Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001368263.1
Sequence Length
4715 nt
GC Content
0.5094
GCUGUUUUGACAACAUGGCGGCGCCCAUGGUCCGUGGCCCGGCAGUGCUCGCCUAAAGGUGGAGAACGAGGAGUAGAGGAGCCGCAGGCCAGAGCCUGUGAGCAGGGCCUUCUCACCUUCUGAAGAAUGGCUUCUGUUUGGCAGAGAUUGGGUUUUUAUGCCUCUCUUCUGAAAAGACAGCUAAAUGGUGGGCCAGAUGUCAUCAAGUGGGAAAGGAGAGUAAUUCCCGGAUGUACCAGAAGCAUCUACAGUGCCACGGGAAAGUGGACAAAAGAGUAUACAUUGCAGACAAGAAAGGAUGUUGAGAAAUGGUGGCAUCAACGAAUAAAAGAACAGGCCUCCAAAAUUUCAGAAGCUGAUAAAUCGAAGCCAAAAUUUUACGUGCUUUCCAUGUUCCCUUAUCCUUCUGGUAAGCUGCACAUGGGCCAUGUGCGUGUCUACACCAUCAGCGACACCAUAGCACGGUUCCAGAAGAUGAGAGGGAUGCAGGUCAUCAACCCCAUGGGAUGGGAUGCUUUUGGAUUGCCUGCUGAAAAUGCCGCAGUCGAGAGGAAUCUACAUCCACAAAGUUGGACACAAAGUAAUAUUAAACACAUGAGGAAACAGCUUGAUCGUCUGGGCCUGUGUUUCAGCUGGGAUAGGGAAAUAACUACGUGUUUGCCAGAUUACUACAAGUGGACUCAGUAUCUCUUUAUUAAACUGUAUGAGGCUGGGCUGGCCUAUCAAAAGGAGGCCCUGGUUAACUGGGACCCAGUGGAUCAAACAGUGCUUGCCAAUGAGCAGGUGGAUGAACAUGGCUGUUCAUGGCGUUCUGGAGCAAAGGUGGAACAGAAGUACCUCAGACAAUGGUUUAUUAAGACAACCGCUUAUGCAAAGGCCAUGCAGGACGCGUUGGCAGACCUUCCAGAAUGGUAUGGAAUAAAAGGCAUGCAAGCCCACUGGAUUGGGGACUGUGUGGGCUGCCACCUGGACUUCACAUUAAAGGUUCAUGGGCAAGCCACGGGCGAAAAGCUGACUGCCUAUACGGCCACCCCUGAAGCCAUUUAUGGCACCUCCCACGUGGCCAUCUCGCCCAGCCACAGACUCCUACAUGGGCACAGCUCUCUGAAGGAAGCCUUGAGGAUGGCCCUUGUCCCUGGCAAAGAUUGCCUCACGCCUGUAAUGGCUGUGAACAUGCUUACCCAGCAGGAGGUCCCUGUCGUUAUUUUGGCCAAAGCUGACUUGGAAGGCUCUCUGGAUUCAAAAAUAGGAAUUCCCAGUACUAGCUCAGAGGACACCAUCUUAGCCCAAACCCUGGGCCUGGCCUACUCUGAAGUCAUUGAAACUUUGCCAGAUGGCACAGAGAGACUGAGCAGCUCUGCUGAGUUCACAGGUAUGACCCGGCAGGAUGCUUUUCUAGCCCUGACUCAGAAAGCCCGGGGGAAGAGAGUGGGUGGAGACGUGACAAGUGAUAAACUGAAAGACUGGCUGAUUUCACGGCAGCGGUACUGGGGCACACCAAUCCCCAUUGUCCACUGCCCAGUCUGUGGCCCCACACCUGUGCCCCUGGAGGACUUGCCUGUGACCCUGCCCAACAUCGCGUCUUUCACUGGCAAGGGAGGCCCCCCACUGGCCAUGGCUUCAGAGUGGGUGAACUGCUCCUGCCCAAGGUGCAAGGGAGCAGCCAAGAGAGAGACAGACACGAUGGAUACCUUUGUUGAUUCUGCUUGGUACUACUUCAGAUACACUGACCCUCAUAAUCCACACAGCCCUUUUAACACAGCAGUGGCCGAUUACUGGAUGCCUGUGGAUUUGUACAUUGGAGGGAAAGAACAUGCCGUCAUGCACUUGUUCUAUGCAAGAUUCUUUAGUCAUUUUUGCCAUGAUCAAAAAAUGGUUAAACAUAGGGAGCCUUUUCAUAAGCUGCUGGCCCAAGGCCUUAUCAAGGGGCAGACAUUCCGCCUACCAUCUGGACAGUAUCUACAGAGAGAGGAAGUGGAUCUCACAGGUUCCGUUCCUGUUCAUGCAAAAACGAAAGAGAAGUUAGAGGUGACGUGGGAGAAGAUGAGUAAGUCCAAACACAACGGGGUGGACCCAGAGGAAGUUGUGGAGCAGUAUGGGAUCGACACGAUUCGGCUCUACAUCCUUUUUGCUGCCCCUCCUGAGAAGGAUAUCUUGUGGGAUGUGAAAACUGAUGCUCUCCCUGGGGUGCUGAGAUGGCAACAACGACUGUGGACCUUGACAACUCGGUUUAUUGAGGCCAGGGCUUCUGGGAAGUCUCCCCAGCCUCAGCUGCUGAGUAACAAGGAGAAAGCUGAGGCCAGGAAGCUCUGGGAGUACAAGAACUCCGUCAUCUCUCAGGUGACCACCCAUUUCACAGAGGACUUCUCACUGAAUUCUGCAAUUUCUCAGCUGAUGGGACUCAGCAAUGCCCUCUCGCAAGCCUCUCAGAGCGUCAUUCUCCACAGCCCCGAGUUUGAGGAUGCUUUGUGUGCCCUGAUGGUAAUGGCUGCUCCACUGGCCCCUCAUGUAACCUCAGAGAUCUGGGCAGGCCUGGCGCUGGUGCCGAGGAAGCUCUGUGCCCACUACACUUGGGAUGCCAGUGUGCUGCUCCAGGCAUGGCCUGCUGUGGACCCGGAGUUCCUGCAGCAGCCUGAGGUUGUCCAGAUGGCAGUUCUGAUCAACAAUAAAGCUUGUGGCAAAAUUCCUGUGCCCCAACAAGUUGCCCGGGACCAGGACAAAGUCCACGAAUUUGUUCUUCAAAGCGAGCUGGGUGUCAGGCUUUUGCAAGGACGAAGCAUCAAGAAGUCCUUCCUUUCCCCGAGAACUGCCCUCAUCAACUUCCUGGUGCAAGAUUGACAGCCAGGAGGCUGCAGCUACCACGAGGGCCUCUGAGGAACCUCCUUCCAGGCCUGGGAUGAGGGGGCGAUGUCUGCUGGCCCAGGGGAAGGGAAAAGACAAAUGUCUUGACUGUUGACCUCGGUCCUGUGGCAGACUGCAGUCAACAGUGUGCCUCUGUAGUGUGGCCUGGUGCUGGGGUGAAGGUGAGCUGGGCAAAGGAGAAAUAUGAGCUACUGAGGAGGGGGUUGGACAUCCUGCCCCUCACCCCCCACCCACACUGCAGGUAGAGGAGGCCAUCUGAUCCCAUGGGAAGCCAUCAGAGACACUGCUGGUGGGAGCAGGAAGGAGCAGUGCCCCUCGAGCAGCCAGGAAGCCUGCGGAUCUGGGAAAUGGCUCUGCCUUAGGCACUUCUCGGGAAUUUGAGGCCAGCCUGAGGAACUGCAGGACUCAGGUGCAAUGUGCCAGCCACUUGGAACUGCUAACUGAGCCUCCAGAUGGUAGUGAAUGGUCUCUUUGCCUUCAGGCUGGAUGAGGAAGUCAUUUAGGAAAUGUUCAAAUAACCAAUAUGUGGAAAUGGACACAGGGAUCUUCUGAAGUUGCUUUGAAUCAAAAGGCAGGCAGUGCUGGUUCCUCUGCCUGUGUCCCCACCACUCCCCAGCUCUGUCAUGCAGGCCUGUCCUCCCCAACCCCAGCUGGAUGUGCCUCCCAGGCCUGCUGUGGUUCUGACACACAGGAUCCCAGGCAAGGCACCACUUCCUCACAUGAAUGAGGAGCAGCAAGUCAUAACCACUCCCUUGGGUAUACAAUUUGCUGUGUAGUGAAGUGGAACCAGGCUCAGGCUGCUGGUCCCAACCUCAGAGCCCCACCGCAGCCCAGUAGGGAUGCAGCACGCCCCAGAGGGCUCAUGUGGGCCCCAGAUGGCAAUGCCACCAUUGUUGAUGUGACUCCAGAGCCAGUUAUUAGGAAGAGCAAGCUCACCACAGAGGAGUGGAACUGAGGCCCCCCAGAUGUUGCCUCCGGUGUCCAAGCCACAGCGGUCUGGCUGUUGGGAAGAUGGCCAGGAAUGGACUCAUACCAUUGGCACAUUAGGCUAAUCCUGGUUUUAUGUGAAGUCAGCAAUUAAGUGUUCCCACUAGAACUGACCUAAGCCACUGAUUAAUAUUUAAUGAGGGAAGGUAGGGGAGAAUCUAGCCAUUUUAUAAUGCCAGAAAUCUAUAUAUGUUAUCUGAUGCCAUUUUUCUGAAGUAGCCUCACAUGUGGUCCCCCUGCAGUUCAGCAGUUAACAGAUGACUUUUUUAGUGUAAUAAAAUGUUUAUCAUCUAUGACUUCAGGACAUAUGUGUGAUCCUGGAAUACACCAUAUUCCAAUUUCAGAGUUAAUUACAAACAGAUUGAGGUAUUCCAUCAUCAUCGGAAGCAUUGGCUGUGUGUCUGACUCCACAUGGAAUGCUAUAAAGUGGGAUACAUGUGGUUCUUCUUGUUCCAGAACUUACAGUCCAUGGUAGACAACACUGAUACAGGCAAACUAGCAACAGCAAUUAAGUCACUGGUUCUCAGACUUAAUACUCUGCCUGGUCCUCAUGCCCAGAUAUUCCAAUUUAAUUGGUCCAUGGUGUGGCUUGAACACCAGGAAUCUUUAAAACUCCACAAGUGAUUCUAAUGGGCAGCAAAGUUUGAGAAUCACUGGACACAUUGAUGCACUUGAGCCAUCAUUUCUAUCUAGUUCUUCCUCUUCCUAAUCUUCAGGUUAGCGGGGAUAAGUUUGGUCCAGGACCAAGAGUUGGACCAAAAGGGAAGACAGGGGCCAGAAGUCUAGAGUGCUAGAGCCGACUUGAAUGUACUCAGUCUCAUUGCACAUGGCAGUGAAUAUGGAUUAAAUAUAAGCCCAUGAAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1659.