Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001366737.1
Sequence Length
5023 nt
GC Content
0.3635
AGAGCGGGCCGGGAUCGUCUGCCUGCGAGGUGGCGGUGCCUACCACAGCGGGUCGGGAGCUUCUGGGAUCCGAGCCGAGAAACGGGACGCUCGAGUCCAUUUGCAGUCUUCACGUAGGAAACGGUGCUAGAACAACAAACCAGAAGAUUAACAGAGUUGGGGCUAAUAUAAUGCGUUUAAUUGUCUCAUGGCCCAUGUUCUAGAACUACAUCCUCGGUCACUGUCCCAGUACAGCCAUCUGUAGCACCUCCUCAGUAACUGACGGUGAUGUUCCUUUCCCUACGCUGUUUAUACCAUCAGCCUGGGGUUUUCUUUGGAGGUGACACAAAGAAUGAAGAUAUUCAAAUGUUAUUUUAAACAUACCCUACAGCAGAAAGUUUUCAUCCUGUUUUUAACCCUAUGGCUGCUCUCUUUGUUAAAGCUUCUAAAUGUGAGACGACUCUUUCCGCAAAAAGACAUUUACUUGGUUGAGUACUCCCUAAGUACCUCGCCUUUUGUAAGAAACAGAUACACUCAUGUUAAGGAUGAAGUCAGGUAUGAAGUUAACUGUUCGGGUAUCUAUGAACAGGAGCCUUUGGAAAUUGGAAAGAGUCUGGAAAUAAGAAGAAGGGACAUCAUUGACUUGGAGGAUGAUGAUGUUGUGGCAAUGACCAGUGAUUGUGACAUUUAUCAGACUCUAAGAGGUUAUGCUCAAAAGCUUGUCUCAAAGGAGGAGAAAAGCUUCCCAAUAGCCUAUUCUUUGGUUGUCCACAAAGAUGCAAUUAUGGUUGAAAGGCUUAUCCAUGCUAUAUACAACCAGCACAAUAUUUACUGCAUCCAUUAUGAUCGUAAGGCACCUGAUACCUUCAAAGUUGCCAUGAACAAUUUAGCUAAGUGCUUCUCCAAUAUUUUCAUUGCUUCCAAAUUAGAGGCUGUGGAAUAUGCCCACAUUUCCAGACUCCAGGCUGAUUUAAAUUGCUUGUCGGACCUUCUGAAGUCUUCAAUCCAGUGGAAAUAUGUUAUCAACUUGUGUGGGCAAGAUUUUCCCCUGAAGUCAAAUUUUGAAUUGGUGUCAGAGUUGAAAAAACUCAAUGGAGCAAAUAUGUUGGAGACGGUGAAACCCCCAAACAGUAAAUUGGAAAGAUUCACUUACCAUCAUGAACUUAGACGGGUGCCUUAUGAAUAUGUGAAGCUACCAAUAAGGACAAACAUCUCCAAGGAAGCACCCCCCCAUAACAUUCAGAUAUUUGUUGGCAGUGCUUAUUUUGUUUUAAGUCAAGCAUUUGUUAAAUAUAUUUUCAACAACUCCAUCGUUCAAGACUUUUUUGCCUGGUCUAAAGACACAUACUCUCCUGAUGAGCACUUUUGGGCUACCUUGAUUCGGGUUCCAGGAAUACCUGGGGAGAUUUCCAGAUCAGCCCAGGAUGUGUCUGAUCUGCAGAGUAAGACUCGCCUUGUCAAGUGGAAUUACUAUGAAGGCUUUUUCUAUCCCAGUUGUACUGGAUCUCACCUUCGAAGCGUGUGUAUUUAUGGAGCUGCAGAAUUAAGGUGGCUUAUCAAAGAUGGACAUUGGUUUGCUAAUAAAUUUGAUUCUAAGGUGGACCCUAUCUUGAUUAAAUGCUUGGCAGAAAAGCUUGAAGAACAGCAGAGAGACUGGAUCACUUUGCCCUCAGAAAAGUUAUUUAUGGAUAGAAAUCUCACUACCACAUCAUGAUAGUAAAAUCAGGAUGGAAAUAAGAGGGUGCCUGAUAAAUGGAGUCAGUGUGGAAUUGAAUACCAUACUAUGCCCAAUACUGUUUAAACUCAGUCCUCCCAUAUUUUAAAAGGUGUCCAAAAUUCCAUACACAAGGGAAAGUGAUCUAGCCUUUGAUGUUAUUAGCCUGCAGUUGGCUAGGUUUUUUUAAUAUUUGUUUUUGCUUGUAAUCUCACUGAGCCAAAUCAGAGAUCUUAAACAUUCAGUCAGUCAUCAAACAUUAUUGAGCACCUAACUAUAUGACAGGCACUUUUUUAGAGACUGCGGCUUAUCCUCAUCAUAGCAACCUCGGUAUCUUUAAGUUCUCCACAUAACAGUCAGGAUUCUACUGAAGAAGCUUUUGAAGUUUGUGGUAAUCGUCUGAUCAUAUAAACCACCCAUUUCAGAGUAGUGUUUAAGUACUGUGACCAACACUCCACUUGUCUCUUAACUCAGCUUUCAAGACAUUUCUUAACCAUCAGAGCAGAGGAGGAAAGACUCACUACCUCAGAAAAAUCUCAAAGAAUAGUCCAAUUUCCUGCUUGCCAAAGCAUAAUCUGCCUUUUGGUGCAUUACUUGGUCAAUUCAGGGUUGAGGAGACUGUUGGGGGGCAUUUAUAAUGUAUGAAAGUUAAGGAAGGGGGUGAGGAUGUGGGUUGGGACAGGUAGUACCUAAAGAGGAGCGAAGGGAUUUAUACAACAUUUUUAUCAUGUUACAAAACAGUAUCAUGAAUGGCCUCCUUUUUAGUUCAACUGUUUCUUUAAAAUGCAUUUACUGAUUAAAAAUAAGAACUGACCAAUAGCUCCAAGUGUCACACACCAGAACAUUAAGCCUAAGUCCUCAAUUCAUAAGUUAUCAUUCUAGAUAAGUUUCUUUACAAUGGAAUACUUUCUGUGGAAUCAUUAUAAUUCUGUUGUAUGGAACUAUCAAGCUAAGAGUCACUAAACUUUCUUCAAAAGGUUGUGUGAAAUAUGACAGCUUUCUAAAUUAAUUUGUAUAGUCAUUUAAAAUUUUUUCUUCUCUGGCAACUGUCCAACUGGAAUCCAGAUUUAAAGUGAUAAAAGCUCUAAGUUUCUUGCAGUCUUUUUCUCAGCUUAGUUCCAGAGAGAAAAAAGCUAAUUUUCCUAAGGACACAGCAAGAAUAUUCAUUAAGGAUAUUUUCUAAAACCCACACUUGAGAAAACCACCCAAUGAGUCAAAAAUAUAUAUAUAUAAUAUAUAUUUUAUAUAUAUGUAAUAUAUAUUUAUGUUAUAUAUUAUAUAUAGAACAAUUCCAUUACAUAUAUAAUAUAUAAAUAUAUAUAUUAUAUAUACAUAUAUUGUAUAUGAAUAUAUAUUAUAUAUACAUAUAAUUAUAUAUAUAUAAAUAUAUAUUAUAUAACAUAUAAUGAAUAUAUAUUAUAUAUAUAAUGGAAUUGUUCUGGAAGUAAAAUGGGGUAGGAAUGGGGUUCUGAGAAUAGGCAAUAACAUUUUCACCAGUCUCUUGGGAAAUUGUAGAACUCAUGUAAAAAUUUCUUGGUCAUGAUAUGUCUCAAUGGCAGCCUCAGUAAAUAAAAAUGUAGCCUCAGAUAUUAUAUUUAAAGAUGUAGUAAAUCUAGCCCAAAAUAGGACAAUUUGGAAGAUUUAAGUAUUACAUAUUUUUUAAAUGUCUGUGUUCUAAAUGUGAAAUGCACUUUGCUCAUUUUAAAGUUCAUAAUACUAACUGCCAACUGACACCACUUCUCGCUCCCUUUCUUCUCUUGAACUCAUUUUUCUCCCUUUUUAUUUACCCCCUUCAAAUUACUUCAUUCUUUGGAAAUAACUAUUACCAAGCCCCAUUCUUCAAAAUAAGUAAACAUUGUAUAGAGCCAAGUUCUGCAAAAGAUCCAUACCAGUUCACUCGUGUGCGACUGUGGACAGGUAAGUCACUUUGGUCUCUAUGAACCUCAGUUUUCCAGAUCUUUGAAAUGAGCACUUGGAUGCCUAUCCUUGCUUCCACACAAGUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGUGAGAAUCGAUUGAAAUAGUAUAUGAAGUGGUUUGAAAAUAGGUACAAACUAUUGACAUUUCAAUGUCAGAGAGUGAUACCUGUAGUAGUAUAGGCAAAGGUCCAACCCCAUCGAAAGGCUUAAACAUUUACCUUUUCUGAAAAACUAUUGAAAUAUAAAGAGAGUCCCCAGUCACAGGGGCAACUUCUGUAACCAAAUCCAGAUCUGAGGAAACUCCUGUAACCCCAUUUGGGGUUUCUUUCUAAGCCAAUAGGGUUACAGGUUGGUACAGUGACACAUUGAGAAUGGGGCUACAAAUACUUUUCCCACCAUCUAGGAUGAAAUACACGAAAUCCUGUUGAAAUCUUGGUUUUUAUGCCUUUGCUCAUCAGAAUAAACGUAAAUGCUGAAAAACAAAUAACCUCCUGAUCCACUGUCUUGCCUCCUGGUGAGAAAUGAUUCUAUCCCCUGUUUAUUGGGAAAUUUCCAAAGUUGUUCAUCACUUAAAUGCCGUAUUCAAAGGGAACAUGGAAGGAUGAAGCGGAGAAAGUGCCUUCGAGACAUUCACACAUUUCUCUGGACUCAGUCUGUUAACAUAUCAGGGAGCUUGUCAGAUCACACCUUUUUGCCUUGGAAAUCCUACAGAUUUCCUGUACGCCUUCAUAUCUGAUUCUUCCCUAAAACCUUUGGGUAUGAUUUCCUCCCUGGUCUUGAUAAUGUCCUGCAGUCUGUGUUUUAUAAUUAUUCUUUGUAUUUAUUGAAUCUAGACUUUAAGUUAUUCAGAGAUCAGACCAGAACCUUAGAGUUUCUAAACUGUAUGUGGAUAUUAAAUAAUAUUAAUAAUGAAAGAGCUACCAAAAUAGUCUAUAUUGUGUGAACAAUCUCUUGGGAUAUUAGACGUGUUUAAAGACCAGUGUUGCUGCUAUUUUUAAUAUUUUGGUUAAUUUAAGUGAAAUGUACAUAUUUUAAUUUGAAGAUUUAUCUUGCCCAUCAGAAUGUGAAGAUAUACUUGCAUAUAUUUUGACAUAUUUCAUGGAAAAUAAAAAUGAUAAUCCACUUUGUGAGUGUAAGUGAAUGUAUUCAUAUGUAUGUUAUUAUAAAUGAUUUUUGUUUGCACUGAUGAUGAAAUGAGAGUUUUGGGGGCUUUUUAUACAUUUAUAUCGACUGGUCUCUAAAUCUCCUAUUUUGUUUUCUUAUCAUUUUUGAAAUACAGUUCCCAUUACAUGAGUUUUAAAUAGAUUGGUGUUUCAUUUUGUAUUAUGCUACUACUAGAUGUUGAUUCUCUGGUAUUGUAAAAUAAAAUGUGCUCCAAAAACCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1297.