Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363907.1
Sequence Length
2669 nt
GC Content
0.4882
GUGAGGUCAUGGAGGCCAGCAUUGCCUUCUCAUGGCAGGUGUCCCGGAGUCCCUGAAUCUGAUGUGUGACCGGAAUGGUGGUCGGCGGCUUCGACAGUGGCUGAUCGAGCAGAUUGACAGUAGCAUGUAUCCAGGACUGAUUUGGGAGAAUGAGGAGAAGAGCAUGUUCCGGAUCCCUUGGAAACACGCUGGCAAGCAAGAUUAUAAUCAGGAAGUGGAUGCCUCCAUUUUUAAGGCCUGGGCAGUUUUUAAAGGGAAGUUUAAAGAAGGGGACAAAGCUGAACCAGCCACUUGGAAGACGAGGUUACGCUGUGCUUUGAAUAAGAGCCCAGAUUUUGAGGAAGUGACGGACCGGUCCCAACUGGACAUUUCCGAGCCAUACAAAGUUUACCGAAUUGUUCCUGAGGAAGAGCAAAAAUGCAAACUAGGCGUGGCAACUGCUGGCUGCGUGAAUGAAGUUACAGAGAUGGAGUGCGGUCGCUCUGAAAUCGACGAGCUGAUCAAGGAGCCUUCUGUGGACGAUUACAUGGGGAUGAUCAAAAGGAGCCCUUCCCCGCCGGAGGCCUGUCGGAGUCAGCUCCUUCCAGACUGGUGGGCGCAGCAGCCCAGCACAGGCGUGCCGCUGGUGACGGGGUACACCACCUACGACGCGCACCAUUCAGCAUUCUCCCAGAUGGUGAUCAGCUUCUACUAUGGGGGCAAGCUGGUGGGCCAGGCCACCACCACCUGCCCCGAGGGCUGCCGCCUGUCCCUGAGCCAGCCUGGGCUGCCCGGCACCAAGCUGUAUGGGCCCGAGGGCCUGGAGCUGGUGCGCUUCCCGCCGGCCGACGCCAUCCCCAGCGAGCGACAGAGGCAGGUGACGCGGAAGCUGUUCGGGCACCUGGAGCGCGGGGUGCUGCUGCACAGCAGCCGGCAGGGCGUGUUCGUCAAGCGGCUGUGCCAGGGCCGCGUGUUCUGCAGCGGCAACGCCGUGGUGUGCAAAGGCAGGCCCAACAAGCUGGAGCGUGAUGAGGUGGUCCAGGUCUUCGACACCAGCCAGUUCUUCCGAGAGCUGCAGCAGUUCUAUAACAGCCAGGGCCGGCUUCCUGACGGCAGGGUGGUGCUGUGCUUUGGGGAAGAGUUUCCGGAUAUGGCCCCCUUGCGCUCCAAACUCAUUCUCGUGCAGAUUGAGCAGCUGUAUGUCCGGCAACUGGCAGAAGAGGCUGGGAAGAGCUGUGGAGCCGGCUCUGUGAUGCAGGCCCCCGAGGAGCCGCCGCCAGACCAGGUCUUCCGGAUGUUUCCAGAUAUUUGUGCCUCACACCAGAGAUCAUUUUUCAGAGAAAACCAACAGAUCACCGUCUAAGUGCGUCGCUUGGGCGCCCCACCCCGUCUGCGUCCUGCAUCCAUCUCCCUGUUACAGUGGCCCGCAUCAUGAUUAAAGAAUGUGGAUCCCUCUGUCUGGGGUGGGAUGCCUUACUUUGCACUUAAUUUAAUAAGGGCAUUCUCGGAGGAGUAGACGUUUAAUACGAAGUGGCGGCAUAGCCCUGCCGAGAUGUCGGUGAUGGCCUGGAUGCUGUAACCACAACCUGUGGCUAAAAAUUUUAUUUUCUAUCCUUUACCCGUCAUUAUCAUUAGUUGCUAUGAUUCUUUCUGCAUUUUCGGUUAACUAUCAUUUCCAAAGACUUGUCAUUCAGUAAUAUUAGCAGAUAGCUGCUUCGAUAAAGGAAUUUGGAGUUUAAAAAUCAACUUGUGAAAACAAGGUUGUUUUUGUCUUUAUCGUUUGUUAGAGUUAUAGAUUUAUGAUUUCAUAGGCUUGAUUCUAUGUGAAAUAUCUUUUUACUUUUAUGCAUUUUAAUAAGAUUUAAAAAUAUUUAGAUUAAAGCCCCCUUUAAUGAGUACAAGAAAAACUCUUGGCUUGUUAGAAGAAAGUAUAUUCUUUCUAGAAUUUGGUGCAGGAAUAUGUGUUCAUAUCCAGGCAAACGGGUGUGUUUUUAUCUUCAGACAAUGAAACCUUCUCCUCUGGGGCUUUGUUGCCAGGAAGAUUAGAACUAAAUUUAUUUUUUUCAUUUCUGUCAUGAAAUCAUUCCAGAUACCUCUUUUCUUCUUUCCAAAUGGUUUUCACAUGUGUUUGAAAUAUUUGUACUUCGAAUUGUCGGAUUUUCCAUGUCCUCCUUUCUCCUUUGUGCCCAGCCUGAGUCAGCACCAAUCCCGCAUUCAGAACCUCCCAGUGAAAGGGCAGCCUUCAUUUUGAGAAGGUGGAAGGUGUUAGGGUUUGGGAGACAGCUCAUCCAAUCUCCCAAGUCUCAUGGUGGAUUUGUGACUGUGAGAGUUUCCGGUUUAAAAUCUGAAAAGCCAGAUAUGCCUGUUUCCUUUUCCCAGCACCAUGCCUGUGGAGGGGACAGUCAGACCCAGAGGUCCUUUACGUGUGGAUGGAGUUCACAGGCGAAUAGAGGAGAGGACCAGGGGACGUGGCUUGUCCCUUUUGUCCAACAAAGCAUUAUAUUUUUAAGAAUGGCAGACCUGUUUGCUGAAGUGUUCAUAAGAUAACAAUAGGCUUGAAUCUCCAAUUCAAAUGAAUGUCAAAGCACAUAUCUUUAAUAUGCUGAAUGAAUAUUUAUUUUUGUAUCCAUUAAAACAGUAUAUUGAUCUCUUUUAUUCUUUAUUAAAAUAAAAUGCUCUUUUUUAAAGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-905.