Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001365877.1
Sequence Length
2513 nt
GC Content
0.5281
AAUGCGACCCGACCGCGCUGAGGCUCCAGGACCGCCCGCCAUGGCUGCAGGAGGUCCCGGCGCGGGGUCUGCGGCCCCGGUCUCCUCCACAUCCUCCCUUCCCCUGGCUGCUCUCAACAUGCGAGUGCGGCGCCGCCUGUCUCUGUUCUUGAACGUGCGGACACAGGUGGCGGCCGACUGGACCGCGCUGGCGGAGGAGAUGGACUUUGAGUACUUGGAGAUCCGGCAACUGGAGACACAAGCGGACCCCACUGGCAGGCUGCUGGACGCCUGGCAGGGACGCCCUGGCGCCUCUGUAGGCCGACUGCUCGAGCUGCUUACCAAGCUGGGCCGCGACGACGUGCUGCUGGAGCUGGGACCCAGCAUUGGGCAUAUGCCUGAGCGUUUCGAUGCCUUCAUCUGCUAUUGCCCCAGCGACAUCCAGUUUGUGCAGGAGAUGAUCCGGCAACUGGAACAGACAAACUAUCGACUGAAGUUGUGUGUGUCUGACCGCGAUGUCCUGCCUGGCACCUGUGUCUGGUCUAUUGCUAGUGCCGCCGGAUGGUGGUGGUUGUCUCUGAUGAUUACCUGCAGAGCAAGGAAUGUGACUUCCAGACCAAAUUUGCACUCAGCCUCUCUCCAGGUGCCCAUCAGAAGCGACUGAUCCCCAUCAAGUACAAGGCAAUGAAGAAAGAGUUCCCCAGCAUCCUGAGGUUCAUCACUGUCUGCGACUACACCAACCCCUGCACCAAAUCUUGGUUCUGGACUCGCCUUGCCAAGGCCUUGUCCCUGCCCUGAAGACUGUUCUGAGGCCCUGGGUGUGUGUGUAUCUGUCUGCCUGUCCAUGUACUUCUGCCCUGCCUCCUCCUUUCGUUGUAGGAGGAAUCUGUGCUCUACUUACCUCUCAAUUCCUGGAGAUGCCAACUUCACAGACACGUCUGCAGCAGCUGGACAUCACAUUUCAUGUCCUGCAUGGAACCAGUGGCUGUGAGUGGCAUGUCCACUUGCUGGAUUAUCAGCCAGGACACUAUAGAACAGGACCAGCUGAGACUAAGAAGGACCAGCAGAGCCAGCUCAGCUCUGAGCCAUUCACACAUCUUCACCCUCAGUUUCCUCACUUGAGGAGUGGGAUGGGGAGAACAGAGAGUAGCUGUGUUUGAAUCCCUGUAGGAAAUGGUGAAGCAUAGCUCUGGGUCUCCUGGGGGAGACCAGGCUUGGCUGCGGGAGAGCUGGCUGUUGCUGGACUACAUGCUGGCCACUGCUGUGACCACGACACUGCUGGGGCAGCUUCUUCCACAGUGAUGCCUACUGAUGCUUCAGUGCCUCUGCACACCGCCCAUUCCACUUCCUCCUUCCCCACAGGGCAGGUGGGGAAGCAGUUUGGCCCAGCCCAAGGAGACCCCACCUUGAGCCUUAUUUCCUAAUGGGUCCACCUCUCAUCUGCAUCUUUCACACCUCCCAGCUUCUGCCCAACCUUCAGCAGUGACAAGUCCCCAAGAGACUCGCCUGAGCAGCUUGGGCUGCUUUUCAUUUCCACCUGUCAGGAUGCCUGUGGUCAUGCUCUCAGCUCCACCUGGCAUGAGAAGGGAUCCUGGCCUCUGGCAUAUUCAUCAAGUAUGAGUUCUGGGGAUGAGUCACUGUAAUGAUGUGAGCAGGGAGCCUUCCUCCCUGGGCCACCUGCAGAGAGCUUUCCCACCAACUUUGUACCUUGAUUGCCUUACAAAGUUAUUUGUUUACAAACAGCGACCAUAUAAAAGCCUCCUGCCCCAAAGCUUGUGGGCACAUGGGCACAUACAGACUCACAUACAGACACACACAUAUAUGUACAGACAUGUACUCUCACACACACAGGCACCAGCAUACACACGUUUUUCUAGGUACAGCUCCCAGGAACAGCUAGGUGGGAAAGUCCCAUCACUGAGGGAGCCUAACCAUGUCCCUGAACAAAAAUUGGGCACUCAUCUAUUCCUUUUCUCUUGUGUCCCUACUCAUUGAAACCAAACUCUGGAAAGGACCCAAUGUACCAGUAUUUAUACCUCUAAUGAAGCACAGAGAGAGGAAGAGAGCUGCUUAAACUCACACAACAAUGAACUGCAGACACAGCUGUUCUCUCCCUCUCUCCUUCCCAGAGCAAUUUAUACUUUACCCUCAGGCUGUCCUCUGGGGAGAAGGUGCCAUGGUCUUAGGUGUCUGUGCCCCAGGACAGACCCUAGGACCCUAAAUCCAAUAGAAAAUGCAUAUCUUUGCUCCACUUUCAGCCAGGCUGGAGCAAGGUACCUUUUCUUAGGAUCUUGGGAGGGAAUGGAUGCCCCUCUCUGCAUGAUCUUGUUGAGGCAUUUAGCUGCCAUGCACCUGUCCCCCUUUAAUACUGGGCAUUUUAAAGCCAUCUCAAGAGGCAUCUUCUACAUGUUUUGUACGCAUUAAAAUAAUUUCAAAGAUAUCUGAGAAAAGCCGAUAUUUGCCAUUCUUCCUAUAUCCUGGAAUAUAUCUUGCAUCCUGAGUUUAUAAUAAUAAAUAAUAUUCUACCUUGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-905.