Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364608.2
Sequence Length
4892 nt
GC Content
0.4332
AGACCGGGCGCCGCGGCGGCGGCAGCGGCGGAGAAGGGAGCGGGACCGGAAGGGUCGCAGCGCCCCGGCGCCCCUCACACCCACUGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGGCGGAGCGGAGCGGGGCGGGCCGGCGGCGGAGCCGGGGCCGCGGAGCCAGGAGUGACUAGCACGCAGCGCCGCCAGUCCGCCCGCCCGCCCUCUCCCCGUGGCGCGGCGGCGGGGAGGCGAGGAAUGUUAUAUGCAUGGAGUUAUACAGGAUGUGACUUUUUGAGAUUGGCUUUUUUCGUUGACUAUCCUGCCCCUGAGAUCCACCCAAGUUGUGGGAUCUGAAACUUGCCCACCCUUCGGGAUAUUGCAGGACGCUGCAUCAUGAGCGACAGUAAAUGUGACAGUCAGUUUUAUAGUGUGCAAGUGGCAGACUCAACCUUCACUGUCCUAAAACGUUACCAGCAGCUGAAACCAAUUGGCUCUGGGGCCCAAGGGAUUGUUUGUGCUGCAUUUGAUACAGUUCUUGGGAUAAAUGUUGCAGUCAAGAAACUAAGCCGUCCUUUUCAGAACCAAACUCAUGCAAAGAGAGCUUAUCGUGAACUUGUCCUCUUAAAAUGUGUCAAUCAUAAAAAUAUAAUUAGUUUGUUAAAUGUGUUUACACCACAAAAAACUCUAGAAGAAUUUCAAGAUGUGUAUUUGGUUAUGGAAUUAAUGGAUGCUAACUUAUGUCAGGUUAUUCACAUGGAGCUGGAUCAUGAAAGAAUGUCCUACCUUCUUUACCAGAUGCUUUGUGGUAUUAAACAUCUGCAUUCAGCUGGUAUAAUUCAUAGAGAUUUGAAGCCUAGCAACAUUGUUGUGAAAUCAGACUGCACCCUGAAGAUCCUUGACUUUGGCCUGGCCCGGACAGCGUGCACUAACUUCAUGAUGACCCCUUACGUGGUGACACGGUACUACCGGGCGCCCGAAGUCAUCCUGGGUAUGGGCUACAAAGAGAACGUUGAUAUCUGGUCAGUGGGUUGCAUCAUGGGAGAGCUGGUGAAAGGUUGUGUGAUAUUCCAAGGCACUGACCAUAUUGAUCAGUGGAAUAAAGUUAUUGAGCAGCUGGGAACACCAUCAGCAGAGUUCAUGAAGAAACUUCAGCCAACUGUGAGGAAUUAUGUCGAAAACAGACCAAAGUAUCCUGGAAUCAAAUUUGAAGAACUCUUUCCAGAUUGGAUAUUCCCAUCAGAAUCUGAGCGAGACAAAAUAAAAACAAGUCAAGCCAGAGAUCUGUUAUCAAAAAUGUUAGUGAUUGAUCCUGACAAGCGGAUCUCUGUAGACGAAGCUCUGCGUCACCCAUACAUCACUGUUUGGUAUGACCCCGCCGAAGCAGAAGCCCCACCACCUCAAAUUUAUGAUGCCCAGUUGGAAGAAAGAGAACAUGCAAUUGAAGAAUGGAAAGAGCUAAUUUACAAAGAAGUCAUGGAUUGGGAAGAAAGAAGCAAGAAUGGUGUUGUAAAAGAUCAGCCUUCAGAUGCAGCAGUAAGUAGCAACGCCACUCCUUCUCAGUCUUCAUCGAUCAAUGACAUUUCAUCCAUGUCCACUGAGCAGACGCUGGCCUCAGACACAGACAGCAGUCUUGAUGCCUCGACGGGACCCCUUGAAGGCUGUCGAUGAUAGGUUAGAAAUAGCAAACCUGUCAGCAUUGAAGGAACUCUCACCUCCGUGGGCCUGAAAUGCUUGGGAGUUGAUGGAACCAAAUAGAAAAACUCCAUGUUCUGCAUGUAAGAAACACAAUGCCUUGCCCUACUCAGACCUGAUAGGAUUGCCUGCUUAGAUGAUAAAAUGAGGCAGAAUAUGUCUGAAGAAAAAAAUUGCAAGCCACACUUCUAGAGAUUUUGUUCAAGAUCAUUUCAGGUGAGCAGUUAGAGUAGGUGAAUUUGUUUCAAAUUGUACUAGUGACAGUUUCUCAUCAUCUGUAACUGUUGAGAUGUAUGUGCAUGUGACCACAAAUGCUUGCUUGGACUUGCCCAUCUAGCACUUUGGAAAUCAGUAUUUAAAUGCCAAAUAAUCUUCCAGGUAGUGCUGCUUCUGAAGUUAUCUCUUAAUCCUCUUAAGUAAUUUGGUGUCUGUCCAGAAAAAGUCGAUUUAUGUGUAUUAAUUGGCCAUCAUGAUGUUAUCAUAUCUUAUUCCCUUUUAUGCUAUGAUUUAUUCUAUCUUUUGUAUUUCAGAAGACAUAUAAUUAAAUCUAUUUAAUAAAUAAAAAUAUAUAGCUUUUCUUAGAUUUGUGAUGUUUGGGGCUGAGAAUUAUCACGGCUAAAACCAAGACACUUAUGUGGACAUCUUGUUUUCUUUAAACUGUCUUGUCUGGGAUGAUUGUACAUUCAGCUUUACUGCACGAUACAAUUUUAAGUUUUGCUUAGUGCUGCUUGAAAUCCUAGCUACCUUAUCUCUUUUCUUCUUGGUCUUCUAGACUUCUUAUGAAUUUAAAAUGCUACCUAGAACUUCACCUUCUUUAUUAGGUGCGUAACACUCCAUCUUAAUUAAAUAUGAUGGCAGAUAGGUUCCUGCAUCCAUGGCCUAACGUUGGAGUGGAAUUUUACAAAAUGCUCACUAGAGAUCACUGCAGUCAUUUCCUAAGUGCUUCCUUUGCCACAGACUGGCCUGGGUCCUUUAUUUACCUUCCCUCAUUCACUUUCCCUCGGCCAAUACCACGUUCUUGAUUUUCUUUCUUCACUGGAAGAAAGCAGAUAAACUCCUCUUUGGUCUGUUUUCAGAGGCCAGGCUGAUUCAGAUGCCUGUUGCUAUUGUUGCUCUCCAUUGUUGGGAGGCAUUCCUUUUCACAAGAAUGUUCUGGGAAACUCUUCAGAGGACGUGAAGGAAAUACCCUGAAGAGUCAUGAUUAACUAUUGACUAUUUUCUGAUUUAAAACUGCUCACCUGAAAUUGAUACUUUUAGACUUUACGAUCAGUAAAUUAUUCAGAAUUCAUGAAGAUGCUGAGUAUGUUAAGUGUCACUGCAGGAACGGAGCUGUGGUGAUCACGUUUUGCCUGCCUGUGCCCAUGUCUCUUCCCUUGAGCUUAUUCUGUUGCUGAUUCAUAUCUUGUGUUCAAUUAUUUUGGAAGCUUUUCAGUCGACAUUCUGUAGAGUGUGUUCUGAGGAGGAACUGUGAUAAGAAAGUUUAUUAUAAAUAUUAUGUAAAAUAUAUGGCUCUCUCUGCACCAGUUAUAUCUUAUUGGUUGGUCAUAUCACUGGAAACUGGAACCUUUGAUUAGCAAAAUUAAUAUUGAAAUAAGAAAUAGUUCUUUUAUAUUGUGUCAUUUGGACACUUUCAAGUACAAAAUGGUAAUAAUAACUUGGAUUGAGGCGGAAACACCUAUUUUAUGGCUAUCUAUCUAAACAUCUUAAAAUGGCCUUCUCUGUAAUACACUUUCUUUUAAAAGACUUCACUAAAUCUAUCUUUAAAAGGAAAAACAAAAGGGAGAGGUUGAAAAUGCGCGAGCUGCCCUGCACUGUGUGAUGCUCCCUCCCCGGGAGACGUGGACGGGGGACGAGGCACCCGCAGACGCCCUUCUGCUCACUCGCUCCUCUGUGCAUUCAGCGAGCCACUUGCCACAGAUGGAGCCCGUGACGGUGUGGAGGGUUUCCUGGAAAGGCCAUCUUCCACCAGGUAGAGGCGAGCGUGCCUAGGACAGGCCACAGGGCUCCACAGAAAUACCUCACCCCAGCUUCAGGGUUCUCUCUCCUGAGCCUAGAUUUGCCAGGGUCUUGGUGCCACGCAAAUGGUUUCAAACUGAUCUCUAUGGAUAAAUGCUGAUGUUGGUUAAAGAACUGAAAAAUGUGCUCAACUGUUUCAUCUUUUCUAUUUUAUUUUUGUAAUUUAUAUUGUACACAACCCAGGAAGUAACUAUUUUGGACAUGUAUUUUUAUAAACCAGGUAAUUUACUAUUAUCCUGGAAUUUAGACUAGGUUUGUUUCAUUUGUUGACUUAGUUUCCAGCCAAGAAGGAAACGACUGUCUCCCCCAUGUCCAGGUCUCAGUUUCAAGGGCAGAGUCCAGAGAGCAGACAGAGUUCUGUGAGAGCAGGAGAGCAGUCUGGAAACCCUGGCUGUGCAUACCGUGUCAGCCGUGGGCCUGGAGAUGGGAGCAGGUGAGACGCAGAGCCCCAGUACUGAGAGGAGGAAGCCCUCUUACAGGGCCCCUUGCCCACCCCAAGUCCGUGUCUGAAACACGGAGCGGGUGCUGCUUCAACCCGCAUUUAAUGCUGUGUAAGUAGCGAUAACCACGUACGAGUCUGUCUGGUUGAUUUCUAAUGUGACUCCUCUGGUAUUUCCUCCUGGUAAUAAAUACAAGUGUGACCUUUCAGAUUGCAUAUCUCAAAAGUAACAUUGCUAAUGUUUUAUAAUAAAAUAUAUUAUGUGUGUUUUGGUUGGUGAAAAUAAUACAGACUACAUUUUAAAAGAUAAAUGUAUAGCAUGUCCAAUUUUUGUGUGUUUUUACAUGGCAAUUAGAUAUUUCUCCAUCACCAUCUCUGAUGACAGAUUUAACAUGAACACAGAUAGAUGAUAAAGUGUCAUGCUUUUGAUCAAUAUUAGCAAGAGGUUUCACACUGAGAGGCAGAAACAUUGCUGUUUGUUCUCUUAUUGAAAAUAUUCUGCAAAUUCCUAAAUCUGUGUUUUCAAAACUAAUGGCAGUAAGUUUUGACUUCACCAAUAUGCAGGUCCAAUUCAGAGUAUUGGUGUAAUUGUUUUCUCAUGAGGCGUGGCCAGGAGAAUUCACCAGUCAGCCUUAGUCAUGUUACUUAACGUCAUUCAUGGUGCUUGUGGCUUUGUGCCUGGGAUGAGCCAAGUUCAUCUGACGUCUGUGUUUGAAGCACUUCAGGCUGUUUAGUACUUAAUACCACAGGAGUGGAAGGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1450.