Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001367570.1
Sequence Length
3746 nt
GC Content
0.4143
CCGCGGAGCCCGCUGCAGCUCCCGCUCGCUCCGGACGCGGAAUCGGGCAGCAGCGGGAGGCGGCCCGGAGAGCCGAGAGGAUUUCCAAAGAAGGCCAGUAGAACUGCUAGAAUAGCCUCCGAUGAGGAAAUUCAAGGCACAAAGGAUGCUGUUAUUCAAGACCUGGAACGAAAACUUCGCUUCAAGGAGGACCUCCUGAACAAUGGCCAGCCGAGGUUAACAUACGAAGAAAGAAUGGCUCGUCGACUGCUAGGUGCUGACAGUGCAACUGUCUUUAAUAUUCAGGAGCCAGAAGAGGAAACAGCUAAUCAGGACAUUGGUUCUCCUCAUGCUUCUGUAGGGAGUCCUCUGGAUGGUCAAAAGGAAUACAAAGUCUCCAGCUGUGAACAGAGACUCAUCAGUGAAAUAGAGUACAGGCUAGAAAGGUCUCCUGUGGAUGAAUCAGGUGAUGAAGUUCAGUAUGGAGAUGUGCCUGUGGAAAAUGGAAUGGCACCAUUCUUUGAGAUGAAGCUGAAACAUUACAAGAUCUUUGAGGGAAUGCCAGUAACUUUCACAUGUAGAGUGGCUGGAAAUCCAAAGCCAAAGAUCUAUUGGUUUAAAGAUGGGAAGCAGAUCUCUCCAAAGAGUGAUCACUACACCAUUCAAAGAGAUCUCGAUGGGACCUGCUCCCUCCAUACCACAGCCUCCACCCUAGAUGAUGAUGGGAAUUAUACAAUUAUGGCUGCAAACCCUCAGGGCCGCAUCAGUUGUACUGGACGGCUAAUGGUACAGGCUGUCAACCAAAGAGGUCGAAGUCCCCGGUCUCCCUCAGGCCAUCCUCAUGUCAGAAGGCCUCGUUCUAGAUCAAGGGACAGUGGAGACGAAAAUGAACCAAUUCAGGAGCGAUUCUUCAGACCUCACUUCUUGCAGGCUCCUGGAGAUCUGACUGUUCAAGAAGGAAAACUCUGCAGAAUGGACUGCAAAGUCAGUGGGUUACCAACCCCAGAUCUAAGCUGGCAACUAGAUGGAAAGCCCGUACGCCCUGACAGUGCUCACAAGAUGCUGGUGCGUGAGAACGGGGUGCACUCUCUGAUCAUAGAGCCAGUCACGUCACGUGAUGCCGGCAUCUACACAUGUAUAGCUACCAACCGAGCAGGACAGAACUCAUUCAGCCUGGAGCUUGUGGUUGCUGCUAAAGAAGCACACAAACCCCCUGUGUUUAUUGAGAAGCUCCAAAACACAGGAGUUGCUGAUGGGUACCCAGUGCGGCUGGAAUGUCGUGUAUUGGGAGUGCCACCACCUCAGAUAUUUUGGAAGAAAGAAAAUGAAUCACUCACUCACAGCACUGACCGAGUGAGCAUGCACCAGGACAACCACGGCUACAUCUGCCUGCUCAUUCAGGGAGCCACAAAAGAAGAUGCUGGGUGGUAUACUGUGUCAGCCAAGAAUGAAGCAGGGAUUGUGUCCUGUACUGCCAGGCUGGACGUUUACAUUUCUCGACAUUAAUAGUGAACCACACCAGGAGAACAAAUACCCAACCCAGUGGCAUCAGCAGUCACAGAGCACCAAGCCAAAAAAAGUACGGCCCUCAGCCAGUCGCUAUGCAGCACUUUCGGACCAGGGACUAGACAUCAAAGCAGCGUUCCAACCUGAGGCCAACCCAUCUCACCUGACACUGAAUACUGCCUUGGUAGAAAGUGAGGACCUGUAAUCCAGCAUUCUUGUUAAAGCUGAAACACUGAAACAGCCAUUGCCUUGACCAACAUAUUCCUUUGUCACAUUAUGUAAAAGGCAGAAACAUACCUUUGACUAUAAGAAAUUAAAAAAAAAACACCAAAAUAAUAUUUUUCUUACUUGAUAUACCAAACUUAGUUUAAGUAGAUAAUGCUAAUACAAAUAUACACAUUGCACAGAAAAUACACAUUUACUGUCCAAUUUAAAACUUUGGAAUUGCUGUGAUUAAAGUGAUCAAAAUGCCAAAAUACUAAAGGAAAUCAAUUGUUCACAGGUAACUACAAUUUGUAUUAUCUACAAGUGCCUUUAAACACAAGAUAUAGGUGCUGUGUAGCCUGAUAGUGUGAAAUGUUUAAUGAGGGAGUUGUACCACAAACAGUACUACAAUGAUUCUGAAGCACAGUGUAUUCAGACAGAUACAGUGAACCAAGUGCAAUAUGUAAGGAUGAAAGAAGAAGAGAUGACAAAGAAAUCCAAGUAAAUGCCUUGUCUUUGCAAAUGUUUUUAUAUUAAAUCAUAAGGAAGGAACUACUUGCCUUAAAUGUUAAUAUCAAAAGAGUUUUCUAACAAGGUUAAUACCUUAGUUCUUAACAUUUUUUUUCUUUAUGUGUAGUGUUUUCAUGCUACCUUGGUAGGAAACUUAUUUACAAACCAUAUUAAAAGGCUAAUUUAAAUAUAAAUAAUAUAAAGUGCUCUGAAUAAAGCAGAAAUAUAUUACAGUUCAUUCCACAGAAAGCAUCCAAACCACCCAAAUGACCAAGGCAUAUAUAGUAUUUGGAGGAAUCAGGGGUUUGGAAGGAGUAGGGAGGAGAAUGAAGGAAAAUGCAACCAGCAUGAUUAUAGUGUGUUCAUUUAGAUAAAAGUAGAAGGCACAGGAGAGGUAGCAAAGGCCAGGCUUUUCUUUGGUUUUCUUCAAACAUAGGUGAAAAAAACACUGCCAUUCACAAGUCAAGGAACCCAGGGCCAGCUGGAAGUGUGGAGCACACAUGCUGUGGAGCACACAUGCUGUGGAGAUUGCAGUGUGUCUGAGGUUUGUGUAGUAGUGGAAGAUUUUAGGUAUGUAGAGCAAGUUGAAAAUGGAUUGAGACUGCAUGGUGGCAUAAAUGAGAAAUUGCCUGUAGCAUCUAGUCUACUUGAAGGAAGUGGAGACAUAAGGAGAGACAAAAACAGGUUUGUGCCAUAAAGUAUUUUUUCAAAGACACCAAGAUGUGGUAAAUGAAAAUUAUUAGUUCACUUCCCUGCUGCCAUGAAACUUUGCCUUAAGAAGGUGCUGGAUUCCAAGGUUUGUAAAGGCAUCUCGGUAAAGACUGCUUUUUGAAUGCAUAUGAUUUUGCAUCAGCUAGACUGAGUUGAUUCUGACCAGACUUGAUGGUUUUAAGUCGGAACCGAUAAAUUUUAAAAAGGAGAAAAAAUAAUUUGACCUAGUAGUAUAAAACAUGAGGCUUUAAUGGUACUUUGCUAUGAAAAGAAAACACUGUAUUCCUUAUGCAAAACACAUGUAUCUUUCAUUAUUUAUAAGUGGCCUCUCUUAGCUCAGUUACUCAAUUCAUACGUAGUAUUUUUUAAAAUAAUUUUAUAUCUGUGUACCACCCCAUAUAUUUCAUAUUACUGUUUCACAUGUACAGCUUUCUACUUCUUUGUAAGAACACCAACCAACCAAGGUUUAAGUGAUUAAUAGGCUUGAGCACCGGGUGGCAGAUGUUCUAUGCAGUGUGGUUCAAGUUUCUUUGACCGCACUUAUAUGCAUUGCUAAUAUGGAAUUUAAGAUACCAUACACAGUCUCUCAUGGACCUAUCUCUAUUGUAGAAUUAUGACUUAUGUCUUACUUGCCAAAUUUUUCUGAAUGUGACCUUUUUUUGCUGAUUUGCUGGGUUUGGGAUUAACUAGCAUUAUUUUGCCACCUUUAUAUUGUAUUUAUAAAAAAAAAAGUACUAUCAAUCAAUCAUACUACUUUGGAUUGUUGUGCUGGUGUAAUGUGGAUUUAACAUCAAUAAAUAUUUGACAAAUAAUAGUUGCAGUUUUGUGAAGCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1011.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1087.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 1130.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((.(((((..((((((((.(((((.((.......)).)).))))))))))))))))..(((((.((....)).))))).((((((..(((((.(((((...((((..((((....))))..)))).(((((((....((((((...((((..((((((.........((((.(((((((((.((((((((.((..((((((.((((((((..(.(((((((......((((((.(.((..((.....)).((((((...))))))........))).))))))...(((((...(((((((......))))))).)))))...)))).))))..)).)))).)).))))))...(((..........))).(((((((........))).))))........)).))))......))))))))).))))))))))))))..))))...)))))).....)))))))((((..((((...((((..((((......))))..))))...))))...(((((((((..(((...(((((.((((((....).))))).)))))...))).....)))))))))..((((.....((.((((.((((...((.(((..(((...((...............))...)))..))))).))))))))))...))))(((((....(((...........)))..............)))))....(((...)))))))..))))).)))))(((((((.........))))))).......((((((...(((((.(((((....((((((.((.........)).))))).)....)))))..)))))..((((((((....((((....))))....))..)))))))))))).))))))...)))))))))(((((((((((.............(((.(((((......))))).)))))))(((((...))))))))))))((((((.((((((.((((.....)))).((.((((.((((((........(.((((((((((.....(((((((((((((......(((((((.((((((...))))))...))).)))).(((((.(((....(((.(((.((.((...(.((((((.((((..((.(.(((((..((((........))))))))).)))(((((((((...(((...)))..)))))))))....)))))))))).))).)).))).)))..))))))))...))))))).)))).))(((....((((....)))).....)))....(((((((............))))))))))))))))).).......((.((((..(.(((((((((((..((.(((((...((......))..)))))...(((...)))))..))))).)))))).).)))).)).)))))).)))).))...(((((((((..........))).)))))).(((((((.(.(((((...(((((((((((((.(((((((((((((..((.....))...((((((((((((.....)))(((((.((((((.(((((((..(((((((.(.((...(((..((((.((........((((........))))))))).)..)))...)))))))))).))))))).(((((((.((((((((((.(((.((((.((((...........))))...