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1745.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 1260.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((....)).)))))).((((.(((((((((((((((..((((((((....)))).....(((((.(((.....(((((((((....))))))).))..(((.((((((.((((((((...((((((((.(((((.(((((...(((......)))))))).))))).))).)))))..(((.(((((.((((((((((...(((((..........)))))((((((.......))))))...((.((((......))))))...............(((..(......)..))).......))))))))))..(........)....))))))))....)))))))).)))......))))))..........((.((((((.(((((((((((((((((.((...(((.....(((((..(((((((((............)))))....))))))))))))...)).))))))))).)))........((((((((((.((((((((((...((((((((.......((((((.(..(((((........((((......))))..................((((((((.....(((((..((...(((((((.(((((((((((((..((.(((((......))))).)).............(((.((((((.(((((((.(((....(((((((((((((..(((...((....((((((((((((.....((((((((((((.........(((.((((....(((..(((......))).))).((((((.((((((((((((.((((((.........(((.........)))............)))))).)))....(((((((.....))).))))......))))))))).))))))......)))).)))...)))))))...((((.(((((..(((((((.(.(((((((........))))))).)))).))))..((((((...((.....))......((((((....((.((((....))))...))....))))))...))))))...))))).)))).....((((.((..((.((.((((...)))).))))))))))..))))).(((((...)))))(((((((......))).))))...((((.....)))).((((((((.((((((.....(((((.((((.....((((((((((((((((((........))))))..(((((((((.((((((...(((((...(((((.....))))).(.(((((((((((((((((.....((.((((....)))).))...((((.((((....)))).))))((((((((.(.((.(((((((.....)))).)))(((...))).....(((((((.(.((.(((((.((..(((.(((.(((.....)))((((..........))))..(((((.((((.(((((.........))))).)).)).)))))..))))))..)))).))))).).))))))).)).).)))))))).(((((((...................))).)))).((((.......))))))))))))))))))))).).(((((((((((....).))..))))))))...................)))))...))))))........)).)))))))...((((.....))))(((((..((((((((..((.............(((((......)))))...)).)))))))).........)))))..(((((((((......)))..))))))..((((((............))))))..((((((.....)))))).....))))))))))))....))))..))))).....((((...))))(((.((...)).)))..((((((...((((((((.(((.(((((..((((.((((((((((...((((..(((....)))..))))........((((....))))((((((.............)))...)))...(((((((.(..((((((...((((((((...((.(........).))...))))))))))))))..))))))))((((....))))...)))))))))).)....)))....))))).)))))))))))))))))....)))))).).))))))).....