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1542.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 1572.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((.((....)).)))))(((..((((.((((((((....)).((((..(((((((.((((((...(..((.((((....)))).))..).)).)))).)))))))..))))...(((((((((.((((((((...(((.((.(((..((.((......)).)).))).)).))))).).))))).)))))))))((((((((.((...)).))))))))((((((((.((((....((.(((((((((.....))))))))).))....)))).))))))))......))))))))))....))).((((((..(((((............))))).))).))).....(((((.(((.((((((((((.(((.(((((..(((...)))..))))).((((.((((((.(((.(.(((.....((.(((((.....(((.((((.((((((......)))))))))))))....))))).))))).)))))))))))))).....((((((((.....(((((((..(((((..((((((..(((((((((((((..(((.((((((((.((.............)).)))))....((((.....))))........((((((((((.....(((((((.((((((((..(((((.(((....))).))).))(((((((((...((((.....((((......(((((((((.((.........)).))))..)))))......))))....))))..)))))))))))))))))..)))))))..)))...)))))))...((((((((((((((((((((..(((((...)))))...........(((((...(((((((((((((((((....((((((..(.(((((((((.....................))))).)))).)....))))))..))))))))).....((((((((((....(((((((.((((...((((...((((((....((.(((((..((((((.(((((((.((((((((.(((...((((((.((...)).))))))...((((((.((((((((...((((.....((((((((((((((.(((((..(((((........))))).........(((((((((((((((((((((((.(((((((((((.....((((.(((((((.(((......)))..)))))).).))))..............(((....((((((((((((........((((((.((....))))))))))))))))))))..)))...(((((((((((.(((.(((....))).)))..)))).........)))).))).........)))))))..))))..))))..((((((..((((((..((((..((((...(((((..(((((((((..((((((((..(((((((((((((((((((.((..((((.((....)).))))...(((((..((((((.(((((((.((((((((..((.((((((...(((.(((.((......)).))).)))...)))))).))..).))))((((((((.((((((.....((((((((((((.((....))))).)))).))))).((((((((.(......).))))))))((((((..(((....(((((....))))))))..))))))..((((((..................))))))(((((((((..(((((...........)))))....((((...((((((((....)))).)))).........)))))))))))))...((((((((......(((((((((((((..(((((((..(....((((.((((((((((.((((((.((((((((..((((((.(((...(((((.....(((...(((((.((........)).))))))))..)))))..)))..)))))))))))))).))).))).))).(((((((((((((.....(((((.......)))))...))))))..)))))))...))))))).)))))..))).)))).)))).....(((((((..(((((....(((((((..........)))))))((((((((....((((((.(.((........)).).))))))....))..(((((((.....))))))).........(((((((.............................))))))))))))))))))(((((.((....)).))))).......)))))))