Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364612.2
Sequence Length
5042 nt
GC Content
0.4268
AUUGCACACUCGGUGUCCAGCAGUGCCAGAGGGGACCCAGCCCGAAUCCCUUACCACCGCGCCCCUCCCCCAGAAGACUGCUGCCCCGUCCCACUCAUCUCGCCCGCCUUGAACAUGCCAGCCCGCAUUUGCCCCAGGACCUUUGCAUUUGCUGUUUCCCCGUCUUUGGAGUUGUCUCCGUGAUCUUGGCACAAGUAGCUCUUUCUGCUCCUUCCUCUGGUCAGAUGUCUCGUUUUGGGGAUCUGAAACUUGCCCACCCUUCGGGAUAUUGCAGGACGCUGCAUCAUGAGCGACAGUAAAUGUGACAGUCAGUUUUAUAGUGUGCAAGUGGCAGACUCAACCUUCACUGUCCUAAAACGUUACCAGCAGCUGAAACCAAUUGGCUCUGGGGCCCAAGGGAUUGUUUGGCGCCAUCAUUGCAGUGCCUUGCCAUUCAUUGGCAGGAUGAGGCCAGUCAGUGUCAUUGUCACUCCAUGGAUUAACCAGGAAGGGAUGCUGUGUGAGGGGUUGGGCUGGCCAUCUCUUCCUUGGUGUCUCACUUCAACUGUGUGUCCAGCCCAGAACGUCAGAAUCGUUAGUCUGACCCUGAACGUUAGUCUCUUGCAUGGUAAGACGGUCAGCCGCCGCAGCAUCACGGGCCAGCUCAAGUGCUGCAUUUGAUACAGUUCUUGGGAUAAAUGUUGCAGUCAAGAAACUAAGCCGUCCUUUUCAGAACCAAACUCAUGCAAAGAGAGCUUAUCGUGAACUUGUCCUCUUAAAAUGUGUCAAUCAUAAAAAUAUAAUUAGUUUGUUAAAUGUGUUUACACCACAAAAAACUCUAGAAGAAUUUCAAGAUGUGUAUUUGGUUAUGGAAUUAAUGGAUGCUAACUUAUGUCAGGUUAUUCACAUGGAGCUGGAUCAUGAAAGAAUGUCCUACCUUCUUUACCAGAUGCUUUGUGGUAUUAAACAUCUGCAUUCAGCUGGUAUAAUUCAUAGAGAUUUGAAGCCUAGCAACAUUGUUGUGAAAUCAGACUGCACCCUGAAGAUCCUUGACUUUGGCCUGGCCCGGACAGCGUGCACUAACUUCAUGAUGACCCCUUACGUGGUGACACGGUACUACCGGGCGCCCGAAGUCAUCCUGGGUAUGGGCUACAAAGAGAACGUUGAUAUCUGGUCAGUGGGUUGCAUCAUGGGAGAGCUGGUGAAAGGUUGUGUGAUAUUCCAAGGCACUGACCAUAUUGAUCAGUGGAAUAAAGUUAUUGAGCAGCUGGGAACACCAUCAGCAGAGUUCAUGAAGAAACUUCAGCCAACUGUGAGGAAUUAUGUCGAAAACAGACCAAAGUAUCCUGGAAUCAAAUUUGAAGAACUCUUUCCAGAUUGGAUAUUCCCAUCAGAAUCUGAGCGAGACAAAAUAAAAACAAGUCAAGCCAGAGAUCUGUUAUCAAAAAUGUUAGUGAUUGAUCCUGACAAGCGGAUCUCUGUAGACGAAGCUCUGCGUCACCCAUACAUCACUGUUUGGUAUGACCCCGCCGAAGCAGAAGCCCCACCACCUCAAAUUUAUGAUGCCCAGUUGGAAGAAAGAGAACAUGCAAUUGAAGAAUGGAAAGAGCUAAUUUACAAAGAAGUCAUGGAUUGGGAAGAAAGAAGCAAGAAUGGUGUUGUAAAAGAUCAGCCUUCAGAUGCAGCAGUAAGUAGCAACGCCACUCCUUCUCAGUCUUCAUCGAUCAAUGACAUUUCAUCCAUGUCCACUGAGCAGACGCUGGCCUCAGACACAGACAGCAGUCUUGAUGCCUCGACGGGACCCCUUGAAGGCUGUCGAUGAUAGGUUAGAAAUAGCAAACCUGUCAGCAUUGAAGGAACUCUCACCUCCGUGGGCCUGAAAUGCUUGGGAGUUGAUGGAACCAAAUAGAAAAACUCCAUGUUCUGCAUGUAAGAAACACAAUGCCUUGCCCUACUCAGACCUGAUAGGAUUGCCUGCUUAGAUGAUAAAAUGAGGCAGAAUAUGUCUGAAGAAAAAAAUUGCAAGCCACACUUCUAGAGAUUUUGUUCAAGAUCAUUUCAGGUGAGCAGUUAGAGUAGGUGAAUUUGUUUCAAAUUGUACUAGUGACAGUUUCUCAUCAUCUGUAACUGUUGAGAUGUAUGUGCAUGUGACCACAAAUGCUUGCUUGGACUUGCCCAUCUAGCACUUUGGAAAUCAGUAUUUAAAUGCCAAAUAAUCUUCCAGGUAGUGCUGCUUCUGAAGUUAUCUCUUAAUCCUCUUAAGUAAUUUGGUGUCUGUCCAGAAAAAGUCGAUUUAUGUGUAUUAAUUGGCCAUCAUGAUGUUAUCAUAUCUUAUUCCCUUUUAUGCUAUGAUUUAUUCUAUCUUUUGUAUUUCAGAAGACAUAUAAUUAAAUCUAUUUAAUAAAUAAAAAUAUAUAGCUUUUCUUAGAUUUGUGAUGUUUGGGGCUGAGAAUUAUCACGGCUAAAACCAAGACACUUAUGUGGACAUCUUGUUUUCUUUAAACUGUCUUGUCUGGGAUGAUUGUACAUUCAGCUUUACUGCACGAUACAAUUUUAAGUUUUGCUUAGUGCUGCUUGAAAUCCUAGCUACCUUAUCUCUUUUCUUCUUGGUCUUCUAGACUUCUUAUGAAUUUAAAAUGCUACCUAGAACUUCACCUUCUUUAUUAGGUGCGUAACACUCCAUCUUAAUUAAAUAUGAUGGCAGAUAGGUUCCUGCAUCCAUGGCCUAACGUUGGAGUGGAAUUUUACAAAAUGCUCACUAGAGAUCACUGCAGUCAUUUCCUAAGUGCUUCCUUUGCCACAGACUGGCCUGGGUCCUUUAUUUACCUUCCCUCAUUCACUUUCCCUCGGCCAAUACCACGUUCUUGAUUUUCUUUCUUCACUGGAAGAAAGCAGAUAAACUCCUCUUUGGUCUGUUUUCAGAGGCCAGGCUGAUUCAGAUGCCUGUUGCUAUUGUUGCUCUCCAUUGUUGGGAGGCAUUCCUUUUCACAAGAAUGUUCUGGGAAACUCUUCAGAGGACGUGAAGGAAAUACCCUGAAGAGUCAUGAUUAACUAUUGACUAUUUUCUGAUUUAAAACUGCUCACCUGAAAUUGAUACUUUUAGACUUUACGAUCAGUAAAUUAUUCAGAAUUCAUGAAGAUGCUGAGUAUGUUAAGUGUCACUGCAGGAACGGAGCUGUGGUGAUCACGUUUUGCCUGCCUGUGCCCAUGUCUCUUCCCUUGAGCUUAUUCUGUUGCUGAUUCAUAUCUUGUGUUCAAUUAUUUUGGAAGCUUUUCAGUCGACAUUCUGUAGAGUGUGUUCUGAGGAGGAACUGUGAUAAGAAAGUUUAUUAUAAAUAUUAUGUAAAAUAUAUGGCUCUCUCUGCACCAGUUAUAUCUUAUUGGUUGGUCAUAUCACUGGAAACUGGAACCUUUGAUUAGCAAAAUUAAUAUUGAAAUAAGAAAUAGUUCUUUUAUAUUGUGUCAUUUGGACACUUUCAAGUACAAAAUGGUAAUAAUAACUUGGAUUGAGGCGGAAACACCUAUUUUAUGGCUAUCUAUCUAAACAUCUUAAAAUGGCCUUCUCUGUAAUACACUUUCUUUUAAAAGACUUCACUAAAUCUAUCUUUAAAAGGAAAAACAAAAGGGAGAGGUUGAAAAUGCGCGAGCUGCCCUGCACUGUGUGAUGCUCCCUCCCCGGGAGACGUGGACGGGGGACGAGGCACCCGCAGACGCCCUUCUGCUCACUCGCUCCUCUGUGCAUUCAGCGAGCCACUUGCCACAGAUGGAGCCCGUGACGGUGUGGAGGGUUUCCUGGAAAGGCCAUCUUCCACCAGGUAGAGGCGAGCGUGCCUAGGACAGGCCACAGGGCUCCACAGAAAUACCUCACCCCAGCUUCAGGGUUCUCUCUCCUGAGCCUAGAUUUGCCAGGGUCUUGGUGCCACGCAAAUGGUUUCAAACUGAUCUCUAUGGAUAAAUGCUGAUGUUGGUUAAAGAACUGAAAAAUGUGCUCAACUGUUUCAUCUUUUCUAUUUUAUUUUUGUAAUUUAUAUUGUACACAACCCAGGAAGUAACUAUUUUGGACAUGUAUUUUUAUAAACCAGGUAAUUUACUAUUAUCCUGGAAUUUAGACUAGGUUUGUUUCAUUUGUUGACUUAGUUUCCAGCCAAGAAGGAAACGACUGUCUCCCCCAUGUCCAGGUCUCAGUUUCAAGGGCAGAGUCCAGAGAGCAGACAGAGUUCUGUGAGAGCAGGAGAGCAGUCUGGAAACCCUGGCUGUGCAUACCGUGUCAGCCGUGGGCCUGGAGAUGGGAGCAGGUGAGACGCAGAGCCCCAGUACUGAGAGGAGGAAGCCCUCUUACAGGGCCCCUUGCCCACCCCAAGUCCGUGUCUGAAACACGGAGCGGGUGCUGCUUCAACCCGCAUUUAAUGCUGUGUAAGUAGCGAUAACCACGUACGAGUCUGUCUGGUUGAUUUCUAAUGUGACUCCUCUGGUAUUUCCUCCUGGUAAUAAAUACAAGUGUGACCUUUCAGAUUGCAUAUCUCAAAAGUAACAUUGCUAAUGUUUUAUAAUAAAAUAUAUUAUGUGUGUUUUGGUUGGUGAAAAUAAUACAGACUACAUUUUAAAAGAUAAAUGUAUAGCAUGUCCAAUUUUUGUGUGUUUUUACAUGGCAAUUAGAUAUUUCUCCAUCACCAUCUCUGAUGACAGAUUUAACAUGAACACAGAUAGAUGAUAAAGUGUCAUGCUUUUGAUCAAUAUUAGCAAGAGGUUUCACACUGAGAGGCAGAAACAUUGCUGUUUGUUCUCUUAUUGAAAAUAUUCUGCAAAUUCCUAAAUCUGUGUUUUCAAAACUAAUGGCAGUAAGUUUUGACUUCACCAAUAUGCAGGUCCAAUUCAGAGUAUUGGUGUAAUUGUUUUCUCAUGAGGCGUGGCCAGGAGAAUUCACCAGUCAGCCUUAGUCAUGUUACUUAACGUCAUUCAUGGUGCUUGUGGCUUUGUGCCUGGGAUGAGCCAAGUUCAUCUGACGUCUGUGUUUGAAGCACUUCAGGCUGUUUAGUACUUAAUACCACAGGAGUGGAAGGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1438.