Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364600.2
Sequence Length
1487 nt
GC Content
0.4069
AGUGAUUACAGGUUUUAGAGAAGAGGAACAAUGCUUCCUCUGAGCCUGAAGAAAAGAAUGAAAUAAGGGCUGCAAGGGAACAUGCAGGUUUCACACUACAGGAGCUUGUCUGUCUUGGUGCAAGUGGGAGCAUUCCAGUUGGCUUUUGAGUGGAUACGUGCAGUGAGAUCAUUGACACUGGAAACACUAGUUCCCAUUUUAAUUACUUAAAACACCACGAUGAAAAGAAAUACCUGUGAUUUGCUUUCUCGGAGCAAAAGUGCCUCUGAGGAAACACUACAUUCCAGUAAUGAAGAGGAAGACCCUUUCCGCGGAAUGGAACCCUAUCUUGUCCGGAGACUUUCAUGUCGCAAUAUUCAGCUUCCCCCUCUCGCCUUCAGACAGUUGGAACAAGCUGACUUGAAAAGUGAAUCAGAGAACAUUCAACGACCAACCAGCCUCCCCCUGAAGAUUCUGCCGCUGAUUGCUAUCACUUCUGCAGAAUCCAGUGGUUUUGAUGUGGACAAUGGCACAUCUGCGGGACGGAGUCCCUUGGAUCCCAUGACCAGCCCAGGAUCCGGGCUAAUUCUCCAAGCAAAUUUUGUCCACAGUCAACGACGGGAGUCCUUCCUGUAUCGAUCCGACAGCGAUUAUGACCUCUCUCCAAAGUCUAUGUCCCGGAACUCCUCCAUUGCCAGUGAUAUACACGGAGAUGACUUGAUUGUGACUCCAUUUGCUCAGGUCUUGGCCAGUCUGCGAACUGUACGAAACAACUUUGCUGCAUUAACUAAUUUGCAAGAUCGAGCACCUAGCAAAAGAUCACCCAUGUGCAACCAACCAUCCAUCAACAAAGCCACCAUAACAGGAUCCUGGAUGGAAUUGAACCCAUAUACGUUACUUGACAUGUGAAACACGUGUGACCCUGGCAGAUGAUUUGGCUGACCUUGAAAACUACAGCUGUUUAGUCACUUUGAAAACAAUGCAAUACAAGUGAUUUACUAGGCUUCAGUUUUAACCAUUUUAUGCUGACUGGUGGAAAUUCUAACCCUUCAGAAAGAAAAAAAAAUUGUGAAGCAAUGGAAAUGUACCAUCCUGGGUAUUAAUGUCAUUAAUUUUCAAUACAUUUUCUCACAAAAAGUAUAAAGAAGUCUUUGCUUGACCUUACGGGAAAAAACAACAUACAUGUGGCUUUAUUUUGCCUUUUUUUUUUUUUAAUUAAUGAAGAAAUCCAAGAUUUGACUUUUGUUUCUUCUCUACCCAAAUCAAAAGCAGUCUAUAAUCUCCUGCAAAGAUCAAAGCUUUUUGCUUACUAUAAAGUAUGUGCCCUGCUUAGGCAUUACAUGGUAGAAAGAUAGCAUUCUGUUCCAAGAAAUCUCUAUUCGUUCUCUAGUUGCUGUGUAUAUAUUCUCUUUUAGCUAGAAUAUGGUUAGUAAAUGAGUCCUGAAAAUUUCGCUGUAUAUACCAAAACAUGUUGUAUACCAUAAAUAUAUAAAAUAUUUUUAUUUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-371.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -401.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 389.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((......(((((((......))))))))))))))..........(((((((((((((.((((((((((((.(((((((.....(((((((((.((((.(((((((....(((((((.(((..((...((((((((.(((....((((((((....))))).)))(((.(((....))).)))((((((....))))))...((((...............))))...((.((((((((((((....)).)))))))))).)).(((......))).(((((.((.(((...(((((.((((..(((......)))..))))..(((......))).(((...((((((......(((.((((((((.(((((......)))))..)))))((((((...........(((((...(((.((((..(((.......((((((((.(.((((....))))...).))))))))..(((((((((.((((((...((((((((....(((((...))))).(((((((..((.......)))))))))((((((..((...(((((((...(((.((((((((..((((((.....)))))).....(((((((..((((.((.........)).))))..))))..))).......((((.((.(((.....))))).))))..)))))))))))...)))))))..))..)))))).....(((((.(((.....)))..)))))((((..........)))).((((..((.....))....))))....))))))...))....)))).)).))))))))).......)))..)))).)))..)))))..........)))))).(((((((...)))))))......))))))......))))))..)))((((((..((((....((((((((.................)))))))).....))))..)))))).((((.((......)).))))))))).)))..)))))))(((((((((((((((((.(((..(((((....(((((......))))).....)))))..))).))))...(((((((.....(((((..(((....))))))))........)))))))....(((....)))(((........)))))))))))))))).......((((((((..(((......)))..)))))))).....)))..))))))))...))..))))))))))....)))))(((.....)))((((((...(((.(((((.......)))))))))))))))).))))))).)))))).....))))))).)))..)))))))..((((((....((((((((.........))))))))..)))))).))))))))............(((((((.((.....)).)))))))...((((((.....)))))).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,...(((((((,{{,,.{(((({,.....,)))))))))))))).......,,,(({{{{{({((({((.((((((((((.(((((((....,((((({{(({,(({(((.(((((.{(((((((((.,((((,{{,,,,,{|||,|||}...((((((((....))))).))){{{.,,{....)))})))}||,,,....,}}},.))))).}}}}}.}}}.....,||}||{,,{(,((((((((((((....)),}))))))))}.|,.{,(,,,...||}.}|.{{,((,,...}})))}},|((({{(((,..{{,|||,.}|}}|,({{..,,,.}}}.{,,...((((((({{..{(.({.......)}.})..)),...)))))).}}),,,|}|||},,,.}}....{((({...(((.((((..(((...,,..((((((((.(.((((....))))...).))))))))..(((((((((.((((((...{{((((((....(((((...))))).{((((((...(.......}.)))))))((((((..{,,..(((((((...(({{((((((((.,((((((,...,))))))..,|.(((((((..((((.((.........}).))))..)))}..))).......((({.((.(((.....))))).))))..)))))))))))...)))))))..))..)))))).....(((((.(((.....)))..)))))((((..........)))).((((..((.....))....))))....))))))...},....)))).)).))))))))).......)))..)))).)))..))))}.........,}},,,|.(((((((...))))))),,.,,,,||||.,((({,(({{{...,{{((((((..((((....(((((((({{..............,)))))))).....))))..))))))............((((..((((({...})),,))..)))){(((((((((((((((.(((..(((((....(((((......))))).....)))))..))).))})...|{(({{{.....{((({.,{((....))})))))........)))}}},....,{,....}))(((........))),)))))))))))}.......((((((({..(((......})),.))))))))..,,.,,,..}))}..|}||,}...,}}}..))))..,,.,,.{(((.....)))|{((((...(((.(((((.......)))))))),}})))).,))))))}.)))))),,,..))))))).))}..))))))).}|{|||{,...{{{{||||,,.,{{{{{|},,,,))}})))}},..}}},,}}|,.....))},,(((((((.((.....)).)))))))...,{{{{{,,...}}}},}})))}}},.
Back