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -957.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 968.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((((.(((..((.((((((((.......)))).))))...))..))).))..(((((.(((((...(((.(((((((((((.(((.....))).)))))))..((............)).(((.((((((...(((((((((..(((..........))).))))))))).)))))).))).((((((......(((....))).(((((((((....))))))))).((((.((((((.....(((((((((.........((((((((..((((...))))...(((((.((((((......(((.(((((.....))))).))).......((((((((((((...((((.....))))...))))..........((((.(((((.((((((........))))))(((((((....((((((((((((((.(((.((((.(..(((((.....(((((((((((((((.(((((......((.(.(((........)))).)).(((........)))(((((...((.....)).....)))))..(((.((((((((((((((.(((((..(((...)))(((((......)))))((((....)))).(((((((.(((((..((((((((.((.(((((....((((((...(((...(((((((..((((((......(.((((((.(.((((((.........))))))).)))))).))))))).)))).)))...)))...(((((((.((((((((((((.(((.(..(((((....)))))).)))))))))((((((((((.(((..(((..((......))))).....))).))))....))))))....))))))))))).))((((.(((((((((((.((((..((((..((((...((((...))))...))))...))))..)))).))))))))).)).))))(((.(((....))).)))......))))))))))).)))))))))...)..))))).)))))))((((((((((.(((((((...)))))))....(((((...(((..((((((.(.((((.(((...))).)))).).))))))((((.(((((((((........((((((.((.(((((....))).)).)))))).))..))))))))).)))))))......))))))))))))))).))))).)))))))....))))))).))).))))).)))))(((.(((((((.(((.(((((((((((....(((((((((((......((((..(((((...)))))......))))..((((((((((...))))))))))........(((((((.((((((((((....(((((..((((.((.((((((..(......)..))))))...)).)))).)))))..)))))).......(((.((((......)))).))).......)))))))))))...........)))).)))))))..)))..)))))))).).)).)))))))...)))...(((((...)))))......)))))))))).....))))).))).))...))).)))))))))))..)))...)))))))))))).)))).)))))))).....)))))).))))).......(((((....)))))((((((.....(((((((((.((((..(((((.(((((((((((((((....((((((...........((((((((.((.((((((....)))))))))))))))).((((((.....))))))((((((........)))))).............((((.(((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))))))))((((((......)))))).........(((.(((.((((....)))))))..)))...))).).))))).))))..))))))...))))))..((...))(((......)))(((((((..(((..............((((((.......))))))..............)))..)))))))........))))))))).))...)))....)))).)))))))))))))))........))))).)))))).))))))))))))))))..)))))))))).)))))))))))))))))).)...(((((((((((((((.......))))))....((((((.(((...(((((((((..(((.......((.((.(((((((((.(.....).))))))))).))...))......(((((......)))))))).)))))))))...)))))))))..(((((((((.....((.(((.((..((((...))))..)).))).))...)))))))))((((((((((((((((.((((((((.....))))))))..))))......((.((((((((....((((((.(((.......(((...((..((....))..))....))).....))))).))))....)))))).)).))........(((((((((((((((.