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1537.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 1435.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((...))))...)))))(((((((((((.(((((((.((((((((((.((.((((((.(((.......(((((..(((.(((((.................((((...(((((...((((((........(((..((((((((((((((..(.(((....((((....)))).(((((..((...(((.(((.......))).))).))..)))))(((((((((...((((.(.........).)))).....)))))))))((((....))))...))).).))))))))))))))..)))........))))))....)))))...))))....((((((............((((.((((((......))))))))))((((((((......))))).)))......))))))...(((((.....)))))))))).))))))))((((.......))))...(((.....)))))).))).))).)))))))))))))))))))...)))))))..))))(((((((((...(((((.((...((((..((((((((..(((......)))..))).)))))....((((((...))))))((((.....)))).........))))(((((.(((((((.((...(((((((...((((((((.....(((((((..(((((..((((((..(((((((((((((..(((.((((((((.((.............)).)))))....((((.....))))........((((((((((.....(((((((.((((((((..(((((.(((....))).))).))(((((((((...((((.....((((......(((((((((.((.........)).))))..)))))......))))....))))..)))))))))))))))))..)))))))..)))...)))))))...((((((((((((((((((((..(((((...)))))...........(((((...(((((((((((((((((....((((((..(.(((((((((.....................))))).)))).)....))))))..))))))))).....((((((((((....(((((((.((((...((((...((((((....((.(((((..((((((.(((((((.((((((((.(((...((((((.((...)).))))))...((((((.((((((((...((((.....((((((((((((((.(((((..(((((........))))).........(((((((((((((((((((((((.(((((((((((.....((((.(((((((.(((......)))..)))))).).))))..............(((....((((((((((((........((((((.((....))))))))))))))))))))..)))...(((((((((((.(((.(((....))).)))..)))).........)))).))).........)))))))..))))..))))..((((((..((((((..((((..((((...(((((..(((((((((..((((((((..(((((((((((((((((((.((..((((.((....)).))))...(((((..((((((.(((((((.((((((((..((.((((((...(((.(((.((......)).))).)))...)))))).))..).))))((((((((.((((((.....((((((((((((.((....))))).)))).))))).((((((((.(......).))))))))((((((..(((....(((((....))))))))..))))))..((((((..................))))))(((((((((..(((((...........)))))....((((...((((((((....)))).)))).........)))))))))))))...((((((((......(((((((((((((..(((((((..(....((((.((((((((((.((((((.((((((((..((((((.(((...(((((.....(((...(((((.((........)).))))))))..)))))..)))..)))))))))))))).))).))).))).(((((((((((((.....(((((.......)))))...))))))..)))))))...))))))).)))))..))).)))).)))).....(((((((..(((((....(((((((..........)))))))((((((((....((((((.(.((........)).).))))))....))..(((((((.....))))))).........