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -952.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 464.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.......)))...(((((((((((((((.......(((.((((((.(((..(((((((((((((((.(((..(((((((((((..((((((.........(((((.(((.......))).)))))(((((((((.(((((.(......).))))).)))))))))((((....)).))((....))))))))..))))............))))))).)))...((......)).)))))))))((((((((...(((((((((..(((((((...)))))(((.(((.((((.....))))..))).))).......(((((((.(.((((.((((....((..((((((....((((..((((((((((....))))....)))))).....)))).....))))))..))((((((...(((.(((.....))).))))))))).((((((.((...((((....)))).)).))))))..)))).))))).))))))).)).)))))))))...))))))))).)))))(((((.((.((((((.(((((((..((((((.((((..(((...(((.(...............))))....))))))).))))))..))))))).))))))...))))))).(((...(((((.(((.(((......((.(((....))).))))).))).)))))...)))......)))))))))))).....))))))))))...))))).((((((..((((.((((....(((((((((.(((..(((.((.((((((.(((((..(((((..(((((((((.....(((((((..(((((((........))))))).((((((.....................((((.((((((..(((((((.(.((.(((...((((.((((((........)))))).)).))....))))))))))))))))))).))))((.((((......)))).)).....))))))..((((..(((((((.....(((((.....((((((.......)))))).............)))))...))))))))))).....(((((((((((((((..(..(((((((.((((((((((.(.(((.....))).....).)))))))))))).(((((((....)))))))((((.(.((((.((((((((((((....))))).......((((.((.(.((.(((.......))).)).))).))))))))))).)))).).))))(((((....)))))..)))))....)..)))))))))).)))))........)))))))(((((((((((....(((((((((.(((((........))))).))............)))).)))..((((...........(((((.......((....)).......(((((((((((..(((((((.(((.(((....(((((((....))))))).......(((...((((((((.(((....((((((...(((......)))))))))..))).))))))))...))).(((((.....))))))))))))))))))..))))))))..))))))))(((((..((((........))))..))))).)))))))))))))))(((((((((.(......)...)))))))))...((((....))))((............)).....(((((((...))).)))))))))))))....)))))....))))).))))))........(((((....)))))...........)))))..)))...)))...)))))).)))).)))).(((((((.(((((..(((((((...))))))).(((((((.((((((...(((......)))....))))))..........((((((((..(((.((..(........)..))))).....))))))))...........(((((..((..((((...((((....((((((((.(((((((.(((....((((..((....))...)).))....))).))))))).))))))))))))..))))..))..)))))...)))))))))))).).))))))((((((((((..(((((((((.((((((.(....).)))))))))))))))....((((...((((((.(.....(((((((((((((......))).))))))))))..).))))))..))))(((((((((....((((((((.((((.(((......))).))))....(((.(((...))).)))...............)))))))).....)).))))))).))))))))))(((.....)))..(((........((((((..(((((..(((((..((........))