Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364592.2
Sequence Length
4908 nt
GC Content
0.4285
GCAGGCUCCGGCUUCCGUCCCGGACAGAGCCCGUGGUCGCGCAGGUUCUGAAUGAUGACUGACGCGGGUUUGGGUGAUACCCCUCACAGCCCCUGUCAUUCCGGAGUCAUAAGGCACCCGCGCGUCUAGCCCCAGCGCCAGGGCACGCGAGCGGCGCUGGAGGGAGGAAAGCUUCCGCCUGCGGGCCGGACAAAAGUCCCGCCUGCCCACGGCUUUUUGCCCGCCGCUCGUGACCGAGACGCCUCGCCGCGGCCAGCUCGCUGCUCUCGCUGGCGGAUGGUGUGUGGCCGCCGCAGGACGCCCGCCGUGCCCGGGCCAUGAAGUAGCGGCUGCUGGCGGCGCCGCUGCCCAACCGCCAGCCCCAGCCCCGCGCUGCGCUGCCCGGUCCUCUCCCGGCGGGGUCGUAUCGGCGUGGACAUGGCUGGCCGCGUCCCUAGCCUGCUAGUUCUCCUUGUUUUUCCAAGCAGCUGUUUGGCUUUCCGAAGCCCACUUUCUGUCUUUAAGAGGUUUAAAGAAACUACCAGACCAUUUUCCAAUGAAUGUCUUGGUACCACCAGACCCGUAGUUCCUAUUGAUUCAUCAGAUUUUGCAUUGGAUAUUCGCAUGCCUGGGGUUACACCUAAACAGUCCGAUACAUACUUCUGCAUGUCUAUGCGAAUACCAGUGGAUGAGGAAGCCUUCGUGAUUGACUUCAAGCCUCGAGCCAGCAUGGAUACUGUCCAUCACAUGUUACUUUUUGGAUGCAAUAUGCCUUCAUCCACUGGAAGUUACUGGUUUUGUGAUGAAGGAACCUGUACAGAUAAAGCCAAUAUUCUGUAUGCCUGGGCGAGAAAUGCUCCCCCUACCCGGCUCCCCAAAGGUGUUGGAUUCAGAGUUGGAGGAGAGACUGGAAGUAAAUACUUUGUACUACAGGUACACUAUGGGGAUAUUAGUGCUUUUAGAGAUAAUAACAAGGACUGUUCUGGUGUGUCCUUACACCUCACACGUCUGCCACAGCCUUUAAUUGCUGGCAUGUACCUUAUGAUGUCUGUUGACACUGUUAUCCCAGCAGGAGAAAAAGUGGUGAAUUCUGACAUUUCAUGCCAUUAUAAAAAUUAUCCAAUGCAUGUCUUUGCCUAUAGAGUUCACACUCACCAUUUAGGUAAGGUAGUAAGUGGAUACAGAGUAAGAAAUGGACAGUGGACACUGAUUGGACGGCAGAGCCCUCAGCUGCCACAGGCUUUCUACCCUGUGGGGCAUCCAGUUGAUGUAAGUUUUGGUGACCUACUGGCUGCAAGAUGUGUAUUCACUGGUGAAGGAAGGACAGAAGCCACACACAUUGGUGGCACGUCUAGUGAUGAAAUGUGCAACUUAUACAUUAUGUAUUACAUGGAAGCCAAGCAUGCAGUUUCUUUCAUGACCUGUACCCAGAAUGUAGCUCCAGAUAUGUUCAGAACCAUACCACCAGAGGCCAACAUUCCAAUUCCCGUGAAGUCUGAUAUGGUUAUGAUGCAUGAACAUCAUAAAGAAACAGAAUAUAAAGAUAAGAUUCCUUUACUACAGCAGCCAAAACGAGAAGAAGAAGAAGUGUUAGACCAGGCUAGAAGAGAAGAUAUGAAAUGUUUCCAGUGCAAAGAAAUGAUAAGUGUUCAAGAUUUCCACAUGGAAGAGGCACUGGAUUGGCCUGGAGUAUACUUGUUACCAGGCCAGGUUUCUGGGGUGGCUCUAGACCCUAAGAAUAACCUGGUGAUUUUCCACAGAGGUGACCAUGUCUGGGAUGGAAACUCGUUUGACAGCAAGUUUGUUUACCAGCAAAUAGGACUCGGACCAAUUGAAGAAGACACUAUUCUUGUCAUAGAUCCAAAUAAUGCUGCAGUACUCCAGUCCAGUGGAAAAAAUCUGUUUUACUUGCCACAUGGCUUGAGUAUAGAUAAAGAUGGGAAUUAUUGGGUCACAGACGUGGCUCUCCAUCAGGUGUUCAAACUGGAUCCAAACAAUAAAGAAGGCCCUGUAUUAAUCCUGGGAAGGAGCAUGCAACCAGGCAGUGACCAGAAUCACUUCUGUCAACCCACUGAUGUGGCUGUGGAUCCAGGCACUGGAGCCAUUUAUGUAUCAGAUGGUUACUGCAACAGCAGGAUUGUGCAGUUUUCACCAAGUGGAAAGUUCAUCACACAGUGGGGAGAAGAGUCUUCAGGGAGCAGUCCUCUGCCAGGCCAGUUCACUGUUCCUCACAGCUUGGCUCUUGUGCCUCUUUUGGGCCAAUUAUGUGUGGCAGACCGGGAAAAUGGUCGGAUCCAGUGUUUUAAAACUGACACCAAAGAAUUUGUGAGAGAGAUUAAGCAUUCAUCAUUUGGAAGAAAUGUAUUUGCAAUUUCAUAUAUACCAGGCUUGCUCUUUGCAGUGAAUGGGAAGCCUCAUUUUGGGGACCAAGAACCUGUACAAGGAUUUGUGAUGAACUUUUCCAAUGGGGAAAUUAUAGACAUCUUCAAGCCAGUGCGCAAGCACUUUGAUAUGCCUCAUGAUAUUGUUGCAUCUGAAGAUGGGACUGUGUACAUUGGAGAUGCUCAUACCAACACCGUGUGGAAGUUCACCUUGACUGAGAAAUUGGAACAUCGAUCAGUUAAAAAGGCUGGCAUUGAGGUCCAGGAAAUCAAAGAUUCUGAACACAAACUCGAGACGAGUUCAGGAAGAGUACUGGGAAGAUUUAGAGGAAAGGGAAGUGGAGGCUUAAACCUUGGUAAUUUCUUUGCAAGCCGUAAGGGCUACAGUCGAAAAGGGUUUGACCGGCUUAGCACUGAGGGCAGUGACCAAGAGAAAGAGGAUGAUGGAAGUGAAUCAGAAGAGGAGUAUUCAGCACCUCUGCCUGCGCUCGCACCUUCCUCCUCCUGAAAACCAAGCUUUGAUUUAGAUUGAGUAAGAUUUACCCAGAAUGUCAGAUUCCUUUCCCUUUAGCACGUUUAAAGUUCUGUGUAUUUAAUUGUAAACUGUACUAGUCUGUGUGGGACUGUACACACUUUAUUUACUUCGUUUUGGUUAAGUUGGCUUCUGUUUCUAGUUGAGGAGUUUCCUAAAAGUUCAUAACAGUGCCAUUGUCUUUAUAUGAACAUAGACUAGAGAAACCGUCCUCUUUUUCCAUCAUAAUUCUAAUCUAACAAUGGAAGAUUUGCCCAUUUACACUUUUGAGACUUUUUGGUGGAUGUAAAUAACCCCAUUCUUUGCUUGAACACAGUAUUUUCCCAAUAGCACUUUCAUUGCCAGUGUCUUUCUUUGGUGCCUUUCCUGUUCAGCAUUCUUAGCCUGUGGCAGUAAAGAGAAACUUUGUGCUACAUGACGACAAAGCUGCUAAAUCUCCUAUUUUUUUAAAAUCACUAACAUUAUAUUGCAAUGAAGGAAAUAAAAAAGUCUCUAUUUAAAUUCUUUUUUAAAUUUUCUUCAGUUGGUGUGUUUUUGGGAUGUCUUAUUUUUAGAUGGUUACACUGUUAGAACACUAUUUUCAGAAUCUGAAUGUAAUUUGUGUAAUAAAGUGUUUUCAGAGCAUUAGCUGUCAGUGUAUUUUCCAGUUUUUGCGUAUUUGCAGAUUUUACAUACAACUUUUAUAAUAAUUACACAAACCCACAAAUAUUAGUGAAACUUACUCGAUGUCUUCAACUAAAAGAAAUGUGUGUAUUGUACAAAAUUUAGAAGAUACUUUAGCCAAUAUAAAUUAAAAACCAGCCUGAGUUUACAUAAAUUUGUAAAGUCAGGCUCUUCUAAAAUCCAAAGAGGGUUUUUGCCUAUAUAUCAAUCAGAGGAUAAAUACUUUAAUAAAAGGUAAUCACAGCUAAGUGGAUACCUGUGUCUCAAAUUACAUAUGCAAAUGAUCCAUCAGUAGGGAUCACUAAUAAUAGUUUUCCUUUUAAAAAAUAAUUUCAGGGCAGGUACAGUGGCUCAAGCCUAUACUUCCAGGACUUUGGGAGGCCAAGCAGAAGGAUUGUGGGAGGCCAAGCAGAAGGAUUGUUUGAGCCCAGAAAUUCAAGGCUGCAGUGAGCUAUGAUCAAUCCACUGUACUCCAGCCUAGGCUACAGAGUGAGAUCCUUUCUCUAAAAUAAAAUACAAUUUCCAUGUAUCCAUAGGAAUAUAUUCAUCUUUUACAGUGAUUGCAGAUUAGUUUUAAAACGUCUUUUUCGUAAUUCGUCAAUGCAAGUUAGUAAGAACCAGAUAAUUUUCCAUUUUAAAAUGAUAGGAAUCUAAAACUCUUUUUCAAAAAUGCCAACCUGUUUUUCCGGCAUCAUAGUAGUUGGAAUAAUACAGAUAUAAUUGACUAAUCAUAAAGUACAUGAGAGUACAGAAGGGAAAUUUGGAAACGGUAAGUCUGCUAGGGCAUUACAAUCCUGUCCUAGCACUCCACCUUUAUUCUGCCAACCUGGGUUAAUUAAAGAUGGUAGCCUGGAAAGUAAUGAAUGACAUUGACUUCAGGCAAUCUUUCCACUGAUUAUUCUUGGCUGAACUUCAUUUAUCGAGUCAGAGAAUGCACUGCCUGAGAAAUGUCCCAGAGGAGUGAAUCCUAGGCCUGGCCACAGUAGAAUCGCCUGGAGAAUUUAAGAAAAAAAUUGUUGGGCACUCACUCUUUCCAGUGAUCUUUAUUUAGUUGGCUUACAAUGGAAUACAGGUAUGGUUCAUGUUUUUAAAUUUGUCCAGGUGUUUCUAUUGUGCAGUCACAGUUGAAAACCAUUGUCUUCGAGAAUAGCUAUUCUAUCUUGCCAGUUACAAUAAGUGGAUAGCUAUAUUUUCACAUAAAUUAUAGUUUACAGAUGUUUGGAGGGGGAAGACAGGAUCUGAGGUGUUUUGAUAUGACUGUUAGCACCAAAAUCUGAAUGCCUUAAUUGUUGAAUGUGUUAAAUUGGAUAAUUAAAAUGGGCAUAAAUGACUUAUUAAAAAAGCAAAGGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1464.