Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001367603.1
Sequence Length
1663 nt
GC Content
0.4360
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-481.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -512.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 536.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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