Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364229.2
Sequence Length
2190 nt
GC Content
0.4329
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGGUGAGUCGCGGUGGGUCCUCGCUUGCAGUUCAGCGACCACGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-639.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -684.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 578.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((((.(((((.......))))).)))))))))(((.(((((((((((.((((.((((((.((((((((..(.((((..((((...(((.((....(((......)))..)).)))..))))..)))).)..))))))..(((.((((((....)))))).)))((((.(....((((.(((((.((.......))..)))))...))))...).))))....(((((..(((((....((.((.(((((((((..(((((.((.((((((((((.............((..((((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..))))))))).)..)))))))).))))))))))).)))(((((........))))).....)))))).))))..))))).))))).((((......))))..)).))))))..)))).)))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..))))).......))))))).)))((((((((((((.(((((.(.(((((((.........)))))))((((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((((.(((((((.((((((((.((((((((((....)))))...((((((.((((.(((.((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))........(((((((((....(((...(((..((((....)))).......)))..))).........)))))))))((((((..........))))))...(((((((....(((((..((((((.(((((...(((.(((((.((.((.((((.((.((((.((.((........))))...))))..)).)))).)).))(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).))))))))))))....)))))))))).)))).))))))...........(((.((((((.((...)).))))))))).((..(.(((.((((((.....)))).)).))).)..))..(((.((....)).))).))))).)))).........(((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..))).............)))).))))))).)))..(((((.(((((((((((((((.((..((((..((.((((((..(((((...)))))..)))))).))))))..)).)))...........(((((....)))))..((((((.((....((...))....)).))))))......)))))))))))).)))))))))))))))))))))).)))))((......))..((((...(((((((((((.(......).))))).))))))...))))))))))))))).)))...((.((((.(((.......))))))).))((((((((((((((.((.((....)).)).)))))))).))))))..((((((..(((((((...((((((....)))))).....))))))))))))).)))))).))).)))))))))............((((((((.....((((...((((((.(((((((((.(((....(((((((.((((((((.((((.....)))).)))))))).......)))))))..))))))))))).((((..((((((((...))).))))).))))..).))))))...))))...)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((.(((((.(((((.......))))).))))))))}..((((({(((((((,{{,({(((((((((((((((..(.((((..((((...(((.((....(((.....,)))..)).)))..))))..)))).)..))))))......,,(((,(((((({(((((||(((.({((.,((((.(((((,((......,))..)))))...}))}...,.})})|...{{{....,{{{{.{{{...,,,}}}}}))))))))},}.)))))).))}.}))))))))...,,{....}||(((((((.((((((({({........{{(.(,.{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))}.,,.)))))))..)))))))))..,))...)))))))}((((..(({{,.(((((........))))),.}}))}}},.)))),{((((.((,,(((.((((......))))..,)))})).)))))|((((((((((((((((...))))))))),(((({{,,..{{{{||,,{((({{,..|,|({(((((({{...(((({((({(.{({,,.,{{{(,((,((,..{{{...,,{{(,{{.,,||||,,,|,}}}..}}}.,,}|((((((((.,...((((.((((((({.(((.((({((((,,,.,..,,|}}|||{(((((((.,,(({(,,,,,,{(,((,,{{,..,.||{(((((((.((((,{...(((((((((((.,,{((((({,..({({{{((((.{{.....,.((((((((....))))))))|.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).}....}).))))))))),)))))))))))).((((....)))).....)))))....,,..)))).))))))}}|||.,||||,|...,,...,,,,,..{(((((((....(((((,.((((((.(((((...(((.(((((.{(.((.((((.((.((((.((.({,.....||),))...))))..,}.)))).)).)|(((.((((....)))).))).....|,,....,,,...{((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).))))))))))))....)))))))}.(((((((.(..(((.....)))..).))))))).}}}}}.}))))))).,|,.{{,.{,|||.|||{||,....)))).)),))),}..)}..))).))).}.)))))))))))..,.)).))))))..{{{.((((((({(((((((.({{{.,(({((({..||)))).,}|(({{(,,...((((((((...{,{{{......}}}.)},..)))))))).}))}.,,||||{{{.((,,.,,...,,.,}),}))))).)))))).))))))))..))),..,,,,}}}}}}}}},,.}}}}}}}}))),,,}))))))),.,|.|}}}}}|,,|,,,}|||},|||..,||{||}|{{.(((({.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,(((({{{|,...{((((((..((((((((..(((((((({....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((..,,,((({{{.(((,{{||,....,)),|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||.,}.,..}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,||....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{(({{.,,,..}}.,.},)))}))))))))}))))))))).))).))))))))......))})))))...))).)))))))).}))))))}}}||})}},||||,,.}))})}........))))))),......))))).
Back