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1562.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 1242.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((..((((((((...))))...))))..(((.(((((.(((.((..(((((..((((((.(((((((((........)))).))))).)))))....)..)))))..)).))).))))).)))((((........)))).(((((((((((..((.(((((.....))))).)).((((((.((((....)))).))))))....(((.....))))))))))))))..((((....)))).(((((((((((.((((.....((((((((.(((...((((((...(((.(........).)))...))))))...((((((((.(((...)))))))))))))).))))))))..)))).((((((((.((.((((.(((.......))).)))).))..))))))))....))))))))))).....)))))))...((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((.......((((((((((((((.....))))))....((((((((.((((......))))))).))))).(((.(((((.(((((((.(((.(((....((((...((.(((((((.......((..((((......))))..))))))))).))....))))...))).))).)))).(((((((((((((.((..((((((.(((.(((........))).)))))))))..))(((((...............)))))(((...))))))))))))))))....))).))))).)))....(((....((((((((............)))))))))))(((.(((.....))).))).....((((.(((((((.(((((((((.((((((((((((((((..((((((....))).((((((...))))))(((((((((((.(((((....((((.((.((((...(((((((...((((((....))))))..))).))))((((..((........)))))).......)))).)).))))....))))).))))))..(((((..............))))).((((((.(((............((((((....((..(((((((((..((((....))))......)))))))))..))...))))))....))).))))))((((((((.(((((..(((((((..((((((((((((((((((((........))))))).(((((.....)))))..((((((..(((.(((((((((((...((.((((....(.((((((((((.......(((((........))))).((((....)))).((((((.......)))))).(((((....(((...)))...))))).)))))))))).)...)))).))...))))))..))).)).)))))))))........(((((((((((............((((((((((......((((((((......)))))))).....)))).................))))))......(((((((((((..((.(((.((((((((((((((((((((.(.((........((((.((((((((((.............(((((((.(((((((((((((....((((((((((((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((((........))))).)))..))))))).((.((((((((((.((....)).))))...)))))).))(((((.(((((.(((((((....))))))).(((((..(((......(((((.......))))))))..)).)))......)))))))).)).)))))))))))................((((((((.((((((((...........((((((.......(((((((....)))))))))))))(((((((....(((((((((.............(((.(((((...((((....))))..)))))....)))..((((.((((....))))))))..((((....))))...)))))))))((((...((((((((.......)))))))).((((....))))....))))(((((((.(((..((((((((((((((((....(((.(.(((((((....(((((((((...(((......)))...)))))))))........))))))).).))).((((((((((........)))).(((((......)))))((...((((........))))...))...............