((((((.....(((((..............)))))..))))))...(((.(((((.(((.....................((((.........((((((((((((...............((...((((.....))))...))..........((((.((((.((((....)))).)))).))))......((.((((((.((((((((....((((.(((....((...........)).......))).))))((((((.((((...))))))))))(((.((((((...............))))))))).((((((..(((((((...(((..((((((((((((((((........))))......))))))......((.((((((......)))))).)).((((((.((((((((((((((........(((((((((...(((((......(((...(((((((....(.((((.((((((((((((....((((((((......))).)))))....))))))).))))).)))).)..)))))))...))).....)))))..))))))))))))))))))))..........)))...))))))......)))))).)))...)))))))..))))))(((((....))))).((((....((((........))))...))))))))))))..)))))).))......((((((((.((.......((((.((.......))..))))........))))))))))..))))))))))))...(((((((((((((.....)))).......((((.(((((((......)))).))).))))(((((((((.((....))...)))))))))...)))))))))......))))......(((((((..((((((...........((((......))))..(((((...)))))..((((((.....)))).))))))))....)))))))))).))))).)))(((((((.(((((........(((((((....((((.......))))....)))))))(((((((((((......(((.((.(.........(((((((.....))))))).........).)).)))......)))))))))))..((((..((((((.....((((.....))))...)))))).))))......))))))))))))..............)))).))))))))))))).).))))))..((((((((((......))).)))))))....)))))))))))..((....))..((((((((((((((((((.(((((....)))))...)))))))................(((..(((......)))..)))...............(((((....((((((...)))))).............(((((.....)))))...(((.((((............)))).))))))))..)))))))))))................)))))))))...(((((((((((.(((((((...........(((((((((((((((.........)))).....(((......)))((((((.(..(((.((..(((((((((.........)))))))).)..)))))..).))))))(((((((((((((.(((...))).)))))))).....)))))...)))))))))))...........)))))))......(((((......))))))))))))))))(((....)))......................)))))).......))))))))))))))).)))))........(((......)))....((((((.......))))))....((((((.(((.........))).))))))...))))).).))))))).((((.......))))(((.......)))........))))))))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((,...((((((((.((((((((((......)).))))....)))).))))))))..||||,{,(((((.((....)).}})))......,{{{(,(({{{((((,.((((..((((....))))..))))..((((.{{,.{((((((({{{((.,{((((((,.(((,...}))).|||,{((((...||||||}|,..,{{{(({{,(((({{..({(.,..{({{,{{.{{(({{{{.{{{{({{.{{{{{{{{((((.,.|))))).........{|{||{{|,...(((((...(((((((......))))))).))))).,})))))),}|||||||||}|||,|||||,..,{|,...,...((((((({(((,.......{{{((((((.(,,.......((((((..{({....)))))))))......}}}}.)))))},))))))).)))))))|}||||((((...{((({..({{,.{{{{{{{{{{||||..,||,,..|,,,...(((((((((..(((...(((((.((((({....}.))))).)))))...))).....)))))))))..||||,,...{{,(({.,({{({((,({(....|||.|}||.,,...}}}}},..,},}}}))),,,))}}.,)))))}}))}}},)))}|||||||,{(({{........}))).,,,.,.,,.,,.,}}}||....,||,,.)))}}))..||||}}}))))(((((((.........))))))).......((((((...(((((.(((((....{(((((.((.........)).))))).)....)))))..)))))