..)))))...))))).))))))......))).......((((((....)))))).........))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,(((.......)))},.(((((((((((((((...,...(((.((((((.(((.{(((((((((((((((.,,,,,(((((((((((..((((((........,(((((.(((.......))).)))))(((((((((.(((((.(......).))))).))))))))){(((....)).))||,.,.))))))))..))))............))))),)})),..,||,...,.,..)))))))))((((((((...((((((((({.(((((((.{{|||||({{,|{,.{{{{||,{.,,||{||||||}}...,..,|||||||{({(,{,.{{{{.,{{{(,.((((({.,}}|||,,,{((({,,,||.}||))}}...,}}))}}.},..})),...}}}))))),.},((((((...(((.(((.....))).))))))))).((((((.((...((((....)))).)).))))))..}))).}})))}))),))).,..,,)))))))...))))))))),}))))|((((.(({((((((.(((((((..((((((.((((..(((...(((.,.............,,))))....))))))).))))))..))))))).)))))).,.)}))))).(((...(((((.(((.(((......{(,(((....))).))))).))).)))))...)))......)))))))))))).....))))))))))...))))),((((((...,{{.,{((,{..(((((((((.(((..({{{((,((((((,((({(.,(((((..(((((((((.....(((((((..(((((((........))))))).{{((((.,...................{(((.((((({,({{(((((.(((...{.{{,((({.((((((........)))))),)).)).,....))).))))))))))))).)))}{{.((((,.....)))).))),,..,}}))}..((((..(((((((...{{((,((,....((((((.......))))))..,...}}.....))))....))))))))))).....(((((((((((((((..{..((((({(.((((((((((.,.,((,....,,....}}}.)))))))))))}.(((((((....)))))))((((.(.((((.((((((((((,({{{{|,|||..,{{{.((,{.,,.|.||}|||.}}}}}})),.,}.,)).))))}}))))).)))).).))))(((((....))))),.)))))....,..))))))))))}}))))........)))))))(((((((((((....{((((((((.(((((.,......))))).))............)))),),,..,,{{.{{{{{{....,,,,,.......((....)}.......{{{((((((((..(((((({,(({{((({...(((((((....))))))).......(((...((((((((.(((....((((((...{((......)))))))))..))).))))))))...))).,,,,,.....,}},})))))))))))))..))))))))..}))})))}|{((({{(,,,..}}}}}})})}..}})))}))}})))))))))))(((((((((.{......}...)))))))))..,((({....})))|{............}}....,(((((({...})).)))))))))))))....)))))....)}))).)})))).,.,,,.,(({{{.,,,))))}.......,.,.)))))..)))...,,),,.))))))},})),}}}}.{((((((.(((((..(((((((...))))))).(((((((.((((((...(((......)))....))))))...,,,....((((((((..,{(,({..{........)..}}}}}.....))))))))....,,}....(((((..((..((((...((((....((((((((.(((((((.(((....((((..,.....,}...)).))....))).))))))).))))))))))))..))))..))..)))))...)))))))))))).),))))))((((((((((..(((((((((.((((((.(....).)))))))))))))))....,(((...((((((.{..{({(((((((((((((......))).)))))))))))},.))))))..)))|((((((({({...((((((((..{{(.(((......))}.)}|{,,..,,{.|||,..))}.,,}...............)))))))).....)).)))))))})))))))))){{{.,,..}}}..{{{.....{{,{(((((..(((((..(((((..((........))..))))),..))))).)))))),}....))).....{{((((((....,,,,)),,.,}}}..))))))...
Back