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1403.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 1155.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((..((.((((((.((((...)))))))))).))..)).).))((((..(((((...(((((.....((((((.....((((......))))...(((((((((......(((...(((.((((((((.....(((..((((......(((((((((.........)).)))))))))))..)))....)))))))).)))...)))(((((.((((......(((((....))))).........)))).)))))(((((((((((((((.((((.((((..........)))).))))(((((.(((((((((...(((((((.((((....)))).(((((......))))).......(((((..(........................)..))))).)))))))....)))))))))...)))))(((((((((((...........((((..(((.(((((((.....)))).))))))....)))).......((((((((((.......))).)))...))))((((.(..(((((((........)))))))..).))))......)))))))))))............))))))))))))))).(((((((..((((((...(((.(((((........))))).))).))))))..)))))))(((((((......((((((.((((.......)))).))))))....)))))))..(((((((((((((.....((((((....((((((...(((........))).....)))))).............))))))(((.(((.((((((((((((((......((.(((((..(((((.......(((.....)))((((((((((((((((.(((((.......))))).))))))..(((((((((((((((((((.((((((((...........))))).)))...).))))..........)))))...............))))))))).((((((.....)))))).((((((((.......)))))))).......(((....))).....)))))))))).((((((....((((........)))).....)))))).....)))))))))).)))))))))))))))).)))))).............))))))......)))))))(((((..((....((((..........))))))..))))).....(((((......))))).((((((((.....))).)))))........((((((.(((((((((((((((....))).)).......((((((..((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((..((((((((...(((((((((.((...)).).))))))))..((((...))))(((((....((((....))))...)))))..........(((((...)))))))))).)))...........)))))).)))))))...))))))))))))))))..)))).))..))))))...........((((((((..(((((((...)))))))))))))))....)))))))))))))))).((((.(((((.(.((((((((((((.((((..((....((((((((.(...(...((((.......((((.((((......)))).)))).......))))...).).))))))))..)).((((((((((..(((((.((.((((......((((........)))).....))))...))...)))))....))))))))))...)))))))))))))))))))))).))))....(((((((..(((.(((((...(((((((..((((((((..(((.(((((..(((......)))))))).....)))..))).........))))).))))))).))))).)))..)).))))).........)))))))))(((............)))...))))))((((((((((..((((((((.((((..(((..((.((((....(((((.(((((..(((((..................)))))..)))))))))).((((((((((...((((.((((.........(((((....(((((((((...(((........((((..((.(((((..((((((.....((((.((..((......))..))..))))....))))))((((....))))....)))))))..))))..........))).....))))))))))))))((..((((((((((...)))))(((((((..(((((((((((((((((.