Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364254.2
Sequence Length
2060 nt
GC Content
0.4214
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUUGUUUCGACGCCGGACCGCGUAAGAGACGAUGAUGUUGGGCACGGAAGGUGGAGAGGGAUUCGUGGUGAAGGUCCGGGGCUUGCCCUGGUCUUGCUCGGCCGAUGAAGUGCAGAGGUUUUUUUCUGACUGCAAAAUUCAAAAUGGGGCUCAAGGUAUUCGUUUCAUCUACACCAGAGAAGGCAGACCAAGUGGCGAGGCUUUUGUUGAACUUGAAUCAGAAGAUGAAGUCAAAUUGGCCCUGAAAAAAGACAGAGAAACUAUGGGACACAGAUAUGUUGAAGUAUUCAAGUCAAACAACGUUGAAAUGGAUUGGGUGUUGAAGCAUACUGGUCCAAAUAGUCCUGACACGGCCAAUGAUGGCUUUGUACGGCUUAGAGGACUUCCCUUUGGAUGUAGCAAGGAAGAAAUUGUUCAGUUCUUCUCAGGUAUAUUGAAAUCUUUAAGAGCAGUAGAGCUGAAGUUAGAACUCAUUAUGAUCCACCACGAAAGCUUAUGGCCAUGCAGCGGCCAGGUCCUUAUGACAGACCUGGGGCUGGUAGAGGGUAUAACAGCAUUGGCAGAGGAGCUGGCUUUGAGAGGAUGAGGCGUGGUGCUUAUGGUGGAGGCUAUGGAGGCUAUGAUGAUUACAAUGGCUAUAAUGAUGGCUAUGGAUUUGGGUCAGAUAGAUUUGGAAGAGACCUCAAUUACUGUUUUUCAGGAAUGUCUGAUCACAGAUACGGGGAUGGUGGCUCUACUUUCCAGAGCACAACAGGACACUGUGUACACAUGCGGGGAUUACCUUACAGAGCUACUGAGAAUGACAUUUAUAAUUUUUUUUCACCGCUCAACCCUGUGAGAGUACACAUUGAAAUUGGUCCUGAUGGCAGAGUAACUGGUGAAGCAGAUGUCGAGUUCGCAACUCAUGAAGAUGCUGUGGCAGCUAUGUCAAAAGACAAAGCAAAUAUGCAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUACGAACACAGAUAUGUAGAACUCUUCUUGAAUUCUACAGCAGGAGCAAGCGGUGGUGCUUAUGGUAGCCAAAUGAUGGGAGGCAUGGGCUUGUCAAACCAGUCCAGCUACGGGGGCCCAGCCAGCCAGCAGCUGAGUGGGGGUUACGGAGGCGGCUACGGUGGCCAGAGCAGCAUGAGUGGAUACGACCAAGUUUUACAGGAAAACUCCAGUGAUUUUCAAUCAAACAUUGCAUAGGUAACCAAGGAGCAGUGAACAGCAGCUACUACAGUAGUGGAAGCCGUGCAUCUAUGGGCGUGAACGGAAUGGGAGGGUUGUCUAGCAUGUCCAGUAUGAGUGGUGGAUGGGGAAUGUAAUUGAUCGAUCCUGAUCACUGACUCUUGGUCAACCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUAAGAAAACUUCAGUUUAACAGUUUCUGCAAUACAAGCUUGUGAUUUAUGCUUACUCUAAGUGGAAAUCAGGAUUGUUAUGAAGACUUAAGGCCCAGUAUUUUUGAAUACAAUACUCAUCUAGGAUGUAACAGUGAAGCUGAGUAAACUAUAACUGUUAAACUUAAGUUCCAGCUUUUCUCAAGUUAGUUAUAGGAUGUACUUAAGCAGUAAGCGUAUUUAGGUAAAAGCAGUUGAAUUAUGUUAAAUGUUGCCCUUUGCCACGUUAAAUUGAACACUGUUUUGGAUGCAUGUUGAAAGACAUGCUUUUAUUUUUUUGUAAAACAAUAUAGGAGCUGUGUCUACUAUUAAAAGUGAAACAUUUUGGCAUGUUUGUUAAUUCUAGUUUCAUUUAAUAACCUGUAAGGCACGUAAGUUUAAGCUUUUUUUUUUUUUAAGUUAAUGGGAAAAAUUUGAGACGCAAUACCAAUACUUAGGAUUUUGGUCUUGGUGUUUGUAUGAAAUUCUGAGGCCUUGAUUUAAAUCUUUCAUUGUAUUGUGAUUUCCUUUUAGGUAUAUUGCGCUAAGUGAAACUUGUCAAAUAAAUCCUCCUUUUAAAAACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-586.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -628.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 784.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(((((((((((.......)))))......(((((((.((((......))))..)))))))(((((.(((((((((..((((...((.....(((((((((((.((((((....))))))..(((((((((...((.(((.((((((....))))))))).))..((((((((..(((((..((((.(((((..(((((((...((((.(((((....((((.(((((.(((.(((((..((((.(((.((((..((((((.....(((((((........)))....(((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..)))))....(((.(((((....))))).)))..)))).....)))))).)))).)))....))))..((((((((((..((((((...((((........))))..))))))....(((((((((((((((((.......((((((((.....((((.(((((((..(((.(((..((((((((..(((..(((.(((((((...((((....((((.((......)).))))((((((.((((((...(((((((((((....((((((...(((((.((((.((.......((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))......)).))))))))).)))))))))))).((((....)))).....)))))....))..)))).)))))).((((.(..