Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364247.2
Sequence Length
2139 nt
GC Content
0.4259
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGGUUGGAAAUCGUGCCAAAUGGGAUAACAUUGCCGGUGGACUUCCAGGGGAGGAGUACGGGGGAGGCCUUCGUGCAGUUUGCUUCACAGGAAAUAGCUGAAAAGGCUCUAAAGAAACACAAGGAAAGAAUAGGGCACAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-614.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -656.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 569.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((((.(((.((((((((.....(((((((.....(((((..((.(((..(((((((..((.((((((......(((.(((.((((((.(.(((..(((((...))))))))).)))))).))).)))..((((.(((((.((.......))..)))))...)))).......)))))).))..)))))))..(((((((((((..((.((.((....(((....((((((.(........).))))))(((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..)))))))))...)))....)).)).)))))))).)))))(((........)))((((..(((((((((((((((...((.((((((..((.(......).))(((((((((((...))))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..)))))........))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).))).)))..)).))))..))).))))))))....))))))))))))))))))).((((((..(((((((....)))))))..)))))).........((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))))).)).)))))(((((.......))))).((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).))(((((..((((((((((((....((((.((((...(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).)))))))((....))..((.(((((((((.(.((((((...........(((.((((((.((...)).))))))))).......((((..((((.....))))..)))))))))).))))).))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).(((....)))..(((((...)))))..........((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..)))).................((((((...))))))...........))))))))))...))))))))))))))).))).(((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...((((((((((.((((((.....(((((((..((((((((..(((((((((........((((....)))).........)))))))))....))))).)))....(((((.....((((((.((((((((......))))...))))..)))))))))))........)))))))))))))(((((((....)))))))((((((......))))))......(((((((((((((((((((((..(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)).)))))).........))))))).(((((((((......)))))))))...(((((.(((..((........))...)))))))))))).))))))))))).))).))))))))......)).)))))...))).)))))))).))))))))...)).))))))))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((,((((((({.(((.,(((({(({,,{{((((((({{{.{(((,{..{{||||..(((((((..((.((((((.{....(((.(((.,((({({{.(({,,{((,(,,,||}},,)))})))))}.))).)))..{({{.((((({((......}))..)))))...}}}}.....,,)))))).))..)))))))..(((((((((((..{{.{{.{(,{{,{{{|.{|{||||||{,.,|||..{{|,..,)||{{((((|.{{{(((({({........|||.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))},|{.|||||}}..)))))}))).|}))),...}).)},)})))))).))))){{{........}}}|{{{..(((((((((((((((...((.((((((..((.{......).))(((((((((((...))))).(((((((((...))))))))),(((((((((,,,|.....,{||,....,((((((,,{,.....{{{,,...,,{{..{{....,}.}})),...))))}..}},}..},,)))))})))..))}}},.....,.))))))......(((((((.((.((((((..(((((((.........))))))).)))},)}..)).))))..))).})))))}}....)))))))))))))))})},,||{||{.|{({((((....))}}))},,))))}),,,,...{.((((((((....)))))))),.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))),)},|||}}}}}{|{||,,,.,,,}}}||.((.((((((.,(((((((.(.(((((((.{,........((((...((((((.,,..........,,.))))))..))))},))))))).).)))))))........,)))))).))(((((,.,(((((((((((....((((.((((,,.{((((((....((((.((((.(((.((((....)))).))).....,{{..........(((((((.((.....)).))))))){{....))..((.{{{{{||{(,(.((((((......,,,..(((.{{{{{{,{|,..,|,}}}}}}|||.{,,.{,(((,||((((.....)))).,)}))))))}).}}))))))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).(((....))).,{({({...,}}}}...,,,,,..{(((.((({{{{{{((((((.{,{{.,((((((,..}})))).,}}{{||(,,...({({({{{..,|,{{{,,.,,,|||.}},..)))})))},,}}},||||||{((.((,,.,,....,.,}),}))))}.)))))).))))))))..))))............,,{{,{{,,....})))))}.....,,,...))))})))))...|}|||}}}}}}}}}}.})).{((.(((((.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...(((((((({,((((({{|,...{((((((..((((((((..(((((((((....{{{{{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((....,((({{{.(((,{{{{......}},|,|||}||..}}}))})))))........)))))))))}}}}|((((((....))))))|{{{{{{..,.{{|||,,}.,..}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))})))....)),}))))),..,|,....}}}||,,(((((((({......}))))))))...|||{{,{((,{((,,.,,,..}}...},)))})))))))))))))))))).))).))))))))......})})))))...))).)))))))).))))))))...}),))))))))))),.,,,.......,,,,.,...............
Back