((((........)))).))))....)))))))))))))))))))))))(((((....))))).)))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.(((((((.(((.(((.,,,,((((.......)))}}}),)}}.|{{.|||,||..{{(((,{,,{((((((({,{.((((((((.(((.....))).)))))))},,||..,{,({{((,(({{{{,(((({{...(((((((((,{,({.,,,...,,,|,|,||||}||}|{||}}}}.}}}.((({,{.,,}..{{,....,}}.(((((((((....))))))))}.{(({{((((((.....(((((({,.......,{{{(((((({..((((...||||.,{(((((,((((((,,....(((.(((((.....))))).)))..,{{..((((((({((((...((((.....))))...))))..........((((.(((((.((((((........)))))),((((((.,..,,|(((((((((((.(((.{{,({(,.{({,{,,,.{(,(((((({,(((((,(((((,..,{{{,,({(((,,,,..,.}|||,||,||{|..,,,}.},,(((((.,.{{.....|}...,.)))))}.(((,{((((({{(({{{{.||||{..{{,...|}}(((((......))))){|{{....)))),(((((((.(((((..((((((((.({.(((((.,,.{(((((.,.{{,{{{|,{{,{{{.{{((({{,.,,.{.((((({.(.((((((,,...,|,.)))))},,)))))).}|||{{{,((({(({{.{{{.((,.({{((((.{(({{{((((({,(((.(..(((((....)))))).)))))))))(({{{{{||{,(({..{||}...,,,,}},.)),.},}.)))}))))..},))))))},.,)))})),))))|}|((((.(((((((((((.((({{{((((..((({,{,{{{{...)))))}.))))..,)))),.)))).))))))))),,).))))|{{.{{{...,))).))),.....)))))}))))).}))))))))...)..))))).)))))))((((((({{{.||{||||,.,)})))))....{{(((.,.((({{|||{|,|{{((((((({,(,(((((({((((((({..,,||,|||||||||}},,}}}}||((({.{{.(((({....})).)).}))))}.}}..}}})))})).}}))|||,.,,,.}}|||||||}}}|||.|||||,||}||||.,..||}|||},}}}.))})),))}})|||}||{||{|,|||||{|,|||||||...,||{||||{{,{....||{{{{.,{{{{{...||},.......}||}..({{{((((((,,.}}}}}|||||.|||{,,,(({{(((.{{{{|||{{{....{{{,,..((((.((.((((((..(......)..))))))...)).)))).,)))),}))})))||.....|||,||||......}}}),)}},,,,,,}))))))}))}|,......,},,))))})))))}),})))}})}))})))|)|}}|)))}))),,,))),,.(((({...})))).........,,,,.})})))))},,}.,}})))),.})).)))))))))))..}),.,.)))))))))))).)))).))))))))..,}})))}}|.||||||..,,,,(((((....))))|,.{{{{..,{{(((((((({.(((({{,(((({(((,,,,||||||||},}}|||{{{..,,,,,,,,.((((((((.((.((((((....)))))))))))))))).((((((.....)))))),{{{{(...,....}}}}||,{{|||....,}}||||,,{{(({{{,((((((((((.(((((.....)))))))))))))))((((((......)))))).......,,{||.((,{((((....)))))))..}}|,|||||,},|||||.||||{{||||||,|||}|||}.......))|((,,,,,,)}}{((((((..(((..............{{{{{{.,{,,..|||}}}.,},..}}}},...)))..))))))}.,|,,.,}))))}}}}}.,,|,|}}},.,,}}}}.},}}))))),,},(({...,||.})))).)}}}}||))))}})))))))))}..}}}|||,{{,.||{{{{,{||||,,|{{{.,,{{({{{((,,.,|||||}},.,,.)}}})),}..||||||,|||.}}{||||||||}}}.}}}..}}}}}}||}||{{,{{{|}|},.,}).)))))})),.})}}}))}}....(((((......)))))..|.|||||||||...|||||||,,.,)|})}.)))))}}}}}},}}}|||},},)))}},,..{,|||||||,,.}))))))})}{{|||||{{{{|((((.{(((((({.....}))))))}..))))....,|{{.{{,{,,{{,,,.{{{{{(|({|,,,,}}}}}|...,{}}||.,,,))..}}.,,,)))}|||||},,,.})))....|}||||,.,,}}},,},}}.|{((((((((({(((.((((........)))}.))))....))))))))))))))))})))))),,,,,...,}}}}},,}}}}}},,.....,,.
Back