Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364242.2
Sequence Length
2178 nt
GC Content
0.4275
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-623.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -667.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 635.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((((.(((.((((((((.....(((((((.....(((((..((.(((..(((((((..((.((((((......(((.(((.((((((.(.(((..(((((...))))))))).)))))).))).)))..((((.(((((.((.......))..)))))...)))).......)))))).))..)))))))..(((((((((((..((.((.((....(((....((((((.(........).))))))(((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))))...)))....)).)).)))))))).)))))(((........)))((((..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....))))))))))))))))))).((((((..(((((((....)))))))..)))))).........((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((....)))...))))))))).)))))))).)).)))))(((((.......))))).((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).))(((((..((((((((((((....((((.((((...(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).)))))))((....))(((((....))))).............(((((((.((.....)).)))))))((....))..((.(((((((((.(.((((((...........(((.((((((.((...)).))))))))).......((((..((((.....))))..)))))))))).))))).))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).(((....)))..(((((...)))))..........((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..)))).................((((((...))))))...........))))))))))...))))))))))))))).))).(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).))))))))...)).))))))))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((,((((((({.(((.{(((({(({,,{{((((((({{{.{(((,{..{{}|||..(((((((..((.((((((.{....(((.(((.,((({({{.(({,,{((,(,,,||}},,)))})))))}.))).)))..{({{.((((({((......}))..)))))...}}}}.....,,)))))).))..)))))))..(({({{(({{(..{{,|{.{(,{{,,|||.|||||||||{,.,|||..{{|,.,,)||{{((((|.{{{(((({({........|||.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},|{.|||||}}..)))))}))).|}))),...}}.}},)})))))).))))}{{{........}}}|{{{..(((((((((((((((...((.((((((.,({.{......).))(((((((((((...))))).(((((((((...))))))))),(((({((({.,,|.....,{||,....,((((((,,{,.....{{{,,...,,{{..{{....,}.}})),...))))}..}},}..},,)))))}}})..}}}}},.....,.))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).)))},}}..)).))))..})).})))))}}....)))))))))))))))}}},,|{{{{(.|{({((((...,))}})}},}))))}),,,,...{.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((....,)),..))))))))).))))),)},|||}}}}}{||||,,,.,,,}}}}}.((.((((((.,(((((((.(.(((((((.,,........((((...((((((.,,..........,,.))))))..)))),,))))))).).)))))))........,)))))).))(((((,.,{((((((((((....((((.((((,,.{((((((....((((.((((.(((.((((....)))).))).....,{{..........(((((((.((.....)).))))))){{...,|}{{{({,{,.|||||.............(((((((.((.....)).))))))){{..,.)),,||,|||,||||{{(.((((((......{{,..{{|,|{{{{{,{|...,},)))))}|||.{{,.{,(((.{{((((.....)))).}),)))})},),,.))))))))).)),)))).)))).))))))))))).))))...))))))).(((....))).,{({{{...,}}}}...,,},,..{(((.((({{{{{{((((((.{,{{.,((((((,..}})))).,}}{{||(,,...({(((({{..,|,{{{,,.,,,|||.}},..)))))))},,}}},||||||{((.((,,.,,....,.,}),}))))}.)))))).))))))))..))))............,,{{,{{,,,...})))))}.....,,,...))))})))))...|}||||}}}}}}}}}.})).{((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{{.....,}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||.,}.,..}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......))})))))...))).)))))))).)))))))}...}),))))))))))),,,,,.......,,,,,,...............
Back