...))))....)))))))))))))..))))))))))))))..((((((((...(((.....)))...).)))))))....)))))))))).)))))))))))...)).)))........)).))))))))))))))....)))))))).))))))....((((.(((((..................)))))))))....(((((((............))))).))..(((((((.((.((((((......)).))))))))))))).........(((....)))........)))..)))))......))))..)))).......(((((.(((.............................)))..))))).......))))))..))))))((((((....))))))....)))).......)))))))))))))))...(((((((((((.(((((.....(((........((((.((((....)))).))))(((((....(((....)))...)))))(((((((((.((..............)))))))))))..............))).....))))).)))..((.((((.((((....((((((((...(((..(((..((((((.....((((.......))))..))))))))).)))))))))))...))))....)))).))(((((.......))))).))))).)))......)))))...))))))).......))))))).....)))).)))))))).))))))....((((((((...((((((....))))))...))))))))....(((((((((....))))))))).....((((((...))))))((.......))((((((........)))))))))..)))))))........).))))))).)))))).................(((((....))))).......(((((.....))))).(((((((.................)))))))...(((.(....).))).......((((((..................))))))((((((.(.......((((((((.(((((..............))))).))))))))......).)))))).........((....)).((((((..(((((.(.((((.(.(((((.(..........).))))).).)))).))))))((((((((((((((((..(((((((((((......(((((...))))))))))).)))))..)))...(.(((((((((..(((....)))..)))))))))).)))))))).).))))((((.....))))..))))))))).))))...))).))).))))..)))).)))))))......))))))....))))))))))))))))).........)))))))....)))))))))))))...))))))..))))))......)))))))))).))).....)))))............((((....))))((((((..(((((....((((((........))))))...)))))...))))))(((((((((.....)))).)))))...(((((((.((((((((((((((((((((...((((((.........))))))....)))...(((((.(((((((((........((((.....((((((..((........((((((....))))))..))..))))))..))))(((((.((((...)))))))))..))))))))).)))))))))))))))))...)))))..))).)))).(((((((((((((.....))))).........((((....(((((((.....)))))))..))))(((((((..((..((((...)))).))..)))))))....((((.(...(((((....(((.......)))....)))))..)))))..))))))))(((.(((........))).))).....)))))))))))))))(((((((((.(((((.(((.......(((((((((...)))))))))((((((((((............(((((((........)))))))....(((((.((((.(((((((....))))))).)))).)))))((((((....((((.(((.((((..((...((((.((((((((((.(((.(.(((((.....)))))).))).......(((.(((.(((((...(((((((.(.(((((....))))).)))))))).)))))...))))))..........))))))))))((((((((.((....)).))))))))...(((((((((...((......))...)))))))))....)))).)))))).))).))))...))))))))))))))))))).))))).)))))))))...))).))))))))))..)))..)))))))))))