Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001367568.1
Sequence Length
3700 nt
GC Content
0.4146
CCGCGGAGCCCGCUGCAGCUCCCGCUCGCUCCGGACGCGGAAUCGGGCAGCAGCGGGAGGCGGCCCGGAGAGCCGAGAGGAUUUCCAAAGAAGGCCAGUAGAACUGCUAGAAUAGCCUCCGAUGAGGAAAUUCAAGGCACAAAGGAUGCUGUUAUUCAAGACCUGGAACGAAAACUUCGCUUCAAGGAGGACCUCCUGAACAAUGGCCAGCCGAGGUUAACAUACGAAGAAAGAAUGGCUCGUCGACUGCUAGGUGCUGACAGUGCAACUGUCUUUAAUAUUCAGGAGCCAGAAGAGGAAACAGCUAAUCAGGACAUUGGUUCUCCUCAUGCUUCUGUAGGGAGUCCUCUGGAUGGUCAAAAGGAAUACAAAGUCUCCAGCUGUGAACAGAGACUCAUCAGUGAAAUAGAGUACAGGCUAGAAAGGUCUCCUGUGGAUGAAUCAGGUGAUGAAGUUCAGUAUGGAGAUGUGCCUGUGGAAAAUGGAAUGGCACCAUUCUUUGAGAUGAAGCUGAAACAUUACAAGAUCUUUGAGGGAAUGCCAGUAACUUUCACAUGUAGAGUGGCUGGAAAUCCAAAGCCAAAGAUCUAUUGGUUUAAAGAUGGGAAGCAGAUCUCUCCAAAGAGUGAUCACUACACCAUUCAAAGAGAUCUCGAUGGGACCUGCUCCCUCCAUACCACAGCCUCCACCCUAGAUGAUGAUGGGAAUUAUACAAUUAUGGCUGCAAACCCUCAGGGCCGCAUCAGUUGUACUGGACGGCUAAUGGUACAGGCUGUCAACCAAAGAGGUCGAAGUCCCCGGUCUCCCUCAGGCCAUCCUCAUGUCAGAAGGCCUCGUUCUAGAUCAAGGGACAGUGGAGACGAAAAUGAACCAAUUCAGGAGCGAUUCUUCAGACCUCACUUCUUGCAGGCUCCUGGAGAUCUGACUGUUCAAGAAGGAAAACUCUGCAGAAUGGACUGCAAAGUCAGUGGGUUACCAACCCCAGAUCUAAGCUGGCAACUAGAUGGAAAGCCCGUACGCCCUGACAGUGCUCACAAGAUGCUGGUGCGUGAGAACGGGGUGCACUCUCUGAUCAUAGAGCCAGUCACGUCACGUGAUGCCGGCAUCUACACAUGUAUAGCUACCAACCGAGCAGGACAGAACUCAUUCAGCCUGGAGCUUGUGGUUGCUGCUAAAGAAGCACACAAACCCCCUGUGUUUAUUGAGAAGCUCCAAAACACAGGAGUUGCUGAUGGGUACCCAGUGCGGCUGGAAUGUCGUGUAUUGGGAGUGCCACCACCUCAGAUAUUUUGGAAGAAAGAAAAUGAAUCACUCACUCACAGCACUGACCGAGUGAGCAUGCACCAGGACAACCACGGCUACAUCUGCCUGCUCAUUCAGGGAGCCACAAAAGAAGAUGCUGGGUGGUAUACUGUGUCAGCCAAGAAUGAAGCAGGGAUUGUGUCCUGUACUGCCAGGCUGGACGUUUACACCCAGUGGCAUCAGCAGUCACAGAGCACCAAGCCAAAAAAAGUACGGCCCUCAGCCAGUCGCUAUGCAGCACUUUCGGACCAGGGACUAGACAUCAAAGCAGCGUUCCAACCUGAGGCCAACCCAUCUCACCUGACACUGAAUACUGCCUUGGUAGAAAGUGAGGACCUGUAAUCCAGCAUUCUUGUUAAAGCUGAAACACUGAAACAGCCAUUGCCUUGACCAACAUAUUCCUUUGUCACAUUAUGUAAAAGGCAGAAACAUACCUUUGACUAUAAGAAAUUAAAAAAAAAACACCAAAAUAAUAUUUUUCUUACUUGAUAUACCAAACUUAGUUUAAGUAGAUAAUGCUAAUACAAAUAUACACAUUGCACAGAAAAUACACAUUUACUGUCCAAUUUAAAACUUUGGAAUUGCUGUGAUUAAAGUGAUCAAAAUGCCAAAAUACUAAAGGAAAUCAAUUGUUCACAGGUAACUACAAUUUGUAUUAUCUACAAGUGCCUUUAAACACAAGAUAUAGGUGCUGUGUAGCCUGAUAGUGUGAAAUGUUUAAUGAGGGAGUUGUACCACAAACAGUACUACAAUGAUUCUGAAGCACAGUGUAUUCAGACAGAUACAGUGAACCAAGUGCAAUAUGUAAGGAUGAAAGAAGAAGAGAUGACAAAGAAAUCCAAGUAAAUGCCUUGUCUUUGCAAAUGUUUUUAUAUUAAAUCAUAAGGAAGGAACUACUUGCCUUAAAUGUUAAUAUCAAAAGAGUUUUCUAACAAGGUUAAUACCUUAGUUCUUAACAUUUUUUUUCUUUAUGUGUAGUGUUUUCAUGCUACCUUGGUAGGAAACUUAUUUACAAACCAUAUUAAAAGGCUAAUUUAAAUAUAAAUAAUAUAAAGUGCUCUGAAUAAAGCAGAAAUAUAUUACAGUUCAUUCCACAGAAAGCAUCCAAACCACCCAAAUGACCAAGGCAUAUAUAGUAUUUGGAGGAAUCAGGGGUUUGGAAGGAGUAGGGAGGAGAAUGAAGGAAAAUGCAACCAGCAUGAUUAUAGUGUGUUCAUUUAGAUAAAAGUAGAAGGCACAGGAGAGGUAGCAAAGGCCAGGCUUUUCUUUGGUUUUCUUCAAACAUAGGUGAAAAAAACACUGCCAUUCACAAGUCAAGGAACCCAGGGCCAGCUGGAAGUGUGGAGCACACAUGCUGUGGAGCACACAUGCUGUGGAGAUUGCAGUGUGUCUGAGGUUUGUGUAGUAGUGGAAGAUUUUAGGUAUGUAGAGCAAGUUGAAAAUGGAUUGAGACUGCAUGGUGGCAUAAAUGAGAAAUUGCCUGUAGCAUCUAGUCUACUUGAAGGAAGUGGAGACAUAAGGAGAGACAAAAACAGGUUUGUGCCAUAAAGUAUUUUUUCAAAGACACCAAGAUGUGGUAAAUGAAAAUUAUUAGUUCACUUCCCUGCUGCCAUGAAACUUUGCCUUAAGAAGGUGCUGGAUUCCAAGGUUUGUAAAGGCAUCUCGGUAAAGACUGCUUUUUGAAUGCAUAUGAUUUUGCAUCAGCUAGACUGAGUUGAUUCUGACCAGACUUGAUGGUUUUAAGUCGGAACCGAUAAAUUUUAAAAAGGAGAAAAAAUAAUUUGACCUAGUAGUAUAAAACAUGAGGCUUUAAUGGUACUUUGCUAUGAAAAGAAAACACUGUAUUCCUUAUGCAAAACACAUGUAUCUUUCAUUAUUUAUAAGUGGCCUCUCUUAGCUCAGUUACUCAAUUCAUACGUAGUAUUUUUUAAAAUAAUUUUAUAUCUGUGUACCACCCCAUAUAUUUCAUAUUACUGUUUCACAUGUACAGCUUUCUACUUCUUUGUAAGAACACCAACCAACCAAGGUUUAAGUGAUUAAUAGGCUUGAGCACCGGGUGGCAGAUGUUCUAUGCAGUGUGGUUCAAGUUUCUUUGACCGCACUUAUAUGCAUUGCUAAUAUGGAAUUUAAGAUACCAUACACAGUCUCUCAUGGACCUAUCUCUAUUGUAGAAUUAUGACUUAUGUCUUACUUGCCAAAUUUUUCUGAAUGUGACCUUUUUUUGCUGAUUUGCUGGGUUUGGGAUUAACUAGCAUUAUUUUGCCACCUUUAUAUUGUAUUUAUAAAAAAAAAAGUACUAUCAAUCAAUCAUACUACUUUGGAUUGUUGUGCUGGUGUAAUGUGGAUUUAACAUCAAUAAAUAUUUGACAAAUAAUAGUUGCAGUUUUGUGAAGCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1005.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1082.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 949.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((....((((((((.((((((((((......)).))))....)))).))))))))..))))...(((((.((....)).))))).......((((.(((((((((..((((..((((....))))..))))..((((.(((.((((((((((.((.((((((((..((((...)))).((((.((((...)))))))).......((((.(((((((.(((....(((((((.((((..((.(((((((.((((((((((((...)))))).........(((((((.....(((((...(((((((......))))))).)))))..)))))))..((((((((((((((((((((.............((((((((((((((........))).)))).........(((((((.....(.((((((..(((((..(((....)))...)))))....)))))).))))))))...((((...((((..((((......))))..))))...))))...(((((((((..(((...(((((.((((((....).))))).)))))...))).....)))))))))...........(((((......((((.(((....))).))))......)))))......((((((..(((.....((..(((...(((((.((((((((.((((........)))).....((((((..(((.(((...(((...)))..)))))))))))).)))).))))..))))).)))..))...)))..))))))...(((((.(((((....((((((.((.........)).))))).)....)))))..)))))..))))))).....)).))).))))).))).))))))).........((((((...(((((((.((((((((((((.............(((.(((((......))))).)))))))(((((...)))))))))))).(((.((((....((((...((((.((....((((...((((((((.((.(((((.((.(((((...(((((((((((((......(((((((.((((((...))))))...))).)))).(((((.(((....(((.(((.((.((...(.((((((.((((..((.(.(((((..((((........))))))))).)))(((((((((...(((...)))..)))))))))....)))))))))).))).)).))).)))..))))))))...))))))).)))).))(((....((((....)))).....)))....))))).)))))))))......))))))))....))))...))...)))).)))))))).)))....).)))))))....))))))..((((((((.((.((.((.((((((..(......((((((......))))))....)..)))))))))).))))))))))))))))))))))).....((.....))...((((((((((((.....)))(((((.((((((.(((((((..(((((((.(.((...(((..((((.((........((((........))))))))).)..)))...)))))))))).))))))).(((((((.((((((((((.(((.((((.((((...........))))...((((((.....(((((..............)))))