Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001366406.1
Sequence Length
760 nt
GC Content
0.4855
CCACAGAUCCAUGAUGUGCAGUUCUCUGGAGCAGGCGCUGGCUGUGCUGGUCACUACCUUCCACAAGUACUCCUGCCAAGAGGGCGACAAGUUCAAGCUGAGUAAGGGGGAAAUGAAGGAACUUCUGCACAAGGAGCUGCCCAGCUUUGUGGGGCAUUCCAGAGAACCAUGUGCUGUGAGGGCCUUCCGAGUCCAUCUGUUUAAUCCUGUCAUUGGAGACUUGAGAAACCAGAGCCCAGAAGGGAAAAGUGAUUGUCCCAAGAUCACACAGCACUGGAGAAAGUGGAUGAGGAGGGGCUGAAGAAGCUGAUGGGCAGCCUGGAUGAGAACAGUGACCAGCAGGUGGACUUCCAGGAGUAUGCUGUUUUCCUGGCACUCAUCACUGUCAUGUGCAAUGACUUCUUCCAGGGCUGCCCAGACCGACCCUGAAGCAGAACUCUUGACUUCCUGCCAUGGAUCUCUUGGGCCCAGGACUGUUGAUGCCUUUGAGUUUUGUAUUCAAUAAACUUUUUUUGUCUGUUGAUAAUAUUUUAAUUGCUCAGUGAUGUUCCAUAACCCGGCUGGCUCAGCUGGAGUGCUGGGAGAUGAGGGCCUCCUGGAUCCUGCUCCCUUCUGGGCUCUGACUCUCCUGGAAAUCUCUCCAAGGCCAGAGCUAUGCUUUAGGUCUCAAUUUUGGAAUUUCAAACACCAGCAAAAAAUUGGAAAUCGAGAUAGGUUGCUGACUUUUAUUUUGUCAAAUAAAGAUAUUAAAAAAGGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-249.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -266.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 217.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.(((...(((((((((((((((((.(((((.....))))).)).....(((((........(((((((..((.((((.....))))...))..)).))))).....)))))..(((((.....))))).(((((.((...)).))))).))))))))))..))))).))).(((((....).)))))))))).....((((((..((((((((.((((...((((((((((((((((...((((((.......)))))).......(((((.((((.((.(((.....(((..((.......(((((((((((((.(((...(((((......((((.....(((((((.........)))))))))))..)))))(((((.....)))))))).)))).)))))))))........))..)))....))))).)))).)).))).((((((...(((((((((.(.......))))((((((...((((((((((.((.......)).))))))..)))).......))))))(.((.(((((..(((((((((...))))))).))..))))).)).)))))))...))))))...))))))))))))))))..))))..)).....))))))((((((((((...))))).)))))(((((((....................)))))))........))))))(((((...(((((...((((.......)))).)))))..))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,(((({{.(((,..{{{,,((((((((((({,((({(,.||,|}|}}{{|.....||((({.,...,.(((((((,.{{.((((.....))))...)),.)),,)))).....}}}))..(((((.....))))).(((((.{{...)).))))},)))))))))),,)))))}))).{{(({,,..|.})))}}}}}}.....((((((.,((((((({.((((...((((((((((((((((...((((((.......))))))....((((......}||}{{,|(({{({{(((..,,.}}},..(((((((((((((.(((..{(((((,{,{..{{{{{....(((((((.........))))))).,.)}.})}))||{{|.....})),,})).)))))))))))))).......,}|,.|||{{..||}}},|}}}}}}{||,.((((({...(((((({{{.,..,,,,.|}}},(((({.,|{{{{((((((.((.......)).))))))..}}},...,,..))))),{.((.(((((..(((((((((...))))))).))..))))).)).}))))))...)))))).},))))))))))))))))..))))..}|.....))))))|(((((((((...))))).))))),,,,{(({{....,}}}...,{{,.......}))}....,,,))))))|{(({...(((({{,,({{{.....,,))))..},}},,)))),.
Back