..{(((((((....((({....})))....))..)))))})))))).((((((...((((((({{(((((((,(({{,,.....,,,..{{{.{((((......))))}.)))}}}}(((({...}))))))))))).(((.((({...{((((...((((,((..,.((((...((((((((..(.(((({{((.(((((...(((((((((((((.,....(((((((.((((((...))))))...))).)))).{((((.{{{....(((.(((.((.((...{.(((((,{((((..((.(.(((((..((((........)))}))))).)))(((((((((...(((...))).,)))))))))....)))))))))).,)).}}.))).)))..)))))))).,,)))))))},))).)){((....((((.....,}},,...)}}....))))).)))}))),}...,..))))))))....)))).,....}})))).)))))))).)))...})})))))))....))))))..{((((((((({(,((((,((({{{..,..,}..||||((,....,)))))).,,.|,.))))},,}({{{{{,,,...........}},))),)),}},}}}),}..,,,.|},||{{|||||||||}||||||||||||{||{{,....||{.......,,.{((,.{{{((({{((((((,{(({,(((((((..(((((((.,.{{...{{{..,(((.((.......{((((........)))))}})).)..)))...)))))))))).))))))).{{{,|||.|,|||((((..,,|}||(({((((..(((.((((((((...{((((((((.{{{....((((((({,....,{{{{{.,{{((.{......,.}}}}}.}}.,|||,,,,..........................,}}|||{((((({..{{.......}}..))))))}},.,,|||,...............{(((.((((.((((....)))).)))).)))}.......{|{({,{{,{{,,(((({,..,|||}}|.....}|,......,}}}))}}.....))).))),}}}}}|.{(({...})))}}},|(((((((((((.,,.........,,.))))))).)))}|,,,..(((((((({{(((...{((,(((.((.((({,(({...{(((((((.{(({.,,{({,{{.((.((((((......)))))).))......,(((....{{{,.({({{(((((((((((((((...(((((......(((...(((((((....{.{(((.(((({(((((((....((((((((......))).)))))....))))))).)))),.}))}.}..)))))))...))).,...)))))..)))))))))))))}.|{{({({{(({{{{.{{{{|,..})))}}}}}}),,,},,})}...}|||||,,,|}},,..|||.,,,,}...|{(((({...((((........))))....))))))),,,}}}))))})}},...}}}{(((((((.((....,..(((({{(.......)).}))))........)))))))))}..{{{|{{{((((,,((({(((((..((({.....||||{{.{{{{((((.((((((({.....,,|,{|||{||,|{((((((((.((....))...))))))))),,))))))).,.....|||||}||.....,,,{(({.{{.((({{{{..{{{{.((((.{{{..||}|..(((((...|}}}),|{{|,,,.}}}||{({((({{{|,...,,))))))))),,((((((({{(((((((.(((((........(((((((....((((.,.....))))....))))))}(((((((((((......{((.((.(.........(((((((.....))))))).........}.)).))}...}..)))))))))))..{{{{..((((((....,(({{....,))}}...)))))).}}}}......)))))))))))),}},}}}))}}}}}}},)},,))),)))),))})..)))))}},||}}}|{{({,,,..}}|{|||||||{{,{((((........))))|||||..,,}}}}||||,(((((((.(((((....)))))...))))))).}},,....,,,,..,||{,|{{,......})).,)))}|||||.....,|.|||||{{{{.{{{({{,,.})})}},,},,},..}}}}}||},,,..,)))),...,,}}},,,)))}}}}}}.....,,.,,,,))))}}}..)))),}}}..},,..))))..)))))))).,,,,,,{...,|}},....|||||}}.,}}}},}}}}}|}|||||||}}}}}}}}..}}}.)))}}}|.{{{......))}|||{{{.,,,((..{{..||||{{|||,,,,....,)))))))}.),}},))),.}.}))))|((({((((((({{((({....}))))))))))),,,,,)))),}}}},|||||,||.,,.|||.,,})),,,||{,{{,,{{(({......})))},),))),,},,{{{....))).}}...,))}..}}}}}}},.}))))))}},....,)))),}}}})))))))),))),}}}}.}|||}}.},,)))}...{(((((.......)))))}......(((((.,.(((((....,.......,),))))),,)))))||||{,{{,,..,.,..})))},,.....,,|,|,,........}}}))))))))))}..}}....
Back