Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364243.2
Sequence Length
2263 nt
GC Content
0.4397
AUUUCCUUUCCUCUACGCUGGCUCUCGGCCCGGGCCCCCACGGUUCGGGGCGCCGACAGCUGUUGCUCAGGACAGCUUUGGGGGUCCGGUCGCCGGACGAGGAGGUGUUGGAGUCGCCGGGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-678.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -724.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 685.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((..((((((((((((((...(((..((((((((..((((.(((((.((.(.(((((((......))))))).).)).)))(((((((.((((.(((((((.(((((.((((((.(..(.((((..((((...(((.((....(((......)))..)).)))..))))..)))).)..).))))))...))))).))))..))).)))).))..))))).((((.(((((.((.......))..)))))...))))......(((((((((((.((.((((..(((((((((((..((.((.((....(((....((((((.(........).))))))(((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))))...)))....)).)).)))))))).)))))....))))......((((..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....)))))))))))))))))))(((((((((((....((((((...(((((.((((.((.......((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((....)))...))))))))).)))))......)).))))))))).)))))))))))).((((....)))).....)))))...)).))))))...)))))((((.(..(((((..............((((((((....(((((..((((((.(((((...(((.(((((.((.((.((((.((.((((.((.((........))))...))))..)).)))).)).))(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).))))))))))))....)))))))).(((((((.(..(((.....)))..).))))))).)))))..)))))))))))..)))))))).))))))))))......)))))))..).)))(((.((....)).)))...((((...(((.((((..(((.(((((((((.(((....)))..(((((...)))))..........((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..)))).................((((((...))))))..................(((((((..(((...........)))(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).)))))))))))))))....))))))))))))......))))..))).......)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((({..((((((((((((((...(((..((((((((.{(((((((({(,((,(.{((((((......))))))}|},},,||||||..})))||{.,||,{{{||{{{{,(({(((.({,({({{{.,((({,..{{||||..(((((((..((.((((((.{,,..(((.(({.|{{{{{|{.{{||,,{{|{|,,||}}},)))})))))}.))).)))..{({(.(((((,((......,))..)))))...}))}.....,,)))))).))..))))))).,(({{,{{{|||.,||,||,||..,|||||,,{{{|{{{{{{,{{{{,,{{{.,..)||{(((((|.{{{(((({({........|||.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},||.|||||}}..)))))}))).,|}}},.,,||.}}|}}))))}).}}}||{{{........}}}}||{..((((((({{((((((...((.{((({(,{({.,...,,,).))|||{{{|{{||..,))))),(((((((((...))))))))),((((((((({{,{.....,,((,....,((((((..,......,,{{,...,,{{,,{{....,|.||}}|...}}}}}.,,},}..},,})))},}}}.,}},}|{,.,.,,.||||||,.....(((((((.((.((((((..(((((((,,.......))))))).)))}.}}..)).)))}.,))).})))))}),...))))))}}}}}})}}}),,|||||||||||,|||||||,|||}|||,||||||,||.....,.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((....,)),..))))))))).))))).},.,.,},})}|||||}}}}}}}}}}}},|,,(((,,,.}|||||||.|}|||||{|,,,.}},,...|(((|{{((,(,,{(({{...........,,,||{{{|||,..,||||||.{{||||,||{{{...{{{,|||||.||.|{.{{{,.||.||||,||,|||.,,||}})})),,.}}}}...,.}}||{||{||(((.((((....)))).))).....}}}..}}}}}...(((((((.((.....)).))))))).))))),))).))))))))))).},,,,.......(((((((.((.....)).)))))))||}}}.},.}}}}}}}},{((((({.(..(({.....)))..}.))}}})).}}}}}..)))))}}))))..)))))))).))))))))))......)))))))..}.)))(((.((....)).)))...((((...(((.((((..((,{(((((((((.(((....)))..(((({...})))}...,,|{{..((((.((((((({{((((((.(,{{.,(({((({..}})))).,}}(({{(,,...((((((((...{,{{{.,.,..|}},}}|..)))))))),}}},.|,||||(((.((.,.,....,}.,}).}))))}.)))))).))))))))..))))............,,,,,{{,,....})))))}.....,......,,,...||{{{{{.,(((.,{.....}}.)))|{{.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{{......}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||,,}....}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{.{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......})})))))...))).)))))))).)))))))}}}}}))}....))))))))))))......})))..))).......)))).
Back