(((((((((....((((((..((((((((((((.(..(........)..........(((((.(((......))).))))).).).)))))))))))..........((..((((.....))))..))..........(((((....((((((...((((((..((((..(((((((...((((...((((...(((((...((((..(((((((((.(((((..(((((((((((.......(((....)))....))))))))))).)))))))))..........((((..((((((......))))))..))))...(((((.((...............))...)))))......((((((((.((((((.((((......((((...)))).....((((((.(((((((.((((...)))).)).)))))..))).)))))))))))))))))))))(((.....(((...)))...)))......(((((((..((...((((((.((........)).))))))...)).)))))))..(((((((((((.....)))))))))))...(((((((((((((((.......)))))))))))))))((((((((((((((.((((((((((((((...(((((((((.((((((((.....)))))))))))))))))((((((((.(((....))).))))))))......((((((((...))))))))..)))))))))))))).))))))))))))))))))))))).)))))..))))...))))((((((...........(((.((((.((((....)))))))).))).....(((((...............)))))..((((.....))))((..((...........))..))))))))....(((((((((((((((((((((((...(((((.........))))).)))))....)))))))...)))))))))))..)))))))...))))....)))))).))).)))....))))).........))))))..))))).)))))))))))))))))))))..)))....))))...................)))))..)).............(((((((((...........(((((((((((.(((.....((...((((((((((((((((((.........(((...((((.(((((((((....)))..)))))).)))).))))).)))).)))).........((((((((((((((..((((.(((((((((((.((........)).))))....))))))).))))..........(((((((((........(((..((((((....((((.(((......(((((((...(((.(((((((....)))))))..)))..)))))))....((.(((((...(((........))).....))))).))....))).))))......))))))..))))))))))))(((((........))))).((....))..........))))))).)))))))((((((((((.(((...(((((......)))))))).))))))))))...))))))))))...)))))))))))))).................((..((((((............)))))).))........((((((..((.(((((..............))))).))..))))))............((((.....(((((((....)))))))...)))).....(((........)))..))))))))))))).)))).))))))))))((((((((((((....(((...((((..(((((((((((((...............))).))))))))..))..)))).....)))...((((((...(((((((..........(((...(((((((.....))))))).))).........)))))))..))))))....)))))))))))).........(((((((.(((..((....((((((((.((((.((((.(((.....))).)))).)))).))))))....))....))...))))))))))....))))))..)))..))))))))))))((((((......)))))).....(((...((((((((((((((((((.(..((......))..).)))).)))))....(((((((.((((...))))...))))))))))))))))...)))...(((((((....))))))))))))))))).........((((.(((((((.((((((((......)))))))).)))).))).))))....((((((((((((..(((...)))((((((((((((.....((((.((((......)))).))))..))))))))))))((.(((((((((.(((.((((((((((...((((....))))......)))))))))).))).))))))))).)))))))))))))).........)))))..((((.(((((.....))))).))))