Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364886.1
Sequence Length
2551 nt
GC Content
0.4618
GACUCCCGCGCGCGCUCGGCUGGUCCCAGUCCCCGGGAGAAGAAGCGGAGGAGGGAGAGAGCCAGCGAGGCGGCCCAGGGGAGCGGGCGCGAGUGGCGGCUGCCGGAGCCGCCUGUGCACGGGCGGCGGCGAGGCGAGGGUGGCGGUCGCCUGAGCAGCUAGAGCCGGGGCGGCGCGGAAUCCGCAUCCGCCGCGAGUGUGAUGAAGCUACCCUGCCUCGCUGCUCCGCUUGCCGCCAGCUGACACCGCCUGCACCCAGCCCGCCCGGGAGGGGAGACGCCGCGGGGCCGUGACCUUGGCGGAGGAGGGCACACUGAUAAUUCUUGUAUCUUGAGAGUGGACCAAGUUUUGGGUGACAUGGCCCAGGGGAAUAAUUAUGGGCAGACCAGCAACGGGGUGGCCGAUGAAUCACCCAACAUGCUGGUGUACAGAAAGAUGGAAGACGUCAUAGCACGGAUGCAAGAUGAAAAAAAUGGAAUUCCUAUUCGUACGGUCAAAAGCUUUCUUUCCAAGAUACCUAGCGUCUUCUCUGGUUCAGACAUUGUUCAAUGGUUGAUAAAGAACUUAACUAUAGAAGAUCCAGUGGAGGCGCUCCAUUUGGGAACAUUAAUGGCUGCCCACGGCUACUUCUUUCCAAUCUCAGAUCAUGUCCUCACACUCAAGGAUGAUGGCACCUUUUACCGGUUUCAAACCCCCUAUUUUUGGCCAUCAAAUUGUUGGGAGCCGGAAAACACAGAUUAUGCCGUUUACCUCUGCAAGAGAACAAUGCAAAACAAGGCACGACUGGAGCUCGCAGACUAUGAGGCUGAGAGCCUGGCCAGGCUGCAGAGAGCAUUUGCCCGGAAGUGGGAGUUCAUUUUCAUGCAAGCAGAAGCACAAGCAAAAGUGGACAAGAAGAGAGACAAGAUUGAAAGGAAGAUCCUUGACAGCCAAGAGAGAGCGUUCUGGGACGUGCACAGGCCCGUGCCUGGAUGUGUAAAUACAACUGAAGUGGACAUUAAGAAGUCAUCCAGAAUGAGAAACCCCCACAAAACACGGAAGUCUGUCUAUGGUUUACAAAAUGAUAUUAGAAGUCACAGUCCUACCCACACACCCACACCAGAAACUAAACCUCCAACAGAAGAUGAGUUACAACAACAGAUAAAAUAUUGGCAAAUACAGUUAGAUAGACAUCGGUUAAAAAUGUCAAAAGUCGCUGACAGUCUACUAAGUUACACGGAACAGUAUUUAGAAUACGACCCGUUUCUUUUGCCACCUGACCCUUCUAACCCAUGGCUGUCCGAUGACACCACUUUCUGGGAACUUGAGGCAAGCAAAGAACCGAGCCAGCAGAGGGUAAAACGAUGGGGUUUUGGCAUGGACGAGGCAUUGAAAGACCCAGUUGGGAGAGAACAGUUCCUUAAAUUUCUAGAGUCAGAAUUCAGCUCGGAAAAUUUAAGAUUCUGGCUGGCAGUGGAGGACCUGAAAAAGAGGCCUAUUAAAGAAGUACCCUCAAGAGUUCAGGAAAUAUGGCAAGAGUUUCUGGCUCCCGGAGCCCCCAGUGCUAUUAACUUGGAUUCCAAGAGUUAUGACAAAACCACACAGAACGUGAAGGAACCUGGACGAUACACAUUUGAAGAUGCUCAGGAGCACAUUUACAAACUGAUGAAAAGUGAUUCAUACCCACGUUUUAUAAGAUCCAGUGCCUAUCAGGAGCUUCUACAGGCAAAGAAAAAGUCUGGAAACUCAAUGGAUCGCAGAACAUCUUUUGAAAAAUUUGCACAGAAUGUGGGCAGAAACAUCCCUAUUUUCCCAUGCCAUAAAAACUGUACACCAACACUGAGGGCCAGCACUAACCUGUUAUGAAAAGAGGGGAAAUCUCUCACGUCCAAGAGGUUAACAAGCCUUGCUCAGUCUUACUAAACGGAUCAUCUUGUAGCAUGAAUGCAGACUGGAGUCACUGCACACACUUUGUAGCUCAAUGUUGUGACCUGGAGCAGAGGACAUUAGAACAAGAUGUUGCAUGAGCAAAGGACCUAAAUUGUUAUUUUUGUGUGUACAUUCCAUCUCCAAUGGACUCUUCCGUCUCAAUGCCUCCAUUCCAAACUGUUGUCUGCUUUCUUUCUCCUUCUACUAUGCUGGAUCUGUGUCUCUUCCUUUUUAACAAGUUCAAGUGAAGUAAAACCUUUUCUUUUUUUCCUUCUUUCUCUCUCUCUCUCUCUCAAAGCUUCAGUUAGACACACAGUUCACUGAAAAUUCAGUCAGUCAAAAACUGGAAGAACUGUAAAAGAAAAAAGUAUAUAUCAAUAAGUAUACAUGUGGCUUCACAUUUAUUAAACAAUAAAUUCCGCACAGAAAGUUUCAUUUCACCAAUGUGUCACAGUCAGAAACAAACUCAUGUCUUCGUCUGUUGUCUGUACAUUCUCCGUUAAUGUUUCUCGCAUUUAUUUUUAUACCAUAUUUAAAGAAGAAACACCUUUUACUCCAAAUGUAUUAAAGUUGAUCCCUUCUCUGUAAAUUUGUGUAUGUUUAUAUUGUUGUUUUAUCUUUCAUUAAAAGAUGCAGAAUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-742.