((((......))))))))))))))))..)).)))..))))))))))..)))....))).)))))))..)))))).)))(((((((((((((((......)))))(((((((...)))))))...........)))))..))))).................))))))))))...))).)))....))))...)))))))..(.(((((((((...(((...(((.....))).)))))))))))).)((((.....))))..((((........))))))))))))..((((((((((((((((((.(((.(.((((.(((..(((((.(((((.(.((((((((((.((....))))))))......(((((...)))))..)))).).))))))))))))).)))).).)))))))))))))(((((((((.....((((......)))).((((((..((((.((((((.....((((....((..((((((((.((...)).))))))))))...))))..)))).)))))).))))))((((((.............))))))..........)))))))))..........((((.(((..((.(((.(((((....))))))))))..))).)))).))))))))....(((((((...((((((.(.((.((((...)))).)).))))))))))))))..(((((....))))).(((((((((..(((((........)))))..)))))))))...)))))..).))))))..((((.((((..(..((((((..(((((..(((......(((.((.((....)).)).)))....))))))))))))))..)..)))))))))))))))).))))).))))).))))))))))...(((((((........)))))))))))))))))).))..))).)))))))))))).))..))).)))))))))))....(((((((((((.((.((((((...........((((..((((.((((.((..((.(((((((((((((((((((((....)).(((((((.(((......))).)))))))(((.(((((((..(((....)))(((((((.....))))))).....((((((.....(((.....)))...)))))).)))))))))).....(((((((.......)))))))((.(((((((((....(((((((((((((((.......(((.(((((...))))).)))..((((((.(((..((((.((((((((..(((((((.(((((((((..(((((.(.(((.....(((((((..(((((((((((......))))))(((((((((..(((((.(......)))).))..))))))))).......)))))..)).(((((.(((((((((((((.((......((......))......)).))))).))))).))).....((((((....))))))((.(((((((((....))))))).)).))......)))))............(((....))).((((......))))..(((.((...)))))...))))))))))))))..))))))))))))))))...((((........)))).(((((.......))))))))))))).))))...(((.(((..((((..((((((...(((.((((((......))))..)).)))....)))))).))))..))).)))...))).))))))..(((.((.(((....))))).)))..............(((((.((..(((.(((((((((....(((((((((((((..((((......)))).....((((((...(((((......)))))......)))))).........)))).)))))))))...(((((((.....))))))))))))))))..)))..))..)))))...((((((((((.....(((((.((((.....)))).)))))......)))))))))).....))))).....(((((((((.........))))).))))(((.......)))......))))))))))))))))).)).))...........((((((((((((((......(((((((((..(((.(((((......(((((...))))).......)).))).)))..))).((((((.................))))))...))))))..)))))))))))))))))).)))))...))))))))))))..)).)))).......(((((((((((((((((....)))))).)))).....((((((((((.........)))))))))).))))))))))))))))))))))).))).)).))))))