..((((((((.(((((.(((((..(((.......))).))))).))))).)))))))).)))))....))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((,.((.({{{|{|((({,,.,||||||}}},)).,)).,.}}((({.,(((((...{(((({..(((((,,,.....((((......))))...,((((((((...({((((,,.(({.((((((((.....{{{..,{{,......,||||(((({,..,,,,,}}.,,,,)))))}}..))),,,.)))))))).|}}.{{||,(((((.((((.....,(((((....))))).........)))).))))),||||{{|||||||||||||}((((..........)))).,|||((((((((((((((({..,{,,{(,{(((({{{.|||..,(((,......,,,,,.....}}|,,,|}}.}}}}}}}}.}}||,...,.,,...{||,||{,.|||||||....,|||||,,.,{{.,,.,(((((((((({......,....,{{{..((,,(((((((.....))))},))))).,,{||,,...}}}}|,,,{{((((.,.....)))},)),,.}}}}{{{(,{..(((((((........)))))))..}.))))......})))))))))).....}},...}))))||||||||,,|,(((((((..((((((...(((.(((((........))))).))).))))))..)))))))(((((((......((((((.((((.......)))).))))))....)))))))..||,,|||||||||,,,,,||{{{{....((((((.,.(((........))).....)))))),,...........)))}}}((,,(((.((((((((((((((......((.(((((..(((((.......(((.....)))((((((((((,{{{{(,(((((,,.....}}||}.}}||||..((((((((({((((((((,,((((((((...........))))).))}..,).))))}.........,)))},...,..........})))))))).,{{{|||}..,||}}||,,.,,,||,.,,,,,.}}}{((((.....}))))..,)))))}}..)))))))))).((((((.,..((((........))))...,.)))))).....)))))))))).)))))))))))))))).)))))).,}}..,,....,))}},,.}}}}}))))))))}.}}}}}......,,,...,{{{{,.|,|{{(((((((((((((......)))).)))))}}|)}}}|,.,},}}}..,,,,.......,.((((((.((((((((((,((((....}}}.,,.......({((((..((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((({((({{(((,..{{||||{{||||,,..|.|,||}}}|}}..{|{,.,,))})(((({.,{{((((....)))).}})))))..........(((((...)))))}}}}|,|||....,,.,,}.)))))}.)))))))...)))))))))))))))}..)))).))..))))))...,.......((((((({..(((((((...))))))))))))))),,,.)))))))))))))))),{(((.(((((.(.((((((((((((.((((..........,{{{.(((,{{{....,,,.,,,,,.((((.((((......)))).)))),,,,,,.||||{,.,{{,|||||{||.{|.{(((((({{{,..{{,||}}|}|{{|.,,...{(((........)))).,,,.},)),,,),...))))),},.,})}})}}}}...)))))))))))))))))))))).))))....(((((((..(((.(((((...(((((((..(((({{((,{(({.(((((.{(((......)))))))}.....,},..,}}.}))..,..))))).))))))).))))).)))..)).))))).........)))))))))||}}}}}}......,||{{{{||,|||.{(((({((((((((((((,{((((..(((..((.((({,{..(((((((((((..(((((..................)))))..)))))))))).((((((((((...((((.((((.(((((...(((((,,,,((({(((((.{{(({........{{{(..((,((((({,(((({{,,,|..||.,||,{((....,})....|,,|}|}|,,.}}}}}|(({{,{,,|||||...,})))}}.,)))),,,....,}})}).,}},}))))))))))))).,.))))).(((({...}))))((((({((....(((((((((((((.(((((((((((((((...,.,.((((((((((((.,,,{............,,,,,,.(((((.