..))))))...(((.(((((.(((.....................((((.........((((((((((((...............((...((((.....))))...))..........((((.((((.((((....)))).)))).))))......((.((((((.((((((((....((((.(((....((...........)).......))).))))((((((.((((...))))))))))(((.((((((...............))))))))).((((((..(((((((...(((..((((((((((((((((........))))......))))))......((.((((((......)))))).)).((((((.((((((((((((((........(((((((((...(((((......(((...(((((((....(.((((.((((((((((((....((((((((......))).)))))....))))))).))))).)))).)..)))))))...))).....)))))..))))))))))))))))))))..........)))...))))))......)))))).)))...)))))))..))))))(((((....))))).((((....((((........))))...))))))))))))..)))))).))......((((((((.((.......((((.((.......))..))))........))))))))))..))))))))))))...(((((((((((((.....)))).......((((.(((((((......)))).))).))))(((((((((.((....))...)))))))))...)))))))))......))))......(((((((..((((((...........((((......))))..(((((...)))))..((((((.....)))).))))))))....)))))))))).))))).)))(((((((.(((((........(((((((....((((.......))))....)))))))(((((((((((......(((.((.(.........(((((((.....))))))).........).)).)))......)))))))))))..((((..((((((.....((((.....))))...)))))).))))......))))))))))))..............)))).))))))))))))).).))))))..((((((((((......))).)))))))....)))))))))))..((....))..((((((((((((((((((.(((((....)))))...)))))))................(((..(((......)))..)))...............(((((....((((((...)))))).............(((((.....)))))...(((.((((............)))).))))))))..)))))))))))................)))))))))...(((((((((((.(((((((...........(((((((((((((((.........)))).....(((......)))((((((.(..(((.((..(((((((((.........)))))))).)..)))))..).))))))(((((((((((((.(((...))).)))))))).....)))))...)))))))))))...........)))))))......(((((......))))))))))))))))(((....)))..))..))))..)))))))..)))))))))).....)))).....))))))))..)).)))).)))))).)))))))...((((((.......))))))......(((((...(((((...((........)))))))..)))))((((((((....)))..)))))...........(((........))))))))))))))..))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((....((((((((.((((((((((......)).))))....)))).))))))))..))))...(((((.((....)).))))).......{{{{.(((((((((..((((..((((....))))..))))..((((.(({.(((((((((({((.((((((((..((({...}))).{((,{((((...)))))))}....,,,((((.((((((,,(((....(((((((.((((,,({.(((((((.((((((,,(((({{{{|||||.........(((((((,,...(((((...(((((((......))))))).))))).}))))))),||{{{{{{({|{{({{{{||,..,||,...,...((((((({(((........(((((((((.(,,.......((((((..(((....)))))))))......}},,.)))))},)))))}}.)))))))|||,((((((...(((({..(((,.{{(({,{{{{|||}..}||,,..|,,,...(((((((((..(((...(((((.((((({....}.))))).)))))...))).....)))))))))..}|}},,...{{{(({.{{{,({((,({(....|||.}}||.,,...}}}}},..,},,)})))},,))}}.,)))))}}))))}.)))}|||||||,{({{{....,,,.}))).,,,,,.,,.,,.,|||||,...{||...}))},}},.)))))))))))(((((((.........))))))).......((((((...(((((.(((((....{(((((.((.........)).))))).)