((((((..(((.....(((((.....)))))....))))))))).......(((..(((((.....)))).)..)))....(((((...))))).)))))).(((.....)))...)))))))))).)))))).))))))))))...)))))))))))))))))).))))).....((((((..((.(((((((.(((.((((....)))).))).)))).))).))..))).)))..))....))))))))))))).........(((....(((((.(.((((((((((.....)))))..))))).))))))....))).......))))))).((((((...))))))........)))))))))).)))).....(((((((((.(((..((.....((.(((((..((((.((.((((.....)))).(((((....((((((((..........(((((....)))))..((.(((...(((((.(.((..((((...(((.(((((.((.....)).)))))..)))))))..)).).)))))))).)).....))))))))......))))).)))))).))))).))......))..)))))))))))).(((((..........))))).............)).).)))))))).))....)))...))))))).))).)))))))))))))..)))))))))))....))))))))).)))))).....)))))...)))))))))))))..........))))).............)))..))))))).)).))))))))))))))))(((((..((((((...........((((((((((((((((.((((((((.(((((...((((((.......(((((....((((((((((((((((((.(((((.((.((((((((.((((....(((...........))).....)))).)))))))).)).))).))...)))).....))).)))))................(((..(((((((............(((((((((((((((((..............))))))))..))))))))))))))))..))))))))).((((.......))))......)))))(((....)))..(((((...)))))..((((((((((..((((((((((((...(((..(((((.............)))))..))).....(((((....((((((((.((((((.................(((........)))..........((.....))...))))))...))))))))))))).........))))))))))))....))))))))))......(((((((.((((((......)))))).)))))))...........))))))))))).)).....)))))).)))))))).................(((((.((((......)))).)))))..))))))))........))))))..)))))....(((((..((((....))))..))))).............((..((.(((((....(((....)))..)))))))..))))))))).))))..))))))))....)))))))))))))))..........((((((..((...))..)))).))((((((((((((...((.((((((((((((((((((....(((((.(((((((.((..((((((...(((((.......))))).....((((.((..((...((((((.....((((((((.((((.....(((.......))))))).)))..)))))....))))))....))..)).))))))))))....)).))).))))...))))).................((((..(((((((.........)))))))....)))).......(((((.........(((.((((.(((.(((..((((((((((((((.(((.....((((((((((.........))))))))))..(((.(((((....(((......)))....))))).)))..(((((((...(((((.....)))))..))))))).)))))))))..)))..)))))..))).))))))).)))..))))).......((((.((((.((....)).))).).))))...)))))).)))).((((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((...((((......))))((((.(((((.((((.....)))).))))).))))...)))))..))))))))))).)))))))).)))))))))).))).))))).))..............((((((((((((((...((((..........)))).))))))))))..))))......))))))))))))...)))))))))))).))).((((......(((((..(((((....))))))))))