))))......))}....))..))))))))})}{{.(((((((.((((.((((.(((((({{((((....))))))))))).)))).)))).)))))))})|.((((((((({((((.((((((((..(((((.{.,..(((((...(((((((.......))))))}..........,.((((({{({..........|||||||}}..(((.(((((....))))).)))..}}},,,},,...,,,.((((((..((......)).))))))...))))}.}}...)))))...).))))).)))))))).)))(((((((...))))))).)).))))))))),{{{{{,,,,..))))}.))))))}}}}))))),)})))))))}..))))}.)))).|||}|(((((.(((((((((((.......))))))},...,,)))))))).}.}},............)))),)))).}||{||.,,..}),,,...))))....)))))).
Back