(((((((...))))))).........(((((....((((((.((.((((........))))))...))))))...)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,(((((((((((.((....)).)))))(((..((((.((((((((....|)|{(((..(((((((.((((((.,.(..((.((((....)))).)).,).)).)))).)))))))..)))}...(((((((((.((((((,(.{,(((.((.(((..((.((......)).)).))).)).))))}.}.))))).))))))))}((((((((.((...)).))))))))((((((((.((((....((.(((((((((.....))))))))).))....)))).))))))))......))))))))))....})).((({{{..{{{{{,,,,.......,))))),))).)))....,((((,.{{|}|||{({((((,(((,,{.{{{({((((((.,{.,....(((.(((.....))).))).,,..,..)))))).....}}|||.((((.((((((......))))))))))..((((((({(((((.,{,{...},,..,,.))))))))))))....,||}|||{{{|,.{{,{{..((((((..((((((({{((((,{(((,(({(((((,((,....,,,,...,}}.}}}}}....{(((.....)))}....{{{,,({{(({{{{,,.,.(((((((.((((((((..(((((.(((....))).))).))(((((((((.,.((((.....((((,.,...(((((((,({({.,,,....,})})),)}.))))).....,))))....))))..)))))))))))))))))..)))))))..|||..,||||||||||((((((((((((((((((((,,(({{{...}}}}|,....,.,,,,(((((,,,(((((({,(((((((((....((((((..{.(((((((({.......{............}))))).)))).}....))))))..)))))))))..{{{((({{(((({..,.{((((((,({{,..,{(({((((((({{,(,(((((((({((({(((((...((((((,{({(({{{,....{(((((.({...}).)))))),,,,,..,,}}}},,}}}|||{{...,,}}}{{,,((.((((,.(((((...)))))...}}}}.}},,||.....,{{{{{,{{{|||{{{{{,.||||((,({{,,{{{{{|.|...,|,}}}|||||{,|{,..,,},}||{,,}})))}((..(((.............)))..}}((((((((((((........((((((.((....))))))))))))))))))))..|||{..{{{{{{||||{.{||.||{...,|||,|||,.}}}}...,,,...)))).,)),.},,},.})),.,))},))))}}|({{{,{{({({,,{{{{{|.,{|||,,|{{{.,{((({{,,{{,,,{{{,..{{((((((,,{((((((((((({(((((..,(,.((((((((,.....,,},||.{{{,,..{{{{{{.{{{{{{|,|||||||,,,||,||{{{|,,,|{|,|||,,|}}},..)),})),))}.,,)))))},)),.}.}|||{(((((({.{((({{..,,,|{||{|||((((,((....}}}}}.,))),))))),((((((((.(......).))))))))|(((((..(((....(((((....))))))))..)))))}..((((((..,...............))))))|||||||((,,(({{{....,...}},}}}))||||,|||,..{{||||||...,|||}.||}}.........,,}})))||||}}|{,((((((({,.....,{,{{,,,,,|||,,{{|||||,}|,,,.{|||}{{{||{({{(.((((({.{(((((((..{(((((.{{{.,,{((((..,,,(((,,.{({((.{{......,,)).))))))}},.)))))..}}}..)))))))))))))},|||..||,||,.{((((((((((((.....(((({.......}}))}...))))))..))))))}.,|}}}}}}}.|},,|,||},..}}},)))}....}||,||,,},}}||{....(((((({.{,....,,.})))))),,{,{,(({{,.{{{|||,|.{{........}},},}}}|||{{{,,...(((((((.....)))))))...,..,.||||||{|,,,}}},,},.....,,,,}}}},,,,,,}}}}}}}))}},)}}|||{{|||,||....}},)))))....,|{||||||,...))}|,,,.,}}))))}}}}})..))))))))}}}|||,,{((((((,.,{{{({....}})}..