Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364227.2
Sequence Length
2397 nt
GC Content
0.4552
CUCGAAUGCAGCGUCUACGCCUGGUGAAUGGACGCACUCUUACCAAUUCUGCUCUGGGAGAUGCAGCGGUAACCUACCGAGCGCAGAGGCCGGCGCGCACCCGUGGAGCCCGCGCUCGCGAUCCCUCCUCGUGCCAGGGCCCCAGGGCAGUCAAGGCCUGCCGACCGUUAGGCGGGUCAAGGGGUACACAGGGUGCGAAUUCGUUAGGCAAAAGCUGGGUACAGGCGCGAGCCACAGGCACGGAAACCUCGCGCCGACCGGGGCCCUAGGCCCGACGACGGCAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-745.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -794.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 642.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.(((((((.....(((((.((((.(((.(((...(((((((((((((((.(((((..((((.((((((...((((((((.(((..(((.((((.((..(((.(((((((((((.(((.(((((((((((.((........((((((((........)))))))).....((((.(((..(((...........)))....))).)))).((((((((((........))....))))))))..)))))))))).))).)))...(((((..(((((((.((((......))))..)))))))...)))))..(((.....)))..)))))).))))))))..)))))))))..))).))))))))))))))(((.((((.(((((.((.......))..)))))...))))...)))......))))..))))).))))).).))))))........((..(((((..((((((((.(........).))))))(((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))))..(((((.((((...(((((.....((.(((((........)))))))..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....)))))))))))))))....(((((((((((....((((((...(((((.((((.((.......((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))......)).))))))))).)))))))))))).((((....)))).....))))))))))...))))...)))))((((.(..(((((..............((((((((....(((((..((((((.(((((...(((.(((((.((.((.((((.((.((((.((.((........))))...))))..)).)))).)).))(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).))))))))))))....)))))))).(((((((.(..(((.....)))..).))))))).)))))..))))))).)))))..)).((((..((((.....))))..))))((((((.(...(.(((...((.((....)).))...))).)...).)))))).((.(((.((.....)).))).)).)))...))))))..)))).)))))))))))).)))....(((((((((........((.((((...((((((((.((.((((.((........)).)))).)))))).)))))))).)).....................((((((...)))))).....((((.(((((((((((((((..(((...........)))(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).)))))))))))))))......))))).))).)))).)))))))))........)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{((((,((((,((((((((((..(......}..)))))}..((((((((((((((((.(((((..((((.((((((,..{(((((((.({(,.(((.{(({.((..(((.(((((((((((,((,.(((((((((((.((.....,..((((((((........)))))))).....((((.(((..(((...........)))....))).)))).((((((((((........))....))))))))..)))))))))).}||{|||({.({.{{..(((((((.((((......))))..)))))))},.)))))}}|,|....}))))})))))),})))))))..)))))))))..))),))))))))))))))((,,((((.(((((.((.......))..)))))...))))...)}),.....))))..))))).))))).).)))))...,))))).,,,.,}}|}}}}}.,,,,|{{.|{{|..{{(....)}),||||||,,{,{((((((,.....,.(((.{,.{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},|{.|||||,,..)))))||||{{{|{{({((((.....)))))}}.||},||||,{{{{,,.||,,,,,,}))))})}})))}|(({{.((.{(((.{{((,.....}}}).}})})|}},})))|{(((((({(((((((((...))))))))),(((({{{{..{{{{||,,{((({{...,{{(((({{({{,...{((({{{{{{,{{{{,..,,,{,{{,{(,..|||,,.,,|{|,{|..,}))|,,,|.,}}..}}}.,,,,((((((((.....((((.((((((({.(((.((({((((,,..,..,,}}}||||(((((((...{{{{,|,.,,{{,{{,,{{{....,}||((((((.{(((,,...(((((((((((.{{{({({({,,.{{{{{|(({{.{{.....,.((((((((....))))))))|.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).}....}).))))))))),)))))))))))).((((....)))),,...)))))....,,..)))).))))))}||||.{||{|,{,.......,,,,,..{(((((((....(((((,.((((((.(((((...(((.(((((.{(.((.((({.((.{(({.{{.{{,.....||),))..,))}}..,}.}))}.||,||(((.((((....)))).))).....|,,....,,,...(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).)))))))))))).,..)))))))}.(((((((.(..(((.....)))..).))))))).}})}}.})))))}}.,||.{{..{,(((.||((((.....)))).)),))),},.)}..))).))).,.)))))))})))..}.)).)))))).,{{{.((({({{{{((((((.{{{{.,(({((({..}})))),,}}{|||{,,...({({({{{..,|.{{,,,.,,,||}.}},..)))))))},,}}},||||||{((.((,,.,,....,..,),,))))}.)))))).))))))))..})),...,.,,,}}}}}}|,,.|}}}}},}))),,,,))))))},.||,|||||||{{|{,,||||},{|,...||,||}|{{.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{{.....,}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||,,}.,..}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......})})))))...))).)))))))).)))))))}}}}}})),.||||}},)))})}........)))))))},......))))}
Back