Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364240.2
Sequence Length
2068 nt
GC Content
0.4289
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGGUAGCCAAAUGCUAGGAGGCAUGGGUUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-595.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -638.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 619.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((((.(((.((((((((.....(((((((.....(((((..((.(((..(((((((..((.((((((......(((.(((.((((((.(.(((..(((((...))))))))).)))))).))).)))..((((.(((((.((.......))..)))))...)))).......)))))).))..)))))))..(((((((((((..((.((.((....(((....((((((.(........).))))))(((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))))...)))....)).)).)))))))).)))))(((........)))((((..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....))))))))))))))))))).((((((..(((((((....)))))))..)))))).........((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((....)))...))))))))).)))))))).)).)))))(((((.......))))).((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).))(((((..((((((((((...(....)...))))).(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).)))))))((....))..((.(((((((((.(.((((((..(((((....))))).(((((...)))))..(((......)))..((((..((((.....))))..)))))))))).))))).))))).)).)))).)))).)))))))......(((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..)))..................((((((...))))))...........))))))))))...))))))))))))))).))).(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).))))))))...)).))))))))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,((((({({{{(((,.(((,{(((({(({..{{{(((((({{{.{(((.,..,,}|||..(((((((..((.((((((.{....(((.(((.,((({({{.(({,,{((,(,,,||}},,)))})))))}.))).)))..{({{.(((((,((......}))..)))))...}))}.....,,)))))).))..))))))).,((,{,,,||||,,||}||}|{.||.,|||.|}||}}}}}{{,,{{{,.{{{....}}}{((((({.{({(((({({........|||.(..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))}.||.||||}}}..)))))})||,|||||,...||.|||||}}}}}}.}}}}||||,,,,,...}}||{{{.,{(((((({{((((({..,((,(((({{,{({.,...,,,).))|(((({{{(((...})))),(((((((((...))))))))).((((((((({(,{.....,,((,....,((((({..,......,,{{{,,,..{{,,{{.,..,|.||}||...|||}}.,,},},,},,})))},,}},,}},}|{,.,,,,.||||||,...,,(({((((.((,((({{(,,(((({((,,...,...}}}|}}}.||||.}}..}).)})}.,))).})))))})},,.))))))}}}}}}}}}}),,}||||||}}||,||||}}},|||}},}.}))))}),,,,...,.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((....,)),..))))))))).))))).}}.}},},}}}|||||}}}}}}}}}}||.((.((((((.,(((((((.(.(((((((.{,........((((...((((((.,,..........,,.))))))..))))},))))))).).)))))))........,)))))).))||{{{...,||{}}}||||}||}.,,,,|}}}}|.(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).))).....,{{..,.......(((((((.((.....)).))))))){{....))..{(.{{{,||||(,(.((((((..(((((....))))).(((({...}))))..,{{.{{{.{{,,|,(((,,{((((.....)))).,)})))))},),},))))))))).)),)))).)))).)))))))||,,|}{({.{(({{{||{({{{||.|,|{.{(({({{...}})))),,))||}}|,,,..{||||{{|.,}|}|||}{{{{{|||.,,..,}}||}|||{,,,|{{|{{{|{((.(({{.{{.......,)},)))),})))))},))))))),},}}).............,,{{,{{,,....})))))).....||||.,||||||||||,,,|,||||,||},,,,},})),{((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{{......}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||,,}....}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......})})))))...))).)))))))).)))))))},,,})})}}}}}}))))},,}}...,,.,}}}}}}}..............
Back