Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001366618.1
Sequence Length
2211 nt
GC Content
0.6336
CUCUCCACUGCCUGCCCGCCACCGUGCAAGCUCUGGCCGGCGCUGCCCACAGUCCCCAUGGUGGGCAGCCCCCGCGGCGGGGACCCCUGAUCGGCAGCGGCAUGCCAGGGAAGCCCAAGCACCUGGGCGUCCCCAACGGGCGCAUGGUUCUGGCUGUGUCAGAUGGAGAGCUGAGCAGCACGACGGGGCCCCAGGGCCAGGGCGAGGGCCGCGGCAGCUCUCUCAGCAUCCACAGCCUCCCCAGUGGUCCCAGCAGCCCCUUCCCAACCGAGGAGCAGCCUGUGGCCAGCUGGGCCCUGUCCUUCGAGCGGCUGUUGCAGGACCCGCUGGGCCUGGCUUACUUCACUGAGUUCCUGAAGAAGGAGUUCAGCGCGGAAAACGUGACUUUCUGGAAGGCCUGCGAGCGCUUCCAGCAGAUCCCGGCCAGCGAUACCCAGCAGCUAGCUCAGGAGGCCCGCAACAUCUACCAGGAGUUCCUGUCCAGCCAGGCGCUGAGCCCAGUGAACAUCGACCGUCAGGCCUGGCUUGGCGAGGAGGUGCUGGCCGAGCCCCGGCCGGACAUGUUUCGGGCACAGCAGCUUCAGAUCUUCAACUUGAUGAAGUUCGACAGCUAUGCGCGCUUCGUCAAGUCCCCGCUGUACCGCGAGUGCCUGCUAGCCGAAGCCGAGGGACGCCCUCUGCGGGAACCUGGCUCCUCGCGCCUCGGCAGCCCUGACGCCACGAGGAAGAAGCCGAAGCUGAAGCCCGGGAAGUCGCUGCCGCUGGGUGUGGAGGAGUUGGGGCAGCUGCCACCCGUUGAGGGUCCUGGGGGCCGCCCUCUCCGCAAGUCCUUCCGCCGGGAGCUGGGCGGGACUGCAAACGCCGCCUUGCGCCGAGAGUCUCAGGGCUCCCUCAACUCCUCCGCCAGCCUGGACCUUGGCUUCCUAGCCUUCGUCAGCAGCAAAUCUGAGAGCCACCGGAAGAGCCUUGGGAGCACGGAGGGUGAAAGUGAAAGCCGGCCAGGGAAGUACUGCUGUGUGUACCUGCCCGAUGGCACAGCCUCCUUGGCCCUGGCCAGACCUGGCCUCACCAUCCGAGACAUGCUGGCAGGGAUCUGUGAGAAACGAGGCCUCUCUCUACCUGACAUCAAGGUCUACCUGGUGGGCAAUGAACAGAAGGCCCUGGUCCUGGAUCAGGACUGCACCGUGCUGGCGGAUCAGGAAGUGCGGCUGGAAAACAGGAUCACCUUCGAGCUGGAGCUGACGGCGCUGGAGCGCGUGGUACGAAUCUCAGCCAAGCCCACCAAGCGGCUGCAGGAGGCGCUGCAGCCCAUUCUGGAGAAGCACGGCUUGAGCCCGCUAGAGGUGGUGCUGCACCGGCCAGGCGAGAAACAGCCUCUGGAUCUGGGGAAGCUAGUGAGCUCGGUGGCGGCCCAGAGACUGGUUUUGGACACUCUUCCAGGUGUGAAGAUCUCCAAAGCCCGUGACAAAUCUCCCUGCCGCAGCCAGGCCUGGUGGAGCUGCUGAACCGGGUGCAGAGCAGCGGGGCCCACGACCAGAGGGGCCUUCUGAGGAAAGAGGACCUGGUACUUCCAGAAUUUCUGCAGCUGCCCGCCCAAGGGCCCAGCUCCGAGGAGACCCCACCACAGACCAAAUCAGCAGCCCAGCCCAUCGGGGGAUCCUUGAACUCCACCACCGACUCAGCCCUCUGACAGCUACCCAACAGUCCAGGACAGCUGCAUGGCACCCGGCGGGCCGAGCAUGCCAUGGGUCCGCUCUGCAUGCCCUGUCUGUGCCAUGAGUGUCCCUGGCCCCUUCCUGCCAUGGGCAGGCCCGCAGGAAGAGCCGGUAGGGGUGGAAAGGGGACUCAGAUGAGACACACCCCACAGCUGCCACCGCCUUGUCCCUCAACAAGCUCACCCCCAAUCCCUUGCAGCCAGGCCACAAUGGGGGAGGUGAGUCCAGCCCCUUGGAACAGGCUUGCCCAACAUGGAGGGAUGGCGUUGGCAGUGCCAGCCUCCCCAGCCUGUGCCAAGCUUCAACAGGGGCAAGAGGAGGGGCCGGCCCCUCCUCAGGAAGCUGGUAUGAGUAAGGCCUUGAGGGUGCAGGCAGGCAGCCCUGUACCCCACCCACAUAGACUAUACUGUACAUACAGAUUUUGCAGUAGGCUUGGGGCAGCUGGGUUUGUCCUUGAUGUAUGAUACUGUUAUUAUAAUAAUUAUUAUUAUUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-991.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1028.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 470.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((.(((....(((((((...(((((((.(.(((((((..((((((((.(.(((((.....))))).).))))))...))...))))))).)..)))))))..(((((......)))))((((.....)))))))))))...))).).).))).)))))))....((((((.((.((((((((((((((((((((((((((.((..(((.(((.((((.((((.((((..(((((((((((((((((((.((.......(((((.((((.....((((.....)))))))).))))))).))))))))..))).))))))))...)))).......((((((((((.....))))))))))((((.....))))......))))..).))).))).)))((..(((((((((.((((((...............((((..((((((((.....(((..((((....)))).......((((((((.((((...((((((.....(((.((((.((((((((.((......)).))))))))..)))).))))))))).)))).)))).))))(((((.....((((((((((((.((.((....)))).))))))))))))....(((((...(((((.(...(((((..((((((((((...((((((.(((((...(((((((((((((((((((((((...(((.((.((.((....(((....)))....))))))..))))))))))..)))))).))))))))))(((....))).))))).))))))...(((((((...(((((((((((...(((((((........)))))))..((....))...))))))..)))))......)))))))........((((......)))))))))))))))))))))))))..)))))..)))))))).....)))....)))))