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -788.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 719.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(.(.(((.((......))))).))))))))..((((((((((((((((((((((((.(..(((((((.(.((.(((((((..(((((((((...((((((((((((....)))))))(((((((((.((((((((.(((((((..((.......))((.(((((.((((...))))..))))).)))).)))))...))))))))))))))))))))))...))))))).)).....))))))).(((..(((....)))..))).....)).).)))))))..).)))))(((((((((...((((....((((.(((((......((((((((.((((((((((((...(((((............)))))(.(((((((...((((((........))))))....))))))).).......((((.....))))...(((....)))...............((((....))))(((((.(((...((((((((((((((......(((((((((.((((.((........(((.((((((((........)))))))).))))).)))).)))))))))...))))).........((((((..((.((.(.(((((((.((((((.......(((((((...(((((.(((((((((..........((((...))))...........)))))))..)).))))).(((((......(((.((.((((((((.....((((.........))))))))..)))).)))))..((((.(((.((....))))).)))))))))...(((......))).....((((....)))).(((((((((..(((..((....))....)))))))))))).....))).)))))))))).)))))))).)).)).)))))))))))))))....)))..))))).(((((....)))))(((((.((.............)).))))).....))))))))))))((.(.((..((.........))..)).).))..)))))))).....))))).))))....))))....)))...........(((((((.............(((((....(((.....)))...........(((((((...(.((((.(((((.(((((.................)))))..))))))))).)...((((....(((((...)))))...))))....))))))).......)))))......(((.((((....))))))).)))))))((((((((((.(((...(((((.((.(((((((((((((..(((((((...(((((.(((((...((((((((..(((......((((((((((((((.(((((((((((.((((.........)))))).)))))))))...((((((..(((((..((.((((((...((((..((((.....)))).)))).....))))))...(((((((.((((((((((((((..((((...(((((.((((..((.((.((((..(.(((.((...........)).))).)...)))))).))..)))))))...)).....)))).)))))..............(((((......))))).((((((((((....((((((...........(((.(((..(((((.........)))))))).)))..))))))(((((...((....))....)))))..))))))))))))))))).))............)))))))...........))..)))))..))))))...((((((.((..((...(((((.....)))))...)).)).)))))).....(((((((((((((........))))((((((((.(((....)))...((((.(((.((((.(.((..(((((((.....)))))))..))).))))..))).)))).)))))))).....))))).)))).....))))))).....(((....))).(((((.....)))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))...............)))))).)).)).)))))))))......)))))))(((.((((......)))).)))....))))))....)))))))))).))))....))))).....(((((((((((((((((....)))))((((.....))))...)))))))...........((((((........)))))).(((((......(((((((....))))))).)))))..((((......))))......)))))((((.(.((((((......))).)))).))))..((((((...(((...((((((......(((..(((...(((((((.(((((.(((((...((.(((((((.......)))