Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001363988.1
Sequence Length
4399 nt
GC Content
0.4685
CUACGCUCUUCCAGCUGUCGGACCUGGGAAAUUCUCCUGUGCUAAAUCCCGUGGCGCUCGCGGGUGUCGCCGCGGUGCAUCCUGGGAGUUGUAGUUUUUUCUACUCAGAGGGAGAAUAGCUCCAGACGGGAGCAGGACGCUGAGAGAACUACAUGCAGGAGGCGGGGUCCAGGGCGAGGGAUCUACGCAGCUUGCGGUGGCGAAGGCGGCUUUAGUGGCAGCAUGAAGCGCACCCCGACUGCCGAGGAACGAGAGCGCGAAGCUAAGAAACUGAGGCUUCUUGAAGAGCUUGAAGACACUUGGCUCCCUUAUCUGACCCCCAAAGAUGAUGAAUUCUAUCAGCAGUGGCAGCUGAAAUAUCCUAAACUAAUUCUCCGAGAAGCCAGCAGUGUAUCUGAGGAGCUCCAUAAAGAGGUUCAAGAAGCCUUUCUCACACUGCACAAGCAUGGCUGCUUAUUUCGGGACCUGGUUAGGAUCCAAGGCAAAGAUCUGCUCACUCCGGUAUCUCGCAUCCUCAUUGGUAAUCCAGGCUGCACCUACAAGUACCUGAACACCAGGCUCUUUACGGUCCCCUGGCCAGUGAAAGGGUCUAAUAUAAAACACACCGAGGCUGAAAUAGCCGCUGCUUGUGAGACCUUCCUCAAGCUCAAUGACUACCUGCAGAUAGAAACCAUCCAGGCUUUGGAAGAACUUGCUGCCAAAGAGAAGGCUAAUGAGGAUGCUGUGCCAUUGUGUAUGUCUGCAGAUUUCCCCAGGGUUGGGAUGGGUUCAUCCUACAACGGACAAGAUGAAGUGGACAUUAAGAGCAGAGCAGCAUACAACGUAACUUUGCUGAAUUUCAUGGAUCCUCAGAAAAUGCCAUACCUGAAAGAGGAACCUUAUUUUGGCAUGGGGAAAAUGGCAGUGAGCUGGCAUCAUGAUGAAAAUCUGGUGGACAGGUCAGCGGUGGCAGUGUACAGUUAUAGCUGUGAAGGCCCUGAAGAGGAAAGUGAGGAUGACUCUCAUCUCGAAGGCAGGGAUCCUGAUAUUUGGCAUGUUGGUUUUAAGAUCUCAUGGGACAUAGAGACACCUGGUUUGGCGAUACCCCUUCACCAAGGAGACUGCUAUUUCAUGCUUGAUGAUCUCAAUGCCACCCACCAACACUGUGUUUUGGCCGGUUCACAACCUCGGUUUAGUUCCACCCACCGAGUGGCAGAGUGCUCAACAGGAACCUUGGAUUAUAUUUUACAACGCUGUCAGUUGGCUCUGCAGAAUGUCUGUGACGAUGUGGACAAUGAUGAUGUCUCUUUGAAAUCCUUUGAGCCUGCAGUUUUGAAACAAGGAGAAGAAAUUCAUAAUGAGGUCGAGUUUGAGUGGCUGAGGCAGUUUUGGUUUCAAGGCAAUCGAUACAGAAAGUGCACUGACUGGUGGUGUCAACCCAUGGCUCAACUGGAAGCACUGUGGAAGAAGAUGGAGGGUGUGACAAAUGCUGUGCUUCAUGAAGUUAAAAGAGAGGGGCUCCCCGUGGAACAAAGGAAUGAAAUCUUGACUGCCAUCCUUGCCUCGCUCACUGCACGCCAGAACCUGAGGAGAGAAUGGCAUGCCAGAUGGAGUUUCAUUCUCGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAGGUGCCAGUCACGAAUUGCCCGAACAUUACCUGCUGAUCAGAAGCCAGAAUGUCGGCCAUACUGGGAAAAGGAUGAUGCUUCGAUGCCUCUGCCGUUUGACCUCACAGACAUCGUUUCAGAACUCAGAGGUCAGCUUCUGGAAGCAAAACCCUAGAAGGAGCACAAGUCUCAGGCGGAGGAGAAAAAGAGAUCGGCUUUUCUCCUCCAACGUUGUCAUGGGCUUAAGCAAGAGCAGUGGAGACUUCUCUUGGCCCCUAGAUUGUAGCACCCGGGUCCCAAUCCAAAACAGCUAGGAAAUGGUGCCCAUGAAGUUUUAAAUGUUUUAAAAUGACCCUGUGUUAUAGUCUGAUUUGGUGUUAAACAGGACCUUCUUCCCCCAAAAUUGUUCAGAUUAUAAAAUGUGAGCCAUUCAGCCCCCAAGGUCCAGGGCAGGCGACAGGAACGAGCCCAGCGUGUGACAAAGCCUAACCUACUUUCCUCUUUCCCAAGCUUUUUCAGAGACUCUGGAGUGGACCCAGCCCUCUGGGGAAAGACAGAACUUAGAGACAUCCCAGUUACUCACCACACCCAUAGUGCUGUCCAAUAUGGUAGCCACUAGCUAGCUGUGGCUACUUCAAUUUAAAUUCAGUUUUAAUUUUAAUUAAAAAUGCAGCUCUUCAGUCGCCCUGGCCACAUUUCAAGUGCUUAACAGCCUCAUGUGGCUAGUGACUGCUGUAUUGGACGGUACAGAUAUGGAACAUUUUCAUCAUCGAAGAAAGUCCUAUUGGACAACACUUCUAUAAAAAGUUUGAGAGCAGGAAUUCUCAUUUCCAUUCGUCUGUAGCUUCUAUCCCCAAAGGCAAAGAAACUAAAAGAGAAAUGACUCAUUGAAGAUUGGCCUCUUUCCUUUCUCUAAGACAAACCUAAGUAAAAGCCUGAGCUUUGAGUCCUAUGCUCAGCACACGGGAAGGAGAUGUUAAUAAUUAAAAUAAAGUUGAUAUCCUGUCUUUAGGGAGUUCCCUUGAUCUCUUGAAAGAGACACAGCCCCAUUUACAUUAUUUCGUGGAUUUCACCAGCAUAGUAUAGUUUUUUUCUGUAAGUCCCUCAUUCUUAUGUAAUAACAGGUGGAACUGAGGUUUGAAGAACCUCAGUGGCCCAUCCUGAUGACAUUGGAGACUCAAAGAGACAAGAGAGAGUAGGGUUUAAAACCUGAGCUUUAAGACUCCCACUAGCUUCGUGUCCUUUGGCAUGUUAACGUGCCUCAGUUUCCUCAUCUGUAUAAUGGGGAUAUAUGAAAGGCACCAGUCCUAAGGUGAACAUUAAGUGAGAUGAUUCUAGUUACAGACUUAGAACAAUUUCCAGCACAUAGUUAAAUAUCCAGGAAAUUCUGGUACUGUUAUGUGUGGGUGAGCUGACCUGGAUGUAGAUGUUUUCCUCUCUCUUGCUGACCCCUCCGCCAGUUUUGUCUUGUGAUGCCAUUAACACAUCUCUCCCUUUCUGACCUGGCUCCUGCCCAUUGGUGUCCCAAGAAAUCGUGAGAAUAGUUAGCCCCCCGUCUCCCCAGCCUGUUGCUUUCUCGUGUAGUUGUUCACAGUAGUUGAGAAGUUGAAGAGCUUUUGCCUAUUGAAGGUGCACUGAGAAUAAACUCUUUCCUGCCACCAGAAUUGCAGUGGUUCACGGCCUGCACUCAUUCCCAUGAAUGCAGUUAAUAGCCACAGAAAUGUCACAUUAAGCAAAGCAGCCAGGGUCUCAUCGUGUUGAGACUCGAGUCUCUCAGACCUUGGAUUCAUUCCCUGGUGUCUUUGAGCCUCAGUUUCCUCAUUGGUAAAAGAGAAGUGAAGCAGUGUCUCACAGGGUCAUUACAGAGAUUAAAUGAAAUAAAUGAAAUAACAUAGACCAGGAGGGCGUGGUGUUUAAAAGUCACAGAUGGGGCACCCUCGGGCCAUCCAGCCCAGUGUUUUCUUUAGCCCCUAUGAUGUUCAUUUUUUGUUAUAUCCCAUUAGGUGCCCAUAUUUAAAAAUUGGGAGAUUUCACAUAAAAUUAAAAGGUCUGCAUUUUCUUUUUUCUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAGACACAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUAGAGUGCAGUGGCACGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGUAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCACGUGCCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGCAGAGAUGGGGUUUCACCACAUUGGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCAACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGUCUCCCAAAGCGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCAAGCCAAGGUCUGCAUUUUUCUUUAGAACUCAGAACACCCAAUAGUCCUAGGCCCCCAUCCUCGCAUGGCAGCAAGCUAAAUAAGCAUCUUCCCACUGCGAGUUGGGGCAUGACCCAGCCUAUGGUUUGCCAUACUCCCUCUUUUUCUCCGUUUUUUCAUUAAUUGUGAACCUGACCUGCAUCACCCUUUCAUGUCAGUGCUCUCCAAACCUGCUUGCUUGCACCCCUCUAGUCGAAAUAUUUUGUGCUUACCCCAAUAUAUGUGUGUGACUAUUGAACUCUAUUCGUAGACUGCUUGUACUAAUGUCAUUUGCAUCAUAAAAUAUUCAUAUCCAAUAAACAUAUUAAAAGGAUGAGAUAAGAAACCGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1374.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1452.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 1075.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.(((.(((.(.((((((.(.....((((((((......(((((..((((.(((((......)))))))))....)))))..((((((((((((..(((.....)))....(((((.....)))))........)))))))))))).))))))))).))))))).)))(((((......((((.(((.((((((....((.(((.....))).)).....)).)))).)))))))..(((...((((((((...((((((((((((((((((.((((.((((((((((((....((((..((..(((.((((((((((((((.(..((((.((((..((((((.((((...(((((((.(((..((.(((((((((((((.(((((..((((((...........(((((.....)))))))))))...)))))..)).))))).....))))))))..))))))))))((..((...((((((((.(((...(((((...((((((((((((((....((((.(((........)))))))......(((((((((((((((....)))).))).))))))))