Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001367854.1
Sequence Length
2091 nt
GC Content
0.4481
AUUCCUGAGAUACCUGCAGCUGUCAGCCCUGCCGUCUAGAUGGUAAACAACUUGCCGAGGAUGAAACCCUGCCACUGUGGUCUUCCUCGGCUUGUCUGAGCGAGACCUAGACCGUGACGGUGCACGCCUACGAGAAUCGGAGGAUGAGGGAGGGGCUGCGAGGUGGCGGCCAGGAUCCAGGGGCCUCGCCCUCCGCAGAACCCUGCAUCUAAAGUGGCCCCAUGGAGGGAGGCAAAAACCAACUAUUUUUGUUCUCCACAGCACAGGGUACGAGAGCGAUAACCACACAACGCCCAUCCUCUGCGGAGCCCAAUACAGAAUACACACGCACGGUGUCUUCAGAGGCAUUCAGGAUGUGCGACGUGUGCCUGGAGUAGCCCCGACUCUUGUACGGUCGGCAUCUGAGACCAGUGAGAAACGCCCCUUCAUGUGUGCUUACCCAGGCUGCAAUAAGAGAUAUUUUAAGCUGUCCCACUUACAGAUGCACAGCAGGAAGCACACUGGUGAGAAACCAUACCAGUGUGACUUCAAGGACUGUGAACGAAGGUUUUCUCGUUCAGACCAGCUCAAAAGACACCAAAGGAGACAUACAGGUGUGAAACCAUUCCAGUGUAAAACUUGUCAGCGAAAGUUCUCCCGGUCCGACCACCUGAAGACCCACACCAGGACUCAUACAGGUAAAACAAGUGAAAAGCCCUUCAGCUGUCGGUGGCCAAGUUGUCAGAAAAAGUUUGCCCGGUCAGAUGAAUUAGUCCGCCAUCACAACAUGCAUCAGAGAAACAUGACCAAACUCCAGCUGGCGCUUUGAGGGGUCUCCCUCGGGGACCGUUCAGUGUCCCAGGCAGCACAGUGUGUGAACUGCUUUCAAGUCUGACUCUCCACUCCUCCUCACUAAAAAGGAAACUUCAGUUGAUCUUCUUCAUCCAACUUCCAAGACAAGAUACCGGUGCUUCUGGAAACUACCAGGUGUGCCUGGAAGAGUUGGUCUCUGCCCUGCCUACUUUUAGUUGACUCACAGGCCCUGGAGAAGCAGCUAACAAUGUCUGGUUAGUUAAAAGCCCAUUGCCAUUUGGUGUGGAUUUUCUACUGUAAGAAGAGCCAUAGCUGAUCAUGUCCCCCUGACCCUUCCCUUCUUUUUUUAUGCUCGUUUUCGCUGGGGAUGGAAUUAUUGUACCAUUUUCUAUCAUGGAAUAUUUAUAGGCCAGGGCAUGUGUAUGUGUCUGCUAAUGUAAACUUUGUCAUGGUUUCCAUUUACUAACAGCAACAGCAAGAAAUAAAUCAGAGAGCAAGGCAUCGGGGGUGAAUCUUGUCUAACAUUCCCGAGGUCAGCCAGGCUGCUAACCUGGAAAGCAGGAUGUAGUUCUGCCAGGCAACUUUUAAAGCUCAUGCAUUUCAAGCAGCUGAAGAAAAAAUCAGAACUAACCAGUACCUCUGUAUAGAAAUCUAAAAGAAUUUUACCAUUCAGUUAAUUCAAUGUGAACACUGGCACACUGCUCUUAAGAAACUAUGAAGAUCUGAGAUUUUUUUGUGUAUGUUUUUGACUCUUUUGAGUGGUAAUCAUAUGUGUCUUUAUAGAUGUACAUACCUCCUUGCACAAAUGGAGGGGAAUUCAUUUUCAUCACUGGGAGUGUCCUUAGUGUAUAAAAACCAUGCUGGUAUAUGGCUUCAAGUUGUAAAAAUGAAAGUGACUUUAAAAGAAAAUAGGGGAUGGUCCAGGAUCUCCACUGAUAAGACUGUUUUUAAGUAACUUAAGGACCUUUGGGUCUACAAGUAUAUGUGAAAAAAAUGAGACUUACUGGGUGAGGAAAUCCAUUGUUUAAAGAUGGUCGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUGUUGUGUUUUGUUUUUUAAGGGAGGGAAUUUAUUAUUUACCGUUGCUUGAAAUUACUGUGUAAAUAUAUGUCUGAUAAUGAUUUGCUCUUUGACAACUAAAAUUAGGACUGUAUAAGUACUAGAUGCAUCACUGGGUGUUGAUCUUACAAGAUAUUGAUGAUAACACUUAAAAUUGUAACCUGCAUUUUUCACUUUGCUCUCAAUUAAAGUCUAUUCAAAAGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-615.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -655.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 536.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((....(((((...(((((....(((.((((((((.(.((...((((..((((((((.((..(((.......).)))).))))))))..)).)).)).)...))))))((((......))))(((.(((...))).)))....)).)))((((((......))))))....((((((((((.(.......((((....)))).......).)))))).)))).(((((((((((.......)))))).))))))))))...))))).((((((((........(((((((((......(((((((.((((((((.((((((((((((((((((((..((((((((...))))).((((.(((((..(((((.......))))).)))))))))(((((((......(((((..((((........)))).)))))...(((.((..(((((....))))).)).))).......)))))))(((((..((((((((((((((.(....).)))))))))).))))...).))))((((((........)))))).......)))..))))))))...(((((.((((.((.(((....))).)).))))...((((........))))))))).(((...)))((((((.((.((......))..)).).))))).......((((...((.(((((.(((.(.(.(((.((.((........)).)).)))).).))).)))...))...))..)))).((((((((((.(.(.(((((((((........((((.((.(((((.(((((((...))))))).))))).)).))))((((((((...))))..))))..(((....)))...........((((........)))).....