..)))).))....)))))...))))).)).)))))...)))....))).........)))))).)))))))))...)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.(.{{(((.((((..{{{|,,|{|{||,,,,.....,|||,|||||||,,,||}}|||{.((((({...(((..(((((((.,(((((((((.{.((((((((((((....)))))))(((((((((.((((((((.(((((((..,,..,....))((.(((((.((((...))))..))))).))}).)))))...)))))))))))))))))))))),..))))))).)).....))))))).))).),)))))))||,|{{||{{|{||{,{||({({{.,(((({{.{{,{((((({{..,{({...,{{,.((((((((,((({(((.,{,{{{(((({({,,...|||||,{(,,,...|,.||||}{.(((((((...((((((........))))))....))))))){{{{,{{..((((,,,,,||||...(({....}}}...|||,.....,{{{,,{|||||||}}},|{|}||||,||||||||||||||}},,..(((((((((.((((.((........(((.((((((((........)))))))).))))).)))).)))))))))...,||||||{......{{(({(,,..}||}}}.,,.|||}|},{{||||.,,.||||||}...,}}}))),}{|||||.,,,.....}|||,,,..,))},.....,,,{||},})|,....})))}|||}}}}}}...(((.{,.{((({{{{...,,((({.,.......})}}}}}}..)))).|||||{,((({{(((.({.{.{{{||,.,)))}).}..,)}))))||||||}.,,,,{|||...,)))),||||{||||,.|{{..((....}}....}}},}}))}}}}.{({(((((((.((((..((((((((((,{,,{({{{{{{{,|,{{{,{{{((({((,{{({{{.({{{{.,}}}))||||{({{{....,..,{,,..{||{{{..,.....|||||}}}},,}|.,......,,.......,,}}..}|||||||,,|||||,,....{|||...,,,.}}}}},}}.......,,.,.......,|||,|,,,....|||....,|,,|..,,|||.....,,,...........((((({{...{.((((.(((((.{{{{{......,,,,,......}}))),,))))))))).}...((((..,.(((({...}))))...))))....})))))}.,,|...,}}}}..,.,.|||}||||.,,.}},,}||,{{|.|}}((((((({((.(((...(({{(.({.(((((((((((,,{{(,(({{{{{,{{(((.(((((.,(((((((({.,(((......(((((((,,(((,,.(((((((((({.((((.........))))})})))))))))...{(((((..(((((..((.((((((...((((..({{{.....))}}.)))).....))))))...(((((((.((((((((((((((..((((..,(((((.((((..((.((.((((..,.(({.{{...........}}.,}},},..)))))).))..))))}})...})..,..)))).)))))..............{((({......})))).((((((((((....((((((..........,(((.(((..(((((.........)))))))}.)))..))))))(((((...((....))....)))))..))))))))))))))))).},.......,,...)))))))...........))..)))))..))))))...((((((.((..((...(((((,...,)))))...)).)).))))))....,((((((((({{,.........|}|.((((((((.(((....}))...((((.(((.((((.{.((..(({{(((.....))))})}..)),.))))..))).)))).)))))))).,,,.)))))}}})).,...||}}}}}.....,|,},,.}}}.(((((.....)))))))))))))))))))))))))}}},)))}}})))))}.}})}}))}}}..}}}}},....}))))).)).)).)))))))))......))))))),,}.||||,.....,,,.})))))))))..)))))))))))}))))))))),..,))))),}}}.(((((((((((((((((....)))))((((.....))))...)))))))...........((((((........)))))).((((,...,,,|((((((....))))))}.,,}}|,.((((......)))).....,))))){{{(.{.({,{{{......))),)))),)))}.})))))}}..,,}}}},,|||||}}}}}|||.,{{{...{((({{{.{{{{{.(((((..,{{.{{{{{{{.......)))..)))).)).,,,))))),,,)}}}}.}},}}}}}..,}}}.}},,|,,,,{,|{||,,...}))))))))})},.,,.
Back