},))))))}.,.,}},}}))}}).)))}))})))},,,}},)},.,,,...,))}}}})}))))))))).,,,)))}}}}}.}))}}}....{{{{.{(((({|,,..,..,{,,,.,.,|)))))|}},.,,(((((((.,,......,|.))))).||..{((((((.{{.((((((......)),}))))))))))}}.......,,{{{..,.}||....}},.})),,)))}|,,,||{||||..}}}},{,,,,,(((((.(((.............................)))..)))))....,,,||||||,.}||}||||||||.,,})}}}}}||,||||........}}))))))))))}}),|,((((((((..........)))))..))).....,|||||||,....|||||}|||{{{|{....,,|,}},})}}}}}))},{{(((((({.{{,,,|...,,,|,,.}}))}}}}||||||}|||||}}}}}}}}},..,,,,,........,.{{||.((((....((((((((...(((.,(((..{{{|{|...,,((((,......}}}},,))))))))).))))))))))).,.))))....||||{(|(((|{,|,,{((((({{{(((((({{(({({(((({{((({{{{{{,..,,,(((((((((..........{{,{{{{{.....))))).}}...)))).))))}.......||(((((({{.(((((((..{(((..(((({..(((({..|{{.{{{...(((({{{{{..{({.{{{.((({{,((((({,,....,|||||{{{{{{{.|{{,{,({...,,},..|,..)}))}}}}..,,,,,,,|,,,,.,,{((({....})))),,,,,..(((((.....))))).,{{{{{(,,......,,.....,.))))))},,}|||,})}..},,}))))))))},.}}}.}}}.))))).)))))..))))))))))).}.)))))))||(((((({(((((..............}))))})))))),.......,|||}|||{..,....,(((({.({{(({,{||.||||||,.{,|{{|||||}||,|||,|}||||||||||.,,,|||||,,(({{{,,,,..|||||((((..(((((((((((......(((((...))))))))))).)))))..))))..{.(((((((((..(((....)))..)))))))))),}))))})))},))))))||.||},}}|||,},,)))},,.}}}}}..,..}}}}},}}}|,})}|,|}||}}}....,})))))}....|})}})))))}})))))|,.,,....)))))))}...}))))))))))))...}))))).}))))}}..,,,.}}||||||||.}},.....)))))}},},,,,....,|||.,,,}},.{{{{{{..{{{{{....((((((,,......}}}}))...||||}...))))},((((({(({.....}))}.)))))...,{{{{({.{{{{{(((((((((((((((...((((((.........))))))....)))...(((((.((((((|(||,,,..,,||||.,,..((((({..((.,,,....((((((....))))))..))..))))))..||||(((((.((({...))))))))),.))))))))).)))))})))))))))))},,})))}..}}}.}||||((((((,.,||||}},...||||.....)))}{(((....(((((((.....)))))))..)))}(((((((,.{{..((((...)))).))}.))))))),,,.|||{,|...{|||{.|,.|||,,},,,.},,,,},))))).}}})))}})))))||}{{{,,|{,.|||,{{{||{{|,....{|||}}},,}}}}.,.(((((((((.(((((.(({......,{((((((((...))))))))|{(((((((((............(((((((........)))))))....(((((.((((.(((((((....))))))).)))).))))){(((((....((((.(((.((((.{({...{{{,.((((((((((,{{({({({{{{|,,,,}))}}}.)}}...,,,.(({{(({.{((({...(((((((.(.(((((....))))).)))))))).))})),..})))))..........))))))))))((((((((.((....)).))))))))...(((((((((.,.((......)).,.)))))))))....}))).}})))).))).))))...))))))})))))))})))).))))).)))))))))...))).)}}}}))))),,))).,}}})))))}))(((((((...))))))),.,,||||||{{,,,||}}|||},)}),,}}}..}},}}}}}}}|||{,}},))))}}),,}.
Back