Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364244.2
Sequence Length
2210 nt
GC Content
0.4294
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGGUGAGUCGCGGUGGGUCCUCGCUUGCAGUUCAGCGACCACGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-640.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -685.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 677.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((((.(((((.......))))).)))))))))(((.(((((((((((.((((.((((((.((((((((..(.((((..((((...(((.((....(((......)))..)).)))..))))..)))).)..))))))..(((.((((((....)))))).)))((((.(....((((.(((((.((.......))..)))))...))))...).))))....(((((..(((((....((.((.(((((((((..(((((.((.((((((((((.............((..((((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..))))))))).)..)))))))).))))))))))).)))(((((........))))).....)))))).))))..))))).))))).((((......))))..)).))))))..)))).)))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..))))).......))))))).)))((((((((((((.(((((.(.(((((((.........)))))))((((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((((.(((((((.((((((((((..(((((((....)))))))..)))))).........((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))....(((.((((....)))).)))...((.((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).)))).((((..((.(((((((....((((.((((...(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).)))))))(((.(((((.((.((..(((((.............(((((((.((.....)).)))))))....))))).)).))..))))).)))..(((((.((.(((.((..(.(((.((((((.....)))).)).))).)..))..)))))))..))).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).))...))))(((((.(((......))))))))...((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..))))............)))).))))))).)))..(((((.(((((((((((((((.((..((((..((.((((((..(((((...)))))..)))))).))))))..)).)))...........(((((....)))))..((((((.((....((...))....)).))))))......)))))))))))).)))))))))))))))))))))).)))))((......))..((((...(((((((((((.(......).))))).))))))...))))))))))))))).)))...((.((((.(((.......))))))).))((((((((((((((.((.((....)).)).)))))))).))))))..((((((..(((((((...((((((....)))))).....))))))))))))).)))))).))).)))))))))............((((((((.....((((...((((((.(((((((((.(((....(((((((.((((((((.((((.....)))).)))))))).......)))))))..))))))))))).((((..((((((((...))).))))).))))..).))))))...))))...)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((.(((((.(((((.......))))).))))))))}..((((({(((((((,{{,({(((((((((((((((..(.((((..((((...(((.((....(((.....,)))..)).)))..))))..)))).)..))))))......,,(((,(((((({(((((||(((.({((.,((((.(((((,((......,))..)))))...}))}...,.})})|...{{{....,{{{{.{{{...,,,}}}}}))))))))},}.)))))).))}.}))))))))...,,{....}||(((((((.((((((({({........{{(.(,.{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))}.,,.)))))))..)))))))))..,))...)))))))}((((..(({{,.(((((........))))),.}}))}}},.)))),{((((.((,{(((.((((......))))..,)))})).)))))|((((((((((((((((...))))))))).(((((((({{({(,,,.,,{((,....}|{(((,..,......,,((({{{..{({{((.{,{,{.{{|{{...|||,,.,}|,||{|,,||))|..,||||,.,{{{,{{|,.(((((((...{((({{,{{(((((((,{({(((((,(({{,.,,...},|||||.((({,{,..,|,|,|,.}}||.||},}||}}}},))}|||,,,...,,,,}.,|||||||}}||.}}}}}}}{{{|,,,,,}}}}||}||,,...,.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).}...,|,.|}}}))))))))))),,,||.((.((((((.,(((((((.{.{((((((.,,........((((...((((((.,...........,,.))))))..)))),.))))))}.}.)))))))........,)))))).))}),|,,{..||.||||}||}}}}((((.((((,,.,{(((((....{(((.((((.(((.((((....)))).))).....,,,..........(((((((.((.....)).))))))){{|.,{|||.{(.((||(((({.,,..,.......(((((((.((.....)).))))))){{{.}||||.}}.}}..))))}.)))..{(({{{{{.(((.((,.({(((.||((((.....)))).}),)))})}.))..)))}))),}})).)))).)))}.))))))))))).)))){{{|||||||.(({....))).,{({({...}}}}}..,,,||,..((((.((((((({{((((((.(,{{.,(({((({..}})))).,}}(({{(,,...((((((((...{,{{{......}}},}}}..)))))))),}}}}.,,||||{((.((,,.,,...,}.,}).}))))}.)))))).))))))))..))))...........,,,{,,,||,,,..})))}}|,|,,,|||,.,,,|||,,|||{|{{.,{{{,{{,,...|},||}|{{.(((({.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...{((((({({{{((({{{|,,,.{((((((..((((((((..(((((((({...,{{{,{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((.,,,,((({{{.(({,||||,..,.,)),|,||})||..}}}))))))))........)))))))}}}}}}|{(((({....}))))||{{{(({..,.{{||,.,}.,,.}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)),,))))),..,||....}|||,,,(((((((({......,))))))))...|||{{,{(({((({{.,,...||.,.},}))}))))))}}}))))))))}.))).))))))))......))})))))...))).)))))))).}))))))}}}}}))},.,,)}))}))))).........)))))))}......))))).
Back