....)))).((((((((((((((.(((.......))).))))))))....))))))...((.(((.......)))))..))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((..((((((((...})))..,)))).,(((.(((((.(((.((..(((((..((((((.((((({(((.,....,})})).))))).)))))....)..)))))..)).))).))))).)))((((........)))).(((((((((((..((.(((((.....))))).)).((((((.((((....)))).))))))....(((.....))))))))))))))..((((....)))).(((((((((((.((((.....((((((((.(((.{((((({{(((((,({..(,{{({{{{{|...,)}}))}..,,,||}}},|)}.}))))))))).))))).))))))))..)))).((((((((.((.((((.(,(.......))).)))).))..))))))))....))))))))))).....)))))))...(((((.((((((((((((((....)))))).((((((((...,.((((((((((((({{.,,{||},}},...(((((((,{((((......)))))))}})))).....,|,....{{((((((((({,..,.....{{{(((.{,((({((((((((((..((((......))))..||,...{{.,,,....,}.).,))).))))))))))(((((((((((((..{,.{(((,(.(((.,,,|}}....,))}..,||{{{|{{...|||||}..|||||,.,....}}}},|||,,,))}))))))))))))){(((((((((((({..((((({({{{.,((({.,,|.,,,,.....((((((((.(((((((({{(,.,,,.{((((....((((((((((((...((,,,....}},..}))).))})...)))}({({....}}}}((((((...)))))}.,..))))|||,{(((.((({((.......}}}.})).))}|,...((((((....))))))..,,,.((((.(((((((((({...(((((((.{((((({..,.,{(((....)))){{{,|.,,,}}}}}},,,...,(((((((..{(((((((......((((({.{({{{,,((((((.{,,{(,.(((((((((..((((....))))......))))))))),.))..,)))))).,{{{{{{{,{{{(((((((((.(((((..((((({{.,((((((((((((((((((((........))))))).(((((.....)))))..(((((({.{((.{{(((((((((...((.((((....{.(((((((({{{{{....(((((.{....,}))))).{|||,.{{||||.((((((.......)))))}.,,|}},}|.{{|,.,|,,.|,.},},,}))))))))).}...)))).))...)))))}.,))).)).)))))))))........(((((((((((............{{{{{{((((......((((((((......)))))))).....))))...,,,,{,......,.)))))}......((((((((((({.{(.(((.(((((((((((({{{(((((.{.{{........((((.((((((((((.............(((((((.(((((((((((((..((((((((((((((({(((((({(....||}}.)))))(((((((((((((((........))))),})),.,)))))),((.((((((((((.((....)).))))...)))))).)){{{((.(((({.(((((({....})))))).(((((..(((......(((((.......))))))))..)).)))......)))))))).}}.))))))))))|......,||,.,..,.((((((((.((((((((,..........((((((.......(((((((....))))))))))))),((((({....(((((((({.............(((.(((((...((((....))))..)))))....))).,(((,,((({....)))))))}..((((....))))..,)))))))))||||,..((((((((.......)))))))).((((....}))}...,))))||{((((.(((..((((((((((((((((.,,,((({(.(((((((,...(((((((((...(((......)))...)))))))))........))))))).).))}}{{{{((((((........)))).(((((......))))),,...((((........))))...)},,,,....{(({{{{,,{.,,..((({{{.{(,,,,.},.}}}}))}...,,).,))))}},....{{({{((({({,.,,}}},.