...............(.(((((...))))).).(((((.(........).)))))..........((((..(((.......)))))))((((((.((......)).)))))).....)))))))))))))).)))))...))).......)))))))).))..))(((((((((....)))))..))))(((....(((((((..........(((((((..((.......))..)))))))..)))))))...)))))))....))))))..)))).))))...).)))))))....))))).....(((((.((((((((((((((((((((..((((((((..(((((((((.(((....((((((....))))))...))))).((((((.....(((((.(((((((((((...(((((((((((.....(((.((((((.((((....((.((((.(((((........(.((......)).)........)).)))..))))))))))...)))))).)))))))))...(((((((((((..(((((((.((((.....(((((.((((.((((..((((((((((...))))...((((((...(((((.((.(((.............((((((((((((((...((((.....((((((.((((..(((((.......)))))((((((((((......((((.(((((.....((..(((...((..((((...)))).))...)))..)))))))))))......))))))))))..)))).))))))...))))))))))))))))))....))).)).))..)))..))))))))))))..)))).)))).)))))...(((((((((((((((((((.....(((.((((((.((((((.(((...((((((((((((((.(((((((.(((.(((((....(((.....)))....))))).))).)))))).).))...))).))))))))).)))(((((((.(((((((((.((((.((....)))).)).))))..))))))))...))))..((((((...(((((((((((..(((((((((.....)))....((.((((.((((.(..(((.......)))..))))))))).))..))))))....(((((((....((((.....(((..((((((((...((..((......))..)).))))))))(((((((..........)))))))((((....).))).)))(((((((((((..........)))))))))))...........((((.....((((((.(((....))).)))))))))).(((((((((((((..(((((.......((((((..(((((.((((...))))....)))))..)))))).....))))).)))))))))))))...(((((.......(((((((..........(((.(((((.(((....))).))))).)))........)))))))(((..((((....(..(((.((...)).)))..)...))))..))).......((((((((.........(((((...((((.......))))..))))))))))))).((((((..((....))..)))).)))))))...(((((((((((((((....(((((((((.((....)))))))))))...............(((((((....)))))))(((((((.....((((((..(((((((((....((.(((....))))).))))))))))))))))))))))))))))))))...)))))..))))..)))))))((((...((((....))))....))))..........))))).))))))....)))))).((((..(((.(((.((((...((....))...)))).)))..)))..)))).......(((((......))))).((((..((.((......)).))..)))).((((((............))))))..))))))((((((((((((((............)))))))))...)))))((((....))))((.(((((....))))))).)))))).))).....)))))))))........)))))))))).(((((..(((((((.(...((((.(((((.((((..(((((((.((((((((((...))))))))))...))).))))..(((((.((((.((....(((.....((((..((((........))))..))))....))).....)))))))))))....((((((....))))))(((...(((((((.......)))))))....)))....((((........))))...)))).)))))))))....).)))))))...))))).....)))).)))))))..((((.(((((....)))))...)))).)).))))))).)))).)))))))).))).))).))))))))))))))))))..)))))))))))))))..)))))))))......((..((.........))..)))))))))))..((((....))))......)).)))..))..))))....))))......(((((((((((((.((((.....(((.((((((...(((((((....)))))))..))))))..((((((..((((......))))...)).)))).........