Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369326.1
Sequence Length
2699 nt
GC Content
0.4946
GUGCGCGCGUGUGUGCCUCCCGCCCGCCGGCGUCCUGGGUCCCGGGGGAGCGGCUGCCCUUCUGCCCCGCCGCCGCCGCCGCUCGGGGCUGGUCCCUGCGGUCCCGGCUGCCUGGCCUUCCAGGGCUGGGUACUGCGGCUUCGGCGGCCUCGCUGAGGCCGGGGGCCAGGGGCCGUCCCGGGCUGCGGGGUGCGGGACGAGGGACUGCGAGUGCGAGGUCCCCCCUGGCACCUUGGAAGUUGUUUUCAACCAUAUCCAGCCUUUGCCGAAUACAUCCUAUCUGCCACACAUCCAGCGUGAGGUCCCUCCAGCUACAAGGUGGGCACCAUGGCGGAGAAGUUUGACUGCCACUACUGCAGGGAUCCCUUGCAGGGGAAGAAGUAUGUGCAAAAGGAUGGCCACCACUGCUGCCUGAAAUGCUUUGACAAGUUCUGUGCCAACACCUGUGUGGAAUGCCGCAAGCCCAUCGGUGCGGACUCCAAGGAGGUGCACUAUAAGAACCGCUUCUGGCAUGACACCUGCUUCCGCUGUGCCAAGUGCCUUCACCCCUUGGCCAAUGAGACCUUUGUGGCCAAGGACAACAAGAUCCUGUGCAACAAGUGCACCACUCGGGAGGACUCCCCCAAGUGCAAGGGGUGCUUCAAGGCCAUUGUGGCAGGAGAUCAAAACGUGGAGUACAAGGGGACCGUCUGGCACAAAGACUGCUUCACCUGUAGUAACUGCAAGCAAGUCAUCGGGACUGGAAGCUUCUUCCCUAAAGGGGAGGACUUCUACUGCGUGACUUGCCAUGAGACCAAGUUUGCCAAGCAUUGCGUGAAGUGCAACAAGGCCAUCACAUCUGGAGGAAUCACUUACCAGGAUCAGCCCUGGCAUGCCGAUUGCUUUGUGUGUGUUACCUGCUCUAAGAAGCUGGCUGGGCAGCGUUUCACCGCUGUGGAGGACCAGUAUUACUGCGUGGAUUGCUACAAGAACUUUGUGGCCAAGAAGUGUGCUGGAUGCAAGAACCCCAUCACUGGGAAAAGGACUGUGUCAAGAGUGAGCCACCCAGUCUCUAAAGCUAGGAAGCCCCCAGUGUGCCACGGGAAACGCUUGCCUCUCACCCUGUUUCCCAGCGCCAACCUCCGGGGCAGGCAUCCGGGUGGAGAGAGGACUUGUCCCUCGUGGGUGGUGGUUCUUUAUAGAAAAAAUCGAAGCUUAGCAGCUCCUCGAGGCCCGGGUUUGGUAAAGGCUCCAGUGUGGUGGCCUAUGAAGGACAAUCCUGGCACGACUACUGCUUCCACUGCAAAAAAUGCUCCGUGAAUCUGGCCAACAAGCGCUUUGUUUUCCACCAGGAGCAAGUGUAUUGUCCCGACUGUGCCAAAAAGCUGUAAACUGACAGGGGCUCCUGUCCUGUAAAAUGGCAUUUGAAUCUCGUUCUUUGUGUCCUUACUUUCUGCCCUAUACCAUCAAUAGGGGAAGAGUGGUCCUUCCCUUCUUUAAAGUUCUCCUUCCGUCUUUUCUCCCAUUUUACAGUAUUACUCAAAUAAGGGCACACAGUGAUCAUAUUAGCAUUUAGCAAAAAGCAACCCUGCAGCAAAGUGAAUUUCUGUCCGGCUGCAAUUUAAAAAUGAAAACUUAGGUAGAUUGACUCUUCUGCAUGUUUCUCAUAGAGCAGAAAAGUGCUAAUCAUUUAGCCACUUAGUGAUGUAAGCAAGAAGCAUAGGAGAUAAAACCCCCACUGAGAUGCCUCUCAUGCCUCAGCUGGGACCCACCGUGUAGACACACGACAUGCAAGAGUUGCAGCGGCUGCUCCAACUCACUGCUCACCCUCUUCUGUGAGCAGGAAAAGAACCCUACUGACAUGCAUGGUUUAACUUCCUCAUCAGAACUCUGCCCUUCCUUCUGUUCUUUUGUGCUUUCAAAUAACUAACACGAACUUCCAGAAAAUUAACAUUUGAACUUAGCUGUAAUUCUAAACUGACCUUUCCCCGUACUAACGUUUGGUUUCCCCGUGUGGCAUGUUUUCUGAGCGUUCCUACUUUAAAGCAUGGAACAUGCAGGUGAUUUGGGAAGUGUAGAAAGACCUGAGAAAACGAGCCUGUUUCAGAGGAACAUCGUCACAACGAAUACUUCUGGAAGCUUAACAAAACUAACCCUGCUGUCCUUUUUAUUGUUUUUAAUUAAUAUUUUUGUUUUAAUUGAUAGCAAAAUAGUUUAUGGGUUUGGAAACUUGCAUGAAAAUAUUUUAGCCCCCUCAGAUGUUCCUGCAGUGCUGAAAUUCAUCCUACGGAAGUAACCGCAAAACUCUAGAGGGGGAGUUGAGCAGGCGCCAGGGCUGUCAUCAACAUGGAUAUGACAUUUCACAACAGUGACUAGUUGAAUCCCUUGUAACGUAGUAGUUGUCUGCUCUUUGUCCAUGUGUUAAUGAGGACUGCAAAGUCCCUUCUGUUGUGAUUCCUAGGACUUUUCCUCAAGAGGAAAUCUGGAUUUCCACCUACCGCUUACCUGAAAUGCAGGAUCACCUACUUACUGUAUUCUACAUUAUUAUAUGACAUAGUAUAAUGAGACAAUAUCAAAAGUAAACAUGUAAUGACAAUACAUACUAACAUUCUUGUAGGAGUGGUUAGAGAAGCUGAUGCCUCAUUUCUACAUUCUGUCAUUAGCUAUUAUCAUCUAACGUUUCAGUGUAUCCUUACAGAAAUAAAGCAGCAUAUGAAUAA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-900.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -951.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 735.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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