(((((((.............................))))))))))))))))))(((((.((....)).))))).......)))))))...))))....)))))))))))))..))))))))))))))..((((((((...(((.....)))...).)))))))....)))))))))).)))))))))))...)).)))........)).))))))))))))))....)))))))).))))))....((((.(((((..................)))))))))....(((((((............))))).))..(((((((.((.((((((......)).))))))))))))).........(((....)))........)))..)))))......))))..)))).......(((((.(((.............................)))..))))).......))))))..))))))((((((....))))))....)))).......)))))))))))))))...(((((((((((.(((((.....(((........((((.((((....)))).))))(((((....(((....)))...)))))(((((((((.((..............)))))))))))..............))).....))))).)))..((.((((.((((....((((((((...(((..(((..((((((.....((((.......))))..))))))))).)))))))))))...))))....)))).))(((((.......))))).))))).)))......)))))...))))))).......))))))).....)))).)))))))).))))))....((((((((...((((((....))))))...))))))))....(((((((((....))))))))).....((((((...))))))((.......))((((((........)))))))))..)))))))........).))))))).)))))).................(((((....))))).......(((((.....))))).(((((((.................)))))))...(((.(....).))).......((((((..................))))))((((((.(.......((((((((.(((((..............))))).))))))))......).)))))).........((....)).((((((..(((((.(.((((.(.(((((.(..........).))))).).)))).))))))((((((((((((((((..(((((((((((......(((((...))))))))))).)))))..)))...(.(((((((((..(((....)))..)))))))))).)))))))).).))))((((.....))))..))))))))).))))...))).))).))))..)))).)))))))......))))))....))))))))))))))))).........)))))))....)))))))))))))...))))))..))))))......)))))))))).))).....)))))............((((....))))((((((..(((((....((((((........))))))...)))))...))))))(((((((((.....)))).)))))...(((((((.((((((((((((((((((((...((((((.........))))))....)))...(((((.(((((((((........((((.....((((((..((........((((((....))))))..))..))))))..))))(((((.((((...)))))))))..))))))))).)))))))))))))))))...)))))..))).)))).(((((((((((((.....))))).........((((....(((((((.....)))))))..))))(((((((..((..((((...)))).))..)))))))....((((.(...(((((....(((.......)))....)))))..)))))..))))))))(((.(((........))).))).....)))))))))))))))(((((((((.(((((.(((.......(((((((((...)))))))))((((((((((............(((((((........)))))))....(((((.((((.(((((((....))))))).)))).)))))((((((....((((.(((.((((..((...((((.((((((((((.(((.(.(((((.....)))))).))).......(((.(((.(((((...(((((((.(.(((((....))))).)))))))).)))))...))))))..........))))))))))((((((((.((....)).))))))))...(((((((((...((......))...)))))))))....)))).)))))).))).))))...))))))))))))))))))).))))).))))))))).((((((.(((.(((((..........))))))))