((((((......(((((.((((....)))).))))).....)))))).))).....))))..)).))))))).))))((((((......))))))))))).)))))))(((..(((.....)))..)))......)))))))))))))....)))))....((((.((((.((((.(((((((((((((........))))..........(((((((.(((..(((..(((((((.((((((.......(((((((.(((((.....(((((((((((.(.(((((((.......((((((....(((..(((((..((........))..)))))..))).........(((((((...(((...((((..((((((......................))))))..))))...)))((((.(((...))).))))...((((.(((((((((((((.........)).)))))))..))))))))...((((...((.....))...))))....))))))).((((((((......(((....)))......))))))))((((((((.......)))))))))))))).....))))))).).)))))))).))))))))..)).))))).....))))..(((...(((.((.((((((......((((((......))))))..(((.(((.(((.....((((.........)))).......))).))).)))(((((..(((((((((......(((.....)))......))).)))))).))))).....)))))))).)))...)))..)).)))))))..)))..))).)))))))..))))))....))))))).))))..))))......))))))))....)))((......))..))))).......(((((((((((.............(((((.(((((....(.((((((....))))......)).)....))))).)))))))))))))))).......................))).)))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(((,(({,(((.(,(((({{,(,....{{(({{((,,....(((((.,((((.(((((......)))))))))...,})))},,{(({{(((((((,.{{,,|,||}}}..,,{||||,,..,)))))||,,,,|||}||}|||||||{|}|||||||,|||||||,|}}(((((,,,,.{((,({{{{{((((((,..,({,((({{,,{|}}.}).}}}})),),}}.}}|)))}}|{{{...({{{{{{{|..(((((({{{(({((((((...,.,||||||{{||,,.}}}||||,,|||.|||,|||||,.{((((((.{..((((.((((..((((((,(({{...((((({(((((..((.(((((((((((((,((((,..{(((({.,,.......|{{{{{.....}))))))))))}},))),,..}}.))))).....))))))))..)))))))))){{..{{,..{{{((((({(((...(((((...((((((((((((((..,,((((.(((........)))))))......(((((((((((((((....)))).))))))))))))...............{.(((((...))))).,.(((({.(,{....,}}.)))))..........((((..(((.,....,)))))))((((((.((......)).)))))).,,..)))))))))))))).)))))...)}}.,,,,,,||}}}|||.||,.}}{{(((((((....))))))}}.,,||{...,||{{{||,,,,,,...,|||||{{,,((,......}}..}}})))),.}}}}}}},,.}}}))))....))))))..)))).))))...,.))))))){{(.((((({..{{((,.(.{,({(((((((((((,((((,.((((((((..(((((((((.(((....((((((....))))))...)))}}{{((((({,.,,(((({.{{,|||||||{{{{(,,((((..,|}}}...|}}}|((({..((({....}))),)}}|,(((((....{((((.(({{,(((..(((((.{(((((..((.{{{((,,.,,{{{{|||{{|,,...})}}.||{(((,,((({.{{.,,)}.})))..}}}(((((.((((.((((..((((((((((...))))...((((((...(((((.((.(((.............((((({((((((((...((((.....((((((.((((..(((((.......)))))((((((((((......((((.((((({(.((((..,{........{{{....,,,,.))..)))).)}.)))))))))......)))))))))),.)))).))))))...))))))))))))})))))....))).)).))..)))..))))))))))))..)))).)))).)))))...((((((((,((((((((((.....(((.((((((.((((((,,.,.,,((((((({({((,{.,((((({.(({.(((((....(((.....)))....|)))).|)).}))))}..||},,.}},|}}))))))),,,,{{{{|((,((((({(((.((((.((....}})),|}.}))|.,})))},,},,.))))