((((.(((.((((((((((..((((((............(((((.(((((......))))).)))))))))))(((.(((((((((((((((((...(((((((.(((.(((...))))))...)))))))(((((...((((.......)))))))))..(((.(.(((((.((((((......)))))).))))).).)))...(((.....)))((.(((((........................))))).))......(((.((((........)))).)))....)))).)))))))(((...(((((..(..((((.(((((.......))))).))))..)..))).))...)))........(((((.......(((.(((((((((............))))))))).))).(((.(((.((((.((((.....))))...))))...))).)))..(((((((((.((((.(((((...((((((((((...................((((.((((((.(((.((.((...((...(((((((((((.....((((...(((((...(((((....(((((.((..((....)).)))))))......))))).))))))))).....))))))))))))).)).)).))).)))))).))))...(((((..........)))))((((.....))))..(((((((......)))))))........(((((......))))))))).))))))..)))))...)))))))))))))......((((((........)))))).))))).......((((((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).))))))....)))))).)))))))))))))))).))))........))))))))).).).)).)))))))))))))))))))).)))))))).))))))).(((((((.((.((((........)).)).)).)))))))...(((.(((..(((((((((.........((((.....).))).........)))).)))))..)))))).........)))))))))((((....))))................((((.((((...)))).))))....))))))))..................))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((..{,(((((,..((((({{{((((.((((((((.{,{{...,,{{..((((((((.({.,{((..,....).)))).))))))))..||{|,.,,.)}}}))))))((((......))))(({.(((...))).}))....})},))}||||(...{{,|,||||,{{,({((((({{(,,,,.....||||..,,)))},,,,...,,)))))),)}}},(((((((((((.......))))))}}))))))))).,,))}}}.((((((((........(((((((((......(((((((.((((((({.((((((((((((((((((((..(((({,{{{,,{{{((.((((.(((((..(((((.....,.))))).)))))))))))}})}|}|.{{.((({(..((((........)))},)}}))..,))},}},.{{{{{....}}}},.{((({..,,{,...}}.}).}}}))..((((((((((((((.(....).)))))))))).))))..{{.,{,(((((((.,.....,))))))).,}).,)))..))))))))...(((({.((((.((.(((....))).)).))))..,((((........))))))))).{{{,,,||}{{((({{({.({......))..|}.,.}}))}.......|{{{...|,.,||||,{||}||{.(((.((.((........)).)).)))},|,}}|,|}}....),},}}}..|||.(((((((,((.(.,.(((((((((........((((.((.{((((.(((((((...))))))).))))).)).))))((((((({...})))..))))..,,,....}|}...........((((........)))).....((((.(((.((((((((((,.{{{{{{.,,,,.,.....(((((.(((((......))))).)))))}))}}}(((.(((({{..,...||,.|,,,{{(((((.{((.(((...)))}}),..)))))}},,..{..{(((({{{,...,|||||,,|{{....}}|{(((.((((((......)))))).)))))})}}}}},.,{{{,(((((,({(({(((({((({(((.((((.(((...((((,{(((((((........,,,,.,,..{{{(((({{..{{{{{{{((,,{(((((,....,})}})}}},..))))})..,}.))}))))))))))}..,...))))})))))}.}}}}.,,,..})})}}.},||{.|||||||{|,.,,,,,,,...}}}|||}}}.}}}.(((.(((.((((.((((.....))))...))))...))).)))..(((((((((.((((.(((((...((((((((((.....,,,,,.........((((.((((((.(((..,.{,...{{...(((((((((((.....((((...(((((...(((((....((((,{((..{{....}}.)))))))......))))).))))))))).....)))))))))))}}.,,.},.))).)))))).))))...(((((.{......,.))))){(({.....|}}},.(((((((,...,})))))))........{{,,,,}}}}.,,},,)))),})))))..)))))...))))))))))))).....,)))))|)}},|||},||..,.}}),}.,},|,.{(((({.({{((((..(((((....)))))..)))).}}).})}}},....)))))).)})))))))))))))).))))......,.))))))))).}.).))})))))))})))))))))))).)))))))).))))))).{((((((.((.((((........)}.)).)).))))))}...{{{.(((.,(((({((((..,..,.,.{{{|.....}.))}.....,,}|)}}},}))},.,)})}}}..,,.....)))))))))(((,..,,|,,,.,}},.},,.......{{{{.{(({...}))).))},....)))))))).............,,...))))).
Back