(((((((...)))))))))))))))))))))).)))))))..))))).............))))))))))))...)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((((...))))...))))}(((((((((((.((((((({((((((((({{((.(((.((((,{.......(((((..(((.(((((.....,....,,.,((,.(((...{((({,{{(,,,,..((((((((,(,.{{((((((((((((..,.,{{,..{((((....))))}{({{{..((...,((,(((.....,|))).|},,},..))})}{((((((((...{(((.{.........}.)))}.....))))))))|((((....))))}..,,),),))))))))))))||{{||,.,......(((,(((.....))).}}).,,.....}}}}}}.......,,...,{|.{{|||{......,}))}))))))))....)))...,,))))))...,,,.,)},)})}..(((((.....)))))))))).)))))))){(((.,...,.)))},,.(((.....)))))}}))).))).)))))))))))))))))))...)))))))..))))(((((((({,..{{((({{{.{((({(((..,((((((........}}}}}}.}}}.{(({{(((((((((((((({,,({((({...,,|,.(((((((...{{{....}}|..}})))))........,|{{({{{(({,,....|,|.,.,|},,},,})}..))}))},|,...,},,....}}.)))))}}})))).,,....|{(((((((..{{{......(((((((((.(((((,,(({{{,.,,...,,,,...(((((((.((((((((..(((((.(((....))).))).))(((((((((.,.((((.....((((,.,...((((((({({({.,,,....}))})),)}.))))).....,))))....))))..)))))))))))))))))..))))))},.(((,{((((...,.,.((((((((((((((((((((..(({,{..,}}}||,..........(((((...((((((({(((((((((....((((((..{.(((((((({.......{............}))))).)))).}....))))))..)))))))))..,,{((({((((((.,,.(((((((.((({...,(((((((((({({(.((((((((((((((((((...((((((,{(((({,,,....((((((.({...}).))))))...,...,,}})},.)))))},,...}}))}((..((.((((..(((((...)))))...}))).))..)}......{{(((((((((((((((,.,,{(((,((({,{{{{{{.{...,|,|}||||{{{,({,....},}||,,}}})))}{{,.|{{.............|||..}}((((((((((((........((((((.((....))))))))))))))))))))..|||,..(((((((((((.(((.(({....})).)))..)))).........)))),,))..,.....,))},})),.)))),,||||{.,((((({{((((({..((((..((((.,,(((((,,(({{{{{{{..((((((((..((((((((((((((((((,.{(..{((({(({...,,.,,}}},.{(((,..((((((.(((((((.((((((({..((.((((((...(((.(({.{{.,....)).))).)))...)))))).))..}.))))((((((((.((((((.....{(((((((((((.((....)}))),,))).))))),((((((((.(......).))))))))|(((((..(((....(((((....))))))))..)))))}..((((((..,.........,.....)))))){((((((((..(({{{........,,.}}})){{{{.(((...,|||||||....}}}},||}}.,.......}}))))))}}}}},,.((((((((,.....{{{(({{{{{{{{,.{({({{{,,,....((((,((((((((((.((((((.((((((((..((((((.(({...(((((...,,(((...(((((.({........)).))))))))..)))))..)))..)))))))))))))).})),,)).))}.{((((((((((((.....(((({.......}))))...))))))..))))))}..,})))))).}}}}|.,}}}..}}).)))}....,{({{|{{,,|||{{....(((((({.{,....,,.}}}}}}},,{,{,(({{,.{{{|||,|.,{........}},},}|||||{{{,,...(((((((.....)))))))...,..,.||||||{{,..,,,..,,,.......,||,,.,,...}}}}|}}}}|}}||||||(((((.({....)).)))))....}||||||||,...)))