(((((..............((((((((....(((((..((((((.(((((...(((.(((((.((.((.((((.((.((((.((.((........))))...))))..)).)))).)).))(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).))))))).))))).))).))))))))))).............(((((((.((.....)).))))))))))))....)))))))).(((((((.(..(((.....)))..).))))))).)))))..)))))((......))..)))).)))))))..)))))).))))))...))...))).)))...)))))))))))....)).)))))).......)))))))..(((....)))..(((((...)))))..........((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..))))..................(((((...))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))).)))).))))).))))..))))).........))..))))).))))..))))).....))))))))....((((((((...))))....))))..)))))))))....((((((((..((((((((....((((((((.((((..(((....)))..)))).)).)).))))..))))))))...))))))))..................))))))))))).....))...))))....((((.(((((((....))))))).))))..((((((((......))))))))))))))))).))))).(((((((((...((((((....)))))).....)))))))))(((((((((.((((..............(((...(((((((((......)))))))))...))).((((((((.(((....(((((((.((((((((.((((.....)))).)))))))).......)))))))..)))))))))))....)))).))))).))))..))))))))))).................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,{((((,((({(({,,(({{,,,((.((({{(({({(((((((.((((......))))..|||||||..{{.||||||}|}|,.{{{,(((,{((({((({((({,{((.({((({,,..))))))}))}.|||.|||..{{{{,({(((|((....,,|))..))})}...||||....,||||||}|,||..|||||||.{((....,||||,}||}}}}|{.||.,}|}.|}||}}}|||,..,,|,.{{|,.,,}||{((((({.{({(((({({........||{.{..{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))}.||.}}||}}}..)))))})}|,||||||,||||.,,,}})))|}||||||}{.,|||||||,|,....{{||||}||,{|.|,||||{,..{{{...}}},|}|||,|{||||,|,,||||||......,{{{|||||}},,,(((({(((((,(({((,,,(((((((,........))))))}((((((({{{(((({,,,{{((.(({,{{{{{{{{{(((((({(,(((({,,,,{(((((({((({{({({,,,|||||||,{|||||,{{.....,.((((((((....))))))))|.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).}..,,|}{|||||||}}}},}}}}}}||,|,,(((,,,.}|||{{{{.|,|||{{{{.,..}}},.,}||||,,,|({({{,{,.........,,,.}},|||{{|||,..}||||||.|{||||,||{{{...,{{,|||||.||,|{{(((,.((.((((,((.,,.{{{{.{{||}}.,|||||,..,.||||.||{|,(((.((((....)))).))).....|,,..........(((((((.((.....)).))))))).}}}}},)}},|}}}}}))))}.............(((((((.((.....)).)))))))||,}}.},.})))))),,|||((({{({{((,.....||}..|,|}||||||,|},,.})}))))),|||.{{,.{,(((.{{((((.....)))).)),))),),.)}..))),))),).))})))).))),.)}))})))))).}},}..,)))))}}.{{{..,,))}.,{({({...,}}}}..|||||,..{(({.{{{{{{{,|({{{{{.{,,|,|(({(({|.,}}})}}.})}|||||,,...{{{|{{{{..,|||||,,,,,,|||.}},.,)}}|}}}|,,}}|,||||||{((.((,{.,,....,.,}),,)))),,)))))).)))))))},.})))............,,{{,|{|,,,..}))))}|{{|.{{{{{{{(((({|||{{,.{{,,({{{{.{{{{{|.,|||((,.,||||}{{||||||.|((||,.(({{{{{.({{{(({{{((,((({{...|{|{{|||||{{{{||||.,},||||||{.,|||{{|||..{{{{|||||}},}|||.||||.,,,)))),,}},}}}})})))))}}....})))},|||,...{(((({{{{{({(,,,.{{|.||||}..}}})).,.}}))})}})))))))})))...,{.{,||}|||,,,,,,.|||||||.,.{|||||||((((((.,,.{{{,..,}.},.)))))))}.||||||,,(((({,,{(((((((...((((((....)))))).....))))))))))))).,}}))}.))),))}}}}}},..,||{...(((((((({......}))))))))...|||{({(((((({{{,....{{{{{{|.|||||||||}|||},,,,)))}.)))})))),,)),,.,,,)))),})),,,)))}))}})))),}))}}}|,,,,})})}}}}}})))),,,,,....,...,}},}}.,,...........
Back