....)))))..)))))..|(((({{(....((({....))))....)).,)))))})))))).((((((...((((((((((((((((,((({,,.....,,,..{((.(((((......))))).)))),}}(((({...)))))))))))).(((.((({...{((((...((((,((..,.((((...((((((((..(.(((({{((.(((((...(((((((((((((.,....(((((((.((((((...))))))...))).)))).{((((.{{{....(((.(((.((.((...{.(((((,{((((..((.(.(((((..((((........)))}))))).)))(((((((((...(((...))).,)))))))))....)))))))))).,)).}}.))).)))..)))))))).,,)))))))},))).)){((....((((.....,}},,...)}}....))))).)))))))}}...,..))))))))....)))).,....}})))).)))))))).)))...})})))))))....))))))..((((((((.{(.((.((.((((((..{......((((((......))))))....,..)))))))))).}}))))))))))))))))))))),,.||||.....||{.......,,.(((,.{{{{{{|{((((((.{{({,(((((((..(((((((.,.{{...{{{..,(((.((.......{((((........)))))}})).)..)))...)))))))))).))))))).{{{.|||,|.|||((((..,,|}||{((((((..(((.((((((((...{((((((((.{{{....((((((({,....,{{{{{.,{{((.{......,.}}}}}.}}.,|||,,,,..........................,}}|||{((((({..{{.......}}..))))))}},.,,|||,...............{(((.((((.((((....)))).)))).)))}.......{|{{{,,{,{{,,(((({,..,||}}}}.....}|,,.....,}})))}}.....))).))).})}}}|.{(({...})))}}},|(((((((((((.,,.........,,.))))))).))))}..,..(((((((((((((...{((.(((.((.((({,(({...{(((((((.{(({.,,{({,{{.((.((((((......)))))).))......,(((....{{{,.((((((((((((((((((((...(((((......(((...(((((((....{.{(((.(((({(((((((....((((((((......))).)))))....))))))).)))),.}))}.}..)))))))...))).,...)))))..)))))))))))))}.|{{({({{(({(({.{{({|,..})))}}}}}}),,,,,,})}...}|||||,,,|,,,,..|||.,,,,}...{{(((({...((((........))))....))))))),,,}}}))))})}),...}}}{(((((((.((....,..(((({{(.......)).}))))........)))))))))}..{{{{{{{((((,,(((((((((..(((,.....||||{{.{{{{((((.((((((({.....,,|,{{{{{||,|(((((((((.((....))...))))))))),,))))))).,.....|||||}||.....,,,{(({.{{.(((({{(..(({{.((((.{{{..||}|..(((((...|}}}),|{{|,,,.}})||{({((({((|....,,))))))))),,((((((({{(((((((.(((((........(((((((....((((.,.....))))....))))))}(((((((((((......{((.((.(.........(((((((.....))))))).........}.)).))}...}..)))))))))))..{{{{..((((((....,(({{....,))}}...)))))).}}}}......)))))))))))),}},}}}))}}}}}}},)},,))),)))).))})..))))))},}|)))|{{({,,,..,}|{|||||||{{,{((((........))))||||,,.,,}}}}||||,(((((((.(((((....)))))...))))))).}},,....,,,,,,,||{,,{{,......}))..)))}|}}||.....,}.,||||{{{{.{{{{{{,,.}))))).,}},},..}}}}}}}},,,..,)))),.....}}),,,)))))))}}......,.,,,,))))}}}..)))),}}}..,,,..))))..)))))))).,,|,,,{.,.,||}|....|)})))).,)))),})))))))))))}})))))))}..}}}.)))))}|.{{{......))}|||{{{.,,,((..,,..}|||{,|||},},....}))))))),.)}}},)))|.}.)))))}((({((((((({{((({....}))))))))))),,,,,)))).}}},.||{((.||,...}}}.}}})),,,}|{,{{,,{{(({......}))),,),))),,,,.(((....))).,}...))))..)))))))..)))))))))).....))))..,,,)))))))).})).)))).)))))).))}))))...{(((((.......)))))}......(((((.,.(((((.,.,,........}})))))..)))))((((({(,....,,,,.))))),.....,,,,.,{,........}},))))))))))}..})....
Back