}....}})))))))))))..)))))))))))))),.(((((((..,,{{({....,,),..},)))))))....)))))))))).))))))})))}...,,.)}}..,.....)}}}}})))))))))))....)))))))).)))))}....{(((.(((((({{.......,.......}))))))))....(((((((.,,......||.))))|,||..{{(({{(,{{.(((({(......}),}))))))))}}},........,{{{....}||....,,..}))..)))))...,,.))))..)))).......(((((.(((.............................)))..))))).......}}},}},.}))))|||||||,,,})}}}}}||,||},........))))))))))))))).,,{(((((((..........)))))..)))......))})}||....,||||{||||{{|||,,,.,,,,|},,}}})}})},.(((((((((.((...{..........))))))))))))))))}}}})))))))))}.,,,,,,.......,,,|,|},((((....((((((((...{((.,(((..{{{|||,..,,((((,......}}}},}))))))))).))))))))))).,.))))...,|{{|{{,((({{.,,,,{{{((,,,(((((({.((,((((({{{(({{{{{{,,....,{((((((((.......,..{{,{{{{{.....})))).}}...)))).))))}.......|{((((((({.(((((((..((((..(((((..(((((..{{{.{({...(((((((((..{(,.,,,.(({{{,{(((({,,....,||||{(({{{{{.||{,{,{{...,.},..},..))))}}}}..,,,,,,,|,,,,.,,{((({....})))},,,,...(((((.....))))).,|{{{{(,,......,,.....,,))))))},,}||},)))..},,,))))))))}..}}}.}}}.))))).)))))..))))))))))).).)))))))}|(((((({(((((..............}))))})))))),......,}|))}|||{........({(((.{{{(({{{{|.{{{|||,,{{(({({|||,{|}}}}.))}})}})}))}.,,.,}}}},,(((((..,...}|}}}((((..(((((((((((......(((((...))))))))))).)))))..))))..|.(((((((((..(((....)))..))))))))))}))))),)))},)))))),,.}}}})))|}})}})}),...))))}.....))))).))))))))).)))))))....,}))))))....}})))))))))))))))...,}....))))))),...}))))))))))))....)))))))),||,.{{{{{,.{((((,{{(,,,...,,.,)}}))),))),),,..,|||..,}))}.}}}}})))).)))))..(((((((((({....{((((...((((....))))..))))},,..}))))....})))))...,,{..(({(({..(((((((((((((((...((((((.........))))))....)))...(((((.(((((((({{,......{(((.....((((((..((...,....((((((....))))))..))..))))))..))))(((((.((({...))))))))).,))))))))).)))))))))))))))))(((((((({,(((((((,{(((((({,,{|||,,...,||||.....}}}}{(((....(((((((.....)))))))..)))}(((((((,.{{..((((...)))).))}.))))))),...{(((.{.,.((({(,{,,{((..,...,}|,,|,,)}}}}.||}}||,||}||}}}}||,.,,,..,,}.,{{{((({|,,,.{{{{,,,,,}}}},,,(((((((((.(((((.(({......,{{{{{{{{{...}}}}}}}||{(((((((((............(((((((........)))))))....(((((.((((.(((((((....))))))).)))).))))){(((((.,..((((.(((.((({.|{{...{{|,.{(((((((({,{{({({{,{{|}},,}))))}},)}}..,},..((||((|,{{{{|,,.(((((((.(.(((({....})))).}))))))).))}}},,.})))))..........})))))))))((((((((.{{....)).))))))))...(((((((((.,.((......)).,.)))))))))....}}}}.}})))}.))).))))..,))))))}))))))),)))}.))))).))))))))}...,,,,..}.,)))))).).)))))))))))))),.}))).))))))))))))))))}}|{{{|.,,,))))..,,)))}}...........,}))))))))))))}..)))).
Back