},,})).,,}||||,|,,|||},.)))))}.(((.....))).,.))))))))))))))))).))))))))}}...}}}))))))))))))))).)))))......,,..,})))){((((((.(((.((((....)))).))).)))).))}{{{,|,...,}.,.)),...))))))))))))}...{{{|,,(((....((((,.{.{(({{((((|.....)))))|.,}))}.})))))....}}}..,.,,,))))))).{(((((...)))))),,......)))))))))).)))).,.((((((((({{{{((({{(,....((((((.,,{(({{(((,((((,...,||||.,,((({{,.,,|||}}|,,}}}}}}.}||{{|,,,.}}))},)}})),,...(((((.({,((.,((({..(((.(((((.((.....)).)))))..))),,,)}}),}).)),))))).,......})))}))},|},,.|,|{|.||||,,.)))).})}...,}}},.})))))))))))),||{{|,,,,......,}}}}........,},.,)},|,|}|||||}.,}.},,))),}}))))))).))).)))))))))))))..)))))))))))....))))))))).))))}}.....)))))...)))))))))))))|,,,{......,,}},..{(((........)))),}}||{{||{,||,|||,,,,,...|{(((|..{,,,,,}}|}}......,,,{|||,.|,.|||}}|},|,,,,...,,}}}}|,||||}||,.....,,.....((((({{(((((((((((.(((((.((.((((((((.((((......(,,.{{....,,.})}..,.)))).)))))))).)).})).))...)))}.....))).))))}................{{{,,(((((((............(((((((((((((((((..............)))))))}.,)))))))))))))))).}))})))))).,,,,.}}}}}}))))))}.....)))))))})))))}}|((((...))))}.,{,,((((((({{({{(((((((,,.,||||,.,|||{..,{,{,,.....,}}},{{((({....})))))...,,,}}|},.}|,,,,.....}}}}}}}}},...,,...{{(((((((..({{{{{.{{{||.{{|......,,},..}}|||||||||||....,{{{.||||||||}}||....}}}}}}},}|......(((((((.((((((......)))))).))))))),,|||,|{,,,{..,,,)))))}},},,|.,.,,,,.,..||||},......,,},......(((((.((((......)))).)))))}})))))))),})))}}}))).,},,,,)))}}}}}}),,))}|||}}}.,,}},,}}}},.............||,}}|.))))))}..(((....)))..,.((((({{....)))))))))),,)))))))).)))))).))))(((((({.....})))))){(((..({...})..)))|((((((.,..........,,)))))).,))..))))))))))))))))((((.....))))..........}}}}..}}}}{{{{||{{,,.))}}}}},}}}}))..,{{{..||{((((((({.{(({.....{{{.......}}}))}}.}))..))))),}},})})))))))).)}}}}}}}|}.,.}}}}}})))))))).}}}..,{|||{................((((..(((((((.........)))))))....)))).......,{({{..,,,...}}}.,}.}))))}})))))))}...)))))))).{(((((((((((((((((.........)))))))))).,(({,(((((....(((,.,,,,||}....}}}}|.}||..((((((,.,((((((.....))))},}))))))).|||,{|{..,,|,,{(((((((((({{..........,,.)))))})))))}((((.((((.((....)).))).).))))...}}}}}|,.||||((((((((((.(((((((({((((((((((.........(((((..,((((......))))|{((.(((({.((((.....)))).))))).)))}..,)))))..))))))))))).)))))))).)))))))))),,},,{{{|{.|,,..,.}}|||,,,|((((((((((({{(|,,{(({.......,,,,}}}}))))))))}|,,}}}}...,|||,.,..}}},,,,,,,},,}))})}})))}},||{{,{.,..(((((,.{((({....))))))))))...,}}},.((((((((((((((.(((.......))).))))))))....))))))....)))))))}..)))))))).))))).
Back