Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001365940.2
Sequence Length
701 nt
GC Content
0.5506
AUUUCCGGGCCGCCCACCACCCGCGUAGCACCGGCAGCCGCUGUCCCGGCAGUCUCCAGCCGUCCCGCCCGCUUGUGGCCAACUGGCUCCAGUCACUCCCCGAAAUGCCAGUCGACUUCACUGGGUACUGGAAGAUGUUGGUCAACGAGAAUUUCGAGGAGUACCUGCGCGCCCUCGACGUCAAUGUGGCCUUGCGCAAAAUCGCCAACUUGCUGAAGCCAGACAAAGAGAUCGUGCAGGACGGUGACCAUAUGAUCAUCCGCACGCUGAGCACUUUUAGGAACUACAUCAUGGACUUCCAGGUUGGGAAGGAGUUUGAGGAGGAUCUGACAGGCAUAGAUGACCGCAAGUGCAUGACAACAGUGAGCUGGGACGGAGACAAGCUCCAGUGUGUGCAGAAGGGUGAGAAGGAGGGGCGUGGCUGGACCCAGUGGAUCGAGGGUGAUGAGCUGCACCUGGAGAUGAGAGUGGAAGGUGUGGUCUGCAAGCAAGUAUUCAAGAAGGUGCAGUGAGGCCCAGGCAGACAACCUUGUCCCAAGGAAUCAGCAGGAUGUGUGGGCCAGGAUCCCCCUCUUUGCACAGCAUGAGGCAAAAAUGUCCAGCCACCCCCAGGCAUCUGUUAGCAGAGUCUGUCUCUUGGCUUUGUCACUUUUCCUUUUCUUAAAACAAAGCCAUGCCAAUAAAGUGAUCUGUGUUCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-235.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -247.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 184.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((.........)))..)).))))(((.((((.....(((((((.(((((((((..((..((((((((.((((((....)))).(((((.(((((((((((.((.((((.(........))))).)))))))........)))))).))))).((((((((..(((...(((....((((.((..((((..........))))..)))))))))...)))..)))))))).((((((.(....).))).)))....(((.((.((.(((((..((...(((....(((((......))))).....)))..))..))))).)))).))).)).))))))))))..)))......).))))))))(((((((.((((...(((..(((((...((........((((.((((((((((...(((.(..(((((.(((..((((((((((.((((.(.(.(....).).).)))).)................)))))))))..((((((.(((..(..(((((...)))))........)..))).))))))...))).)))))..).))).((.....))......))))))))))))))..)).)))))..))))))).)))))))(((((((((...................))))))))))))).....))))..))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,{(({,,{{,.,((((({{(,.((((.((.(((,,((({{{{({{.,{(,,,.,,,((({{({.,((((((((,(({({{,,{.||||.{((((.(((({{.(((({.{.,{,|,|}}},,,}}}}},|.|}}}}))}..}|},.,}}))).)))||.((((((((..(((...(((....((({,((..((((..........))))..)))))))))...)))..)))))))),|(((((.{....,.))),)))..,,{((,{{.{{.{{{{{..{{.,.{((,,..(((((......)))))...|,))}||}),.})))}.}))).))).)).)))))))))},,}}}....},},))}))))))).},,..))))).)))).)))....))))).,..}}.((((.((((((((((...(((.(..(((((.(((..((((((((({.((((.{.(.(....,.}.}.}))).),.........,,....}))))))))..((((((.(((..(..{,,,,{{{,,,))}.......)..))).))))))...))).)))))..).))).((.....))......))))))))))))))((((.((((....))))))))}.,,,.{((((((((...................))))))))).)}}......}}}..,},.,,,,....
Back