((((.((......))))))(((((((.....))))))).(((((.(((....)))..)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.({....}}.|}}||}...((((({{{|{(((({{{{.{{.{{{|||,,...{((((({...{(({{,(((((((((((((((....))))))).||,(((((((((((,....|||.}},{|||||||||{{((((((({..{(((......))))}}}}{||,...))},||||||||||.{|||||{,{{,||{{{,|||||{|.||.......|||}}{((((({{,,...||||||...{{|((((......))))|}......{{{.....}}}..,{,.,,,{{{{|||,.{(({{((({(((.{{..,...,....,....(((.{|,......{(((...)))}......}}.)))....,,,,}}|||}}}}|,.|{|{((((((({{((((((.,{{({(((((((...)))))))(((((............)))))....}},.}|}})))))))}}}}).}}|||||,{{{|,,|,,||,,,(((((((((({.(((((.((((((..((.......)).)))))).))))).}))).))))).,,..|{{{,,..,...,,...........||||,||,..|,||}}|}}}|}||}||||||||}}||||||||||||{|,|,....,....}||||{||.{{{{{((((..(((((((.,({{.,,{..|{{...,,,||,,||}|||(((({,,(((.,,...})),))))}((({{.{{(({...))))).}}))).,,,,}....(((,,((((((({((......)})..)))))))))))((((((((((({,((.(((((....,(((,(((((.((((((..,,,.,((.{{{.((....))..(((((.((((.((((.((({(,,....(((((........))))}.....|{{.,,...)))...{((..(((((((,,.(((({{((((.(.(((((((........))))))).))))).})|||((((((..,((...,,}|,.....((((((....((.((((....))))...))....))))))...}})))).,,,,.,{,.....{((.((((.((..((,({.((((...)))).)))})))))).)))..{(((,.(((..((..(((((((......))).)))).))..)))..))))((((((((((((((.{{{.,{({(((((.((((....{((((((((((((((((((........)))))),.(((((((((,((((((...{{{{{...(((((.....))))).(.(((((((((((((((((.....(({((((,,..||},.,|{{,{(((.((((....}))).)))|((((((((.{.((.(((((({.,,,.,}}},)))|||...}}}.....(((((((.{.((.(((((.((..(({.({{.{((.,...}}|,..,..,,,,......))},(((((.((,(.(((((.........))))).,).)).))))),,))))))..)))).))))).}.))))))).)).}.))))))))}{{{{((,.......,,,,,,,,},}}))))))),.((((.......))))))))))))))))))))).}.(((((((((((....).)),.}))))))),,....,,,.,.,,,....}}}})...)))))),,..,,,,}))))))))}...((((.....))))(((((..((((((((..{(,,......,,{..{,|||,.....,,,,)}..)}.)))))))).........)))))..(((((((((......)))..))))))..{{{{((......,,,,..||||||.,{,,,,,....}))))}),....))))))))))))}}..))))..))))).}}|{((({....,|||||{{{(((((,,.((((((((((((..((((..((((.(((.(((({((,...,},)...)))).)))))))..))))..........((((((((....((((,{.((((((..((.(((..((((...(((({.(((((((.{..((((((...((((((((...,{.(,,{{,...)}))}).))))))))))))))..})))))))((((....))))....}))))))))......))).))..)))))),|(((((((((((((((.....,..,,(((({((..{....|.,))))}}).},},,((((((((((((((....))))..(((((((((.((...........))..)))))))))