(((......))).))))).,.),})))))))))),.,..))))))){{{,(((((.,{,(((.((((((......(({.,((,...,{(((...((((((........),})))).))}.},.}},.},,.,,,...,,,{,{{......||||{(((((..(((((((((((.......({{....))}....))))))))))).))))))}}},{(({.....((((..((((((......))))))..))))....,...)))))..,...)))))).))).}},))))),}}.((((((({{((((((.(((({.....((((,..}}||,,,..{(({((.{{(((((.{{{|,,.)))}.)),))}}),,,)}},})))))))))))))))))))(((.....(((...)))...))).(((((((((.....)))))))))....)))))))),,.((((((,......,(((((((((((((((((((.....))))))))))|{{{(((((((((((((....}))))))))))}}))))){(((((((((((((((.((((((((((((((..{(((((({,({(((({,(({{{{.}}}))))},|||||||{{|{{||||.{(({,,,|||{|||}}}}},}}))))}})}))),..})))},},..)))))))))))))).)))))))))))))))}..........((((.(((((.((((,..{(((((..((.....(((.((((.((({....}))))))).))).....(((((...,,.....}}...)))))..((((....((((((....{{{{..,.,,,{{{.(({,.((((((({.,,...(((,(((((((((((((...(((((.........))))).))))),...,))))))).,))},}})))))))).),,,.....{{{,.,,,}||{|||}}}}}}}),,}}},,,,..})))..))))))...)))}))..))))))})))}})))))))))))}})))))))))))).........})))))))))).....)))))))..(((((((((...........(((((((((({{(({.....((...((((((((((((((((({{{{.....,||,.,.((((.((((((,{(....})),.)))))).)))).}..}}})))).)))),,,......((((((((((((((..((((.(((((((((((.((........)).)))}....))))))).})}|,,,,..,,,{(({,.....)))))..}}..}}}}...({{{{..((((((({....(((((((,,.{((.(((((((....))))))),,}}),.)))))))....{,.,|{||...{({...,,,...,,{{{{{|.,,,......,}))))))}.,..}}))))))...))}}}.{{(({((((({.......)))),.,})))).,..........))))))).)))))))((((((((((.{{(,,{({({,......}}}))))}.))))))))))...})))))))}}...))))))))))))))..........{{{{{,.,,..((((((............)))))).,}.....,,,((((((..((.(((((..............))))).))..)))))),,..........((,,,,...(((((((....)))))))..,),,),....,,,.......,)))}}))))))))))))).)))).))))))))))((((((((((((....,,({{{(((({,,,(((((((((((.....,.........))).)))))))),.|},.}})},....,,,..,((((({...(((((((..........{((...(((((((.....))))))).))}.........))))))),,))))}}....)))))))))))).........(((((({{(((.,((...,{,((((((.((((.((((.(((.....))).)))).)))).))))))....)}....))...))))))))))...,))))))..)))..)))))))))))}((((((......)))))).....,}}}}},,,,{((({(((((((((.(,.((......)).,).))))},)))).,,}}||||||}|||,}}}))))...,,,,,}||||||||}|,,.,,|||{{{{{{{|,...}}}}}},,}}}}||||....,}}}..((((.(((((((.((((((((......)))))))).)))).))).))))....{(((((((((((..(((...)))(((((((({(((.....((((.((((......)))).))))..)))}))))))))((.(((((((((.(((.((((((((((...{(((....,,))..,,..)))))))))).))).))))))))).)))))))))))))}......,},}}}}...((((.(((((.....))))).))))..((((((((.{({({,.,.(((((((.{......)))))))).,)))}.)))))))).)))))....})))...
Back