..,|||||..,{((((((((({,,(((((({((.....)))....{(.(((,{((((..,,(((.......))).,))))))))).)}..))))))...|(,{((,({{..{{{(,{{{{{,,..{(((((((...({..((......)).,)}.)))))))}(((((((..........))))))){(({..,,|.|||{({{(((((((((((,(.......))))))))))))....,,{{{,,((((,....((((((.(((....))).))))))})}}.(((((((((((((..(((((.......((((((..(((({.((((...))))....}))))..)))))).....))))).)))))))))))))...{{|||,....,.(((((((..........(((.(((((.(((....))).))))).)))..,.....))))))){((..((((....{..(((.((...)).)))..)...))))..))}...,{,.((((((((.........(((((...((((.,.....))))..)))))))))))))..}}},.}}||}.}}))..})}...,}}}}....(((({(((((((((({{,.(((((((((.{{....}})))))))))........,,.....,{{{{{{....}}}})}},|{((({....,((((({.,(((((((((....((.(((....))))).))))))))))))))))))))))))))))))))...})))).....,|||}},}}}{{{{...((((....))))....}}))........},})))).))))))....}||}}|.((((..(((.(((.((((.,.((....)).,.)))).)))..)))..))))......,{||||,,||,.}},}}}||||,,||.||......},.,}....,|,|{{{((.,.{........)))))),.)))))),{(({(((((((((..,.........))))))))),,,|||||{(((,,..|}}},|,{||||....)))))),.)))))).))).....))))))))))...}}..))))),,|||{(......,|||||{(((,,.{{,{{{.(({(..,..(((((((.((((((((((...))))))))))...))).)))),|,|}}}.|||||||{((((.((((.(((..(((.(((((((((........)))})),}.)),)))..)))}.))))))))|||||{....}|||||{{|,,,{((((({.......)))))))...,))),}))))}}})))))..)))))}......|.(((((..(((((({{...))},,))))..)))))}.((((((({,....,,.(((({....}))))....,))))))))))))).))))))).)),))},,)})))})))))),}},})))))))..)))))))),))),))}}))))))))}.,,,{...((((.,..{(((({{{{{(((.,,.)))....}).}))...))))}..).))))..,)},)))}..},)),))))))))),,{{|||||||}||||}||}.|||.{{((((...(((((((....))))))),.))))))..((((({..((({......))}}...})}}))).,,,,,,,.((((((...,{,(((((.((((....)))).))))),,...)))))).,.,,|,,,,},,.,||||||||||},,||((((((......))))))))|||.|||,,||((({.(((.....)))..)),}))}..)))})))}}}}}}..{,|||||...,(((,.((((.((((.((({{{((({,(({{,.....,,,,...,,...,.(((((((.(((..(((..(((((((.((((((.......(((((.(,,((({.....(((((((((((.(.(((((((.......((((((...{(((,.(({{{..||..,,,,,.}}..||||}..,}),,,,,....(((((((...,,,...((((..((((((.....................,))))),.,))},...|||(((,.,||,,,),,.}}},...((((.(((((((((((((.........)).)))))))..))))))))..,((({...{{.....,,,,,)},,....))))))).((((((((......(((....)))......))))))))((((((((.......)))))))))))))).....))))))).}.))))))}),))),,,,,.}))}))))).....))))..(((...(((.((.((((((.,,...((((((......))))))..(((.(((.(((...,.({{{...,....,)))}.......}}).))).)))(((((..(((((((((.{{...(((.....)))...}..))).)))))).)))))..,,,)))))))).)))...)))..}).)))))))..)))..))).))))))).,)))))).,,,))))))).)))).}))),.,,)},)))}}}}}....,}}||,,}},,)}}.))))),}},,|||{(((((((((.............(((({.(((((.{{{(,{,,,{,....||||..,,..}},|.,,,))))).}))))))))))))))}|.{{{,,..,.....,,,.....)))})}),..,}.......
Back