..))))))))))(((((......)))))))))}})),,}),,.,,)))))...))))....)))))))).,,,,.(((((((.((((((((((({.,,...}}}}}....({{,,,{{{{.((.(({(((((((((,,{(((..{,,....,.}},.}}})))))))))..{(((.....)))}.{((((((((...(((((((((......((((((((((((((((({{(((.(.((((.(((..((({{{(((((.(.((((((((({{((....))))))))......(((((...)))))..)))).).))))))))))))).)))).).)))))))))))))(((((((((.....,,,,...,,,||||{(((,,,..{{((,||{{,.,,,,|||{,..||{,..|((({{,,.,|,..}}.}}}||||}|}...||}||||||}.}.}})),})}})}{(((((.............))))))......,,},)))))))))..........{(((.(((..((.(((.(((((....))))))))))..))).)))}.))))))))....{((((((...((((((.(.((.((((...)))).)).))))))))))))))..(((((....))))).(((((((((..(((((.,,...,,)))))..))))))))).,{{{,{((((((((((...{(,,..(((({{..((({(({{,(,,...,,,......|.|}||,||....,|{{|{|,{{...,)),)))))))))))))))}))))))))))))},)))).))))),(((.((((((.({.,{,,..{,{.....)},)).)))))).))){,,((.((...)),)))}))))))))}}}}.)),))))),.,,))),,.,{|{|,,{((({({|,.,{{,,.}}}..}))))))),))))))))))).))))))){|||(..(((..({.((({....}))).}))))...)))))..)))))))))))),))))}}}}},,,,|||,,..}}|(((((((.....)))))))},...,{{||,.....({{.....))),,,)}))))))))))))))))).....{((((......})))||||||||,,..,.,,..,)})))))))))))))))).},,))))),,)))).)))))))))...((((((.(((..((((.{(((((((..{{{((((.(((((((((..(((((.{.(({....,(((({((,.{(({{((((((......))))))(((((((((.,({,((,,.....,))}),),..))))))))),,..{{|,||||.,||,(((,..,||{,||||}.}},,}.}}},.|||,..,.{{(,(((....))).}|).,...|||{....))))|{..|,|||||.(({,(((({{{|,,..|||}}}}.,|,||......((((..(({.,.......}))..)))).{{{{...,.,))))..})).})}},,,,,}.,.))))))))})))))..)))))))))))))|||{{,((,{...}}}}})))}.{((((.......))))})))))))}.))))..,(((.(((..((((..{(((((...(({.((({{{..,,..))))..)).}))....)))))}.))))..))).)))}..))).))))))..(((.(,{(((....))))).)))...........))).}})}}}))))))..))))),}}}...,((((((({{((((.((((......))}|,,,..((((((...(((((......)))))......)))))).}}},,.{{||||{{...,))).}}}||(((((.....)))))||||||,,,,|{,.....,...,,}}))),((((((((({.....(((((.((((.....)))).)))))......}))))))))).....}.))))))))))))))))),))))))))))))).,,,))))))).))))......,)))).)})))}}}},,({....|}.{{((((({..{{|...,}})))))))).,,}))})|)|)))))|})|||,,,,,,.{{{{{...}}))){((.{(((((.......))))))))}.,,........|||,..{((((((((...{(((......)))),)))))))))}}}..,.,||||||},}}}.)))))))})))).,}}.|}|||||||||||||,{||}},,}})))),)))}},...{(((((((((.........)))))))))}.})}))))),,))))),...,,(({({{{{|,,||{..,,|}},,..}}}})))),)(((((((.....))))))).,||}},.......,..,,))))}......
Back