..)))).((((.(((((...........(((((((((.(....(((((((..............)))))))))))))))))..(((((....)))))))))).))))......)))))).)))))))))..))..)).)))).))).....(((...(((..((((((...))))))..))).)))...)))))))))))))....((((((....((((((.((((...((.(((.(((.((((...(((((((.(((.((((((((.((((.(((.(((((.((((.((((.......(((((..(((((((((.((((((((.(.(((...(((((((((((((((.(......(((....)))).))))).)))).))))))((((..((((........)))))))).((((((...((((.((....)).))))..)))))).((.(((((((((...((((((....).)))))..))))))))).))..........))).).))))))..)).)))))).)))))))))))).))))..(((.(((((((((.(.......)))))(((((......)))))..((((.....))))....))))).)))((((......))))))))).))).((.....)).................)))))))))...))))))))))).))...))))...))))))...)).)))).)))).))....)))))).(((((.((.((((((((..((((((....((((((...(((....))).)))))))))))).)))))))))))))))..)))))).)).)))((.((((((((((((.(...((((((((.((((((.(..((((.(((....))).....))))...((((((...((((.((((((((....((((((((((...((.(((..((...))..))).))))).)))))))...(((((((((.(((((((...(((...))).((((.(((..((((...))))))))))).))))))).))).........))))))..(((((((((....)))))))))(((..(((......)))....))))))))).)))))).))))))..).)))))))))...........(((((((...........))))))))))))....).)).)))))))))).))...(((((((....)))))))(((((....)))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({((((((.((((((.((,(((((((..,(((((((.(.(((((((.,((((((((.(.(((((.....))))).).)))))}..,))...))))))).)..))))|||,.(((((......))))),|||}....))))))))))),,.,(((((.((((........))))))))).,},.((((((((((((((((((((((((((.((...((,({{.({({.{{{,.((((..(((((((((((((((((((.((.......(((((.((((.....((((.....)))))))).))))))).))))))))..)))})}))))))...)))).......((((((((((.....))))))))))((((.....))))......||||,,||,}}.}})}})}||,,(((((((((.((((((,.,,{(((({.((,,((,..,,.(((({{.....({..((((.(.((((({.({((((((((.((((.,...{{{,...,,.,,.,)))))))))))},))|.))))).).))})|||}}|..,)))),|||,,,||{|||||.,.,{{(((((,(,{,,,,.((((((((((((.((.((....)))).))))))))))))....(({{,..,(((((.{,,.({{,{{{{{,(({(((({..,|||||.|||||...{,|||{{||||||({{(({|{({...{{{.|{.{|,||..,,||{.,,,))),..,)))))),.))))))))}),,)))))){||||||||||(((.,,,}||,|||,,.,,)))}..,||{|||,,}}{{({{{(({{(,{,{{{({{(.|..,,..)))|}}},.{{....|},}}})})))..)}}}}||,,.,)))}}}},}}}}}}}|||||.,{,,|}|,|},,|||||||})))}|||}}|.|}}}}...,)))}}.||..,|||,.,,}},,}))},}}.((((.(((((..,.....,,.(((((((({.(....(((((({...,.........,)))))))})))))))))..(((((....)))))))))).)))).....,)))))).)))))))))..)}..)).)))).))).....(((...(((..((((((...))))))..))).)))...)))))))))))))....((((((....((((((.((((...((.{({.(((.((((...{((((((.(({{((((((((.((((.(((.(((((.((((.((((.......(((((..(((((((((.((((((((.(,(((,,.(((((((((((((((.,..,,..(((....))),.)))))}}))).)))))){{{{..((((........)))))))).((((((...((((.((....)).))))..)))))).((.(((((((((...((((((....}.)))))..))))))))).))..........))).),))))))..)).)))))).)))))))))))).))))..{((,(((((((((.(.....,.}))))||(((......}}}||..((((.....))))....}))}).)))((((......))))))))).))).((.....}}.,,..........,,.,)))))))))...)))))))))))},}...))))...)))})),..)).)))).)))).))....)))))).(((((.((.((((((((..((((((....((((((...(((....))).)))))))))))).)))))))))))))))..))))))(((((((...(((....))))))))))}.)).)))))))))))).,)}}...,(({,.{.((((.((((...(((((((.{{((((((...((((....((((((((((...(({(((..((...))..))).))))).)))))))(((((,((((((.(((((((...((,...,)).((((.(((..((((...))))))))))),))))))).))),(((((....)))))..(((((((((....))))))))),))..)))))..})))))))))..{(.((((((((((.....)}))))))))))}.,,....{{.{,.(((((((.,.........)))))))}))},))))))))))))).))))},}||.,{((((((..,,||},}}}|||||,,,}))}}}}},,.
Back